不仅如此，慈禧还按宫中成例，犯事儿的妃嫔均交皇后严加管束。珍妃被幽闭于宫西二长街百子门内牢院，命太监总管专门严加看守，暂时与光绪隔绝，不能见面。不过第二年，珍妃就被释放出来，又开始在光绪身边为他排忧解难，对他嘘寒问暖。
中国在甲午战败之后，民族危机日益严重。一些有识之士纷纷上奏朝廷，要求变法图强。光绪帝也想励精图治，振兴国家，并希冀在变法中从慈禧手中夺回实权，做一个名副其实的皇帝。光绪二十四年六月，光绪帝在康有为、梁启超等人的辅佐下推行变法。珍妃对光绪帝的变法活动，给予了一定的支持和帮助。据太监张兰德回忆说：“甲午年以后，光绪皇上要变法，每次召见完王公大臣，退朝后，总到珍主儿那里商量国事，珍主儿也总帮他拿主意。”珍妃是否在光绪变法期间参与筹划，目前还没有更多的材料可从佐证，但是，珍妃在政见上是支持光绪帝变法维新的。她在康党和光绪帝之间居中协调，代呈奏议，起到了旁人难以企及的作用。她自幼在广州长大，因而对康有为这个广东人的印像也很好。康有为没有专折奏事之权，他的很多奏章都是珍妃代为传递的。而且，作为光绪所宠爱的一名妃子，珍妃在光绪变法期间在精神上和生活上给予了许多支持和帮助，对光绪的变法活动在客观上也起了推动作用。
但是，这次变法活动遭到了以慈禧为首的顽固势力的竭力反对，帝后两党的斗争异常激烈。后来由于袁世凯的告密，慈禧太后发动政变，幽禁光绪帝，捕杀维新党人，变法运动遭到了顽固派的血腥镇压。珍妃在政变发生后，也被慈禧抓了去遭受廷杖并贬入冷宫。
这次珍妃被囚禁在景祺阁北头一个单独的小院里，名东北三所。东北三所和南三所，都是明朝奶母养老的地方。奶母有了功，老了，不忍打发出去，就在这些地方住，并不荒凉。珍妃被囚禁之前，这个小院原是侍从下人居留的地方。珍妃入住后，正门被牢牢关上，打上内务府的十字封条，人进出走西边的腰子门。这里就是所谓的冷宫。珍妃住在北房三间最西头的一间，屋门从外面倒锁着，吃饭、洗脸等均由下人从一扇活窗中端进递出。
珍妃所食为普通下人的饭，平时同下人不许交谈，两个老太监轮流监视。这两个老太监无疑都是太后的人。最苦的是遇到节日、忌日、初一、十五，老太监还要奉旨申斥珍妃。就是由老太监代表太后，指着鼻子、脸申斥，列数珍妃的罪过，让珍妃跪在地下敬听。指定申斥是在吃午饭的时间举行。申斥完了以后，珍妃必须向上叩首谢恩。这是最严厉的家法了。别人都在愉快地过节日，而她却在受折磨。试想，在吃饭以前，跪着听完申斥，还要磕头谢恩，这能吃得下饭吗？
珍妃在这里被囚禁了两年，直到被慈禧残忍地推入井中！
