康熙皇帝在执政期间，曾称赞秦始皇“兼六国，罢封建，置郡县，是一统之盛”。同时也抨击了汉初的分封制：“武帝分锡茅土，鲜克有终，于此可见封建之不可复行矣。”由于他主张国家统一，反对封建割据，因而面对南方“三藩”割据数省、北疆噶尔丹图谋自立、海上郑氏后代占据台湾等各霸一方的局面，康熙不仅重视武备，并且大兴师旅，逐一进行平定，剿伐。在长期的战争中，康熙总结出了一套行之有效的军事思想和用兵策略。
康熙亲政期间，亲自筹划军旅之事，简阅军器；强调国家武备的重要性，认为承平之日更需严加训练士卒；在督军作战时，总能周详熟审，因情用兵，期于必克。
康熙执政初期，南方有“三藩”割据数省，西北有卫拉特蒙古准噶尔部割据，东南有郑氏的后代占据台湾，东北则有沙俄的觊觎和入侵。可以说，他所面对的是一个十分严峻的局势。
康熙二十年(1681年)平定“三藩”叛乱之后，接着进取台湾，二十二年(1683年)七月，台湾郑克壤出降。此后，康熙为了对付准噶尔部噶尔丹的策划自立，于二十九年（1690年）、三十五年(1696年)和三十六年（1697年）三次率师亲征。五十六年(1717年)，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦帘扰西藏进行叛乱，为此先后进行了一系列的战争。康熙是这些战争的最高决策者、组织者和指挥者。他曾对臣下说：“用兵之道，朕知之甚明。部院诸事，朕向与诸臣商酌之，惟军旅之事，皆出自一心筹划。”也正是在这些战争实践中，康熙逐渐形成了他的军事思想。
218康熙一贯反对穷兵黩武的思想，主张慎重地对待战争。但是，他同时又强调，“欲除寇虐，必事师旅”。“战伐因声罪，驰驱为息兵。”当国家的统一和主权受到威胁时，他总是毫不犹豫地坚决主张用战争手段来平息封建割据，抵御外敌的入侵。
战争，并非康熙的嗜好也非他的首选。他看到“自古以来，好勤远略者，国家元气，罔不亏损”，因此，对于征伐之事总是尽力避免；
只是为了除暴安民，才不得已而为之。上述战争多数是国内问题，是为国家统一而进行的战争；也有国家之间的问题，是对外反侵略的战争。为了领土主权的完整和人民安居乐业，无论国内问题、国家间的问题，都必须解决。康熙首先用和平谈判方式解决这些问题，只有对方不肯接受和平方式，坚持并首先使用武力时，才不得已而用武力回击对方，用战争制止战争，以达到保卫国家领土和主权统一完整，人民安居乐业的目的。问题到了非用战争不能解决之时，不拿起武器，就会助长敌人的野心，牺牲国家和人民的根本利益。因此康熙说：
“譬之人身疮疡，方用针灸。若肌肤无恙，而妄寻苦楚可乎？治天下之道亦然。乱则声讨，治则抚绥，理之自然也。”康熙的本意，但愿生民乐业，共享太平之福。不过，既然战争强加在了自己头上，他也木会屈服。“欲安民生，必除寇虐，欲除寇虐，必事师旅。”用兵是为了息兵，作战是为了去战。这是康熙对战争的一个基本态度，也是各战略决策的出发点。当战争势在必行，难以避免时，他认为切不可苟图目前之安，容忍退让，而应全盘筹划，勇于进取，打主动仗，以安民为使命，图长治久安之策。康熙在始息兵安E勘一文中就明确指出：“一劳而天下永逸，一勤而兵革永宁者，非大有志与断不能也。凡人狃于常习，卒然临之以事，必苟且图目前之安，不为长治久安之策。虽暂取逸于一时，终因循蔓延而不可收拾，往往悔诸事后，诚何益哉！予自临御以来，留心机务，每遇大政，则谋之以深沉，断之以果决。其始未尝不慎重三思，而其要则惟以安民为念。”康熙一生所经的历次战事，无不如此。
在战争中，康熙十分重视民心士气，认为城郭之固与山河之险均不足恃，战争胜负与国家安定与否的根本在于人心的向背，说：“民心悦，则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也。”康熙还说：“仁者无敌，此是王道。与其用权谋诈伪无稽之言，不若行王道，则不战而敌兵自败矣。王道二字，即是极妙兵法。”由此可以看出他很注意人心向背的，相信众志成城，不以砖石长城为御敌之良策。
康熙三十年（1691年）五月，他在参加多伦会盟后的返京途中，对扈从人员说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”回京不久，有人建议修复古北口一带的边墙，康熙不予批准，驳斥说：“帝王治天下，自有本原，不专恃险阻”；“守国之道，惟在修德安民。民心悦，则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也。”秦筑长城，随即灭亡；以后汉、唐、宋、明，历代修补，皆未能阻挡北方民族的勃兴。为此康熙还赋缭恬所筑长城》诗一首：
万里经营到海涯，纷纷调发逐浮夸。
当时用尽生民力，天下何曾属尔家。
军队是从事战争的基本力量。康熙在总结历史经验的基础上，提出了建设强大军队的基本方针。他说：自太祖、太宗、世祖以至今，清军“野战必胜，攻城必克，历向无前”的原因，除了士卒英勇奋战外，“实由我朝军纪森严，信赏必罚，兼以兵马精强，器械整齐之所致”。即所谓“师出以律，可奏肤功”。因此，亲政之后他总是紧紧抓住以严肃军纪为中心的军队整建工作。
康熙在治军方面首重训练，他认为人皆“由学而能”，而部队军事素质的高低，全在训练的好坏。因此，提出官兵全须训练，并强调从实际出发，根据不同地区的不同情况，采取不同的训练方法和不同220的训练内容。并要求将领具备“才”、“勇”两个方面的素质，但高级军官应“尚智不尚力”，有“谋略学问”，所以极力提倡军官读书学习，知古今得失，懂兵法韬钤。他很强调军队纪律，认为“行兵若无纪律，断不能成事”。从“得民心为要”的思想出发，强调军队纪律的核心就是不扰民。康熙讲究恤兵之道，要求将帅爱护兵丁，关心其疾苦，严禁克扣兵丁粮饷、剥兵以自肥的行为。为此，他强调指出，如不善于抚恤，“兵虽良，无用也”。此外，他十分重视火器的制造和使用，并在清军中建立了专用火器的特种部队“火器营”。但他也不迷信火器，认为“治天下之道，在政事之得失”，火器不是战争胜败和政权巩固与否的决定性因素。
由于军队纪律直接关系战争的成败，因此每次出师之前，康熙都申明军纪。早在康熙十三年(1674年)正月，吴三桂反叛之初，派遣宁南靖寇大将军多罗顺承郡王勒尔锦赴荆州时，就曾叮嘱说：“行军之道，惟得民心为要。所过宜厚加抚恤，严禁侵掠。”此前，曾谕兵部，详申军纪：“遣发大兵，原为扫靖叛逆，以安百姓。凡兵丁厮役，于所在地方，恐有恃强掠民财物，拆人庐舍，坏人器具，污人妇女，扰害生民，及损坏运河闸板桩木。统兵主帅，各宜体朕为民除叛用具之意，申明纪律，严加钤束。倘有违禁妄行，从重治罪。着即速行晓示。”在后来的平叛过程中，仍一再严申。但有些王、贝勒等竟带头违犯。诸如有人“观望逗留，不思振旅遄进”，“借端引日，坐失事机”；亦有人“干预公事，挟制有司，贪冒货贿，占踞利薮”；
“更有多方渔色，购女邻疆，顾恋私家，信使络绎”；“尤可异者，新定地方，亟需安辑，乃于所在，攘夺焚掠，种种妄行，殊乖法纪。”虽经一再警告，仍无显著改进。于是，在胜利之后，著令议政王大臣等举太祖、太宗军法，严行议罪。经奏准，将宁南靖寇大将军顺承郡王勒尔锦、扬威大将军简亲王喇布、定西大将军贝勒董鄂、安远靖寇大将军贝勒察尼及贝勒尚善等五人，一并削爵，并罢议政、宗人府等职。奉命大将军康亲王杰书被罚俸一年。其中情节最重的勒尔锦“仍令羁禁”。八名派出王、贝勒中，只有安亲王岳乐、信郡王鄂札立功受奖。由此可见执法之严。
至康熙三十四年十二月十六日（1696年），又“规酌旧制，参以新谟”，制定了系统、完备的军令。这项军令共有十七条。其中比较详细地规定了军队出征至凯旋善后全过程各环节、大小事项上的官兵守则：
一、大军出征，统兵将帅要“审视官兵甲胄弓矢，暨一切军中器用，务期坚利”。而且兵器、盔甲和马匹都标以单位姓名，违者追银。
二、大军启行后，自始至终，携规定行装，“按旗队以次前进”，不得紊乱，违者鞭责。
三、途中“毋离纛，毋酗酒，毋喧哗，毋叫呼”，违者即行捕责。
四、所经之地“不得扰害居民”，如侵犯子女，掠夺马畜，蹂躏田禾及擅离营伍，入村庄山谷，强取一物者，兵丁厮役，俱从重治罪。
五、士兵逃跑，在边境以内的，缉拿治罪；出边而逃的，追捕正法：追捕不获，往追人从重治罪；其主并该管官一并严处。
六、安营必须按旗列方位，不密不疏，越旗乱次者，将该管大臣官员分别治罪。兵役有盗窃军中物品行为者，视轻重鞭责或治罪。
七、出哨“勤加巡视”，隐蔽目标，备好马匹，及时报告敌情，“无寇妄报与寇近不知，以致传报稽迟者”’“将该汛坐哨官兵，立刻正法，军前示众。
八、值夜巡察官兵，必须高度警惕，对夜行者必问，衣服器械有异者擒拿，如贪睡偷安或人数缺少，从严治罪。
九、与敌相近时，管兵将军大臣要派人往探，掌握敌情和地势险易；严饬营中夜无燃火。
十、对敌列阵时，主将依敌我情况，指明各队各旗出击目标。进兵、收兵均鸣角以为号令。官兵擅离本队、本阵，或观望不进，“照所犯轻重正法、籍没、鞭责、革职”；分阵进击时，某旗队阵，敌坚222不动，即令所备援兵助击；但对面临阵时，王、贝勒、贝子、公、大臣等，或不依次，喧阗拥入，或见敌寡，不请擅进，此次非但“功不议”，且“仍以罪论”。
十一、攻入敌阵，“不得掠人畜财物”，违者“重惩不贷”。
十二、敌退我追，“接踵继进”。
十三、师旋日，军器不得出售、存留给诸蒙古，违者从重治罪，该管官一并议处。
十四、随军驼马，妥善放牧、管理；如将遗失驼马隐匿乘用、或将瘦弱之马委弃宰杀者，严治以罪。
十五、官兵口粮，计口按日支领携带，“倘不如额，查出即从重治罪”。
十六、武官有亲随士兵者，不得再从营伍中抽调，以免分散兵势；无亲随兵，需抽兵随从者，只许各抽一名。
十七、大兵存驻时，“每日较射，磨砺器械”，不要闲惰。
这些规定充分体现了太祖、太宗以来行军作战的纪律，并结合新形势有所发展和创新。
康熙令兵部将此军令刊布颁行，对统兵大臣以军令为准进行升赏和处罚。军令内容比较全面，而其中心则在不扰民。康熙从实践中看到“凡行兵若无纪律，断不能成事”：“不扰民者皆克成功，凡扰民之兵，无一成功者。”因此把军队纪律紧紧扣在不扰民这个主题上，又把不扰民和成功连在一起。用这一指导思想建设军队无疑是正确的。
在战争的指导上，康熙疆调战前要有周密的谋划和充分的准备，以期于必克；作战时，要因情用兵，相机而行。为此，他提出了“虚己以视机宜”的主张。“虚己”，就是因情应变而不固执己见。在战争中，他总是给予前线将领相机处理兵事的权力，反对凡事请旨而行的作风。
康熙在战略战术方面的原则是从实际出发，相机而行。他曾说：
“凡用兵之道，要在乘机。”“一应军务，惟在相机而行，固不可急，亦不可缓。”“故为将者，必相机调遣，方能济事。”要做到相机而行，就必须“虚己以视机宜”，不固执己见，根据实际变化的情况适时调整作战方案。比如平定“三藩”之战，原先拟在湖南战场实行正面突破，派遣宁南靖寇大将军多罗顺承郡王勒尔锦率师赴荆州。但历时一年多，进展缓慢，各地形势又发生变化，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟等降贼，耿精忠割据福建响应吴三桂，尤其是陕西提督王辅臣叛降吴三桂，使得西北以及江、浙形势骤然紧张。因而，维护江、浙财富之区及京师侧翼，便立即成为了矛盾的焦点。于是派多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军，率师往攻岳州，借以牵制吴军阻其东进江浙；分别向浙江、江南、陕西、广东等地派出大将军。将正面突破改为先剪除东、西两翼，继而突破中路的战略方针，获得成功。至康熙十五年（1676年），陕西王辅臣、福建耿精忠及广东尚之信相继归降清朝，这时才又将主要精力投入湖南主战场。进攻主战场的策略，根据吴三桂大力加强沿江防务的形势，也改正面进攻为迂回围剿。下令安亲王岳乐从江西进攻湖南长沙，以断贼饷道，分贼兵势，扼广西咽喉，并稳固江西门户。
要相机而行，还必须热知军队情况。在征剿噶尔丹时，康熙坚持亲征，朝臣有异议，康熙认为“塞外情形，不可臆度，必身历其境，乃有确见。”由于亲自率军出征，能够及时直接处理军机，得以相机行事。“塞外荒漠，虽甚寥阔，而蒙古所行之路，所居之地，必依水草资生。是以亦有定所。朕于蒙古等行经路径，一一洞悉，所以遣发官兵，数道围困，皆扼贼之要害。噶尔丹迫蹙己极，计无所出，遂饮药以死。”在战争中，如敌众我寡，则兵势宜合不宜分。吴三桂为摆脱在湖南三面被围的困境，于康熙十五年(1676年)四月，率众迁往衡州，派遣伪将军七人率贼兵三万至湖南南部的宜章，企图进犯广东，图谋两粤。这时，康熙一面令广东清军加强防守；一面派征南将军穆占，224会合大将军简亲王喇布规取衡州、永兴，“遏贼后路”。穆占遵旨，于收复茶陵州及攸县之后，乘胜南下，收复安仁、酃县，并于康熙十七年(1678年)初，又连克郴州、桂阳，召降桂东、兴宁、宜章、临武、兰山、嘉禾、永兴等城，彻底粉碎了吴三桂进犯广东的企图。但因新收复地方增多，诸王不予配合，穆占不得不分兵防守，自驻郴州，以都统宜理布驻守永兴。六月，吴三桂集中优势兵力强攻永兴，战斗激烈，昼夜不息。都统宜理布等战殁，前锋统领硕岱率兵入城死守，情况十分危急。康熙也为之忧心忡忡。直到吴三桂死后，敌人撤退，才转危为安。简亲王和穆占都不敢丢下驻地驰援永兴，事后互相抱怨。对此，康熙则居中调解，劝他们彼此和衷，并总结永兴失利的教训，指出：贼以大军攻永兴，“有必死之形”，我方“兵势太分，以致失利”。此后，他进一步概括战略战术原则，说：“凡摧寇破贼，必审量己力，可击则击之。如贼众我寡，即宜调集诸路合为一军，壮其声势，以图攻剿。倘株守新复城池，以已经驻镇，惮于旋师，迟留疑畏，于大事殊无所济。”同样的道理，如果敌人四方煽动，形成联合之势，则必须分清敌人的主次，重点打击主要敌人。三藩之乱以吴三桂为首，他的势力最大，首先笈难，煽风点火，鼓动耿、尚两藩及其他势力随后叛乱。康熙综观全局，紧紧抓住了吴三桂和他盘据的湖南为主攻方向，“今日事势，先灭吴逆为要。”吴三桂为“贼渠”，“湖南一隅，诚贼根蒂，四方群寇所观望。必速灭吴三桂，底定湖南，则各地小丑，闻风自散。”而且在对策上也有区别，对吴三桂重在剿，对耿、尚二藩则多用招抚。这也就是擒贼先擒王，使力量集中，切中要害，以带动全局；瓦解敌营，孤立贼魁。
在历次战争中，康熙重视并善于将战争与和平手段、军事与政治手段的结合运用。这里所说的和平、政治手段，也就包括和平谈判、和平交涉、招抚等措施。
平叛战争中，王辅臣在康熙十三年年底叛降吴三桂，清军将其围困于平凉、固原一隅。康熙十五年，大将军图海率军在平凉城北一战，击败王辅臣后，派人入城招抚，王辅臣投降。对此，康熙总结为：“剿抚并用”，说：“大将军图海，恭承简命，秉钺临边，即宣布恩威，剿抚并用，平凉一带，旬月绥平。”康熙下令将“剿抚并用”的策略推行于平叛战争的各个战场，要求对“叛变之人”，只要有“悔罪输诚之心”，皆可容受。康熙十六年六月十六日在敕谕中申明了招抚政策：“今特颁敕谕，概示招徕。凡在贼中文武官员、兵民人等，悔罪归正，前事悉赦不问，仍照常加恩。或有擒杀贼首，投献军前，及以城池兵马来归者，仍论功优叙。”招抚或和谈成功的条件，一是力量强大，即首先必须在军事上有力量，有优势，这样才能迫使对方不得不降；一是真理在手，即促使对方服从正义，弃暗投明；一是政策优惠，即让对方看到投降比顽固到底更有出路。因此，在招抚时又须视具体情况、不同对象，而采取不同的具体办法。
康熙平定三藩，分主次对待。以吴三桂为主要敌人，进行重点打击。对福建的耿精忠则认为其“必系一时无知，堕入狡计”，因而一再派人前去招抚。至康熙十五年九月，清军收复建宁、延平等府，耿精忠无力再战，于十月初四率众投降。康熙命耿精忠仍留靖南王酹，率所属官兵随大军征剿叛逆，“图功赎罪”。
广东尚之信与耿精忠的情况相似。康熙抓紧招降福建，为广东作出榜样。耿精忠投降后，尚之信在军事上没有出路，也主动降服。康熙令其“相机剿贼，立功自效”；袭封平南亲王，下属将领也各复旧职。
对其他参与反叛的吴三桂手下人员，也多次招抚。康熙指示：叛乱之罪在吴三桂，“与胁从之人无涉”，如能悔罪投诚，“概行宽免”。即使对吴三桂，亦不排斥招抚。康熙说过，吴三桂“果有悔罪输诚之心，亦何不可容受。”对被招抚者的政策，总的是来归者得到宽大；降比不降有利。但226政策的具体内容则不尽相同。如平叛战争中的投诚官兵，初为优升职级，以原班人马投入平叛战争；后来降者增多，战事减少，一般情况下则尽量避免降人聚集在一起，因而降官进京陛见，然后或立即擢用，或候缺补用；降兵或自愿归农，或补充绿营兵。战争后期招抚对象集中为吴三桂手下的骨干成员，康熙认为他们不属胁从者，其投诚后又令回南方保护家口，以作内应。这些举措实是招抚与反间相结合，扩大敌营嫌隙和狐疑。但降而复叛者不再予招抚，而从严处理。
康熙指示：初叛被胁迫，降而复叛，“则甘心附贼可知。罪情重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚”。对这种人，逮捕后处理极严，一般是本人磔死，家口籍没。
在征讨噶尔丹的战争中，剿抚并用又是一番不同的情景。噶尔丹在乌兰布通之战中大败而逃，曾声明知罪，发誓不再进犯中华皇帝之喀尔喀及众民。但随后又背弃誓言，与清廷为敌。康熙决定亲征，一切部署就绪，即将开战之时，曾遣使往说，还带去敕书。其中主要是历数噶尔丹的罪行，并正式宣战，使其惊逃；当然也有招抚之语：
“觌面定议，指示地界”，免失万一的和平解决之可能。之后，仍一再遣使，颁谕招抚噶尔丹，促其欲降从速，许诺若肯来降，亦待以显荣。但针对噶尔舟的剿抚并用政策，显然以剿为主。而对其部众则大力和大量地招降、收纳，并妥为安置。
在与台湾郑氏集团的战争中，与三藩、噶尔丹又有不同。郑成功原系南明郡王，反清，占据台湾，阻碍祖国统一。但郑成功驱逐荷兰殖民者，收复台湾的行为，有功于中华民族。清政府要实现国家统一，是正义之举，但水师薄弱，收复台湾的力量也尚感不足。所以康熙先在相当一段时间，以抚为主，多次遣使、贻书，晓以大义。双方多次举行和谈，谋求和平统一的办法。而且，清朝目标仅在将台湾与大陆统一，辖于清政府，并不取缔郑氏势力，台湾仍可任其居住，凡来降者待遇优厚。后来，在郑氏集团坚持不受招抚的情况下，康熙转而重点招抚郑氏下属官兵，并削弱、瓦解其势力。最后才决定以武力攻取台湾。经澎湖激战，全歼郑军主力后，再事招抚，郑克壤率众投降。此时，康熙仍以宽大为怀，予以接纳，肯定其“纳士归诚”之功，授以公衔，一切人员也都得到了妥善安置。
在抗击沙俄侵掠中，以进行武装反侵略战争为主。但康熙也并不放弃和平手段，对沙俄长期反复进行忠告、交涉、倡议、谈判，力争不死人、不流血，划定地界，共同遵守，以达到促使俄国从中国撤兵，实现边界和平的目的。当这些和平手段不能解决问题，不得已而用兵之后，侵占雅克萨俄军战败投降，康熙仁至义尽，令勿杀俄俘，一律释放，遣返回国。
康熙之所以热衷于寻求政治的和平手段解决问题，哪怕有万分之一的机会也不放过；轻易不肯诉诸武力，是他始终认为战争非善事，对人力、物力损伤太大，只在不得已时才被迫为之。和平交涉、谈判、招抚，如果能解决问题，既可避免或减少人员伤亡和财物的破坏，又可分化瓦解敌军，争取来归，从而孤立最顽固的敌人，加速胜利进程。
从这个方面可以看出，康熙一生虽战功卓著，但从不穷兵黩武；
虽武艺高强，但并不迷信武力。即使战争在残酷地进行中，也尽可能地减少杀伤：敌军士兵只要放下武器，即留其一条生路；其军官投诚，亦得宽大乃至优待。可以说宽仁二字，不仅是他的政洽思想，也渗透在他的军事思想之中。
军事思想在康熙的思想体系中颇具重要地位。它的来源，除儒家的传统思想之外，较多地继承了满洲祖先的宝贵经验，也兼有法家、兵家学说中的精华。康熙将其全部附会成儒家学说的成就，这可能是为了争取和团结汉族士大夫一种政治上的需要。康熙读《左传》的一则感受，可供参考。僖公二十七年冬，楚国及诸侯围宋，宋向晋告急。晋欲伐与楚关系密切之曹、卫，借以救援宋。选拔元帅时，有人推荐郁毂，理由是他“说礼乐而敦诗书”。经全面考核：观其志向，考其事功，报其劳绩，感到条件具备，便委任为中军元帅。后来又经228使民安居、示信知礼等步骤，才“出谷戍，释宋围”，并于翌年与楚国战于城濮，终于成为霸主。但（佐传》却说：“一战而霸，文之教也。”康熙读后，在《古文评论》中以《亚文公始霸》为题，这样写道：“晋为三军谋帅，而必日说礼乐、敦诗书；以战功取霸，而必日文之教。此等议论识见，非三代以下人所及。”看来康熙就十分欣赏这种表达方法。
康熙在战争中还能够做到知人善任，信者不疑。统一台湾时，康熙宣称自己不熟海战，全权委之于前方将领，因此选任贤才对于整个战争的成败就显得至关重要。康熙见现任水师提督万正色“不能济事”，便力排众议，采纳李光地的建议，任命施琅“仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建”。而且极为信任，以为施琅不去，“台湾断不能定”，并授予专征大权，表现了超人的胆略和气魄。后来事实证明，施琅果然不负皇帝重托，在姚启圣、吴兴祚等人的大力配合下，出色地完成了统一台湾这一伟大任务。
对其他统兵大吏，康熙也主张给予更多的理解与关怀。他在斛筵绪论》中写道：“今言官论事、论人，多指摘瑕疵，但见及一偏，而于大局全体所关，不能审度其轻重。即如用兵之地，督抚大吏职任至重，至其制备鞍马、招募技勇、激赏将士以及供馈官兵之费，势与内地不同，倘复事事苛责，恐隳其任事之心，亦将何以展布其手足？”康熙十九年（1680年）二月，福建水师提督万正色与福建巡抚吴兴祚共同商定，互相配合，分别收复了海坛岛及厦门等地。得旨嘉奖，下部议叙。然而兵部却认为是万正色弄虚作假，“密遣人至伪总督朱天贵处，预定投诚，然后率兵进取，以致各岛败遁，恢复空地，并无杀贼、攻克之处。”为此迟迟不予议叙，并上疏建议：“应俟提督万正色、巡抚吴兴祚明白回奏之日再议。”康熙认为兵部是毫无根据的“妄奏”，并驳斥说：“进剿海贼一案，原系吴兴祚、万正色会同定议，不俟荷兰国船只，即奋勇前往，志靖海氛”，从而“克奏肤功”。尔部乃称万正色与朱天贵密约投诚，任意妄奏，“以为滥冒军功，殊属不合，着遵前旨，即行议叙。”按照传统思想，有所谓“穷寇莫追”之说，而在康熙的军事思想中则与之相反，三次亲征噶尔丹即是最好的例证。康熙三十五年（1696年）二月三十日至六月九日首次亲征，出师漠北，于昭莫多全歼噶尔丹主力，使蒙古族欢欣鼓舞，清朝声威大振。但因噶尔丹率少数残敌脱逃，仍是隐患。于是在同年九月十八日至十二月二十日举行第二次亲征，出师归化城及河套地区，指挥清朝将士及西北各部族，沿阿尔泰山西南侧及新疆哈密一带，组成一道防线，过往之达赖喇嘛使者、青海台吉使者及噶尔丹使人、亲侄、亲子塞卜腾巴尔珠尔等，均被截获。其部众纷纷归降清朝，噶尔丹仅率少数部众被困在阿尔泰山的密林深处。“收降其部众，遏绝其外援”的目的至此也完全达到。回京休整刚刚一个半月，又于翌年二月初六，第三次亲征，出师宁夏，亲自部署出兵征剿及招徕青海台吉等事。所谓“用兵之道，要在乘机”之谕，就是康熙在这次行军途中对扈从诸臣所说的。其全文是：“凡用兵之道，要在乘机。噶尔丹穷迫已极，宜乘此际，速行剿灭，断不可缓。朕今亲临宁夏，相度机宜，调遣军士，贼闻之必魂魄俱丧，其部属亦必张皇。而别部蒙古闻朕亲临宁夏，各欲见功，扼噶尔丹而图乏。彼若不自尽，亦必为人擒献。克成大事，正在此举。”康熙在这里就强调了连续亲征，不给敌人以喘息机会的必要性。由于西藏第巴受到斥责，并慑服于皇帝的兵威，态度开始转变，因此招徕青海诸台吉异常顺利，遣使往谕，“俱己归顺”。西路征剿之师于闰三月十二日派出后，四月十五日便接到噶尔丹自杀的死讯。康熙总结，认为全歼噶尔丹至关重要，“使少留余息，彼必复聚，难以遽灭矣”。
康熙三次出师是统一的一个整体步骤，缺一不可。康熙在他的《论息兵安民》一文中这样说：“方噶尔丹之盘踞土刺河也，诸蒙古为之心动。非毅然亲统六师直穷巢穴，迫而与之一战，必不能丧其魄而歼其众。及其败遁也，非严冬再出，久驻塞外，绝其所往，或奔匿230他所，更费经营。春和之期，非跋履山川，分道进讨，示予不惮寒暑勤劳，必欲灭此而后已，则彼尚或支吾岁月，妄图苟延。三举一有不决，则机左师老，必致疲我苍赤。”康熙对古代兵书中的谋略思想并不完全否定，他能主动吸纳并付诸于实践。康熙四十九年（1710年）十月经议准，认为《孙子》、（俣予、《司马法》三书“议论近正”，武举者试可依此三书出题。
但他主张有选择的阅读，要摒弃其中脱离实际、荒诞不经的内容，并要结合实际运用，反对生搬硬套。他在槲筵绪论》中就这样写道：
“自十二年用兵以来，尝取前人韬略武备等书阅之，亦皆纸上谈兵，无益于事。间有用符咒法术者，尤属不经。”他总结古代车战之法被废的原因时指出：“由今思之，不独山林原隰难于驰驱，即平衍之地亦不易用。盖一车之中，左主射，右主击刺，居中者主御，或有一人不用命，则胜负所关不小。此后世所以难行也。”他在《阅史绪论》
中，对宋高宗时吴磷以新立“叠阵法”取胜，也表示出了怀疑。他写道：“锋镝相接，迅不及停，何暇约计为百步则用神臂弓，七十步则用强弓，从容拟议？若是耶，是皆全不知兵，徒于纸上谈之，乃谓以此取胜，恐未必然。”康熙四十九年(1710年)九月，总兵官马见怕以《武经七书》注解各异，请选定一部颁行。康熙对此评论说：
“赋经七书》，朕俱阅过，其书甚杂，未必皆合于正。所言火攻、水战，皆是虚文。若依其言行之，断无胜理。且有符咒占验风云等说，适足启小人邪心。昔平三逆，取台湾，平定蒙古，朕料理军务甚多，亦曾亲身征讨，深知用兵之道。七书之言岂可全用。”接着他还举例说：“昔吴三桂反时，江南徽州所属叛去一县。将军额楚往征之。有人献策于贼云：‘满洲兵不能步战，若令人诱至稻田中，即可胜之矣。’岂知满洲兵强勇争先，未及稻田，已将诱者尽杀之。此献策之人，亦为我兵所杀。用赋经七书》之人，皆是此类。”总之，康熙对兵家印象不佳，认为大多近于阴谋诡谲，因此不甚称道。
