乾隆皇帝好大喜功，他经常想，自明朝以后，因战乱使许多珍贵的书籍散失，如果把它们都收集、编纂、整理出来，那不是能和祖父的《康熙字典》齐名了吗？但是，只有博览群书的通儒才能编纂这样一套浩瀚的丛书。因此，乾隆下诏特赦了纪晓岚，把他从新疆召回北京，担任总纂。
编纂工作开始后，乾隆帝问纪晓岚："纪爱卿，此书应取什么名称呢？"纪晓岚知道乾隆博古通今，不敢贸然回答，他看见乾隆沉吟、微笑的神态，立即猜了出来，便回答道："皇上是不是想命名为《四库全书》？"
乾隆帝说："朕就是这么想的，书叫《四库全书》，你们工作的地方称为"四库馆"。"
从此，在总纂纪晓岚的组织下，戴震、赵翼、王鸣盛等三百多位文士开始了工作。他们收集古今图书一百多万卷，销毁了七十多万卷不利于满清统治的图书。
有一次，乾隆怕影响编纂工作的进度，偷偷地来到了四库馆。那时天气很热，人们都扇着扇子，但仍然热汗直流，纪晓岚干脆光着膀子，扇着扇子与人们说笑。正在这时，一个眼尖的编者见乾隆皇帝来了，赶紧跪下，其他编者也赶紧跪下。赤着膀子见皇上有大不敬之罪，纪晓岚吓得钻进桌子底下。
过了好久，纪晓岚见没有动静了，探出头小声问："老头子走了吗？"编者们都不敢答话，纪晓岚见乾隆皇帝就坐在身旁，惊慌失措。
乾隆说："纪昀，赶紧出来见朕！"纪晓岚闻声爬了出来，穿好衣服以后，向皇上请罪。乾隆生气地问："纪昀，你刚才说的"老头子"是谁呀？"人们都替纪昀捏了一把冷汗，纪晓岚说："启禀万岁！老乃万岁也，头乃民之首，子乃天子也。"乾隆笑着说："纪爱卿，你答得很好，朕赦你无罪，你们快给朕干活吧！"
纪晓岚和四库馆全体人员不分严寒酷暑，认真编纂。三百多人花了十年的工夫，于乾隆四十七年（公元1782年）编完了《四库全书》，共收入3457部书，装成了36275册。
从表面上看，纪晓岚为人豁达、乐观，与同事相处左右逢源。但实际上，纪晓岚的处境非常艰难。他名为四库全书编纂处第一总纂官，但是他的上面有大大小小二十多名正副总裁官，乾隆皇帝还经常亲自干预，下谕示道："朕亲批阅匡正"。 编纂人完成一部书稿后，还要逐层交皇帝御览。为了显示乾隆皇帝的文学素养，编纂人还要故意在开卷首页留下一两处明显的错误，以便乾隆皇帝御览时进行改正。
嘉庆元年（1796年），乾隆皇帝去世，嘉庆继位。此时，72岁高龄的纪晓岚深受嘉庆皇帝的倚重。
嘉庆帝命纪晓岚担任高宗实录馆的副总裁，纪晓岚查阅乾隆帝一生的历史记录以后，编修了长达1500卷的《高宗实录》。纪晓岚在书中全面、客观地描写和评价了乾隆的一生。
嘉庆五年（1800年），纪晓岚推出了笔记体小说《阅微草堂笔记》。《阅微草堂笔记》共24卷，大约四十万字左右。该书是一部在文学史上有重要影响的文言小说集。
嘉庆十年（1805年）二月十四日，纪晓岚在京中去世，享年82岁。
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