河州镇总兵吉顺于正月二十三日驰抵安庆城外二十多里处，听说城内还有几百名敌军搜掳银物。吉顺于次日早晨带兵进城，分头缉捕，毙敌几十名，抓获长发太平军十几名，全部处死，太平军余部逃走。官军号称已将省城收复，其实只是进占太平军放弃的城市。
张芾在南昌调拨船只，把运粮用的漕艇全部征用，已有一百多艘于二十二日前后抵达九江。向荣看着船只入港，仍然紧锁眉头。这点船只根本不够渡兵，军饷也只到了三万两银子。但他能够想象到，皇上已经对他迁延时日非常恼火。他当即决定，拨出六成兵力先行渡江，从陆路追击。在连绵的春雨之中，渡江的官军衣服淋湿，军火沾水。正月二十三日，贵州官兵先行渡到了江北。
太平军于正月二十五日攻陷芜湖。三更后，船队从太平的四合山顺流而下。第二天早晨七点，福山镇总兵陈胜元指挥部队分驾艇船迎战，打沉敌船三只，其余太平军退至芜湖。林凤祥的陆军见到水师蔽江而下，赶紧从陆路推进。官军艇船继续向太平军水师开炮，击沉敌船二十多艘。战至傍晚七点，天晚风息，艇船无法前进。太平军于晚上九点再次顺流而下，官军无法阻挡，陈胜元中炮落水殒命。
太平军现在已直指金陵。官军已无多少军力防守这座重要的城市，旗营和绿营加在一起也不过五千名，而所调援兵都无消息，陆建瀛先前下令招募的乡勇也未到齐。金陵周长九十多里，这点兵员根本无法分布。守城大员们完全寄望于外援，指望皇上俯念金陵为省城要地，南北咽喉，又是东南财赋之区，其重要性超过其他省份，一定会严令向荣、琦善和陈金绶飞速前来驰援。
但是向荣现在还远在江西，对金陵爱莫能助。正月二十六日，他又收到七万两饷银，将银子分发各部，催令各部于第二天开行。船只仍然不够，湖南营、广西营和捷勇奉令赶赴姑塘登船。
太平军兵行神速，前锋已在这一天逼近金陵。指挥官巡视城外形势，城上枪炮齐发。指挥官收兵不动，在金陵南门外扎营。第二天，太平军已完成了攻击准备，分水陆两路直攻金陵。祥厚和陆建瀛等人登上城墙指挥防御。太平军在城外焚烧民房，船队停泊在上下十多里的江面上。南岸一带都有太平军扎营筑堡，占据了金陵南门通向太平府的陆路，以及金陵东门通向镇江府的陆路，控制了城外方圆七八十里的地面，以防官军后路追兵攻击。金陵对岸的浦口也有太平军驻守，时有船只往来于金陵与芜湖县城之间，为攻城部队搬运粮米。
正月二十九日黎明，陆路太平军开始攻打南城聚宝门，分兵攻击水西门、旱西门、仪凤门、太平门、洪武门和通济门。他们动用火箭和巨炮，火力猛烈，从早至晚，不断射击。官军的几千兵力仗着城高墙坚，也有炮火还击，好歹挺了下来。
第二天，太平军船队冲到金陵城下，太平门和仪凤门威胁骤然增大。陆建瀛和祥厚盼望的山东援兵仍未赶到，向荣和琦善两支大军也无消息。
这一天，洪杨主力全部开到金陵城下，联营二十四座。船队从新洲大胜关排列到七里洲，群集蜂萃，不计其数。二月一日，林凤祥领军开到城下，搭梯仰攻，晨夜不息。
在城防战开始时，守军和城内外的百姓还能协力固守，但是一个偶然的事件大大挫伤了乡勇的积极性。聚宝门外的米商自动招募乡勇攻击太平军的攻城部队，眼看就要得手，城上的守军开炮助威，误伤几名乡勇，吓得乡勇一哄而散。祁宿藻在城墙上见到此情，气得连呕几口鲜血，当即死去。
二月二日，杨秀清下令发射火箭巨炮，轰击城墙。陆建瀛见情势危急，匆匆写就一纸求救的文书，派人缒城而下，送到镇江，交给杨文定。字条说：省城正月二十九日至二月二日遭到贼匪昼夜攻击，危在旦夕；镇江虽然重要，但还不如省城为根本重地，请急速拨兵数千救援。杨文定没有发兵，只是向皇上报告了这一危情。
二月四日以后，攻城部队对水西门、旱西门和仪凤门四面围攻，遭到城内炮火打击，伤亡颇多。杨秀清召集韦昌辉、石达开总结经验，决定采用更有效的攻城办法。他们令部队在仪凤门外的静海寺中挖掘一百多丈的地道，抵达城角，装入火药。二月十日黎明，轰然一声巨响，地雷爆炸，城墙崩溃。太平军这时发生了一个技术失误，第一波地雷爆炸后，攻击部队立即冲上前去，正好赶上了第二波爆炸，几百太平军葬身火海。
官军见太平军炸了自己人，欢呼雀跃，跑到缺口处，割下敌军将领的首级或士卒的耳朵回城领赏。林凤祥抓住仪凤门守军分散的机会发起猛攻。邹鸣鹤见势头不对，连忙从其他各门把部队调到仪凤门。水西门、旱西门、南门三处防兵减少，罗大纲令部队趁机搭接木梯，爬城而入。
罗大纲首先突破了水西门，守军顿时溃败。城内的间谍放火骚扰，大喊“太平军进城了”，其余守军斗志顿消，纷纷溃逃。三座城门随后失守，太平军如潮水一般涌入城内。
这时，提督福珠洪阿已经战死，祥厚与霍隆武退保内城，旗营男女登城守御，拼死斗杀，击毙太平军三四千人。内城陷落后，旗人战死者多达四万多人，祥厚与霍隆武也在其中，无一幸免。上元县令刘同缨身穿公服，坐上公堂，大骂太平军，被太平军处死。邹鸣鹤随办团防，也死于城内。大批官兵被驱胁屠戮。
满城的浴血奋战可见诸官军的奏报，但太平军的说法完全相反。金陵陷落后不久，他们告诉英国驻华外交官密迪乐（Meadows）：那些满人下跪求饶，临死就像哀鸣不已的绵羊。
金陵城高墙坚，却未守住半月。由于陷落过于迅速，咸丰来不及做出任何反应。祥厚等人弹劾陆建瀛和杨文定的奏章抵达京城之后，咸丰决定临阵换帅，令祥厚兼代钦差大臣和两江总督，将陆建瀛逮捕，派人解送刑部治罪；杨文定革职留任，继续防守镇江。可是驿路相距二千里，这份诏书到来时，金陵已在陷落前夕。祥厚这个新任的钦差来不及调整部署，对钦犯陆建瀛的惩办也无法落实了。诏书到来之前，陆建瀛乘小轿去拜访祥厚，归途中经过十庙，遇到太平军，死在刀丛之中。
陆建瀛死后还遭到谣言的中伤。江南官民怨恨他无能御敌，爱说大话空话，传说他其实已经投降太平军。建阳守备汪大臣说得有鼻子有眼，他向向荣报告，说他亲眼看见陆建瀛头裹黄巾与官军作战。
陆建瀛自命为理学家，教人尊崇程朱，钻研《近思录》，阅读性理书籍，孜孜不倦，做官规行矩步，以端方率领下属，赢得了天下的景仰，大有身后进入文庙的希望。可是很不幸，他迎头撞到了战争。在敌人没来时，他表现得慷慨激昂，主动请缨；可是当他亲眼见到战争的残酷，便惊慌失措，于是一败涂地，把一辈子积攒起来的好名声都埋葬了，成为天下人的笑话。由此可见，一个人的理学修养未必是成功的充分条件，他还必须具备其他的素质，尤其是实践经验。
陆建瀛究竟是被吓死，是被斩杀于总督署，还是乘着小轿逃出城外十几里才被捕杀，抑或是逃到了镇江，众说纷纭。但无论如何，他对于战争的双方，已经都不重要了。他的位置将会有别人取代。
向荣和琦善两位钦差大臣都没能看到金陵失陷的场景。向荣派往姑塘的部队于二月一日才登舟东进，开出湖口。向荣第二天从九江出发，在金陵陷落的这一天，他才行抵安庆。
向荣刚刚进城，喘息未定，听说陈金绶与胜保前来参见，连忙出帐迎接。他和陈金绶以前都是杨遇春的老部下，一起刀头喋血，关系最铁。向荣一把握住陈金绶的手说：“你我兄弟多时不见，如今同剿一匪，又得共事一方，更当戮力同心，剿除丑类！”
向荣设酒款待故人，当下会商，向荣先从水路救援金陵，陈金绶与胜保从江北的陆路前往浦口接应。
第二天，琦善也到了安庆。向荣与琦善会见，说：“琦大人所部都是生力军，但未曾与粤逆交手。我部从广西一路打来，大小几百仗，颇有心得，还是由我部打先锋吧。我部立即从水陆两路推进，贵部可从江北陆路开向浦口，以图接应。”
琦善久历官场沉浮，鸦片战争中接替林则徐，与英国人又打又和，差一点被道光爷要了脑袋，早已没了锐气。如今他已是六十三岁的老人，再次奉命统兵打仗，巴不得有人勇挑重担，立即表示赞同。
向荣这时自我感觉良好，颇有前线最高统帅的自得，跟琦善道别之后，仍令张国梁为前锋，立即向金陵进发。
满蒙亲贵呼吁大举增兵
安徽吃紧的消息传到京城时，曾国藩的门生李鸿章坐不住了。他是安徽庐州东乡人，年方三十，血气方刚。他身在翰林院任编修，却渴望从军，回乡保卫桑梓。他怂恿工部左侍郎吕贤基上奏，陈述在安徽举办团练的重要性。征得吕贤基同意后，他急不可耐地代为捉刀，连夜赶写奏章。
咸丰接到这份奏疏，十分高兴。吕贤基是安徽人，何不顺水推舟，任命吕贤基担任安徽的团练大臣呢？
吕贤基奉到圣旨，私下对李鸿章说：“少荃害我！皇上令我回安徽举办团练，这不是赶鸭子上架吗？主意是你出的，奏疏也是你代草，那么此行你也跑不掉。我要再上一个折子，请调你同回庐州。”
正月二十五日，吕贤基请调李鸿章、刑部员外郎孙家泰、候补主事朱麟祺、武生张瑞庆等人随他一同前往安徽。
在吕贤基强调团练重要性的同时，云南籍的翰林院编修何桂珍也就团练乡勇一事向咸丰提出极具眼光的忠告。此人只有三十六岁，但在咸丰登基前做过皇四子之师，咸丰自然重视他的意见。何桂珍指出，太平军去住无常，不过志在掳掠，但官军防剿三年，竟然让这股逆贼蔓延六个省份，调兵虽多，毫无实用。将帅迁延观望，贻误战机；疆吏袖手旁观，苟且偷安；有军法而不执行，缺经费又难筹措。正规军肯定是靠不住了，如今只有责成封疆大吏专办团练，尚可安定人心。必须分令各省督抚专心筹办，狠抓落实。同时还要得到乡绅的合作，共同拟定章程，妥善布置，使各省自固藩篱，百姓不用再逃难，逆贼也抢不到财物。这样一来，就用不着拿巨额的军饷去供养庞大的正规军，也能逐步将逆贼荡平。
何桂珍这份奏折得到了咸丰的重视。正当此时，北京接到安庆失守的报告，咸丰连忙下旨，催促吕贤基等人起程。吕贤基临行前陛见请训，咸丰殷殷嘱托，叫他一定要办好团练，保住安徽，说到动情之处，潸然泪下。吕贤基身系天子的重托，率李鸿章等人匆匆起程，迅速南下。
咸丰实在很难理解，为什么派往前线的大员都是如此无能，正规军为什么完全指望不上。在逆贼尚未离开武昌时，他就料到他们可能沿长江东下，安徽必定吃紧，连续降下几道谕旨，叫琦善先派陈金绶带领精兵驰赴安徽。陈金绶明明是一员骁将，为什么二十天过去了，都不见他奏报起程日期？如今调到河南的官兵为数实在不少了，琦善完全可以拨出兵力援救安徽，为什么对上谕置若罔闻，坐视邻省危急不救，他到底是何居心？
想到这里，他令军机大臣拟旨发往河南：琦善若以部队没有到齐为借口，不让陈金绶赶紧起行，致使安徽再有疏失，朕必将琦善在军前正法，断不饶恕！陈金绶久历戎行，系朕特命帮办军务，凡是调到河南省的部队，你都可以从中挑选精锐，挑得几千兵力，火速前往安徽救援！
咸丰现在对误事的大员深恶痛绝，惩处他们毫不手软。他谕令内阁，将陆建瀛先行革职，仍然责成办理地方军务，以观后效；琦善先行革去都统衔，以示薄惩；赛尚阿定为斩监候，秋后处决。
谕旨刚刚下达，总算得到琦善的奏报，陈金绶已经起程，琦善也已随后开拔。令咸丰感到宽慰的是，去年曾国藩上疏求保的那个内阁学士胜保，主动要求同陈金绶一起带兵前进。咸丰连忙下旨表扬，并令河南巡抚陆应毂为开往安徽的军队源源接济军饷。
