庚子年（1900年）7月20日，八国联军即将兵临城下，北京城里一片风声鹤唳。慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。此时，大家都换了百姓布衣聚在寿宁宫。据老宫女回忆：“慈禧忽感触前事，出珍妃于牢院。强词珍妃带走不便，留下又恐其年轻惹出是非，因命太监将乐寿堂前的井盖打开，要珍妃自尽，珍妃坚不肯死。当此千钧一发的时候，众人不能因此缓行，遂令太监将珍妃推入井中。珍妃之死，此是实情。”慈禧如此怨恨珍妃，置之死地而后快。除了上面所说的珍妃卖官事发，并且讥刺慈禧垂帘听政之事外，还有较为遥远的原因。光绪既亲昵珍妃，与皇后不睦，作为姑母的慈禧自然不悦，“二妃屡受孝钦鞭责，诉之上，上勿敢言，由是母子夫妇之间微有隙。”孝钦乃慈禧敬称。后来，当慈禧捏住了珍妃的把柄，老账新账一起算，也就好解释了。慈禧一行离宫出走的日子为7月21日，慈禧沉珍妃在头一天的下午。领班太监崔玉贵、王德环奉慈禧之命提前将珍妃带到乐寿堂的颐和轩。据崔玉贵回忆，珍妃被带到时，身穿淡青色绸子旗袍，头冠则被摘去两边的垂络。慈禧端坐殿中，说洋人马上要打进城来了，外面乱糟糟的，谁也保不定会发生什么事儿，万一受到侮辱，那就丢尽了皇家的脸，对不起列祖列宗，即明确暗示珍妃自尽。珍妃愣了一下，说：“我明白，不会给祖宗丢人的。”慈禧见珍妃不松口，又说：“你年轻，容易惹事！我们要避一避，带你走不方便。”珍妃据理不让：“您可以避一避，可以留下皇上坐镇京师维持大局。”这话戳到了慈禧挟持天子的痛处，当即恼羞成怒，大声呵斥：“你死到临头，还敢乱说！”珍妃顶撞：“我没有应死的罪！”慈禧说：“不管你有罪没罪，都得给我死。”珍妃说：“我要见皇上一面，皇上没让我死！”言下之意你慈禧说了不算，得皇上下令才行。慈禧嚷道：“皇上救不了你！来人，把她扔到井里去！”崔玉贵、王德环一起连揪带推，将珍妃丢进了贞顺门的井里，珍妃一路挣扎呼叫皇上，最后大声喊道：“皇上，来世再报恩啦！”
珍妃深爱的皇上没能在她最危急的时刻来救她，甚至连最后一面也没能见到。珍妃所以在冷宫里忍辱等了三年，无非是盼望光绪好起来，自己也跟着好起来。双方在困难时期，彼此隔离，她和光绪的心情，是很容易理解的。但光绪只能怅叹“朕还不如汉献帝”罢了（光绪在瀛台被困时，看《三国演义》自己嗟叹的话）。做了三十年的皇帝，连自己惟一知心的女人都庇护不了，“噤若寒蝉”，死了爱妃问都不敢问一声，也真让人可怜了。过去唐朝李商隐曾讥讽唐明皇说：“可惜四纪为天子，不及卢家有莫愁”。玄宗当了四十年的皇上，到后来被迫在马嵬坡让杨玉环自缢身亡，还不如莫愁嫁到卢家能够白头偕老。这虽与光绪的性质完全不同，但可以说是殊途同归吧！
遥想当年，“小乔初嫁了”，到光绪身边，备受恩宠，也曾经发过这样的痴问：“皇上这样地对待我，不怕别人猜忌我吗？”光绪很自负地说：“我是皇上，谁又敢把你怎么样呢（见德龄《光绪秘记》）。”单纯的光绪把一切估计得太简单了，这正像搞“戊戌变法”一样，对政局的估计太简单，可怜只落得在逃亡路上用纸画个大乌龟，写上袁世凯的名字，粘在墙上，以筷子当箭，射上几箭，然后取下剪碎以之泄忿罢了。堂堂天子，万般无奈（见吴永《庚子西狩丛谈》）。
我们对清代宫廷内闱之事，不可能十分了解，但大致可以推想得出来：当时宫里后妃论聪明才智，有政治头脑的，可以说非珍妃莫属了，将来宠擅六宫，是绝对无疑的。但与慈禧政见不合，留下此人，终成祸患，一有机会非置之死地不可。慈禧对这件事是预谋已久的。崔玉桂也说，慈禧处死珍妃，“绝不是临跑前仓促之间的举动”。如果说因为珍妃年轻貌美，怕招惹是非，丢了皇家的体面，那么庆亲王的女儿四格格，远比珍妃年轻，也是出名的漂亮，也可以说是金枝玉叶吧，为什么带着她跑到西安呢？前后一对比，慈禧的心事是昭然若揭的。宋太祖的时候也有这样的一段事：大将曹彬奉命兵伐江南，江南小朝廷李煜赶紧派使臣来问原因，并说“我们没有礼貌不周的地方呀，为什么兴兵讨伐我们呢？”赵匡胤很直率地说：“大丈夫榻旁岂容他人鼾睡。”这大概就是珍妃致死的原因吧！
