慈禧太后到达西安后的第二天，也就是光绪二十五年九月五日（1899年10月27日），各国公使一致发出通牒，要求慈禧太后处治拳首以及部分大臣。但是毕竟慈禧太后自己也曾支持和鼓励过义和团运动，并且意图借助义和团对抗洋人，所以慈禧太后还是向列强求情，采取拖延的办法，希望能够最终不了了之。
各国公使毫不妥协，要求严办，在这种情况下，弃卒保帅的把戏又上演了，慈禧太后在列强的威逼下，接连发布了四道上谕，一道比一道更重，把义和团的首领以及支持鼓励义和团运动的王公大臣都按照列强的意思进行了严酷的处理。而在此之前，因为反对义和团运动而被慈禧太后罢免的五位官员全部按照列强的意思予以官复原职，当然为了保住自己的面子，慈禧太后在上谕中，将罢免行为归结到了小人挑唆上。
光绪二十六年十二月二十六日（1900年2月13日），慈禧太后用光绪帝的名义，以体面的言辞向列强承认所犯下的错误，不过将大部分责任都推卸给了地方官员身上，上谕中描述了“庚子拳变”中“两宫西狩”所遭受的种种苦难，明确表示今后要大力改革。
此时的慈禧太后仍然没有放下心来，因为还有一个大问题没有解决，那就是大清国的储君溥儁，他的父亲载漪已经在列强的强烈要求下被慈禧太后发配边疆，而作为义和团拳首的儿子，他的存在是阻挡慈禧与洋人搞好关系的重要因素。更严重的问题在于，要是溥儁最终代替光绪帝成为了大清的皇帝，那么他不可能眼睁睁地看着自己的父亲留滞边疆，也不可能对洋人有什么好感。想到这些，慈禧太后接下来的举动再次向我们证明了，作为一个玩弄政治的女人是如何为了利益出尔反尔。随后慈禧太后借口溥儁与其父亲陷大清于危险之地，得罪列祖列宗，而且个人品行不端、举止粗鲁等将其废除，果然是所有人在慈禧太后眼里就是一颗能用则用，不能用则弃的棋子。
在列强的屠刀威胁下，慈禧太后心不甘情不愿地处理了一大批王公大臣，发布了一系列讨好的诏书，接下来就是和约的谈判与签订阶段了。慈禧太后安排钦命全权大臣便宜行事总理外务部事务和硕庆亲王爱新觉罗·奕劻和钦差全权大臣便宜行事太子太傅文华殿大学士北洋大臣直隶总督部堂一等肃毅伯李鸿章负责与洋人“讨价还价”，但是“落后就要挨打”，哪里有商量的余地。
虽然奕劻和李鸿章进行了虚弱无力的反抗，正如李鸿章所说：“一群强盗，瓜分完了来让我谈意见”，条约还是基本按照列强之前定下的条文签订了，签约之时，“庆王爷迟迟不肯落笔，李鸿章走上前去对他说：庆王爷，天下最难写的是自己的名字，你还年轻，仕途无量，这个卖国贼的骂名，还是让我来当吧。”国人闻讯即刻指责道：“卖国者秦桧，误国者李鸿章！”李鸿章闻之，咯血不止，经检查，是胃血管出血所致。
就这样，光绪二十七年七月二十五日（1901年9月7日），在慈禧的授意下，奕劻和李鸿章代表清政府与德、奥、比、西、美、法、英、义、日、荷、俄十一国代表签订了合约，历史上称之为《辛丑条约》。条约共有12条正文和19个附件，主要内容是：就德国公使克林德事件向德国赔礼道歉；惩办义和团首祸诸臣；对日本谢罪；禁运军火；东交民巷驻军；削平大沽炮台，允许各国沿线驻兵；重修外国公墓；赔款偿款海关银四百五十兆两（四亿五千万两）；禁止仇外命令；疏浚白河、黄浦江；改总理衙门为外务部。《辛丑条约》签订后，各国联军于八月初五（9月17日）退出了北京城。
早在这样的卖国条约签订之前，光绪二十六年十二月二十七日（1900年2月14日），慈禧太后发布了一个上谕，里面出现了一句令人至今愤慨的话，那就是：“仍电饬该全权大臣将详细节目悉心酌核，量中华之物力，结与国之欢心。”因为慈禧太后获悉列强并没有将自己列为祸首，因此大喜过望，为感激帝国主义对她的赦免，准备进一步出卖国家的主权和利益。无耻的慈禧太后，无能的清政府，最终就在这样的指导思想下签订了前面所说的《辛丑条约》。
这是一个极其不平等的条约，慈禧太后最终将这些赔款的负担都转嫁到了中国人民头上，而且发生过反帝斗争的城市一律停止科考五年。通过《辛丑条约》，慈禧太后控制下的清政府已经完全沦为了资产阶级革命派陈天华所说的“洋人的朝廷”，因为按照条约规定，各国列强从经济、政治和军事等方面已经牢牢控制了清政府，《辛丑条约》的订立，标志着中国半殖民地半封建社会完全形成。
《辛丑条约》中规定的“庚子赔款”，数额实在是过于巨大，其中“浮报冒报”的现象十分严重，连各国列强都觉得不好意思。当时，美国伊利诺大学校长爱德蒙·詹姆士送呈总统西奥多·罗斯福一份备忘录，里面谈道：“哪一个国家能够做到教育这一代中国青年人，哪一个国家就能由于这方面所支付的努力，而在精神和商业上的影响取回最大的收获。”因此美国政府开始着手处理将虚报的“庚子赔款”退回中国办学、留学的相关事宜，而其他列强也意识到这一点，纷纷效仿。随后中美双方商定，在北京由清政府外务部负责建立一所留美训练学校，这就是清华大学的雏形。
