在认识的起点上，两人的分歧是：笛卡尔寻找的是一个剥去了物质的纯粹精神的点——“我”，而伽森狄则确立的是一个现实的、活生生的人。一个把“思想的我”当作认识的逻辑起点，一个则把活生生的人当做认识的现实起点。一个通过理性的推演来完成，一个通过感性经验来实现。一个说：我思维我存在；一个说：谁在思维谁就存在。伽森狄继续追问，那个思维着的我是什么呢？是不是一个完整的人呢？显然并不是，按笛卡尔的理解仅仅是一个灵魂。伽森狄反问到：“你开始不再把你视为一个完整的人，而把你视为你自己最密切、最隐秘的那一部分，也就是你在前面所认为的灵魂。”‘‘为什么你不可以仍然是一阵风，或者是被心脏的热或不拘什么别的原因所刺激起来的、有你最纯的血所形成的一种非常精细、非常稀疏的、散布到所有的肢体里的精气，它，就是你，给你的肢体以生命，并能用眼睛看，用耳朵听，用大脑想，就是这样执行着通常归之于你的一切功能？”伽森狄这里所理解的灵魂其实就是动物灵魂，他认为灵魂和肉体一同生长、发育、吸收营养。而笛卡尔则认为，摄取营养和行走不是灵魂的属性，灵魂在笛卡尔看来，指的是人的精神。所以，当笛卡尔认为我是一个思想的东西时，就把人的灵魂和肉体分开了。伽森狄并不理解笛卡尔此举的意义和目的，站在现实认识的角度，他要捍卫人的完整性，他责怪笛卡尔：“在你里边除了精神以外你什么都不承认，为了这一点，你甚至不愿意同意你有眼睛、手以及身体的任何别的器官……假如没有眼睛，没有手，你就不能看见，不能摸到，或者按照你的说法，也不能想看见，想摸到。”
看来，无论笛卡尔怎么解释，伽森狄总是不理解他的思路和意图；无论伽森狄怎么争论的激烈，我们总觉得他所说都是题外话，根本不能触及笛卡尔问题的实质。这样不相交的争论，其实是没有意义的。
两人争论的问题表面上看是人的问题，实质上是对思维这一现象的理解。由于当时历史条件的限制，他们都没有正确地理解人的认识。笛卡尔认为：物质有广延但不会思维，精神无广延却会思维，二者相互对立、平行发展。他没有看到思维对物质的依赖性，更不可能发现思维是人脑特有的一种机制。相反，伽森狄却看不到人的理性思维的特殊性，把它简单地归为物质的运动形式。两人的争论自然是难分胜负，伽森狄嘲笑笛卡尔“在娘肚子里思维”，笛卡尔嘲笑伽森狄是块“没有精神的极好的肉”。
对第三个沉思的反驳
双方主要围绕上帝及上帝的存在这个敏感问题而展开。
伽森狄对笛卡尔推导上帝存在的每一步都进行了反驳。笛卡尔说，我心理分明有个上帝的观念；伽森狄则问：可是并不是所有人的心里都有上帝的观念。你笛卡尔可以说上帝观念在你心中存在着，而且很明确，属于真观念。可你笛卡尔又是如何保证上帝在别人心中也是真观念呢？如果再追究一步，“非常清楚、非常分明的东西”难道就一定是真实的吗？“为什么在人们之间有那么多不同的见解？每个人都认为他非常清楚、非常明确地认识了他所辩护的见解。”看来，这个衡量真理的标准首先就值得怀疑。因为，“认为真理是隐藏在上帝本身的心里或者高深莫测的，那么难道不能怀疑这个准则可能是错误的吗？”伽森狄告诉笛卡尔，“你不要再费心证明你那个所谓的准则，而最必要的是你应该告诉我们一种好的办法，使我们学会指导我们的思想，使我们知道：每次当以为清楚、明白地领会了什么事物时，我们到底是弄错了，还是没有弄错”。
既然总的原则不正确，那么以此推出的上帝的观念也就不正确了。伽森狄认为，所谓观念，其实都是感官从外部世界接受来的，不可能有什么天赋的观念，他追问笛卡尔：“至于你所称之为天然的，或者你所说的与我俱生的那一类观念，我不相信有任何一种观念是属于这一类的，我甚至认为人们用这个名称称谓的一切观念似乎都是外来的。”我们头脑中的类概念或一般概：念，都是从许多个别观念中抽象出来的共同的东西。“我们习惯于加到上帝身上的所有这些高尚的完满性似乎都是从我们平常用来称赞我们自己的一些东西里抽出来的，比如时间的延续、能力、知识、善、幸福等等，我们把这些都尽可能地加以扩大之后，说上帝是永恒的、全能的、全知的、至善的、全福的等等。”如果说上帝是无限的，而我们人类的精神却是有限的，伽森狄指出：“既然人类精神领会不了无限，那么它就既不能具有、也不能想得出一个表象着无限的东西。从而，谁要说一个无限的东西，谁就是给一个他所不懂的东西加上一个连他自己也不能理解的名称。”笛卡尔反驳说：“一个有限的精神不能懂得无限的上帝。不过这并不妨碍精神知觉他，就像人不能拥抱一座山，可是很可以摸着它一样。”
笛卡尔认为，上帝好像工匠一样，把他自己的作品刻印到我们心中。并按照他的模样创造人类。伽森狄则认为，那是不可能，因为，在他看来，观念只有两类：一类是外来的，一类是自己捏造的。世上本没有上帝，就是有，他也不可能这样做。因为笛卡尔不可能再进一步证明上帝是怎么来的？你怎么知道我们是上帝的作品？谁能把上帝叫过来和我们人类比较比较？“因为作品永远不能和作者相比，除非作品是作者用把自己的本性传过去的办法生出的。可是你并不是上帝用这样的方法把你生出来；因为你不是他的儿子，你也不能分有他的本性；你仅仅是被他创造的，就是说，你仅仅是被他按照所想得出的主意而制造的；因此，你不能说你和上帝相似，就如同你不能说一座房子和一个泥瓦匠相似一样。”如果说上帝将上帝观念刻印在所有人的心上，那就意味着所有人的心中都应该有上帝的观念，可是上帝的观念只在基督教徒心中，其他异教徒心中并没有上帝的观念。即便是基督教徒，他们对上帝的理解也不一样。客观事实说明，要么人不是上帝创造的，要么上帝不是那样创造人，要么，根本就没有上帝，我们心中有关上帝的观念，只不过是我们捏造的。
针对笛卡尔把上帝的存在性和完满性绝对统一起来的观点，伽森狄针锋相对，认为存在性和完满性不是一事，存在性仅仅是事物的一种形式或一种现实，而不是完满性。他说：“事实上，不存在的东西既没有完满性，也没有不完满性；而存在的东西，它除去存在性以外还有很多完满性，它并不把存在当作一种形式或一种现实，有了它，事物本身和它的一些完满性就存在，没有它，就既没有事物，也没有它的那些完满性。因而一方面不能说存在性在一个事物里边是一种完满性；另一方面，假如一个事物缺少存在性，也不能说它不完满，或缺少某种完满性，只能说它没有，或者说它什么都不是。”值得注意的是，伽森狄反对笛卡尔的上帝观念的思想，但这不意味着伽森狄本身就是无神论者。我们知道，伽森狄自己就是神父，但他也是哲学家、科学家，他还与笛卡尔有过多次的交往。他与笛卡尔一样，也相信上帝的存在，但是他认为上帝应属于信仰的范围，不应该把他和理性知识联系在一起，他反对笛卡尔从上帝的观念来论证上帝的存在，但他认为，人们对上帝的信仰可以受到大自然的启示。伽森狄几乎对笛卡尔证明上帝的每个环节都进行了批判，这些批判有利于我们对笛卡尔这方面问题的思考。但作为笛卡尔，好像并不买伽森狄的账，他说：伽森狄的伎俩就在于“惯于把我的理由拿来断章取义，使这些理由让人看起来不完满”。
而且，在这个问题上，也不能笼统的对他们的观点进行价值判断。伽森狄反对笛卡尔的上帝观念，是为了在信仰层次上对上帝有更坚强的信念；笛卡尔用理性思考上帝，反映了理性对信仰的冲击，他就是要把上帝放在他的理性的法庭里进行分析和判断，力求明明白白地信仰上帝。笛卡尔说：“即使是在有关信仰的一些真理上，情况也是这样，在我们决定相信这些真理前，我们应该知道是什么使我们相信这些真理是由上帝启示的。”
对第四个沉思的反驳
在这个沉思里，双方主要围绕真理和错误展开辩论，当然，在争论中都还没有忘记把上帝摆出来。不过，我们这时也注意到，上帝已经没了中世纪的神秘和威严，人们可以把他作为学术的对象来讨论，而且对于两个天主教徒来说，谁也不轻易地用亵渎上帝来为自己的辩论增加“分量”。这就好，它可以使双方的讨论更自由、更学术化些。
讨论还是从上帝那儿开始的。笛卡尔为了说明人犯错误的原因，曾把人置于永恒与“无”之间，这样也就可以说明自己生命和思维的有限性。伽森狄就追问：“上帝不可能欺骗你……你把错误归咎于‘无’。你说无的观念时常出现到你的思维中来，而你以某种方式分享无；因为你认为你是介乎上帝与无之问的。”笛卡尔的意思是，上帝给了我们有限的理智，但他并没有给我们错误，我们也不是因为理智而犯错，而是因为错误地运用超越理智的意志而犯错。伽森狄分析到，笛卡尔这样说其实并不能为上帝进行什么开脱，我们是用上帝赋予我们的理智认识的，我们的理智完全“可以阻止我们去同意错误。因此，我们所认识的，我们都会认识得非常清楚、非常明白；我们所不认识的，我们都不会加以任何迫使我们置以可否的判断”。伽森狄的说明不能没有一定的道理，因为既然是上帝赋予我们以理智，我们又是用上帝赋予我们的理智来认识事物的，笛卡尔不是也承认上帝和理智没有错，那么我们的认识必然是正确的。但这只是问题的一个方面，笛卡尔认为我们的错误是因为意志超越理智造成的。
这就涉及意志和理智的范围及关系问题。在二者范围问题上，伽森狄反笛卡尔而行之，认为理智的范围等于甚至大于意志的范围。“实在说来，这两种功能的范围似乎相等，或者至少理智似乎有着和意志同样大的范围；因为假如不是理智事先已经预见到了，意志是不会趋向任何事物的。”在伽森狄看来，意志的判断并不如笛卡尔所说的那么自由，它要受到理智的限制，只有理智认识了的，它才能对其进行肯定、否定、愿意或不愿意等等的判定，这一点，他正好和笛卡尔相反。笛卡尔认为，人所犯错误，主要是由于意志在超越理智范围处的盲目判断所造成的。伽森狄认为，那是不可能的，他指出：“无论什么东西，假如我们事先对它没有领会，它的观念没有被理智所领会和提出，那么我们的意志或自由裁决就无所趋向，我们就不能加以任何判断，因而我们就不能做任何选择，对任何东西就不能有所爱、憎；同时也由于，我们模模糊糊地领会了许许多多的事物，而我们对：这些事物并没有加以任何判断，也没有任何鄙弃或希求的感情。”笛卡尔对伽森狄的反驳大不以为然，他干脆地回答伽森狄：“意志越过理智的界限能够……达到我们在那里能够犯错误的一切事物上去。”笛卡尔承认，虽然人们并不愿在理智认识不了的地方进行判断，但这并不意味着“我们的理解和我们的愿意有相同的范围；因为肯定的是：我们能够从同一的东西愿意许多东西，可是我们对于这个东西认识得很少；而当我们判断得不恰当时，我们并不因此就是愿意得错了，而是或许我们愿意了什么坏东西”。他们两人在此的争论看来已经很清楚了，笛卡尔认为错误是意志超越理智造成的，这样既避免了上帝为人所犯的错误承担责任，也避免了人们对理智的指责。伽森狄则认为人的错误就是由于人的本来有限的理智造成的。虽然两人都认为犯错误是人的必然，也是人自身的弱点所致。但致人犯错的具体因素显然是不同的。伽森狄用理智来限制人的意志自由，却让理智承担了错误的责任；笛卡尔承认了人的理智和人的意志自由的合理性，当他承认意志只有在理智之中才能认识和发现真理，这是对人的理智和有限自由的肯定，更是对科学的肯定。但他同时也承认人的意志自由，甚至不惜因此而承认因为自由所犯有的错误，这种意志的自由在17世纪是非常难能可贵的，它是文艺复兴思想解放的直接成果。笛卡尔最后豪迈地说：“至于我，我将享受我的自由，因为不仅我在自己的心里感受到它，而且……我将在别人的心里找到更多的信任来确认我所体验的东西。”
在这个辩题即将结束时，笛卡尔还是不忘发泄一下对辩论对手的不满，他认为，伽森狄是个缺乏学术修养的人，他“不肯费力理解我的各种理由的次序和联系而只是想到处找茬争论”，自己“不愿意费事去摆脱成见而却抱怨我指出破除成见的办法太冗长，太严格”。
笛卡尔虽然有些情绪，但也没冤枉伽森狄。
对第五个沉思的反驳
表面来看，伽森狄的辩论题目是随着笛卡尔的沉思的顺序走的，而且他有时是逐字逐句地批判笛卡尔，但笛卡尔却总是埋怨他断章取义、随意发挥。所以两人的辩论常常是在误会中各自发挥，有时还带有一定的情绪，难免相互指责。但这并不意味着伽森狄的反驳无可取之处，从笛卡尔的不断反驳中，我们也可以看出与伽森狄的辩论还是值得他去劳心费神的。
这个论题首先是讨论物的本质，后来又谈起上帝问题。关于后一个问题他们已经辩论得够多了，我们在此也就免谈了。
关于“物质”，最有争议的是它的存在与本质问题，笛卡尔认为除上帝的存在和本质是统一的外，其他事物的本质和存在都是可以分开的。当然，笛卡尔这样说，也是由他的客观唯心主义和二元论的哲学观点决定的。在笛卡尔那里，内心的观念按其来源可分为三类，“有些我认为是与我俱生的，有些是外来的，来自外界的，有些是由我自己做成的和捏造的”。有了观念，就必然涉及到观念的内容和形式。在笛卡尔看来，物质的观念属于第一类，是与生俱来的，“因为，我有领会一般称之为一个东西，或一个真理，或一个思想的功能，我觉得这种功能不是外来的，而是出自我的本性的”。笛卡尔显然认为人们头脑中的物质概念是个与生俱来的主观性观念。伽森狄则不同意，他说：“没有人而说人的本性，或者甚至连玫瑰都还没有而却说玫瑰是一种花。这怎么去理解。”
两人接下来就对事物的本质和存在能否统一展开讨论。这个讨论实际上涉及到共性和个性、绝对和相对、形式和本质等一系列伺题。
