同治帝于同治十三年十二月初五（1875年1月12日）病故后，慈禧太后钦点了光绪帝作为接班人，从此以后，垂帘听政的慈禧太后就把光绪帝当作了傀儡。戊戌政变之后，光绪帝被慈禧太后囚禁在瀛台，本质上与以前没有太大区别，只不过在此之后，光绪帝变成了慈禧太后十足的傀儡而已，光绪帝一生都生活在这样的阴影之下。
对于被束缚的人来说，死亡也许是最好的解脱。光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日），光绪帝崩逝于中南海瀛台的涵元殿，享年三十八岁。光绪帝的一生是悲剧的一生，《崇陵传信录》中的一段话可以简练的概括光绪帝的遭遇：“缅维先帝御宇，不为不久，幼而提携，长而禁制，终于阏损其天年。无母子之亲，无夫妇昆季之爱，无臣下侍从燕游暇豫之乐。平世齐民之福，且有胜于一人之尊者！”
由于慈禧太后也在光绪帝驾崩后的第二天病逝，因此人们不得不将如此巧合的历史偶然与一系列阴谋联系起来，这也使得光绪帝的死因成为了清朝八大谜案之一。关于光绪帝的死因历史上一直有两种声音，一种就是由于常年多病，遗精严重，最终病逝；另一种说法就是光绪帝是被人谋害的，而对于凶手是谁？各种学说莫衷一是，慈禧太后、袁世凯、李莲英、崔玉贵等人都在凶手排行榜上名列前茅。
从慈禧太后的性格以及死亡时间，我们更愿意相信光绪帝是被慈禧太后毒死的。《崇陵传信录》中记载，当时慈禧太后已经开始连续的腹泻，而李莲英向慈禧太后汇报光绪帝的表现“帝闻太后病，有喜色”，慈禧太后听完大怒，说了一句：“我不能先尔死”，后面的情况大家可想而知了。慈禧太后这种担心是完全有道理的，她不是光绪皇帝的亲生母亲，也不是老皇帝，慈禧太后长期霸占他的权力，杀害他的爱妃，否定他的改革，因此光绪帝在慈禧太后死后算账的可能性极大，对于慈禧太后这种权力欲望如此强烈的女人来说，是不愿意看到这种结果的。
慈禧太后在她的74岁寿诞上就已经开始做准备了。光绪三十四年十月初十（1908年11月3日），慈禧太后虽然不时腹泻，但还是满心欢喜地过着自己74岁的生日。在此期间，光绪帝一直生病卧床，而慈禧太后也秘密召见了军机大臣张之洞与世续，讨论为光绪帝立嗣的问题。大臣们建议“国有长君，社稷之福，不如径立载沣”，而慈禧太后心中早已有了合适的人选，召大臣商议不过是做个样子，因此综合大臣们的意见，给出了“今立溥仪，仍令载沣主持国政”的决定。至于慈禧太后为什么选择溥仪，这里面又与之前慈禧太后册立光绪的理由一样。爱新觉罗·溥仪是老醇亲王奕与慈禧太后妹妹的孙子，同时又是荣禄的外孙，在慈禧太后看来，爱新觉罗家族的血统似乎必须要有叶赫那拉氏的血液在其中流淌。
十月二十日（11月13日），慈禧太后连发三道上谕：命醇亲王载沣之子溥仪到上书房读书；醇亲王载沣授为摄政王；确立摄政王的地位。第二天，光绪皇帝就迅速死去，慈禧太后立即又下发了三道懿旨：册立溥仪继承大统为嗣皇帝；明确继承关系；令摄政王载沣监国。而在这三道懿旨中，慈禧太后不忘补充一句最经典的话语：“所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行”，这说明慈禧太后自己完全没有想到自己会“走”得那么快，还以为自己能够继续上演“垂帘听政”的戏码。
这个末代小皇帝并没有给慈禧太后带来她想要的好运气，三岁的溥仪一进宫，第一次见到慈禧就哭得“惊天动地”，完全没有照顾慈禧太后的感受。慈禧太后驾崩后两周，溥仪的登基大典上，又上演了“一语成谶”的闹剧。
光绪帝和慈禧太后分别入殓后，光绪三十四年十二月初二（1908年12月24日），宣统皇帝的登基大典正式举行。根据溥仪自己的回忆：腊月初的北京异常寒冷，溥仪被送到高大的宝座上，大场面吓得溥仪不停地大哭大闹，只有奶妈能够哄住溥仪，但是登基之时，奶妈是不允许陪在溥仪身边的，这时文武百官不知所措。溥仪的父亲载沣只好跪在宝座之下，扶着溥仪，安慰溥仪不要乱动。溥仪挣扎着哭喊：“我不挨这个，我要回家。”而登基大典的仪式繁杂，流程还没有走完，溥仪的哭声越来越大，结果摄政王载沣说了一句“别哭别哭，快完了，快完了”，这句安慰小溥仪的话，却给文武百官留下了惨淡的印象，认为这是一个不祥之兆。
