同治皇帝死后，定策迎取嗣皇帝进宫是头等大事。但这等大事慈禧太后却始终不许阿鲁特氏参与。选嗣皇帝，慈禧太后不选“溥”字辈的近支王子为同治皇帝立嗣，偏偏选中了年仅四岁的同治堂弟、也是自己的亲外甥载湉为帝，用意非常明显。一是为了防止皇后仿效她扮演垂帘听政的把戏，二是能使自己可以继续以皇太后的身份合法地掌握大权，真可谓老谋深算，用心良苦，年轻的阿鲁特氏绝对不是她的对手。
同治身死，庙号定为“穆宗”，尊谥用“毅”字。穆宗毅皇帝的称号定了，穆宗皇后也须有一封号。慈禧太后在内阁拟呈的字样中，圈定“嘉顺”二字。这实际上是对阿鲁特氏的一个警告，意思是顺从始可嘉，即使是逆来也要顺从。此后，阿鲁特氏以泪洗面，过了不长时间，在光绪元年（1875年）二月二十日半夜三更时分香消玉殒，距离皇帝死日仅差两个半月。
在一百天内皇帝皇后先后去世，这在历史上极为罕见。朝廷上下议论纷纷，说同治皇后阿鲁特氏的暴亡与幕后的卑鄙活动不无瓜葛。有人说她是自杀殉夫，有人则说是被慈禧太后处死的。阿鲁特氏死的时候，朝廷传出谕旨称：上年十二月，痛经大行皇帝权驭上宾，毁伤过甚，遂报沉疴。有人就说这只不过是慈禧太后在掩人耳目。同治皇帝病危时，慈禧太后经常训斥阿鲁特氏。同治死后，慈禧立光绪为皇帝，阿鲁特氏愈发悲痛，因为这与同治皇帝的遗诏不符。慈禧太后听说了以后，急忙召见了阿鲁特氏，呵斥她说：“你已经害死了我儿子，现在还想做皇太后不成？”阿鲁特氏跪在地上，痛哭不止。回到自己的宫里，她日夜痛哭，眼都哭肿了。有人报告了慈禧太后，她说：“既然皇后如此悲痛，那就让她随大行皇帝去吧。”于是她就派人处死了阿鲁特氏。但是，阿鲁特氏的父亲在义和团运动爆发之前，一直在朝廷为官。义和团运动爆发之时，他跟随匆匆出逃的皇室跑到保定府。听说北京已落入外国人之手，他就传话给家里，说他既不愿吃外国人的面包也不愿喝外国人的水，希望就此了结自己的生命。家里人接到这个消息，即命令奴仆们在自家的院子里掘了个大坑，他们都躺在坑内，然后让奴仆们把他们活埋了。刚开始，那些仆人实在有点儿于心不忍，但最终他们还是被说服了，这样阿鲁特氏娘家的所有男人全部被活埋。只有一个小男孩得以幸免，一个忠心耿耿的老嬷嬷把他抱走了。如果阿鲁特氏的娘家人真的相信有关其暴亡的种种传言，他们还会这样自杀殉国吗？
离奇的是在阿鲁特氏小的时候，她的父亲给她从西藏请了一个大喇嘛做老师。阿鲁特氏是蒙古人，虽然她父亲精通汉文与儒学，曾于翰林院供职，但和大多数蒙古人一样信仰藏密的黄教。据说这位大喇嘛有起死回生之术，浪迹于蒙藏各地，传言他曾经使一个被埋入坟墓达数十年的死人复生。后来，阿鲁特氏成为皇后进宫以后，大喇嘛离开了北京，回到了西藏的一座寺庙里。由此人们传说，在阿鲁特氏为同治皇帝殉情而吞金自杀的同一天晚上，几乎是同一时刻，这位远在西藏的大喇嘛也突然圆寂，死因不明，当寺庙里的喇嘛们准备将他火化的时候，他的遗体居然不见了。当然，这一切只是些传闻而已，从来没有得到过证实，而那个大喇嘛，更是虚无缥缈，连名字都没有留下，可能根本就不曾存在过这个人，也可能很多事现在已经不能证实。
阿鲁特氏死时仅二十二岁。她活着时传言，慈禧太后对她百般挑剔折磨，死后的丧仪却颇隆重。当天即发出了一道上谕，一道懿旨。派礼亲王世铎领头办理，又加派恭亲王奕訢主持，很是大操大办了—番。不知道这是慈禧为自己赎罪或内疚还是关于慈禧折磨阿鲁特氏之传言皆子虚乌有呢？我想很难断言，而只能揣测有时历史也没有惟一的答案。
阿鲁特氏刚死时梓宫暂时安置在隆福寺。直到光绪五年三月，惠陵修好后，才与同治皇帝合葬在惠陵。光绪皇帝给阿鲁特氏加谥，到宣统年间又加谥，谥号全称是“孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后”。
