尽管高太后和大臣在垂帘听政时没有考虑到哲宗的感受，但他们并不放松对哲宗的教育。高太后拟任吕公著、范纯仁、苏轼和范祖禹等人担任哲宗的侍读大臣，想通过教育使哲宗成为一个恪守祖宗法度、通晓历史经义的好皇帝，尤其是让哲宗仰慕仁宗，而不是锐意进取的宋神宗，因为宋仁宗曾经创下了为士大夫津津乐道的清平盛世。
此外，高太后在生活上对哲宗的管教也是非常地严格。为了避免哲宗沉溺女色，高太后派了20个年长的宫嫔照顾好他的生活起居，又令哲宗晚上在自己的榻前阁楼中就寝，限制他自由活动的空间。
元祐四年（1089）十二月，民间却传出宫中寻找乳母之事。大臣刘安世得知后大惊，哲宗此时才14岁，后宫竟然寻找乳母，是否皇帝迷恋声色？刘安世上了奏章，告诫哲宗须自重。另一大臣范祖禹直接上疏高太后，言辞极为激烈。高太后对外解释说，是神宗遗留下的几个小公主年幼，需要乳母照顾，但私下却将哲宗身边的宫女一一唤去审问。哲宗后来回忆说那些宫女们个个红肿着眼睛，脸色惨白无血，哲中心里很是害怕，后来才知道是刘、范暗中告了状，而自己却浑然不知。高太后的这些做法，目的为了照顾和保护哲宗，却使哲宗感到窒息，无形中也增强了他的逆反心理。
更让哲宗难以接受的是，高太后对待其生母朱德妃过于严格，甚至是苛刻。或许是她有着某种隐忧，担心哲宗母子会联合起来，威胁自己的垂帘地位。朱德妃出身寒微，幼年时遭遇极为坎坷，其生父早逝，后随母亲改嫁，继父见她，百般讨厌，只好投奔亲戚，在舅舅家中长大。朱德妃入宫后，初为神宗的侍女，后来生下了哲宗、直到元丰七年才封为德妃。朱德妃温柔恭顺，对高太后和神宗向皇后一直是毕恭毕敬、情礼兼到。
元丰八年十一月，朱德妃护送神宗的灵柩前往永裕陵，途经永安。当时，大臣韩绛任河南知府，亲自往永安迎接灵柩。朱德妃走在后面，韩绛也去迎接。高太后知道了此事，竟然指着朱德妃勃然大怒：“韩某乃是先朝的大臣，你又怎能受他的大礼？”吓得朱德妃淌着眼泪，不断地谢罪。哲宗即位后，向皇后被尊为皇太后，朱德妃却未能母以子贵，只能尊为太妃，没有受到应有待遇。在如何对待朱太妃的问题上，朝廷中曾经有过不少的意见。有人想趁机拍拍高太后的马屁，欲降低皇帝生母的等级，以凸显垂帘听政的太皇太后。有人想着将来终究会是哲宗掌权，主张尊崇朱太妃，以显示天子的仁义、孝道。但高太后却是另有打算，以此压制朱太妃。
直到元祐三年的秋天，才允许朱太妃的舆盖、仪卫、服冠可与向太后的一样。哲宗亲政后，立即下令母亲的待遇完全与皇太后向氏相同。从哲宗生母的待遇问题上，从中看出哲宗其间复杂的政治斗争背景。
高太后和元祐大臣们所做的一切，对于哲宗来说，负面影响是非常大的。哲宗早慧，八九岁时便能背诵7卷《论语》，字也写得非常漂亮，颇得父亲神宗喜爱，以神童誉之，不为过分。
元丰七年三月，神宗在宫中宴请群臣，时年9岁的赵佣随同。赵佣虽然是第一次经历这样的场面，却表现十分得体，赢到了父亲的夸赞。
哲宗即位后，辽朝派来使者来参加神宗的吊唁活动，宰相蔡确因两国服饰的不同，怕年幼的哲宗心悸，便反复给哲宗讲述契丹人的衣着和礼仪。哲宗先是沉默不语，待蔡确絮絮叨叨地讲完了之后，他忽然正色地问道：“难道辽朝的使者就不是人吗？”蔡确一愣：“当然是人，但他们是夷狄。”哲宗道：“既然是人，又怕他做甚？”言辞怪诞且极为锋锐，蔡确无言以对，惊恐万状地退下了朝来。
少年老成的哲宗面对不将自己放在眼中的高太后和元祐大臣，也会用他自己的方式表示反抗和不满。每次大臣向哲宗和高太后奏报时，哲宗都是缄默不语。有次高太后问哲宗为何不表达自己的看法，哲宗回敬道：“已经处理得当，还要罗嗦些什么？”弦外之音就是自己无非是一个摆设而已。
哲宗经常使用一个旧桌子，高太后令人换掉，但哲宗又派人搬了回来。高太后问他为何？哲宗回答：“是父亲（神宗）用过的。”高太后心中大惊，知道哲宗将来必然会清算自己的举动。大臣刘挚曾经上疏，想让高太后教导哲宗如何分辨君子、小人。高太后叹气，曰：“本宫常与孙子谈论这些，可是他却不以为然。”由此看出高太后的担心害怕，当然就更不敢放下手中的权力。
元祐八年九月，高太后去世，哲宗改元绍圣，他大力打击元祐大臣，在章惇等人的鼓动之下，直指高太后“老奸擅国”，废了高太后的称号及其待遇。也许在最初，哲宗对父亲神宗的理解只是出于崇敬，但元祐时期被冷落和忽视的经历，加剧了他对元祐政治的不满，便去极力地推崇父亲神宗。可见，在哲宗的政治抱负中，有着浓厚的个人感情因素，使得人生也多了些悲剧色彩，朝野上下的泾渭也是益发地清晰明了。
哲宗亲政后，召回章惇、蔡卞、曾布、黄履和蔡京等人。这些人曾经是神宗变法时期的重要人物，但在经历了元祐时期旧党的残酷倾轧和迫害之后，他们的政治性格在党同伐异过程中遭到严重的扭曲。他们复出后，便与亲政的哲宗一样，有着强烈的报复心理，章惇就是其中最典型的代表人物。
章惇返回朝廷后，不忘刘挚和王岩叟等人对新党的攻击，变本加厉地对他们进行打击报复。绍圣元年（1094），章惇在哲宗的支持下，将旧党的主要人物吕大防、刘挚、苏轼、梁焘等人贬到了岭南。章惇还利用哲宗不满当年刘安世和范祖禹谏宫中寻找乳母一事，将两人也贬到岭南。
绍圣四年，章惇等人频频上奏，哲宗又开始了对元祐大臣进行新一轮的打击。已故的司马光和吕公著等人均被追贬和削夺恩封，甚至要掘两人坟墓，鞭尸报复，由于大臣以“发人之墓，非盛德之事”相谏，哲宗才无奈作罢，但两人的后代都被牵连遭贬。仍在世的元祐大臣，全被贬出朝廷，相继来到了岭南。
高太后垂帘时，任用顽固派司马光为宰相。司马光一上台，就把神宗时的“王安石变法”（熙宁变法）驳得一文不值，全部废止。宋哲宗对司马光和高太后的执政与压制感到十分厌倦，极其不满。
哲宗亲政后恢复了王安石变法中的保甲法、免役法、青苗法等，减轻了农民负担，使国势有所起色。次年改元“绍圣”，停止与西夏的谈判，多次出兵讨伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。
宋哲宗是北宋时期较有作为的皇帝。但是由于新党与旧党之间的党争没有获得很好的解决，反而在宋哲宗当政期间激化了这一矛盾，因此，种下了北宋灭亡的远因。
