史载：“初太后拷问珍妃，于密室中搜得一簿，内书某月日收入河南巡抚裕长馈金若干。”此时，就是光绪有意庇护珍妃，也很不好办了。光绪当年10月29日下旨：“朕钦奉慈禧……皇太后懿旨，本朝家法严明，凡在宫闱，从不敢干预朝政。瑾妃、珍妃承侍掖廷，向称淑慎……乃近来习尚浮华，屡有乞请之事，皇帝深虑渐不可长。据实面陈，若不量予儆戒，恐左右近侍藉以为夤缘蒙蔽之阶，患有不可胜防者。瑾妃、珍妃均著降为贵人（第七等），以示薄惩，而肃内政。”此事将珍妃的姐姐瑾妃也牵连了进去，但是，诏旨虽将瑾妃与珍妃并提，而注重是在珍妃。据说珍妃私卖官缺得了银两之后，不忘姐妹情谊，也分给了瑾妃一部分，故两人同时被贬。珍妃的胞兄因此举而失去了工部笔贴式职务。
那帮拉官纤的太监均被处以极刑。据原宫内老太监信修明说：“太后宫的掌案太监王俊如，其徒弟小太监宣五、聂八，皆在其内。因为太后留面子，将王俊如等三人发遣奉天，缓些时日，方以密旨命盛京将军长顺将王俊如就地正法。其余奏事处总管太监郭小车子、奏事太监文澜亭，以及光绪御前太监杨姓孪生两兄弟，人称对儿杨者，并无姓名可稽的内殿技勇太监，珍妃景仁宫的太监等，共同交内务府慎刑司立毙杖下，前后打死的太监六十余人。”可见，珍妃一案在宫中引起的牵涉面甚大，影响可知。事败后，珍妃之兄志锜惧祸逃沪，光绪二十四年（1898年）戊戌八月被革职，上谕云：“工部笔帖式志锜撞骗招摇，不安本分，着即行革职。”瑾珍二妃俱责受罚，但重点在珍妃。慈禧如此恶恨珍妃，是有原因的。《国闻备乘》中有一段“后妃以言语得祸”，予以记载。作者胡思敬说珍妃性格倔强，收贿卖官东窗事发后，李莲英于宫中搜出两妃前师文廷式的信函，内中对朝廷多有指斥，慈禧阅后怒气冲冲地前往慈宁宫，抓住珍妃卖官鬻爵一事责讯珍妃：“他事犹可宥，汝宁不知祖宗家法而黩货若此！谁实教之？”珍妃则顶撞道：“祖宗家法亦自有坏之在先者，妾何敢尔？此太后之教也。”意思是你自己垂帘听政有违祖制，否则我怎么敢这样做呢？我收贿卖官还不都是向你学的！慈禧搞垂帘听政，虽然已有三十余年，但朝廷内外不满之声就一直没有平息过。同治死后，本来应该为其立后，即应从下一辈的“溥字辈”中挑选新君，过继给同治，算是同治的儿子。但那样的话，慈禧就成了祖母级的太皇太后，不好意思再去垂孙子的帘。因此，慈禧立了与同治一辈的“载”字辈的光绪，达到重新垂帘听政的目的。她当然知道这样一来，天下士林意见就更大了。所以，她最听不得的话就是讽刺其垂帘。慈禧当场大怒，命剥去珍妃衣服“袒而杖之，降贵人，谪其兄志锐于边，愤犹未泄，后卒致之死。惟景皇后（隆裕），瑾妃以庸谨畏祸获免”。虽然《清史稿》上没有很明白地写出珍妃是否有被杖责，但从一些历史数据上依然可以推测出蛛丝马迹。
首先是慈禧太后曾发布两道懿旨，以上谕的形式，制成木框，裱黄绫牌子两块做为禁牌。
其一文曰：“光绪二十年十一月初一日（1894年11月27日）奉皇太后懿旨，皇后有统辖六宫之责，伺后妃嫔等如有不遵家法，在皇帝前干预国政，颠倒是非，着皇后严加访查，据实陈奏，以重惩办，绝不宽贷，钦此。”
其二文曰：“光绪二十年十一月初一日奉皇太后懿旨，瑾贵人、珍贵人着加恩准其上殿当差随侍，谨言慎行改过自新，平素妆饰衣服，俱按宫内规矩穿戴，并一切使用对象不准违例，皇帝前遇年节照例准其呈进食物，其余新巧稀物件及穿戴等项，不准私自呈进，如有不遵者，重责不贷，特谕。”
除了上两道严厉的懿旨外，最关键的便是清宫档中太医院的脉案。光绪二十年十月二十八日，太医院张仲元太医给珍妃看病的记录是：“六脉沉浮不见……抽搐气闭，牙关紧急，周身筋脉颤动；十一月初一子刻，抽搐又作，牙关紧闭，人事不醒，周身筋脉颤动；亥刻，抽搐见止，仍觉筋惕肉颤……周身筋脉疼痛。”珍妃的脉案与慈禧太后颁的懿旨日期相近，又是典型的被杖责后的症状，可推断珍妃就是在那时候被杖责的。
