第五批为1948年4月到6月，军统特务以侦破重庆地下市委机关报《挺进报》为契机，逮捕了中共重庆地下市委书记刘国定、副书记冉益智，二人随即叛变，上下川东党的组织遭到严重破坏后被捕的一百多人。其中有中共重庆市委委员负责工运的许建业、重庆市委妇委书记胡其芬、中共沙磁区学运特支书记刘国、中共重庆地下市委机关报《挺进报》代理特支书记陈然、中共重庆北区工委委员王朴、湖北宜昌特支书记负责军运的陶敬之、中共万县县委书记雷震、副书记李青林（女）、下川东地委委员杨虞裳、下川东地委委员唐虚谷、张静芳夫妇、负责重庆和下川东联络工作的女共产党员江竹筠、开县县委委员荣世正等。
第六批为1948年川东地区三次武装起义失利后被捕、被俘的游击队员、武工队员约80人。如上川东第一工委委员陈以文、上川东第八工委委员蒋可然、上川东第四工委委员、第七工委副书记刘石泉、虎南区区委委员李大荣、岳池县妇女特支书记邓惠中和她的儿子邓诚、川东临委书记王璞的妻子左绍英。
第七批为川北遂宁横山区区委书记袁儒杰被捕叛变后，牵连被捕的10余人。
第八批为1949年元旦之后，受刘、冉叛变影响，特务去成都抓来的中共川康特委书记蒲华辅一家四口，以及川康特委委员华健、中共重庆北区工委书记齐亮和妻子马秀英等10余人。
第九批为徐远举利用内线特务，破坏民革川东、川康组织后，于1949年8月在重庆逮捕的民革川东分会领导人黎又霖、周均时等，在成都逮捕的民革川康分会领导人周从化、李宗煌等10余人。
另外还有因其他各种原因被捕的人员数十人。
军统在全国设立了许多秘密监狱、看守所，军统局迁到重庆后，这些监狱和看守所就相对集中分布在重庆和贵州一带。在军统局内部，称这些监狱为“学校”，并根据它们的规模和关押人员案情的性质，又分为“小学”、“中学”、“大学”。
“小学”为设在重庆望龙门两湖会馆的望龙门看守所。这里关押的人犯，大多属案情较轻或尚在侦讯阶段的，一般关押时间较短，囚禁一段时间后，根据情况，有的释放，有的转押到白公馆和渣滓洞关押，即“升中学”。案情重大，或案情复杂无法定案者，则要送到贵州息烽，即所谓的“升大学”。息烽监狱撤销后，白公馆取而代之成为“大学”。
白公馆和渣滓洞在不同时期分别隶属于不同的部门管辖。徐远举在解放后的交代材料中称：“白公馆有关人事纠纷与经费困难，第二处在可能范围内帮助解决，第二处破坏革命组织案件送给该所寄禁，审讯与处理由二处直接负责。”
而渣滓洞在1947年以前与白公馆一样隶属军统局（1946年改为保密局），在1947年12月以后则隶属于重庆行辕二处，为行辕第二看守所（第一看守所在原巴县衙门，属军法处，关押军事犯），主要关押政治犯。
抗战时期的渣滓洞看守所（1943-1946年），其实是白公馆看守所迁往新址后的异名。它的组织、人事、“人犯”来源同在白公馆时基本一致。所长变迁情况：从1943年至1945年10月，由侯子川任所长；1945年10月至1946年春，丁义质继任所长；1946年春，丁义质调湖北，张少云继任所长。同年7月，贵州息烽监狱、重庆望龙门看守所撤销，很多革命者被枪杀，大部分军统违纪分子被开释，其余的则和渣滓洞合并，成立保密局重庆白公馆看守所，1947年4月，所押人员全部迁回白公馆，渣滓洞也一度闲置。
渣滓洞的再度开张不能不谈到1947年的“六一”大逮捕。1946年6月，国民党撕毁停战协议和政协决议，向中原解放区发动进攻。1947年2月查封在重庆的《新华日报》，国共和谈彻底破裂，国共内战全面爆发。5月，反饥饿反内战运动在全国兴起。5月4日，上海各学校学生举行反内战、反对物价高涨与官僚资本投机操纵的游行示威，并迅速扩展到北平、青岛等地。5月20日，京沪苏杭地区16所专科以上学校5000余名爱国学生，冲破军警阻拦，在南京举行“抢救教育危机”联合大游行。学生们高呼“反饥饿”、“反内战”的口号向国民参政会请愿。同一天，北平学生举行反饥饿反内战大游行。上海、天津、重庆、福州、桂林、济南、长沙、昆明等地的爱国学生也通过罢课、游行等方式参加斗争。全国各地学生积极响应华北学生倡议，决定在6月2日举行“反内战日”总罢课游行。国民党当局在得知这一消息后，决定抢在“反内战日”总罢课游行之前，即6月1日统一行动，取缔一切爱国民主活动，并出动大批军警宪特，对全国新闻、教育、文化、出版、工商等各界进步人士及学生骨干展开大规模的逮捕，这就是“六一”大逮捕。“六一”大逮捕为全国性统一行动，据事后报纸公布，青岛逮捕152人，郑州捕百余人，成都68人，贵阳、广州各若干人，武汉9人，有3名大学生在这次行动中被枪杀。重庆被捕人数达260多人，居全国之首，被捕人员大多关在罗家湾原军统局本部“漱庐”，少数关在警备部和广播电台。国民党的暴力政策激起了更多人的反抗，重庆大学、女师学院成立了“六一事件后援会”。6月9日，在地下党支持下，成立了全市“大中学校六一事件后援会”，又由地下党员陶敬之等发起组织“社会各界后援会”，各阶层展开了大规模的营救活动。参加这次抓捕行动的有重庆行辕、重庆市警察局、重庆警备司令部、保密局重庆站、中统局西南特区等单位。反动当局原以为凭此，可以把地下党组织一网打尽，不料却适得其反，激起的是更大的民怨。迫于各界的压力，不得不开释部分人员。截至7月，绝大多数已获释放，但在“漱庐”仍有20余人被认为是嫌疑重大，问题复杂，既不能轻易放掉，又不便移交地方法院处理，只好暂时关押在警备司令部稽查处看守所。
眼看漱庐看守所即将结束，各单位工作人员也纷纷撤走，这批决定长期监禁的“要犯”，究竟由谁接手？在捕人的时候，各特务机关以为邀功请赏的时候到了，于是纷纷出动，没想到到头来此事倒成了烫手的山芋，于是几个特务机关相互推诿。扯皮了将近半年，行辕二处处长徐远举从南京高级情报训练班回来，行辕会报终于通过警备司令孙元良的建议，命令徐远举接管。根据当时全国各地集中营都设“感训队”，办“青年训练班”等情况，决定：按国防部下达的“俘虏感训办法”，将这批人编为“感训队”，送往渣滓洞监押看管，对外挂“爱国青年感训大队”招牌。指派李磊为队长，徐贵林为管理组长，以蒋介石的“忠孝、仁爱、信义、和平”为准绳，感召他们成为“三民主义”的忠实信徒。12月15日，仲秋元、唐弘仁、李康、舒年、阳明、龙圣夫、张真民、张怒涛、罗克汀、李文钊、王颖冰、张永昌、周特生、屈楚、杨翱、陈诗伯、蓝又耕、黄三川、易仲康、张现华等20余人，连同早已关押在此的民生机器厂工会理事张国雄、猪鬃工会理事程仿尧、劳协会员汪进仪、傅立志等，全数由石灰市看守所移禁重开的渣滓洞看守所，成为渣滓洞重新“开张”后接收的首批人员。
于是，1947年12月，渣滓洞作为重庆行辕（后改为西南长官公署）第二看守所又旧店新开，再次关押“政治犯”。
有许多人一直把渣滓洞和白公馆都认为是军统局直属看守所，或者是当做是“中美合作所”的监狱，大概缘于以下几个原因：
1．渣滓洞、白公馆同在军统乡下办事处和“中美合作所”的地理范围内，相距不过两公里；2．“中美合作所”结束后，成立了“造时场公产管理组”，处理中美所遗留的物品，其中一部分物品用于渣滓洞、白公馆，所以在渣滓洞、白公馆的部分用品上留有中美所痕迹，使人误以为渣滓洞、白公馆为中美所监狱；3．白公馆、渣滓洞在开办早期同属军统；4．后期，两处都是用来关押政治犯的人间魔窟；5．作为主管渣滓洞的重庆行辕二处处长徐远举，以后既是西南长官公署二处处长又是保密局西南特区区长，而白公馆也曾一度由西南特区监管；6．在1949年11月27日，两处关押的革命者同时被敌人屠杀，而屠杀是由保密局长毛人凤下令，徐远举具体负责执行的；7．1947年12月以后，白公馆和渣滓洞虽分属保密局和二处，但在关押政治犯时有互相寄押的情况，比如罗广斌等属于二处寄押于白公馆，容易让人产生两处同属一个部门管辖的误解。
渣滓洞看守所分内外两院，外院是特务办公室、刑讯室和后来的医务室，外院的墙上涂有专供特务看的训词：“长官看不到、想不到、听不到、做不到的，我们要替长官看到、想到、听到、做到。”“命令重于泰山，工作岗位就是家庭。”还有《中国国民党党员守则》，一共十二条：“一、忠勇为爱国之本；二、孝顺为齐家之本；三、仁爱为接物之本；四、信义为立业之本；五、和平为处世之本；六、礼节为治事之本；七、服从为负责之本；八、勤俭为服务之本；九、整洁为强身之本；十、助人为快乐之本；十一、学问为济世之本；十二、有恒为成功之本。”
内院由牢房和放风坝组成，放风坝西侧有三间平房，其中一间为看守人员办公室，另两间为女牢，1949年上半年前，女牢门面向放风坝开，从下半年起，国民党在战场上连连失利，局势紧张，为防止男女牢串通消息，将原牢门堵死，改向特务外院开门。
循放风坝拾级而上，为一幢木结构的两层楼房，是为男牢，楼上编为“和”字一至八号，楼下为“平”字一至八号，共十六间。曾有一段时间，“平”字一至四号为“优待室”，这是特务故意玩弄的花招，是企图分化革命者团结的阴谋。所谓“优待”，不过是早上六点开锁，至下午五点前不锁房门，放风、上厕所不受时间限制而已。为了瓦解革命者的斗志，所方还在放风坝围墙上写有“劝降”的标语：
“政府痛惜你们背道而去，极望你们转头归来。”
“迷津无边，回头是岸；宁静忍耐，毋怨毋尤！”
“青春一去不复还，细细想想；认明此时与此地，切莫执迷。”并配有“回头是岸”壁画。
渣滓洞后期，大批的政治犯被关进监狱，关押最多时达三百多人。因为人太多，容纳不下，有近三十人寄押于保密局白公馆看守所。狱中生活，糟糕透顶，二十几个人挤在一间牢房的地板上睡觉，一个紧挨一个，像罐头中的凤尾鱼一样，左右两排人一齐侧身卧下，脚对脚交叉起来，才摆得下身体，虱子更是肆虐逞凶。难友们编了一首顺口溜，道出了狱中苦难的生活：“吃的是三多饭（砂多稗子多老鼠屎多），睡的是一脚半；住的笼笼屋，穿的叉叉服（衣服上有墨画的叉）。”关押于渣滓洞最后在大屠杀中殉难的诗人蔡梦慰烈士在他的《黑牢诗篇》中对狱中恶劣环境的描绘真是入木三分：
手掌般大的一块地坝，箩筛般大的一块天，二百多个不屈服的人，锢禁在这高墙的小圈里面，一把将军锁，把世界分隔为两边。
空气呵，日光呵，水呵……成为有限度的给予。
人，被当作牲畜，长年的关在阴湿的小屋里。
长着脚呀，眼前却没有路。
关押在这里的人，有些经过狱外各方营救而获释，如1949年春，在地下党的组织下，由民盟出面，一次营救出21人，主要是1947年“六一”大逮捕中被捕的；通过被策反的狱中医官刘石人开病情证明获释或保外就医的就达30多人，其余大部分殉难于“11·27”大屠杀中。
“斜风细雨又黄昏，危楼枯坐待天明”，这是对手无寸铁，失却自由的革命者的狱中生活的写照。其实，对于这些革命者来说，危楼只能束缚住他们的手脚，却禁锢不了他们渴望解放、乐观向上的豪迈情怀。“独夫梦想成秦霸，壮士从容作楚囚；一片歌声存正气，乐观革命何须愁。”他们利用有限的条件，同狱方进行了各种各样的斗争，演绎出一个个惊心动魄的故事。
1948年3月的一天，国民党国民政府主席重庆行辕二处的审讯室里，侦防科课长陆坚如领着一帮五大三粗的打手，正在拷问一个叫盛超群的青年。据报，盛超群是中共云阳县地下党的县委书记。当时，二处少将处长徐远举正为重庆地下党刊物《挺进报》一案忙得不可开交，忽听万县的特务机关报告抓获共产党要犯盛超群，欣喜若狂，即派得力干将赴万县将盛超群押解来渝。
可是，经过二天的酷刑，盛超群却什么也不承认，徐远举命令陆坚如加重刑罚。
到第三天，盛超群终于受刑不过，承认了自己是云阳县地下党负责人，准备不久要搞更大的武装暴动，成立边区政府并且供出了地下党组织、暴动计划及活动情况，还写出了一份地下党组织的名单。
徐远举接到名单一看，吃惊不小。原来名单上的人物全是云阳县的头面人物：警察局长周璞、督察长高倚明、北乡联防办事处主任唐绍尧、国民党县党部执行委员杨发乙和周世禄、县参议员兼县报编辑主任殴明高、县府财政科长薛迪之等12人。
事不宜迟。徐远举立即派保密局重庆站副站长吕世琨、二处渝组组长雷天元率特务，携轻重武器，乘专轮星夜赶赴万县，会同万县专署专员李鸿焘一起行动。李鸿焘见自己的辖区内出了这样大问题，吓得汗流浃背，心惊胆战，立即率领两个保安大队，与二处的特务一道，专轮赶到云阳，将云阳县政府机关团团包围，准进不准出，按图索骥，将盛超群名单上的12人一网打尽，全部押往万县专署连夜审讯。审讯进行了一个多月，却一无所获，无奈，只好将12人押往重庆，关进渣滓洞，由徐远举亲自审讯，审讯的结果更令徐远举震惊。
解放后，徐远举在战犯管理所回忆起这段案情：
对《挺进报》的侦捕网撒开以后，各地特务为了邀功，纷纷密报发现地下党组织。
