接踵而来的是：6月9日免去李烈钧的赣督职位；14日胡汉民的粤督被免；30日撤免柏文蔚安徽都督职。黎元洪见袁世凯下手了，也开了杀戒，24日，逮捕革命党人宁调元、熊越山，予以杀害；6月底，又于湖北省大捕革命党人，背叛共和，其拥护专制制度的本性暴露无遗。
现实是无情的。法律解决的愿望很快就被袁世凯的强硬态度辗得粉碎。这时，黄兴沉痛地对孙中山说：看来你是对的，只有发动二次革命才有希望救中国了！
幻想既已破灭，革命便刻不容缓。孙中山以革命家的气魄毅然再举义旗，联络各地党人征讨袁世凯。
此时的国民党较之改组前的同盟会，其革命性无疑倒退了一些，但它仍然拥护资产阶级的民主政治，反对袁世凯专制独裁。它同袁世凯的斗争是资产阶级与封建阶级的斗争，是维护与破坏资产阶级共和制度的斗争，是前进与倒退、反复辟与复辟的斗争。
在一个晚上，黄兴推开了孙中山的房门。
先生，还没睡？
你来了，我正想找你。孙中山摆摆手让他坐下来谈，并随手递过一张《上海时报》让黄看。黄兴接过来看到：北京专电：袁总统令传语国民党人，现在看透孙、黄，除捣乱外别无本事。左是捣乱，右是捣乱，我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命听任捣乱，自信政治、军事经验，外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让，彼等若另行组织政府，我即举兵伐之。
黄兴看后说：这是与我们公开下战表了！
现在我们已经没有后路可退，不是你吃掉我，就是我吃掉你。举兵讨袁刻不容缓，十万火急。
时间都被我耽误了，我要亲自统兵。黄兴见孙中山力主武力讨袁急不可待，便请命亲往南京主持讨袁军务。
你是元老，有威望，我放心。孙中山道。
我建议先生在初举义旗时，暂勿和我一起赴南京，俟我创立一个局面后，再前往主持。
说说你的意见？孙中山道。
黄兴接着往下说：南京独立后，须有上海方面的兵力财力支援。先生在上海坐镇，督促陈其美赶快占领上海。
孙中山点点头。
咱们说干就干，今晚我先派王孝缜、黄恺元两人连夜赶回南京进行布置。过天，我亲自去主持。黄兴自武昌起义之后，虽一时在思想上跟不上形势发展的要求，但他这种为了顾全大局、舍己为人的高尚情操，却是值得称道的。
这样也好。中山先生赞叹道，你先去组织吧。
两天后，黄兴偕同眷属装成游山的样子，乘火车径达南京。当晚，便召开紧急军事会议。会上，决定了举兵计划，第9师加上从第8师中组成的一个混成团，共同配合，在蚌埠铁路沿线抵御冯国璋的南下军队；第1师和第7师布置在淮、扬一带，防守长江要塞，阻止张勋部增援。
与此同时，被袁世凯撤免的江西都督李烈钧也在湖口组织讨袁军，发表讨袁通电，与黄兴遥相呼应。
一切布阵完毕后，黄兴又到江苏都督府会晤程德全。黄兴开门见山，要他通电宣布独立，响应李烈钧的讨袁义举。程德全对袁心有余悸，经再三工作，方被迫宣布独立。黄兴担任讨袁军总司令，并发表宣言。江苏所属的各地相继响应，但程德全本人却以到上海筹饷为名，两天后离开南京去了上海。
接着，在南京和江西的影响下，孙中山领导的二次革命正式开始，各地革命党人纷纷响应……
7月17日，柏文蔚就任讨袁军总司令，宣布安徽独立。
7月18日，上海宣布独立，陈其美就任讨袁军总司令。
同日，广东宣布独立，陈炯明就任讨袁军总司令。
7月19日，许崇智逼迫福建都督孙道仁宣布独立，许崇智就任讨袁军总司令。
这之后还有湖南及重庆等地相继宣布独立、讨袁。
一直在上海坐镇指挥的孙中山，看到各地纷纷发动了讨袁起义，于7月22日致电袁世凯劝他辞职，致电说：
……宋案发生，证据宣布，愕然出诸意外；不料出言与行违，至于如此，既愤且懑。而公更违法借款以作战费，无故调兵以速战祸；异己既去，兵衅仍挑。以致东南民军，荷戈而起，众口一辞，集于公之一身……为公仆者，受国民反对，犹当引退，况于国民以死相拼……公今日舍辞职外，决无他策……若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前反对君主专制之决心，反对公之一人，义无返顾。
袁世凯接到孙中山的通电之后，恼羞成怒，一纸令文撤去了孙中山筹办全国铁路的全权。同时加强部署，全力以赴镇压各地的反袁起义。并对黄兴、陈其美、柏文蔚、许崇智等下令通缉。
二次革命面对着血与火的考验。
在袁世凯的全面进攻下，先是上海吃紧。
上海讨袁军在总司令陈其美的指挥下，曾一度进展顺利，很快攻占了吴淞炮台。这时敌人加强火力和兵力，讨袁军进也不成，退也不是，死伤无数。在万般无奈之中，蒋介石站出来，率领着一营人，配合友邻向敌人进行夹攻，多次进攻却未见成效，营长张绍良又中弹身亡。这时，敌人的援兵又到，革命军只好暂退闸北，结果又被英国军队缴械。战斗进行到8月13日，上海讨袁军以失败告终。
宣布独立后的江苏，情况也不乐观。
在敌人的全力进击下，革命军却犯了一个进攻协调失误的错误，使敌人抓住时机，令革命军处于被动。
第8师混合团是一个临时组成的机构，在团长刘建藩的率领下，向江北发起进攻。由于敌强我弱，进攻受挫，没能按时到达指定位置与第9师会合。而第9师作为主力部队按时到达指定会合位置后，不见第8师混合团的影儿，贸然出击，孤军作战，先敌开火，不久即被击溃，痛失湖口，并不能立足。于是两支部队，单兵作战，在敌人夹击下，十万火急！
此时，江西也陷入困境。
由袁世凯亲自点领的段芝贵，已率领一个师的增援部队，浩浩荡荡挺进江西；曾偷割孙中山皮包、欲偷取文件的汤芗铭，现为袁之海军次长，也被袁世凯点领，率海军自水路向西增援。水陆夹攻，江西讨袁军寡不敌众，很快失利。
湖南危急！
福建危急！
更危急的还是革命的腹地南京。
南京已是三面受敌。
黄兴在南京坐镇，袁世凯更知道南京的重要。
湖北实际上已与袁世凯媾和，北洋七镇正向南京压来。南京城已成了炮的海洋。无数的炮队开到了指定位置，不同口径的炮弹在空中炸响着。桥上挤得水泄不通；车轴撞着车轴，马被绳索乱缠着，人们拥挤不动，孩子们哭着，骇得要死。远处传来嗒嗒嗒的机枪声。前去不能，后去不得。
两支被困的革命军已经弹尽粮绝，坐镇的黄兴痛不欲生。讨袁军参谋长黄恺元见形势紧迫，深恐黄兴悲愤自杀，日夜守在黄兴左右，劝慰黄兴尽早离开南京去上海。
不，我要与将士们同归于尽！黄兴一挥手。
革命不能没有你和孙先生，路还长，大丈夫报仇十年不晚！
在同志们的再三劝说下，黄兴见兵力无援，军饷无济，无力再战，于7月29日夜离开南京，直赴日本。
7月28日，伍廷芳致电袁世凯，希望和平解决沪战。袁世凯31日回电，断然拒绝。
南京失守，大势已去。
但7月30日，在上海坐镇指挥的孙中山仍命马君武、李根源、邓铿随岑春煊自沪赴粤，欲说服龙济光、陆荣廷独立讨袁。唯此时，龙济光经梁启超介绍，已为袁世凯收买，正奉命自桂入粤，进攻讨袁军。马君武之行自难成功。8月1日，李根源、马君武等随岑抵达广州。龙军已攻下肇庆，陈炯明部已有不稳之象。此时，陈已自结于袁之亲信梁士诒，正在自谋后路。岑即到部队例行慰勉；李根源劝说陈炯明镇压不稳分子以振士气，但陈不采纳。继而张继于8月2日自上海至广州，谓中山先生和黄兴已由上海来粤。陈炯明心中有鬼，以粤势朝夕难保为由，不同意孙中山和黄兴来粤。李根源坚持孙黄可以来粤，将来如退至潮、惠，仍可与福建许崇智互为犄角。但陈炯明始终不肯。张继、马君武无可奈何，只好到香港阻中山先生来粤。
此后，各地讨袁相继失利。
讨袁军如潮水而起，又如潮水而落。
经过两个月的鏖战，袁世凯把所有残存南方几省的革命力量全部摧垮。至此，孙中山所领导的二次革命以失败告终。
69、赏洋十万元，袁世凯追杀孙中山
孙中山于8月2日偕陈其美等离开上海赴广州。
袁世凯得知孙中山赴粤南行的行踪，立即电告香港情报站暗杀孙中山。密电曰：匪首孙文，前日乘德公司船赴粤，望速密商宝璧等舰，佯往欢迎，接赴粤省，诱上舰后，出口处死沉海。执行人员除补官赏勋外，并奖洋十万元。
巨额悬赏，实可诱人。
同日，袁又责令各省警备地区司令官传讯国民党各级干部：如果不预逆谋，限三日内自行宣布，并将该党籍叛逆，一律除名，政府自当照常保护。若其声言助乱，或借词搪塞，是以政党名义为内乱机关，法律具在，决不能为该党假借也。
发布此令以示淫威。
3日，德船抵马尾，日本领事馆武官多贺宗之少佐，上船见孙中山告知广州讨袁军失败，陈炯明逃往南洋、岑春煊被扣之事。
啊，有其事？孙中山初时不信，待日本武官取出电报后，始信以为真，乃取出地图查阅。
下面，先生该怎么走，不如先往新加坡？多贺问中山先生。
孙中山一时无语，许久才喃喃地道：先去日本吧。
去日本，我们是拍手欢迎，可日本政府未必同意。多贺又道。
孙中山感到无可奈何。
多贺见孙中山有难处，接着道：不行，我们改乘日轮先赴台湾，再做赴日准备，该船长郡宽四郎为我挚友，有话好说。
事到如今，也只好这样。孙中山决定接受此建议，与胡汉民共同赴台，并嘱李朗如和梅光培赴香港。临行，孙中山先生沉痛地对梅氏说：
君由美国万里归来，志在革命，不幸失败，去国日久，人地生疏，钱财不可不多带。说完，已不能自已。他揩揩泪，遂将自己所存六百余元，尽数赠给梅光培，并说：钱不多，请收下。你有病，望保重。朗如，你也要多方照顾。
李朗如表示：请先生放心，我会照顾好的。
先生，你正处在难处，此金我绝不收。梅氏道。
这时，胡汉民则对梅说：孙先生既予，不宜固辞；若为孙先生所需计，余此行亦有所携，不虞绝粮。
梅始受款，黯然而别，泪如雨下。
多贺即嘱郡宽船长谢绝中国乘客，立即起航。孙中山从此又开始为领导中国民主革命，从失败的战阵中流亡国外。教训，多少深刻的教训，但他没有时间总结。此时，总算有时间了，面对大海，他需要冷静。
多贺来到甲板上和他闲谈，一直到次日晨，船到福州。多贺将一切向郡宽交代妥当后，始回福州领事馆，向台湾总督府木下宇三郎参谋拍电告知日轮于4日上午10时起程赴台。为了安全，中山先生化名汪国权。同行者尚有日人村田省藏。
孙中山到达台北后，由总督府派员迎接，行馆设于台北御成町(即今中山北路)梅屋敷(今设国父史迹纪念馆)。中山先生特为梅屋敷主人大和宗吉书博爱二字；为大和之弟藤井晤一郎书同仁二字，以示友谊。
孙中山4日在台住了一夜。次日，过基隆转赴日本。
再说日本的山本权兵内阁，事先已接受袁世凯的电文，不准孙中山登陆，并要逮捕他。8月9日，孙中山乘的日船信浓丸到日本神户港。神户水上警察署的事务长带警官队突然登船搜查。船长郡宽四郎机智地把孙中山藏到自己办公室的一间小屋里，然后迎上警察长，故意问：什么事？
船长，我们来搜一个姓孙的船客。
姓孙的？船长想了想，这样的船客，我没注意到。
中国前总统逃亡在这条船上，船长不能隐藏呀！
不会，不会，孙总统我认识他。他从前以国宾的身份到过日本，我见过他，很精神的。如果他搭本船，我一眼就能认出来。郡宽说完，又将本船搭客花名册从办公室里取来说，这是本船搭客名单，请警长过目。如果还有怀疑，那就请搜查。
船长，你说的话我们相信，不过我们查看搭客名单后，还要搜查。这是王八的屁股--规定（龟腚）。
警官们审视了花名册后，没有姓孙的。接着兵分为四队，开始搜查。足足查了三个钟头，甚至连厕所都搜查了，也没搜出姓孙的船客。只有船长办公室和那间小屋是例外，因为要搜查船长办公室，必须有指挥所的命令，而且船长又事先请他们进去喝了茶。警官离船后，郡宽进来敲门，孙中山紧握着郡宽的手连声道谢：救命之恩，必当涌泉相报。
警署例行完公事，又通过使馆向中国禀报。
袁世凯见计谋不成，又通过驻日使馆，组织暗杀团，计划在孙中山抵达东京时进行谋害。
要想人不知，除非己莫为。日本友人犬养毅、宫崎寅藏、萱野长知、秋山、寺尾亨等得知这个消息，告诉了先行到达日本的廖仲恺、何香凝、黄兴等革命党人。为防不测，这些日本朋友们还临时组织了刺客击退团。当孙中山到东京那天，犬养毅、头山满等亲自陪同何香凝等人一起赶到火车站迎接，使孙中山安全地到达了东京，使袁世凯的阴谋再次化为泡影。
后来孙中山在日本众多朋友的协助下，取得了日本首相山本权兵的同意，留居日本。
讨袁之役失败，孙中山大哥孙眉携眷移居澳门。
