慈禧垂帘听政掌握实权之后，开始着手对当时风起云涌的农民起义进行残酷的镇压，她的政策可以归结为两点：一个就是重用汉族官僚，另外一个就是借助拥有先进火炮的洋人军队。
对于汉族官僚的任用一直是清代皇帝的一个心结，满族皇帝作为“异族”入主中原，心中对汉族官员的不信任感始终不能去除。当年肃顺就曾向咸丰主张过任用汉人，但是咸丰帝迟疑不决，当时的曾国藩已经建立起私人的地主武装——湘军，咸丰任命满洲贵族为湖广总督、钦差大臣来控制曾国藩的军政大权，疑虑之深，可见一斑。但是旗人武装确实已经不堪一击，内忧外患，湘军的崛起，加上曾国藩确实表现得忠心耿耿，咸丰最终还是勉强加封其为兵部尚书与两江总督，以钦差大臣身份督办江南军务。
但是真正给了曾国藩“终南捷径”的还是慈禧太后，慈禧垂帘听政之后，立即就给曾国藩加封太子少保，统辖四省军务，曾国藩考虑到威权太重，多次力辞，但慈禧不允。随后对于另外一大批汉族官僚，慈禧也基本按照曾国藩的意见进行了新的人事调整。由于曾国藩深谙韬晦之道，处处淡薄权势，同治元年（1862）曾国藩又被委任为两江总督兼协办大学士，取得了前敌指挥权。紧接着曾国藩回报慈禧的就是采用新的战略部署，坐镇安庆，指挥曾国荃、左宗棠、李鸿章、彭玉麟、多隆阿、李续宜、鲍超等人发起了以进攻天京（今南京，当时太平天国首都）为中心的保卫战，最终攻陷天京，基本上扑灭了太平天国运动的火焰，太平天国运动就此失败。
随后，慈禧又命曾国藩绞杀另外一支农民起义军——捻军，僧格林沁在与这支起义队伍的数年交锋中未获成功而且最终还死于乱军之中。曾国藩开赴战场，“以有定之兵，制无定之寇”，通过筑长墙，开壕堑的方法，与李鸿章的淮军一同剿杀了捻军。慈禧欣喜万分，先后加封曾国藩为体仁阁大学士、武英殿大学士、直隶总督，赐紫禁城骑马。
慈禧一改清朝传统，重用信任曾国藩及其一批汉臣，对于挽救风雨飘摇的大清王朝统治起了关键性作用。当时曾国藩的威名可以说早就妇孺皆知，但是假如没有慈禧太后的授权、信任与提拔还是不可能有大的成功的，而慈禧的做法也确实是疑人不用，用人不疑，真正做到了人尽其才。《清鉴》说：“听政之初，军事方亟。两宫仍师用肃顺等专任汉人策。内则以文祥、倭仁、沈桂芬等为相，外则以曾国藩、左宗棠、李鸿章等为将。自军政吏治，黜陟赏罚，无不咨询。故卒能削平大乱，开一代中兴之局。”所谓的“同治中兴”，不可否认，和慈禧任用的这一大批务实、能干的汉族官僚是有着莫大的关系的。
在曾国藩镇压太平天国农民运动的同时，江苏巡抚薛焕上疏请求借助英法两国的军队来共同围剿农民起义军，议政王奕也向慈禧不断地阐述农民起义军的危害与洋兵的神奇，但是慈禧对于洋人还是有一定程度的疑虑，毕竟咸丰帝的有去无回的“木兰秋狝”也是英法联军造成的，因此慈禧决定暂时先试探洋人的态度再做决定。
而英法等国此时已经和太平天国方面私下接触过，发现太平天国独立自主的外交政策与禁止鸦片贸易等政策使得自己根本捞不到任何好处，只有反动的清政府才能够给自己带来持久而稳定的收益，因此他们也开始准备撕破“中立”的假面具，准备积极支持清政府，并且向清政府方面公开表示愿意协助剿灭农民起义军，特别是法国与俄国更是显得十分积极。
慈禧此时心中担忧的是外国军队一旦进入中国境内围剿起义军，军费军需难免狮子大开口，更担心的是万一洋人占领起义军的城市以后不肯退出，那就得不偿失了，加上英国见法俄两国急于参与剿灭之事，对清政府进行了一次恐吓，因此借洋兵的计划暂时被搁置。谁料想，当太平军进攻上海，直接威胁到殖民者的利益之时，英法军队自发与清朝守军一同抵抗，并且用军舰击退太平军，太平军损失惨重。慈禧看到战果之后意识到虽然借助洋兵有风险，但是为了迅速剿灭太平军，这个风险还是值得承担的，并且英国此时也主动参与了这次战斗，因此立即命令总理衙门对“外国友人”的此次协助表示感谢，并表示愿意协商借兵，提供巨额报酬。就这样，慈禧与英法等国迅速达成了反动的合作协议，共同对抗中华大地上的农民起义军。
