渣滓洞的起源：程尔昌在歌乐山下采煤建矿
渣滓洞煤窑创办人程尔昌，1886年生于磁器口张家场。其父经商，在井口詹家溪一带置有大量田产。父亲死后，23岁的程尔昌变卖了田产，开办了“德记”字号，主要经营棉纱、煤油、盐、糖、五金等。由于磁器口是当时巴县主要的水码头，程尔昌又颇有经营头脑，“德记”生意兴隆。以后，程尔昌以“德记”招牌，以单独投资或是采取与人合股的方式，先后在今天磁器口至烈士墓一带的土地堂、渣滓洞、青草坡开办了三家炭厂，开采烟煤。在临江门开了一家炭房，专销这三家炭厂生产的煤炭。
渣滓洞煤窑开办于1920年，具体事务由工头周文华负责，可能是选址的问题，出煤一直不好，渣多煤少。
在开办炭厂的同时，程尔昌还在青草坡开办砖厂，烧制砖瓦；在地藏寺开办农场，栽桑养蚕，又建丝厂，缫制蚕丝，聘请川大毕业的陈执中、陈治明等作技术指导；在磁器口正街大码头开设碗铺，经销陶瓷器；在大溪沟一带开办固安建筑公司；投资开办“德记”钱庄，这是巴县乡镇中最早的银行。
磁器口是当时巴县主要的商品集散地，但磁器口到重庆的交通却只有靠水上的木船，交通的问题成为磁器口发展的瓶颈。1928年，程尔昌看准机会，集资兴办了“庆磁汽船公司”，买了两艘小轮船“庆磁”、“庆合”，专门从事磁器口到临江门码头的运输，既提高了运输能力，又弥补了由于水域问题大船进不来的不足。民生公司总经理卢作孚曾专程到磁器口拜访程尔昌，对于他能抓准机会发展地方经济的做法非常赞赏。
在开办实业的同时，程尔昌也非常热心于公益事业。1923年，程尔昌在磁器口创建书报社，他带头捐出了自己大部分的线装书，还出资为书报社订了大量的报纸杂志，并挨家挨户动员镇上的有识之士捐书捐款。这年的下半年，程尔昌又开办了英语夜校，第一期便招收学员百余人。
程尔昌捐资办学，自己生活却十分俭朴，一生布衣粗食，洗脸洗澡坚持用肥皂，从来不用较贵的香皂。对子女教育也十分严格，孩子们谁要是掉一粒饭在桌上，程尔昌必定命他捡入口中。一次，程尔昌三岁多的小儿子骂了他雇请的账房先生，程尔昌知道后，严厉责备了孩子，并要孩子给账房先生叩头赔礼才算完。
1924年，受地方推荐，巴县教育局委派程尔昌为龙隐镇学董，负责管理龙山小学等10余所国民学校。一上任，程尔昌便大胆改革，聘请当地知名人士程云骞、戴诚为龙山小学校长，聘请川东师范毕业生黄名杨、管庚饶、梅兰皋等为教师，使学校面貌大为改观，教学质量迅速提高。又四处奔走，八方游说，积极筹资修建新校舍，新校舍可容纳12个班的学生，建有师生宿舍、会议室、礼堂、食堂，校舍前有校前区，有花园、球场等设施，其面积之大、设备之好在全县首屈一指。1925年巴县全县小学举行毕业会考，教育局长胡子昂亲自监考，全县共千余名学生参加考试，前三名均是龙山小学学生。胡子昂对程尔昌的办学有功大加赞扬，并要龙隐镇出资保送前三名进入巴县中学。程尔昌风趣地说：“你说我办学有功，还要罚款吗？”胡子昂也哈哈大笑起来。协商后，最终保送第一名吴怀免费进入巴县中学读书。
以后，程尔昌创办过巴县西里中学，聘请前清举人龚春岩为校长，培养出不少优秀人才。该校后来与渝南、渝东及巴县中学农科合并为三里职业中学。
重庆大学筹办时，选定了沙坪坝刘季陶的田地，刘季陶的儿子刘向熙却不愿出卖。
负责此事的沈懋德急得不行，托当时已在万县师范任教的吴怀找到程尔昌，由程尔昌出面说服刘向熙。经程尔昌做工作，刘向熙不但同意出卖200亩地，另外还送了200亩地给重大，解决了重大校址问题。
由于在振兴教育方面做出的成绩，程尔昌1928年被委任为龙隐镇镇长和巴县第一区区长之职。磁器口由于商业日益发达，在巴县经济中有举足轻重的作用，素有“小重庆”之称，但磁器口街道狭窄，地下水道不通，街容破旧，与其经济地位极不协调。
程尔昌上任之初便积极策划，改变磁器口的面貌，拟扩建正街街面（即现在的磁器口正街）。在扩建过程中，要求原来街两边的房子后退，在赔偿问题上与少数人的个人利益发生冲突，这些人借机闹事，要求撤销程尔昌的镇长和教育委员职务，并上告到巴县县政府。没有得到县政府支持，这些人又向二十一军军部控告，并设计暗害程尔昌。
程尔昌本无意仕途，遭此暗算，遂于1929年辞去镇长和教育委员职务，磁器口正街街面扩建也因此半途而废。
离开政界，程尔昌转而全力投入自己的生意。由于世界经济萧条，资本主义经济大举入侵，中国的民族工业普遍难以为继。程尔昌经营的渣滓洞煤窑由于生产成本高，产品积压多，煤的质量也不好，有人提出是开错了路，需要另开煤道。反复勘察后，程尔昌采纳了这个意见，内忧外困下他的资金周转已很困难，1931年8月，程尔昌亲自到自贡找他的好友-曾任自贡盐业公会主席的欧尔彬处借钱。由于程尔昌的工作习惯是事必躬亲，长期的辛苦操劳，早已使他积劳成疾，加上旅途的劳顿，竟使他一下病倒了。经查，已是喉癌晚期，一个月以后，程尔昌客死于自贡。
程尔昌灵柩运回磁器口时，数百群众自发来到街上迎灵，哭声震动磁器口三街。
巴县县长冯均逸送“为学捐躯”匾，以示悼念。
程尔昌一生，力图实践教育救国、实业救国，但在半殖民地半封建的社会，他的理想是不能实现的，劳碌一生却在45岁的壮年期郁郁而终。程尔昌死后，债主成立债权团，变卖了程尔昌的大部分财产，渣滓洞煤窑由债权团管理。
1938年冬，军统局由汉口撤退到重庆。1939年5月3日和4日，日本飞机对重庆市区进行连续轰炸，军统局办公地点观音岩罗家湾也受到严重威胁。戴笠派军统局总务科长郭斌，到重庆郊区寻找交通方便，能避免轰炸的乡下地方，租所房屋供军统局存放档案，并将一部分单位迁移到乡下去办公。
大约一周后，军统局租下了歌乐山脚下五灵观的缫丝厂，原在罗家湾军统局本部办公的司法科、警务科、统计科、文书科等单位转移到五灵观。戴笠称这里为军统局缫丝厂办事处，并指定文书科科长刘启瑞兼任该处主任。以后，又将白驹的公馆买下作为看守所。
1943年，中美合作所成立，白公馆改为中美合作所第三招待所，必须另觅新址关押白公馆所关犯人。军统总务处长沈醉亲自开着一辆吉普车到处察看，终于选中了渣滓洞。渣滓洞离白公馆约四五华里，地处偏僻，此时有为数不多的工人在维持着这个产量并不高的煤窑。沈醉发现了这个地方，他看中这里地势的险峻陡峭，山坳里被煤矸石堆起的一块很大的平地和平地上已有的一排矿主办公和井下工人居住的房子，认为“这个地方作监狱是再理想不过的了。只要把这块平地用高墙电网一围，犯人就是插翅也难逃出这个山坳，因为三面的山峰陡峭高险，人很难攀登，前面的山谷很陡，只有一条通往磁器口的羊肠小路。小路右侧山崖有一条一米多宽的碎石路，这是煤矿为了用车往外拉煤而修的。只要在这条路的山崖上修一岗楼，派一两个士兵把守，就有‘一夫当关，万夫莫开’之势”。沈醉把这情况向戴笠作了汇报，并领着戴笠亲自去看了一次，戴笠很满意，说：“就定在这里。”可是，当沈醉带着几个特务去跟矿主交涉时，矿主却说什么也不答应。“他是一个五十开外的胖老头，一听我们要占这个地方，就急得汗流满面”（沈醉语）戴老板已经定了的事，沈醉怎敢不照办，对矿主一番吓诈，矿主仍不松口，矿主气得脸色发青，双唇哆嗦地说：“你们能买下我的煤矿，但能偿还我这十多年的心血吗？你如果硬要占这块地方，我就死在这里！”沈醉硬梆梆地扔下句话：“这块地我们要定了，你搬也得搬，不搬也得搬。”协商不成，特务出动武力去封煤矿，矿主叫天天不应，叫地地不灵，只好以死抗争，当着特务的面上吊自尽。
“当时听到部下向我报告矿主的这个消息时，我也有点吃惊，没想到他真的这样做了。我赶到渣滓洞时，人们已经把那个矿主从上吊的地方放了下来。他面朝天躺在矿井里，舌头伸得很长，两只眼睛都快突出来了。旁边一个特务对我说，他们来封井的时候，他死活不让，他把一根绳子拴在井口的一根横木上，对特务说：‘你们要是封井，我就吊死在这里。’特务根本不理他的茬儿，继续往井口运石头塞口，他就真的吊死了。”（沈醉语）渣滓洞成为看守所后，前期主要用来关押军统的违纪人员，只有个别政治犯，大部分政治犯被关押在息烽集中营。
军统内部有极为严厉的“家规”，若有违犯，即会遭监禁。在抗日战争期间，戴笠规定“军统特务人员，一律禁止结婚，违者严惩不贷”，在军统禁婚的几年中，违反的不下六七十对，绝大部分都受到了“家法”制裁。
戴笠对军统内部人员甚至有“生杀予夺”的权力，凡是严重违犯“家规”的，毫不留情一律枪决，枪决特务，一律不准打脑袋，死后称为“烈士”。死亡的特务中，有“三殉”的说法：即殉职、殉难、殉法，“殉职”是因公致疾不治身死的，“殉难”
是在为军统工作中死去的，“殉法”即是关押的特务被枪决，军统特务陈昌熙就是殉法被“密裁”的。陈被关押渣滓洞期间，一天，突然军统行动组长陈奕民带着几个特务声称：“陈昌熙同志，你转移法院，收拾一下就走。”陈被押出监狱大门几分钟后，即响起一声枪声，陈昌熙即作了殉法的“烈士”。戴笠曾向亲信们夸口说：“最高明的杀人者，要做到被杀的人不喊痛、不叫屈，并说杀得对，杀得好。”每年四月一日，军统举行纪念大会时，戴笠要亲自主持，“公祭”三殉的特务。在离渣滓洞不远处设立了红炉厂公墓，墓的最上层立了一块很大的碑，上面却什么字也没有，这里面埋的就是军统因“三殉”而亡的特务们。
据1945年至1946年关押在渣滓洞的军统“违纪分子”王仁德回忆，在他被关押期间，先后在渣滓洞关押过的军统和其他人员有：余乐醒、赵乐天、朱祥征、揭梦渔、许忠五、文德、浦仲鸣、杨惠敏、祝乐山、王凤起等数十人。被关押的特务，虽已成阶下囚，却自己把自己叫做“休养人”或者“休养同志”，以表明自己是军统的“自己人”，而有别于“政治犯”。休养人又分为特别休养人、优待休养人、特殊休养人、一般休养人四种。如军统少将余乐醒，则是属于特别休养人一类，余乐醒虽为在册休养人，却不关在渣滓洞，而是在“四一医院”囚禁，享受特殊待遇。
这个余乐醒就是1939年在河内刺杀汪精卫的那个余乐醒。1938年12月，汪精卫离开重庆，由成都转道昆明后去河内，发表声明，响应日首相近卫文麿调整中日关系三原则。国民党副总裁这一行动，使蒋介石感到很难堪，便指示戴笠立刻派人去河内刺杀汪精卫。戴笠把原军统临澧特训班副主任余乐醒叫到重庆，余乐醒为留法勤工俭学会学生，能操流利的法语，对河内情况熟悉，是执行此项任务的最佳人选。戴笠要求他务必尽快干掉汪精卫，并由戴笠在特务总队内挑选了武术和枪法最好的唐英杰、陈帮国、陈步云等六人，由余率领前往河内，执行刺杀汪精卫的任务。一行人到河内后，很快在汪精卫居所附近找到一套房子，租下来。经仔细侦察后发现，汪精卫身边有大批当地军警保护他，迟迟无法下手。余乐醒向戴笠汇报后，戴笠很着急，怕汪精卫去南京后更难找到机会下手，一再催促余乐醒早日动手，到3月12日，戴笠认为再也不能等了，决定当天晚上越墙而入。当晚，于半夜越墙进去后，想用斧头砸开门，却怎么也砸不开，只好在门上劈了一个洞，用手电照着开枪射击。枪声惊动了保卫的军警，结果除余乐醒、唐英杰两人逃走外，其余均被逮捕，直到抗战胜利才被释放。
可是，打死的并不是汪精卫，而是汪的秘书曾仲鸣。原来因曾仲鸣的妻子来河内探望曾，汪精卫临时将自己住的大一点的房间让给曾夫妇住，自己搬到另外的房间去了。
特务们半夜越墙进去后，还以为汪住在原来的房间，劈门的时候，曾仲鸣钻到床底下，只露出半截身子，特务以为是汪精卫无疑，结果错杀了曾仲鸣。
余乐醒这样一个舍生忘死的老牌特务，却为何被关进监狱呢？余乐醒为人率直，博学多才，加上当过临澧训练班的副主任，学生众多，因此恃才而傲，得罪了不少人。
临澧训练班的学生对余乐醒亲热敬佩，对戴笠这个班主任反倒敬而远之，戴笠认为余乐醒在有意拉拢学生，发展自己的势力，早就对余不满，特别是刺杀汪精卫不遂，戴笠被蒋介石狠狠骂了一顿后，更是嫉恨余乐醒，将他调往贵州遵义，开发炼油厂。从此后，余虽有抱负，却因怀才不遇，情绪消极。余乐醒在遵义含辛茹苦，油厂初具规模，这时早就觊觎余厂长位置的一个小特务打报告给戴笠，说他挪用公款作买卖，戴笠想杀杀余乐醒的气焰，以打击他在学生中的威信，所以抓住这次机会，让人把余乐醒关进监狱。余乐醒关到监狱没几天就大病一场，这时他的内弟沈醉正是戴笠跟前红人，到戴笠处求情，建议把余关到军统四一医院，也好治病。把余乐醒关起来，就已经达到了戴笠的目的，如果真把余乐醒关死在监狱里也不大好交代，就顺水推舟答应了沈醉的要求。余乐醒也就在四一医院关了两年多，直到戴笠摔死，才被放出来。
此外，在“八一三”淞沪战役中，为坚守四行仓库的800壮士送国旗的女童子军杨惠敏，因押运途中丢失了影星胡蝶的衣物，也曾关押在渣滓洞监狱，戴笠死后被释放。
1946年7月，息烽监狱撤销，关押人员迁往重庆并入渣滓洞监狱，稍后，望龙门看守所也撤销，在押的十余人也并入渣滓洞关押。1947年4月，渣滓洞关押人员全部迁往白公馆，渣滓洞看守所关闭。
1947年12月，渣滓洞被作为重庆行辕第二看守所又重新关押犯人。关押的第一批人员是在当年“六一”大逮捕中被捕的20余人。
第二批人员是1948年4月，四川省特委会将成都、内江在“六一”大逮捕中所抓的孙文石、刘慕宇、刁侠平等13人解来此关押。
第三批人员，为“小民革”案被捕人员约八九人。小民革全称为中国民主革命同盟，主要成员为国民党军政界高层民主派人士，是我党南方局在抗战期间领导成立的统战组织。1947年10月，因为筹组地下武装，事机不密，被特务破坏，川康军委负责人田一平、胡春浦及正从事武装活动的何雪松、李子伯、萧中鼎等被捕，随后解来渣滓洞。
第四批人员为1946年在湖北房县突围战斗中负伤被俘的龙光章等新四军指战员。
