慈安太后对这个儿媳妇还是非常照顾、体贴的。但慈禧太后则事事看着阿鲁特氏不顺眼，每每加以指斥、责难。史书上所载，对皇后阿鲁特氏“孝贞（慈安太后）亦异常钟爱，而孝钦（慈禧太后）则非常忿怒。每孝哲（阿鲁特氏）入见，从未尝假以词色”，当是事实。关于慈禧太后与阿鲁特氏不和之事，爱新觉罗？溥仪在其回忆录《我的前半生》中也有记述。
所幸的是，大婚之后同治同阿鲁特氏关系尚好。帝后之间情趣比较高雅，相亲相爱，堪称相敬如宾。有史为证：“孝哲物度端凝，不苟言笑，故穆宗始终敬礼之。宫中无事，恒举唐诗以试后，后应口背诵如流。上益喜，伉俪綦笃，而居恒曾无亵容狎语。”但由于慈禧太后对阿鲁特氏心怀不满，看到皇帝对她很好，便格外不高兴。于是就对皇帝的私生活横加干预，不让皇帝与阿鲁特氏同居，“欲令慧妃专夕”。同治也有几分倔强，偏不依母亲，干脆谁的寝宫也不去，一人独居乾清宫。
同治与慈禧太后母子失和，更使慈禧太后迁怒于阿鲁特氏，认为是她挑唆儿子不听自己的话。这给皇后带来了更大的厄运。据野史传言小皇帝与母亲斗气离开后妃，而独居乾清宫，开始还可坚持，时间一长，就有些心猿意马了。在机灵的太监指引下，他化装来到宫外不远的烟花柳巷行走，只一两年，便身染重病。同治十三年（1875年）十二月初五日，同治病死，享年尚不足十九岁。同治之死，传说颇多，主要有死于天花、死于梅毒两说。
天花说的主要根据是历史档案和翁同龢的日记。日记记载：同治于十月“二十一日，西苑着凉，今日（三十日）发疹”。十一月初二日，“闻传蟒袍补褂，圣躬有天花之喜”。又记载：“昨日治疹，申刻，始定天花也。”初九日，召见御前大臣时，“气色皆盛，头面皆灌浆泡饱满”。上谕云：“朕于本月遇有天花之喜，经惇亲王等合词吁请静心调摄”云云。经学者在清宫历史医疗档案《万岁爷进药用药底簿》查阅了自同治十三年十月三十日同治得病召御医李德立、庄守和入宫请脉时起，直至十二月初五日同治病死时止，前后共三十七天的脉案、处方及一百零六帖服药记录，后认为：同治帝系患天花而死。在同治得了天花以后，太医公布病情与药方，宣布同治之病为“天花之喜”。慈安、慈禧两宫太后，还亲自到景山寿皇殿行礼，祈求祖先神灵赐福。内务府行文礼部，诸天众圣，皆加封赏。一身疮痍的同治，在皇宫求神祭祖的喧嚣中离开了人世。他死在养心殿，这里恰是他的祖先顺治被天花夺去性命的寝殿，而绝非死于梅毒或其他别的病症。但钱谷风先生、台湾作家高阳先生却依据大量的史料，肯定了同治是死于梅毒，并且还与慈禧太后和皇后阿鲁特氏的矛盾激化这一传说有关。
死于梅毒说也主要是根据历史档案和翁同龢日记，野史中也有相关载述，《清宫遗闻》记载，同治到私娼处，致染梅毒。翁同龢日记云：十一月二十三日，“晤太医李竹轩、庄某于内务府坐处，据云：脉息皆弱而无力，腰间肿处，两孔皆流脓，亦流腥水，而根盘甚大，渐流向背，外溃则口甚大，内溃则不可言。”二十八日记：太医云：“腰间溃如椀，其口在边上，揭膏药则汁如箭激，丑刻如此，卯刻复揭，又流半盅。”二十九日记：见“御医为他揭膏药挤脓，脓已半盅，色白而气腥，漫肿一片，腰以下皆平，色微紫，看上去病已深。”李慈铭日记也记载：“上旋患痈，项腹皆一，皆脓溃。”
据传说，同治帝因梅毒导致“内陷”身亡。而“内陷”是由惊吓诱发的。十二月初四日午后，皇后阿鲁特氏到养心殿东暖阁探视皇帝病情，同治见她脸上泪痕宛在，不免关切，便问缘由，阿鲁特氏一时忍耐不住，就把又受慈禧太后指责的经过，哭着告诉了同治。哪知慈禧太后接到密报，已悄悄跟来躲在帷幕外面偷听。当听到皇帝安慰阿鲁特氏：“你暂且忍耐，总有出头的日子”时，慈禧太后已按捺不住心头的怒火。据说她当时的态度非常粗暴，与民间恶婆婆的行径无异，掀幕直入，一把揪住皇后阿鲁特氏的头发，劈脸就是一巴掌。皇后统摄六宫，为了维护自己的尊严，当慈禧太后来势汹汹之际但求免于侮辱，难免口不择言，所以抗声说道：“你不能打我，我是从大清门飞进来的。”此话不说还好，—说正如火上浇油。慈禧太后一生的恨事，正是不能正位中宫。阿鲁特氏的抗议正触犯了她的大忌，于是索性一不做、二不休，厉声喝令：“传杖！”“传杖”是命内务府行杖。这是对付犯了重大过失的太监、宫女的办法，今日竟施于皇后！同治听了大惊，顿时昏厥。这一来才免了皇后的一顿刑罚。而同治皇帝则就此病势突变“内陷”，终于第二天不治身亡。
同治皇帝究竟因何而死，实需进一步考证。本来，脉案是皇室档案记录，是官方文件，应无可非议。但事实未必尽然，中国自古就有“为尊者讳”的传统。因为在某种条件下，由于某种不可公诸于众的原因，必须回避当时的真实情况！有时也弄虚作假，以掩盖事实真相，这也是历史上屡见不鲜的手法。因此同治皇帝的脉案、用药情况的记载，也完全有伪造之可能。
亲自为同治治病的御医李德立的曾孙李镇先生这样说：“曾祖李德立就是给同治看病的御医。五十年以前，我的祖父在世时，我为此疑案当面问过他，他是德立公之长子，……关于曾祖为同治看病的亲身经历和慈禧懿旨‘屏斥治罪’的内幕，因这是与家族命运休戚相关的大事，印象极为深刻。他说：同治确是死于梅毒，并将真相告我。时在1938年。我据此查阅有关史料，拟稿投北京《文言报》，被采用披露报端。先祖父及所识前清遗老阅后均额首称是，未闻异议。”
关于同治皇帝死前的情况，他的说法也与传说的基本一致。据他说：慈禧太后在亲生儿皇帝得了不治之症后，“首先传旨把同治迁到养心殿东暖阁，便于监视。阿鲁特氏皇后住在养心殿西侧的体顺堂，如要夫妻相会，晨昏省视，要事先通知首领太监禀明，才能进入暖阁面见皇帝。慈禧与皇后，婆媳之间早有不和，如今矛盾更加尖锐。据祖父面告，同治之病，经曾祖精心治疗已有起色。十二月初四日午后，阿鲁特氏来东暖阁视疾，当时同治神志清醒，看见皇后愁眉锁目，泪痕满面，乃细问缘由。这时早有监视太监专报西太后，说皇帝与皇后阁内私语。慈禧急来东暖阁，脱去花盆底高跟鞋，悄悄立在帷幔之后窃听，并示意左右禁声，切勿声张。此时皇后毫无察觉，哭诉备受母后刁难之苦。皇帝亦亲有感受，劝她暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子。可知同治在去世前一天，所想的是病好之后的事，没有预感到明天就要死了。不料慈禧听到此处正刺所忌，竟勃然大怒，立刻推幔闯入帷内，一把揪住皇后的头发用力猛拖，一大撮头发连同头皮都被拉了下来，又劈面猛击一掌，顿时皇后血流满面，惨不忍睹。慈禧又叫太监传杖，棒打皇后。同治大惊，顿日昏厥，从床上跌落在地，病势加剧，从此昏迷不醒。急传先曾祖入阁请脉，但已牙关紧闭，滴药不进，于次日夜晚死去。”后来李德立因了解内情，差一点被慈禧太后逼令自尽。
民间对于同治皇帝死因有种种说法，清朝官方则保持沉默，不予申辩。是不屑一顾，还是默认民间传说，我们不得而知。因此，同治到底是死于什么病，成了一个历史疑案。
