如果说模式创新是产学研合作的核心，那么机制的创新就是模式运行的灵魂。机制是关于模式在一定体制下运行的基本精神和操作原理、方法，亦称运行机制。机制创新的实质是遵循客观规律科学地回答产学研合作培养创新人才怎样做的问题。首先是动力机制方面的问题，即依靠什么来驱动运行；其次是约束与激励机制，即靠什么方式维持良好运行；最后是评价与调控机制，即靠什么途径来调节系统的运行状态。尚未探求出产学合作的办学模式的良性循环的运行机制，是产学合作教育“效果明显，但推广困难”的一个重要原因。尽管目前我国国有大中型企业尚无精力关注人才培养，缺乏紧迫感，但是，产业单位每年总要接纳高校毕业生，高质量的毕业生比低质量的总要受到欢迎，而且产学合作，能够优势互补，也是我国当前的客观现实。所以实施产学合作教育的基本条件还是存在的，只要能探求出参与各方（产业单位、学校、教师、学生）都能得到实效的良性循环的运行机制，即使大环境尚处于不利阶段，推行产学合作教育也不是无可作为的。问题在于要科学地加以探索研究，这要求我们首先要探求、认识、掌握良性循环的运行机制，才能有效推行教育模式和办学模式。
（四）合作效益的滞后性及利益和权益上的难点
由于科技成果推广与应用常常需要经历较长的过程后才能获得效益，这就使其具有一定的滞后性。合作的几方如不了解这个过程，急功近利，缺乏共担风险的一致胆识，常会因短视行为断送合作。同时，校企之间的互惠互利如没能落到实处，双方都易感到自己付出的多，得到的少。另外，大学教师常常认为自己是成果的发明人，是产品的源头，理应得到较大的经济效益；而企业领导人则认为，科技成果真正实现转化是在工厂里经过进一步的研制，需要人力物力的投入、市场的开拓才能实现，经济利益不可能给你太多。由于这样的原因，无论是在开始合作阶段，还是在成果实现转化之后，双方常常容易在利益分配上产生分歧。
同时，交易费用也是产学研合作各方利益和权益上的难点之一，产学研合作的交易费用是决定产学研合作成败的关键因素之一。近年来，产学研合作的模式日益多元化，不同产学研合作模式的交易费用及构成也各具特点。
对于技术入股模式而言，由于关系到永久性的股权安排，对合作双方，尤其是作为技术拥有方的高校或科研院所的未来利益有重大的影响。因此，双方在寻找合作伙伴、签订相关合同时均十分慎重，导致该模式的沟通成本和谈判成本很高。同时，由于目前国内有关法律规定了技术入股所占股份的上限，高校或科研院所作为小股东难以对企业的行为进行有效的监督控制，在目前法律法规不健全的情况下，企业可以通过虚造账目、转移利润等方式逃避应支付给高校或科研院所的利润，因此存在很大的履约成本。
对于提成支付模式而言，由于提成支付通常有一定的时限，不涉及永久性的股权安排，因此其沟通成本和谈判成本较技术入股模式低。但是，由于目前国内法制不健全，地方保护主义盛行，高校或科研院所难以对企业的行为进行有效约束，导致企业存在较大违约可能。因此，该模式仍然存在较大的履约成本。
对于紧密合作模式而言，由于双方在长期合作中相互了解，建立起了信任的关系，就每一具体合作项目而言，沟通成本、谈判成本较其他模式大为减少，履约成本也有所降低。
对于技术接力模式而言，由于其具有简单明了、易于操作的特点，因此沟通成本和谈判成本较低。对于高校或科研院所而言，该模式使其可及时回收资金，避免因企业违约带来的风险；但对企业而言，由于技术商品的价值只有在使用中才能逐渐显现，企业此时对高校或科研院所的行为已难以制约。因此，该模式仍存在一定的履约成本。
对于自主产业化模式而言，该种模式中由于企业由高校或科研院所创立，因此合作创新初期的沟通成本和谈判成本很低。该类企业虽为高校或科研院所创立，但其中凝结了技术发明人和企业创业者的贡献，这部分人员与高校或科研院所在利益取向上并不完全一致。如不能较好协调两者之间的利益，企业可以通过虚增成本、转移利润等方式逃避应上交的利润，而高校或科研院所也可采取更换领导、取消对企业的支持等行动，双方在合作过程中摩擦不断，这些都会导致履约成本的增加。
（五）产学研合作教育的本质特征不明确
要推进合作教育，首先要抓住它的本质特征，国际上人们对合作教育，从不同侧面予以描述，就有十几种名称，但不管如何称呼，都有一个共同的特征，也就是造就具有实践经验、上手能力强的人才，既在学校课堂学习理论，又在产业现场适量参加工作实践，产业单位与学校合作对学生在两种教育环境中进行协调培养这样一种共性。正因为有此工读一体化的共性，人们认为这些基本上都是合作教育同义词。所以“工读一体化”可以理解为合作教育的本质特征。在我国与合作教育有关的也有多种称呼：合作教育，产学合作教育，产学研合作教育，三明治课程项目，“3+1+l项目”，“3+O．5+O．5项目”，产学合作，产学研合作，产学研结合，教学、科研、生产三结合或相结合，教育与生产劳动相结合等等。它们是否是一些同义词，也应看是否具有工读一体化的本质特征。为了有效试行合作教育，根据各地各校不同情况和条件，只要抓住工读一体化的本质特征，其形式做法可以多种多样。
七、产学研合作的中观层面问题
湖南理工学院曾宪军对产学研合作中的中观问题进行了详细论述。
（一）缺乏必要的物质条件和经费保障
产学相长、双向互惠，给企业生产经营注入了活力，但具体工作的开展，确实给一些人员增加了一定的工作量，对由此产生的考核和分配问题，应引起校企双方的共同关注。学校组织学生参加生产实际工作，需要支付差旅费、生活补贴费、教学津贴，有时甚至还要支付企业一定的费用；企业接收学生参加实际工作，要提供住宿条件、劳保福利、劳动报酬、课时费等。而这些必要的条件和经费，往往难以及时提供。同时，大学的科研经费不足，企业不愿进行先期投入或投入的经费较少。而国家对大学的评价中，没能将大学有多少科技成果转化为现实的生产力作为一个重要的指标。
（二）产学研基础建设滞后
作为产学研运作主体的企业，其科技人员多少、科技设备强弱、经费投入大小、消化创新能力高低等，直接影响其速度、规模和效益。发达国家科技人员60％以上分布在企业。企业内有较完备的科研设置；有充足的科研经费——一般占营销收入的15％～20％不等；有相对独立的科研机构，消化创新能力极强，甚至可以直接引进国内外较成熟的先进技术加以消化吸收，并创造出更有竞争力的新优势；还有自己的培训中心，有针对性地培训出自己所需的专业人才。故这类企业，已成为国家科技成果转化的重要基础。比较而言，我国科技人员多游离于企业之外，企业科技人员占职工总数比重偏低，一般占2％～5％，欠发达地区3％以下；科研费用少，较好的占营销收入8％～10％，一般为5％以下，有独立科研机构的很少；引进后消化不足，创新力更低。近年我国实行科技体制改革，国家大力提倡“科技面向经济”、“教研为经济服务”等，鼓励高校、科研与企业挂钩，出了一些成果。但亦有资料表明，中国近年来每年有3万多项科技成果，而实际上才约有20％转化为批量生产，而形成产业规模的仅有5％。
（三）产学合作组织功能不完备
我国目前多数产学合作组织仅是一个松散的整合体，董事会的职能仅仅是对学校的办学方向、专业设置、培养方案等问题起监督、指导、咨询、审议作用，而没有实质上的决策权。产学研的结合只是尽一些义务，并无法律效能。因此，这种组织只相当于一个协会。在这种组织性质下董事会作用的发挥完全取决于产学双方的积极性。如果产学双方都能正确认识，积极认真地开展合作，那么这种体制一定能产生良好的效果。事实上双方认识不同，或一方积极或双方均不积极，那么这样组织形同虚设。由于合作组织不具有权威性，没有决定权，无论是高校方面还是企业方面，都没有很好的合作设想，建设或方案都没有得到较好的实施，许多问题都是空谈、议论而已。
（四）产学研缺乏全面深层合作
从学校目前情况来看，产学研合作偏重于短期合作的较多，合作力度不够，还处于试验探索阶段，多数尚未进入共担风险的产业化阶段。原因是多方面的，例如国家至今未形成一套科学的技术评价指标体系，知识创新的价值难以客观评估。产学研合作主要以科技成果作为合作纽带，评估科技成果及合作各方为科技成果转化所做的贡献是一件很难的事情。因此，各方在合作中会出现权益分配的分歧，合作的基础不稳固，很难使合作向深层次发展。现代企业制度不健全，使企业销售额不透明，合作各方信任度低。某些企业思维定势视学校科技人员为打工者：我出钱，你干事，产权归我，千方百计想绕开学校及联合体，直接与科技人员打交道。实际上这是一种短视行为。在调配与优化资源的能力上，个人无法与学校相比，其科研质量也无法保证，最后只能导致产学研联合体的破裂。
（五）科研上明显存在多种问题
在已经开展的科研项目中，低档次的多，高档次的少；基础项目多，应用项目少；争取上级立项的多，与省市开展横向联合的少；科研项目的社会效益高，而自身经济效益低。同时，在产学研合作中，科技成果的有效供给率较低。
（六）就业岗位紧缺，就业市场亟待规范
按照合作教育运行的基础条件之一，就是要有足够的、合适的工作岗位提供给学生，使学生有工可做。另外，合作教育的学生凭借质量优势进入人才市场，能较快地找到自己合适的工作，充分地体现合作教育培养人才的优越性，这就需要人才就业市场规范，市场经济体制下人才市场公平竞争、双向选择的用人机制健全。目前，我国还处于经济转轨时期，企业的管理体制、生产经营机制正在发生多种经济成分的重新组合，由粗放型经济向高质量、高技术含量经济转化，由计划经济向市场经济体制转变。在这个过渡时期高素质劳动力短缺，粗放型劳动力过剩，很多岗位仍被粗放型劳动力占据，并且，就业市场的规范还得有一个过程。所以，这对于以就业为直接目标的合作来讲，不能不说是一个很大的障碍。
（七）教学体系和运行机制有待深入研究和探索
产学研合作教育整体优化的教学体系，目前还未完全形成，人们还没有充分认识到这种教育模式对造就应用型人才的优越性。工读结合中的工作安排，如何既有利于教学，又有利于生产，产学研多方位合作中，如何实现互惠互利的原则，其规律也还没有完全掌握。从表现上看，往往是企业付出的多而得到的少，企业感到不平衡。另外，从学校培养的人才看，学校培养的人才还不能从根本上适应用人单位的需要，部分大学生素质不高、怕吃苦、不愿选择基层创业、敬业精神较差等问题，是制约产学研合作发展的一个重要因素。
