康熙执政时期，清王朝为了加强对边疆地区的统治，采取了一系列的边防政策。
满清入关之后，俄国殖民主义侵略扩张势力开始不断地对我国领土进行蚕食。其中表现最突出的就是康熙时期沙俄对我国东北黑龙江流域的蚕食和侵略。
早在十七世纪中叶，沙俄的侵略势力扩展到我国北部边疆地区。
明末清初时期，沙俄先后在黑龙江北岸外兴安岭修建了雅克萨和尼布楚两处军事重镇，并以此为据点，不断蚕食我国领土，骚扰内地百姓。面对沙俄的侵略行径，清政府除了积极采取和平手段之外，也组织过多次较大规模的抗击斗争，但都未能彻底剪除沙俄的侵略势力。
直到康熙亲政后，为了彻底粉碎沙俄对我国黑龙江流域的侵略，进行了比较充分的军事斗争准备。清军先后向沙俄侵占的雅克萨发动进攻，史称“第一次雅克萨战争”和“第二次雅克萨战争”。
在取得抗击侵略者的战斗胜利后，为了进一步巩固边防，维护领土主权，清政府还积极同邻国进行边界谈判，立约定界，从法律上肯定中国的疆界。雅克萨战争取得最后的胜利后，为了消除来自沙俄的侵略祸患，清政府着手同沙俄政府进行划定东段边界的谈判。中俄双方最后签订（伲布楚条约》，规定了外兴安岭以南，格尔毕齐河和额尔古纳河以东歪海的整个黑龙江流域和乌苏里江流域全部属于中国。
此后，在中俄中段边界，沙俄利用中段边界尚未划定之机，又开始加紧侵略我国蒙古地区。康熙亲政时期，清政府本着以和平方式解决两国领士边界争端的原则，要求同俄政府淡判划定中俄中段边界。经过232清政府的长期斗争，最后中俄双方又签订了《布连斯奇条约》。同年，中俄双方还签订邸可巴哈依图界约》、《色楞额界约》。此后，中俄双方又签订《恰克图条约》。
清政府为了稳定边疆，巩固边防，在平定“三藩之乱”后，还平定了准噶尔部、和硕特部、“回部”和西藏等少数民族上层贵族的分裂叛乱，以及大小金川土司的叛乱等。
准噶尔部是蒙古族的一支，该部贵族噶尔丹举兵叛乱。康熙帝为此三次亲征，大败噶尔丹军。准噶尔部叛乱被彻底平定。
移居青海的蒙古族和硕特部首领罗布藏丹津发动叛乱。清政府闻变后，立即派兵平叛，第二年罗布藏丹津叛乱被平息。正当准噶尔贵族阿睦尔撒纳在伊犁叛乱时，居住在天山南麓的“回部”首领小和卓木雀集占附和阿睦尔撤纳叛乱。阿睦尔撒纳叛乱被平定后，小和卓木雀集占逃往叶尔羌与大和卓木波罗尼都会合谋划叛乱，企图割据称雄。1757年，大小和卓木公然发动叛乱。1758年，清政府果断派兵镇压。第二年，清军大败大小和卓木军，大小和卓木逃往国外。
康熙晚年，清政府在西藏废除第巴制度，设立噶伦联合掌权制度，并任命康济鼐为首席噶伦。阿尔布巴、隆布鼐、颇罗鼐和札布奈为噶伦。后来，阿尔布巴联合隆布鼎、札布奈向康济鼐争权，并阴谍杀害康济鼐，发动叛乱。1728年，清政府派兵分三路入藏进剿叛军，阿尔布巴等人被擒处死。清政府命颇罗鼐总理西藏事务。1747年，颇罗鼎死，其子珠尔默特那木札勒承袭爵位。珠尔默特那木札勒袭位后，反对清廷派驻藏大臣，并策动反清叛乱。1750年，驻藏大臣傅清、拉布敦施计将珠尔默特那木札勒谋杀。不久，珠尔默特那木札勒党羽发动叛乱，并杀割傅清和拉布敦二人，清廷于是派兵入藏平叛。
清军未抵，叛军头目便被七世达顿喇嘛擒获，西藏上层贵族的叛乱至此被粉碎。
在平定边疆大小叛乱的过程中，清政府在稳定边疆、巩固边防方面，还建立了一套比较完备的边防军事制度。
康熙提出的“永戍黑龙江”，就是在总结抗俄斗争经验的基础上，对我国古代边防思想和边防政策的一个新发展，已初步具有近代的边防意识和观念。
我国古代帝王对于边疆的基本观念是“普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣”。归附朝贡即可，不大注意派兵戍守。历史上的汉、唐、明等朝代，曾在西北、东北建立过西域都护府、黑水都护府及奴儿干都司等，但都未能长期坚持下来，尤其未能形成普遍的边防制度，这不能不说是历史上的一种遗憾。
沙俄为我国东北的近邻，有强大的后援，在我国领土上建立据点，逐步蚕食。我派兵前往征讨，彼被迫撤走；我撤兵之后，他又重新返回。甚至长期逗留，反客为主，我反而长途远征，劳民伤财。面对这一现实，康熙断然提出了“永戍黑龙江”的主张。
永戍黑龙江的边防思想，在康熙二十一年(1682年)十二月，讨论抗俄斗争方案时被首次提出。当时，副都统郎坦等奉命侦察敌情后，回京报告说：“罗刹久踞雅克萨，恃有木城。若发兵三千，与红衣炮二十，即可攻取。”并建议等到来春冰解时，水陆刻期齐发，攻取雅克萨。对此，康熙则认为时机尚不成熟，不能操之过急，同时他还有更深远的考虑，主张调兵永戍黑龙江，相机进取雅克萨。他对议政王大臣等人说：“笫兵非善事，宜暂停攻取。调乌喇、宁古塔兵一千五百，并置造船舰，发红衣炮、鸟枪及演习之人，于黑龙江（旧爱珲）、呼马尔（今呼玛县湖通镇）二处，建立木城，与之对垒，相机举行。”远征黑龙江，粮草供应是首先要解决的个难题。关于军粮供应，康熙指示：取自科尔沁十旗，及席北（即锡伯）、乌喇之官屯，估计可得一万二千石，足支三年。军队到达后，即行耕种，军粮接续当不成问题。另外，在黑龙江（旧爱珲）与索伦村之间建设驿站，军队将至精奇里乌喇（结雅河）时，令索伦接济牛羊。“如此，则罗刹不得纳我逋逃，而彼之逋逃者，且络绎来归，自不能久存矣。其命宁古塔将军巴海、副都统萨布素，统兵往驻黑龙江、呼马尔。”这是康234熙永戍黑龙江的最初方案。
“永戍”，与郎坦等人建议的立即“攻取”不同。首先，它是建立军事基地，驻兵屯田，为军事行动做好充分准备。一旦时机成熟，必须开战，则不必全部依赖内地运兵、输饷，兵源、给养不致困难，避免蹈前朝因准备不周而致“粮饷不继”、功败垂成的覆辙；其次，它是稳步推进，以逸待劳，防止贸然进攻而遭致失败。先行阻止俄军进一步入侵，然后逐步将已侵入国土之敌压出去、挤出去、赶出去；再次，攻克之后，不是弃而不守，而是长期戍守，将反侵略战争与巩固边防紧紧地结合，避免了“我进则彼退，我退则彼进，用兵无已，边民不安”的历史重演。从而把反侵略战争的胜利建筑在持久、牢固的基础之上。可以说这是一项英明的战略决策。
首任黑龙江将军萨布素，正确执行这一决策，筑城戍守，练兵屯粮，在时机成熟，奉皇帝指令，于康熙二十四年(1685年)五月，取得收复雅克萨之战的伟大胜利。但后因未按皇帝指授设兵戍守，致使罗刹卷土重来，又于二十五年（1686年）五月发动第二次雅克萨之役。同年九月，中俄双方才商定停战、举行谈判。
在谈判之前，康熙帝预见即将开始的谈判，仍将是一场长期而又艰巨的斗争，为克服将领中日益滋长的麻痹松劲情绪，廉熙二十六年(1687)十月二十四日，他再次强调积贮粮食永戍黑龙江的重大意义。
他在谕兵部尚书鄂尔多等人时说：俄罗斯渐次入犯，占据我达斡尔、索伦等处，扰害边境四十余年，未经安缉。后备足军食，永戍黑龙江，以困逼之，俄罗斯遂窘迫至极，才屡次求和。今俄国已遣使来谈判，但尚未到达。若我粮食贮备不足，或不知节俭，以至军储罄尽，不得已撤兵，则俄国人必然卷土重来，盘踞其地，“是俄罗斯为主兵，而我反为客兵也”。因此，惟有多储粮食，永戍官兵，“则我兵得逸，而俄罗斯兵为劳矣。如此，则俄罗斯轻兵来犯，断所不能；欲大队侵入，则彼粮食何能挽运耶？若黑龙江我兵不行永戍，自松花江、黑龙江以外，所居民人，皆非吾有矣。尔等皆系选择差遣，往至彼处，殚心竭虑，务期为久远充裕之计，详加筹议，惟此一举”。
康熙这一“永戍”思想的最大特点是以行之有效的形式，组织当地各族民众，依靠他们来巩固边疆地区。在东北地区组建“新满洲”，组建索伦八旗、布特哈八旗等。以前历代从中原派兵守卫边防，劳民伤财不胜负担。康熙组织当地民众，适当给予支援，不仅不用从中原增兵，而且，在平定“三藩”的关键时刻，还从东北调兵支援关内。
此外，康熙还采用了筑城屯田，选拔当地将领，改善官兵关系、兵民关系等措施。萨布素即是新提拔起来的本地将领，雅克萨之战，尤其是在第二次雅克萨之战中，主要是依靠当地乌喇、宁古塔官兵进行。
如果没有康熙的“永戍”思想和措施，便很难赢得抗俄战争胜利和尼布楚条约的签订。
康熙的“永戍”思想不仅贯彻于保卫东北和与对沙俄交涉的全过程中，并被应用于其他边疆地区，成为巩固全国各处边防的一种指导思想。比如统一台湾澎湖之后，随即在该地设总兵、副将等官员，令其率兵驻守。康熙晚年在谈到戍守台湾的重要性时指出：“即如台湾、南澳，人以为孤悬海外，无关紧要。自得其地，福建、广东之贼，便无容身之地，所系匪轻。然海中之路，亦有一定。福建至盛京，沿海一路，曾令详细绘图。岛屿停泊，旨有定所。”由此可见，康熙已经早就注意到领海的疆域和安全问题。再如在进兵安藏之后，朝廷也在该地派有驻军。对外蒙古、新疆、青海等地，也都在战略要地派将军、大臣等率兵屯戍，并与当地民众相互配合，对稳定边疆、巩固边防发挥了巨大作用。
康熙在平定三藩之后，在全国各地增设了许多八旗驻防点，进一步普及了内地的驻防，并将其引入边疆地区，形成普遍的永戍制度。
从而，逐步做到对所有边疆地区实行有效的管辖与管理，它对巩固边防的意义是十分重大的。
清政府根据边疆各地民族分布和地域特点，在一些边疆地区实行军府制，即设将军、都统和大臣等武职官员镇守。清政府还在沿边地236区驻守了一定的军队，以加强边防。
为加强边防，防御外敌的入侵。清政府在东北、外蒙古和西北地区都设立了一系列军事哨所，名日“卡伦”，卡伦一般有“常驻卡伦”、“移设卡伦”或“添撤卡伦”。常驻卡伦是常年固定，有士兵永驻。如康熙年间设立的乌鲁苏木丹卡伦。卡伦有一定的官兵驻守。如1727年，在额尔古纳河东岸的呼伦贝尔一带设置的十二个卡伦，每一卡伦都设官一名，兵三十名。此外，清政府还在边境地区实行定期巡边的制度。在东北边境，规定每年六月，从齐齐哈尔、墨尔根（今黑龙江嫩江县）、瑗珲三城，派出官兵，巡察中俄边界河流格尔毕齐河和额尔古纳河。在北部边境，自喀尔喀、杜尔伯特、阿尔泰与乌梁海之北沿边一带，东接呼伦贝尔均设置卡伦，由蒙古官兵驻守，并定期巡边。在西北边境，则于山川隘口、交通要道设置卡伦。卡伦以外的地区则由伊犁、塔城、科布多（今蒙古吉尔格朗图）等地派官兵，按规定的路线进行巡逻和会哨。
为了便于边境与内地的联络，平时传输朝廷诏谕，地方官员上奏机密公文；或战时输送军饷、火药、钱粮、兵械、情报；以及供使臣、公差往来提供食宿，备办差马，清廷还在边疆地区设置了台站，开通了驿道。在东北，康熙年间开通了自盛京迭吉林、齐齐哈尔、瑗珲、三姓（今黑龙江依兰境内）等地的驿道。在北部，康熙朝建立了台站网。在漠南蒙古地区共设置五路驿站。在漠北蒙古地区共设置三路驿站。在西北，建立了西北与内地和西北与天山南北之间的交通驿站，其中西北同内地的驿道由两路，即南路的皇华驿和北路的捷报处组成。在西藏地区，则主要是四川进入，由川入藏的驿道，共设有五个台站。
清廷为了稳定边疆，还采取了从中央到地方建立和强化管理机构，派驻和任命边疆地区行政官吏等一系列的政治措施。当时的理藩院就是清政府最为完备的管理边疆少数民族事务的中央机构。
理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，更为总管蒙古、西藏、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。康熙年间，修定《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。以后又四次校修。
理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。理藩院所辖，先后尚有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒学、俄罗斯学、木兰围场、喇嘛印务处、则例馆等机构。此外还派司员，笔帖式等常驻少数民族地方，处理特定事务，定期轮换。
为加强对边疆地区的有效管理，在边疆地区根据各地具体情况，结合各少数民族原有的一些社会组织，设立了相应的行政机构，任命或派驻地方官员。在东北，大部分地区编旗或设立府、州、县。对于居住边远地区未编入旗的少数民族，则采用其原有地域组织，设立乡长（喀喇达）和姓长（噶珊达）。在蒙古族地区，普遍实行盟旗制度，盟长和旗长须经清廷的批准和任命。在部分曾反抗清政府的蒙古地区，划分旗，但不设旗长，而设总督，由清廷直接委派。在西北地区，则根据天山南北不同情况，实行三种地方行政制度。在乌鲁木齐以东实行郡县制；在哈密、吐鲁番、土尔扈特及和硕特实行旗札萨克制；在天山以南其宅地区实行伯克（维语，即“首领”和“头目”）
制度。郡守、县令、旗长和伯克等地方行政官吏一概都由清廷任命。
边疆地区由于交通阻塞，与内地相比，经济文化比较落后，清政府统治期间还加强了对边疆地区的开发。康熙年间，因抗御沙俄侵略东北，为就地解决军粮，清政府在瑗珲附近的黑龙江东岸实行屯田。
这在以后逐步发展为著名的“江东六十四屯”。
江东六十四屯，是指黑龙江左岸，从瑗珲县黑河镇对岸的精奇里江口处开始，往南直到孙吴县霍尔莫津屯对岸处为止的一段土地（南北长约一百四十里，东西宽五十至七十里）。这里很早就是中国人聚居的地方，历史上曾有过六十四个中国居民村屯，因此人们习惯地称238它为江东六十四屯。也说这些旗屯地处江东，向以屯数取其总称，曾有“江东二十八屯”、“江东四十八屯”之称，后来村屯数增至六十四个。村屯分布，北起黑河市对岸的精奇里江口，南至孙吴县霍尔莫津屯对岸止，面积三千六百平方千米。在清朝与沙俄签订的珲条约中，黑龙江北岸划归俄国。黑龙江将军衙门初设于此地，史称旧瑗珲城。据（锾珲县志》记载，“江左旧居六十四屯约有千余户，男女万余人，著名大村每屯八十户、六七十户不等，其余小屯仅在四五十户、二三十户不等”。另据俄军中校纳札洛夫于光绪九年(1883年)
调查中提到的同治九年(1870年)统计，“六十四屯”有满人三千二百八十六人，汉人五千四百人，达斡尔人一千九百五十人，共计一万零六百四十六人。到十九世纪末，因在海兰泡和金矿做工的大批中国人住在这里，因而居民大增，达到三万五千余人。由于江东六十四屯居住大量中国清朝居民，因此在划界时特别将此地归属于中国管理。
在西北和北部地区，清政府在统一天山南北时实行过军屯、回屯和民屯三种形式的屯田制度，其屯田的规模和效果远远超过前代。
军屯制始自明初，主要在京畿与辽东、西南边境实行。主要内容为命令卫、所的士兵就地屯田，不管足驻防内地还是边疆，每一兵士都由国家配给一定数量的土地自耕自种，以免去百姓的负担与转运粮饷的困难，实现军队的自我供给。明朝在北部边境大修长城、建置长城九镇的同时，从九镇之首的辽东到九镇之尾的甘肃大兴军屯。驻守在边镇防元南下的上百万军队亦戍亦耕，且战且农，实行“屯田以给军饷”的自给政策，做到“强兵足食”，使蒙元残余势力不敢南犯。
在明初寓兵于农的政策下，长城九镇的军屯得到普遍推广，取得很大发展，收到良好效果。康熙亲政之后，也实行过军屯政策。早在康熙六年(1667年)，也就是在康熙帝亲政的当年，朝廷就招福建郑成功军事集团的投诚官兵及其家口入川，当时四川巡抚张德地曾奏请朝廷：“福建一省投诚一项，除家口外，尚有二万三千八百余名之众，岁支银米除移驻外，尚有三十六万余两、八万余石之多，入伍者骤难补完，垦田则无地可屯。自宜以福建投诚最多之人而垦西川荒芜之地，两利各便，无逾此者。抵蜀安插之后，一年分田垦地，二年习成土者，三年起科”。在《清实录》中也有类似的记载，康熙皇帝于六年八月初七日下诏“令河南、山东、山西、江南、浙江见驻投诚官兵开垦荒地，自康熙七年始，每名给五十亩，预支本年俸饷以为牛种，次年停给；三年后照例起科。”安抚在川西屯垦的福建籍官兵，如以每户五口计算，则当年入川闽人至少有十二万之众。仅此一项即相当可观。从今天成都等地的“大福建营巷”、“小福建营巷”等地名中也可以看山，数年中入川屯垦的福建官兵加上眷属的数目相当可观。移屯入川安家立业，虽带有一定的强制性质，但其目的主要是为安置屯戍军人与开发川西经济。
回屯即为维吾尔族进行的屯田。回屯设置之早，屯户人口之多，开垦地亩之广，均居其他各屯之首。在清代边疆屯垦史上具有重要的地位。
在西藏和西南地区，清政府通过改革西藏地方行政体制和对西南少数民族地区实行“改土归流”，改变了一些落后的规章制度，大大促进了这些地区的开发。
康熙五十一年(1712年)二月二十九日，清圣祖在畅春园内澹宁居听政时，面谕九卿詹事科道等员说：“我朝七十年来，承乎日久，生齿日繁，人多地少。从前四川、河南等省，尚有荒地，今皆开垦，无尺寸旷土。”内地已经人满为患，苗疆广亵，改土归流后，可以垦荒，容纳内地过剩的人口。清代改土归流的实行，自顺治、康熙年间，已在云南、四川等地区开始改土归流，但当时仍以绥抚为主。据辞书的解释，所谓改土归流，就是改土官为流官，即废除世袭的土官制，而改为临时任命的流官制，流官受命于政府而随时调动。换言之，改土归流就是指废除土司，代之以流官，变间接统治为直接统治，实行和内地一致的各项制度及措施。改土归流一词，在满文中意即“改土官，授民官”。改土归流后，土司苗疆，与内地无异，于是240更换世袭的土官，而任命内地民官。改土归流的结果，就是边疆逐渐内地化，在原来苗疆地区实行和内地一样的各项制度及措施。
清政府对边疆地区的开发，虽然促进了边疆地区的经济发展，密切了边疆地区与内地在经济、政治和文化等方面的联系。但总体上看，边疆地区经济文化落后和交通阻塞的现状并没有从根本上得到解决。在这种情况下，清政府为了巩固和加强对边疆的统治，则继续沿用了过去历代封建王朝的政治怀柔政策，即利用宗教作为思想工具。
为了笼络少数民族上层分子，利用他们在本民族中的地位和威望进行统治，清王朝在其统治期间继续保留和承认少数民族上层贵族统治其民族的权利，并减免其赋税差徭，给予优厚的俸禄，崇高的爵位，并规定爵位可以世袭，保证他们的利益和特权世代相传。在对蒙古族统治方面，清满族王公与蒙古族贵族通婚联姻，强调“满蒙一体”，以增强其政治向心力。
清朝一贯采用和亲联姻的方式来巩固边防，康熙年间康熙为了北方少数民族地区的稳定。于康熙二十一年，将自己的第五个女儿下嫁给喀喇沁王扎什次子噶勒藏，以此来安定边塞。
公主对这门亲事并不满意。成婚那天，他才见到额驸噶勒藏，只见他那高大的身材，生有麻子的长脸，和她想象中的意中人筒直是天壤之别。她虽是贵人兆佳氏所生，比不得其他公主尊贵，但她是在康熙皇帝的祖母博尔济特氏身边长大，‘深得宠爱，因此十分任性。她听说过文成公主进藏、昭君出塞的壮举。为了国家的利益下嫁蒙古，只希望嫁给一个才貌双全的如意郎君，但到头来偏偏事与愿违。按清朝惯例，公主如果不挂红灯，附马是不得擅自入内的，即使入内，也要行君臣之礼。此后，和硕端静公主长期不挂红灯，额驸噶勒藏又有公事在身，长期在多伦至林西边防要塞巡视。和硕端静公主整日郁闷，郁郁寡欢，刚满三十七岁便离开了人世。
公主去世后，康熙念公主一生对皇家的贡献，为了厚葬公主，还特地修建了陵墓——公主陵。清康熙五十年间，康熙为了表达对北方的器重和对女儿“报国之情”的敬重，特别恩旨，公主与附马合葬，是为“君臣合葬”。
为了稳定对蒙藏等少数民族的统治，清政府还本着“修其教不易其俗”的原则，采取了尊崇喇嘛教政策，而且还不惜耗费巨资，鼓励广建喇嘛寺庙，仅蒙古地区就修建佛寺上千所。清王朝还把大批土地、牲畜、农牧奴等赏赐给喇嘛寺院，扶持喇嘛寺院成为特殊的封建领主，并规定凡学喇嘛的农牧奴可免去兵役、赋税和差役。对于上层喇嘛，清政府则采取极力拉笼的办法，给予他们封号和特权。清朝政府共封赐了四大喇嘛教首领，即达赖喇嘛、班禅额尔德尼、章熹呼图克图、哲布尊丹巴呼图克图，由他们分别主持卫藏、漠南、漠北的宗教事务。
哲布尊丹巴，是外蒙古地区与达赖喇嘛、班禅额尔德尼齐名的藏传佛教的三大领袖之一。哲布尊丹巴一世诞生于明朝末年，在受到蒙古准噶尔部攻击，漠北河山全部被准部占领的情况下，他率部众归顺清朝，大清王朝于是就帮助他夺回了漠北江山。清朝在漠北一百八十多万平方千米的土地上设立了乌里雅苏台定边左副将军、库伦办事大臣、恰克图和科布多参赞大臣，实施对外蒙古地区包括唐努乌梁海的有效管辖。
此外，还封赐了许多国师、禅师，以提高上层喇嘛在僧俗群众中的地位。
第一世察汁达尔罕呼图克图名叫拉喜额尔和，系科尔沁部的蒙古族喇嘛，大约在十七世纪二十年代他投靠清朝，在清太宗皇太极帐下效劳，奉皇太极之命，负责联络蒙古地区喇嘛教方面的使命。据《锡勒图库伦喇嘛传汇典》记载：天聪三年(1629年)，清太宗下令，从喀喇沁部邀请曼珠希礼希曰巴喇嘛到盛京。希日巴喇嘛应邀到盛京时，察罕绰尔济用太宗御骑在盛京近郊迎接，设宴洗尘。随后到盛京北塔东侧新建的寓所驻锡。1632年夏，希日巴喇嘛，奉皇太极之意，前往法库山居住。1634年该喇嘛为祝福皇太极“万寿”，炼玛尼灵丹。
2421635年以年老体弱为由，向皇太极请求退休。这时皇太极又派遣察汗绰尔济送黄帽、貂皮坎肩与银壶等物，以示挽留。崇祯八年(1638年)八月，曼珠希礼希日巴喇嘛，在锡勒图库伦圆寂。清太宗又派遣“察汗喇嘛、毕力格图囊素往吊之”。据《清太宗实录》记载：崇德四年（1639年）十月，皇太极派遣以察汗绰尔济为首的一批“格隆”，带着大批贵重礼品，前往西藏朝见达赖喇嘛、藏巴汗等西藏政教领袖人物，表示清朝同西藏地区发展关系的愿望。
顺治二年（1645年），察汗喇嘛随清朝官员从盛京来到北京，清廷赐给德胜门外教场地方，为他建造庙宇，作为驻锡之地，并赏赐给香火地七十五顷“黑、黄徒众七十一名”。后来此庙俗称后黑寺。
顺治八年(1651年)，清顺治皇帝派遣以察汗喇嘛、喜饶喇嘛为首的使团，到西藏迎请第五世达赖喇嘛，进京朝觐。次年正月，五世达赖喇嘛在清朝使团的陪同下，顺治十年(1653年)正月，到达北京朝觐顺治皇帝。1656年，因察汗喇嘛为“西藏军前效力”有功，授予“达尔罕绰尔济”封号，并指定黄旗蒙古都统负责，供应所需钱粮。
顺治十八年(1661年)在京逝世。
第二世察汗达尔罕呼图克图在康熙元年（1662年），转生于内蒙吉土默特旗。康熙三十六年(1697年)，康熙帝亲率三路大军征伐准噶尔时，察汗达尔罕呼图克图随军山征，在中路军康熙大营中担任宗教顾问，出谋划策，为征伐准噶尔战争胜利起到过重要作用。因此，康熙帝给予特别嘉奖，“恩赏黄田车朝马”等物。康熙三十八年(1699年)逝世。
清王朝通过这些手段笼络上层喇嘛，使他们自愿为巩固清王朝的统治而尽心竭力。利用喇嘛教还顺应了少数民族的信仰，密切了中央与各地少数民族的关系，在一定程度上促进了边疆的安定与统一。
