麻贵先到朝鲜王京，命国王李昖练兵固守。李昖令成允、门权、应铢等率部屯集庆州，以防御鸟岭。金应瑞等驻扎在宜宁，以防釜山之敌。元均率水师，集结于竹岛、加德岛，以等候明朝水师来援。
二十一日，杨元率部三千，从王京南下。按照麻贵的部署，杨元的目标本来是忠州，吴惟忠的任务是守卫南原。杨元到达忠州一看，城池残破不堪，宁愿让吴惟忠守卫忠州，自己继续挥师南下，去保南原。南原位于全罗道的腹地，地势险要，逼近日军占领区，杨元的三千人到此之后，兵力突出，呈孤军深入之势。
大约经过半个月，杨元于六月十四日进入南原，开始部署守城的各项措施。
对南原城的各方面情况巡察后，杨元对朝鲜人建造防御工事的进程非常不满意。杨元招来朝鲜接伴使刑曹判书郑期远等人，大发牢骚：“眼看霖雨季节即将来临，城池的工事还未竣工。我看单单靠你们朝鲜的士兵，很难快速完成。我准备招调全州府的所有军民，一起来搬石运土，担保十天之内完工。”
由于南原位置突兀，一旦日本人发起进攻，南原必然首当其冲。所以城内的有钱人、有家室的人纷纷逃离南原，躲到附近四周的山城里去。
杨元觉得很不对劲，如果日军侵占南原城，并派兵四处劫掠，不出十日，藏匿于山城之中的朝鲜士民必然尽被歼灭。杨元决定，修筑牢固的防御工事，准备好各种作战器械，让州内所有的男女老少，统统进入城内，把附近山城的军粮、军器都搬移入城，集中兵力来守城。如果遇到日军，杨元就率一部出城挑战，战不利，就退守南原城。
4.日本大举发兵，沈惟敬落网
从三月中旬开始，日军第三阵黑田长政等部约十三万人，陆续渡过朝鲜海峡，兵分五路侵入朝鲜，先后占据东莱、机张、西生浦、豆毛浦、安骨、竹岛、梁山、蔚山、加德岛等地，横行咸川、金海、昌原、咸安、晋州、固城、泗川、昆阳。但日本人并未大肆烧杀劫掠，只是在吓唬与招抚朝鲜人。
由于海上风浪甚急，粮草补给未能及时从日本国内运输而来。再者，日本人所到之处，朝鲜士民逃避一空，经过日军蹂躏的各城早已是一片废墟。土地荒芜，长满青草，日本人野无所掠，无法发动进一步的攻势。加藤清正说：“等粮食运来再发兵。”小西行长也说：“等稻谷熟透，麦禾割刈之后再动。”于是，日本人都龟缩釜山各倭营，等待五六月后勤跟上再作打算。
这就为明朝和朝鲜作好防御、迎战准备，争取到了宝贵的两三个月时间。
与此同时，朝鲜也与日本人进行单方面的沟通。国王李昖派遣僧侣松云惟政前往加藤清正军营，协商议事。
松云惟政是朝鲜罕见的高僧，十三岁遁入法门，曾师从著名义兵僧将休静，投身抗倭运动。休静圆寂后，松云惟政接过师父的指挥棒，成了朝鲜“义僧兵”总指挥官。他曾经多次同日本人交涉，是一位有名的外交家。
尽管与加藤清正同是释氏弟子，却无缘坐在一起切磋佛法。两人的会谈杀机四伏。
加藤清正威胁说，和谈不成，我大军所过，如同扫把拂尘土，弹指间朝鲜就成一片废墟，贵国臣民也将遗无孑孓。如果王子一人，能渡海向太阁致谢，太阁一时高兴，兴许会解兵而去。难道朝鲜就不能以王子一人的辛劳，来换取芸芸众生的轮回之苦吗？
松云惟政答，让王子渡海，不是一件难事，但是这与大义相违背。从王子一人身躯来说，理应渡海向关白致谢。但是，从宗庙社稷来说，则不可以把王子送给仇家。
加藤清正哑然失笑，王子航海，宗社可保。不然我军摧毁贵国宗社，宗社又有何用？
松云惟政一时语塞。
更令松云惟政纠结的是加藤清正无法解释的悖论：当初抓到两位王子，本应杀掉。但是太阁心存怜悯，把他们放了。可以杀掉却没有杀，在日本叫做恩，难道在贵国就叫做仇吗？
松云惟政虽精通佛学，但此时却完全理屈，只是说：“我当尽心尽力周旋一下。”
进入四月，朝鲜海峡战云密布。萨摩大名岛津义弘再次入侵朝鲜，驻军加德岛。朝鲜水师连攻三次，均以失败告终。
胁坂安治、加藤嘉明率领的日本水师一靠近朝鲜半岛，就被数百艘朝鲜战船团团围住。这时大风拯救了他们，朝鲜水师只得退往巨济岛。胁坂安治、加藤嘉明在惊涛巨浪中避入了釜山港，并在熊川大造巨舰，相互激励说：“敌人在巨济岛，航运十分便利。等大船一造，我们同生死，共进退。”
六月初，小西行长与加藤清正派柳川调信回国，向丰臣秀吉征求出兵日期。但是沈惟敬却借机欺骗明神宗说，等柳川调信一回釜山，日本就撤兵。
册封之辱一直让丰臣秀吉耿耿于怀，既然无法成为明帝，那么就成为朝鲜的毁灭大帝吧。临行前，丰臣秀吉对柳川调信面授机宜：“朝鲜不听命于我，是因为全罗、忠清两道完好无损。你等于八月一日直入全罗，割刈稻禾为粮，攻破各处山城，进攻清州，一旦遇到困难就回撤。庆尚道自固城到西生浦之间，八处连营。你们要不顾伤亡，残破各处山城。”
随着丰臣秀吉一声令下，日本人分乘上千艘战船，黑压压一大片，拥向釜山。釜山、加德、安骨、安窟等地铳炮声四作，弹丸如雨。紧接着，日军从竹岛进发梁山、熊川。
丰臣秀吉的第二次大规模入侵开始了。这一次，侵略朝鲜的日军一共十二万一千人，其中九州兵五万六千七百人，四国兵两万四千四百人，西本州兵四万人。日军分左右两路，兵锋直指庆尚道和全罗道：
左路：统帅宇喜多秀家，合计四万九千六百人。
小西行长一万四千七百人，熊川。
蜂须贺家政一万一千一百人，熊川。
岛津义弘一万人，加德岛。
长宗我部元亲一万三千二百人，熊川。
右路：统帅毛利秀元，合计六万四千三百人。
毛利秀元四万人，釜山。
加藤清正一万人，金海城。
黑田长政一万人，安骨浦。
锅岛直茂及其子锅岛胜茂一万二千人，竹岛。
水师：统帅藤堂高虎，共七千二百人。
由于名将小早川隆景在六月十二日死去，丰臣秀吉就任命十七岁的小早川秀秋为侵朝日军统帅。小早川秀秋在当时是出了名的傻子，三岁时是丰臣秀吉的养子，后来被丰臣秀吉硬塞给小早川隆景做养子。丰臣秀吉为了安慰刚刚死去的小早川隆景的魂灵，便把统帅的荣誉给了这么一个傻小子。
日本人再次起兵，沈惟敬回国生还的概率更加渺茫了。继续在朝鲜躲猫猫总不是个办法，于是他重贿朝鲜松云惟政，密信一封给加藤清正，谎称明朝总督邢玠发兵七十万将到朝鲜，劝加藤清正退兵。
对沈惟敬的谎言，加藤清正觉得根本不值得去戳穿。他给松云惟政回信：“朝鲜兵孱弱不堪，根本不是我的对手。等明军一到，我就痛痛快快地鏖杀一场，而后长驱直入明国境内，攻克北京城。”
沈惟敬见无法得逞，又恳请加藤清正的副将喜八去劝说，喜八连见面的机会也没给他。沈惟敬走投无路，又听说明神宗正在严审石星，于是作了最坏的打算，准备投靠日本人，但一时还未找到时机。
邢玠对沈惟敬勾结日本人、欺君辱国、出卖石星的行为深恶痛绝，准备将其拘捕，但是又怕沈惟敬叛逃倭营，泄露明军秘密。所以邢玠定下一个万全之策：先发书信安慰沈惟敬，将他稳住，暗地里命令杨元、吴惟忠在通往釜山的大路要口埋下伏兵，断其逃路。又担心沈惟敬部下死党两百人狗急跳墙，邢玠就派了一队新兵，将那两百人交换下来。
沈惟敬对邢玠的一连串动作也有所警觉。他急忙派心腹娄国安、张龙潜往釜山倭营投石问路。小西行长说：“有机会定会派兵迎接你。”
沈惟敬派人到处购买中国的奇珍异宝以及狐貂皮八百张，作为见面礼，贿赂日本人。可是日本人却不领情，怕是又中了明朝让沈惟敬来欺骗日本的诡计，于是议定：派出一队人马接他入营，一旦发现可疑之处，立即斩杀。
机关算尽太聪明，反误了卿卿性命。很快，沈惟敬的厄运降临了。
