主攻方向是南门。日本人从南门外的断墙里搬出草束，扔到壕沟里，堆在羊马墙上，一下子就和城墙一般高了。于是人群爬上了草垛，紧贴着城墙，没头没脑地攻打。一更，藤堂高虎架起云梯，率先攻上去，撕裂了杨元的防线，于是日军像决堤的河水般冲上来。明军被杀二百六十九人，几近崩溃。
太田一吉和家兵大井何右卫门，摧毁南门，杀死明军百余人。杨元赶紧派出一队明军，冲出南门，推倒草堆，但等他们回来时，城里已经没有一个自己人了。
二更，南门失守。日本人塞满城内大街小巷，挥舞着利剑到处追杀疯狂逃命的守军。火光冲天，浓烟弥漫，哭喊声、惨叫声响成一片。
传报官宁国胤急急忙忙跑来报信：“倭子入城了！”杨元在帐中惊起，慌乱之中，来不及穿上那副银光灿灿的甲胄，赤着双脚跑出大厅，脱下宁国胤的衣服靴帽穿上，带着家丁十八人、士卒三百人逃向西门。
但是潮水般的日本人很快就堵住了杨元的去路，又是发铳，又是砍杀。有十多人不得冲出，折回城内。杨元中了二铳，身受重伤。日本人给明朝的皇帝留了面子，于是让出一条生路。杨元在部下的夹拥下，乘着快马，从大路西逃到益凤山。朝鲜接伴使郑期远就没有那么好运了，他紧贴着杨元，骑马出逃，可是惊吓的战马一次又一次地把他甩下来，最后被日本人剁成肉酱。
当然最惨的是城内的明军和朝鲜人，他们乘着高大的战马，一齐拥向北门。但是北门紧锁一时难开，整个街道填满了簇拥的马蹄，相互交错。
随着一声巨响，北门终于打开，明军一窝蜂拥出，可是一把把高举的长刀早已在门口等待着他们。明军低头冲出，明晃晃的长刀同时落下，一颗颗头颅伴随着凄厉的惨叫声落地，鲜血四溅，北门成了一个血腥之门。
滚动的头颅、惊嘶的战马、碰撞的刀剑，这场屠杀让明月失色！
逃出的寥寥无几，即使能侥幸逃脱，最后仍然是死亡。
在北山头担负阻击陈愚衷的岛津义弘，看到了逃出北门的明军，没等他们逃过山，岛津义弘就突然冲出，一阵掩袭，明军遗尸四百二十多具。残存的明军四处躲匿，也成了日本人的猎物。一个明军爬上树去躲起来，岛津义弘亲自发铳将他打死。
就这样，惨烈的战斗持续到十六日拂晓，直到守城将士全部阵亡，南原城才沉寂下来。
此役，明军阵亡中军李新芳、千总蒋表、毛承先以下两千七百人。杨元的辽东骑兵原有三千一百十七人，逃到恩肆馆之后，杨元查点一下，只剩下区区一百十七人。
朝鲜兵马使李福男、防御使吴应井、助防将金敬老、光阳县监李春元、别将申浩、求礼县监李原春、接伴使郑期远、南原府使任铉、判官李德恢、通官李春兰以及朝鲜官兵七百余人，尽被杀死，无一逃出。
战后，日军共聚得守军首级三千二十六具，日本人割下鼻子后送到日本，向丰臣秀吉邀功。
温馨柔美的爱情之城，被屠之后，尸体盈城，一片荒芜，成了令人战栗的人间鬼域。
捡回活命的杨元在二十四日回到王京时，浑身是血、气喘吁吁地躺在担架上。李昖站在南大门的路旁，手扶着担架，泪流满面：“大人为了小邦的缘故，才到这个地步，真是惨痛至极！”杨元脸色青白，全然不见大丈夫的模样，垂泪答谢说：“多谢厚眷！”再也没有多说一句话，就悄然而过。万历二十六年(1598)七月十七日，杨元在辽阳被斩首。
3.扭转乾坤
南原失陷之后，日军乘胜北上，扩大战果。
八月十七日，小西行长先锋一部侵入任宝。二十日，全州的老百姓望风奔窜，陈愚衷下令明军阻止，但是朝鲜人反而毁坏城墙，烧焚粮草积聚，撞开城门逃出。一切都完了，陈愚衷见城不可守，弃城而逃。至此，全罗道全部沦陷。
二十一日，加藤清正及锅岛直茂父子攻下伽耶山城。兵锋直指忠清道，朝鲜王京岌岌可危。
五天后，藤堂高虎挟闲山、南原大胜的余威，进攻稷山水寨，斩杀朝鲜三百八十余人，朝鲜战船乘着黑夜遁去。
明军提督麻贵见事态危急，派游击牛伯英南下赴援，与北撤的陈愚衷合兵，集结公州，阻击日本人北犯忠清道。
但是公州的明军仅一万多，绝对挡不住十余万日军的进攻。麻贵只好下令牛伯英退缩王京，依附汉江天险。日本人旋即占领公州，打开进犯王京的大门。
麻贵慌了神，赶紧向经略邢玠请求退兵，准备撤出王京，退守鸭绿江。请求书送到平壤的明朝海防使萧应宫手里，萧应宫马不停蹄地跑到王京，总算打消了麻贵逃跑的念头。
于是，麻贵派遣副将解生，在公州以北的稷山扎营，扼守北进王京的咽喉。国王李昖也派都体察使李元翼，驰出鸟岭，南下忠清道，协助解生挡住日本人。
朝鲜吏曹判书李德馨对经理杨镐说：“如今倭贼逼近京城，一旦渡江而去，那么汉江以西就危险了。现在应当赶快去王京，还来得及。”部属劝杨镐不要轻率南下，杨镐不听，一口气跑了几天，在九月初一抵达王京。一进王京，杨镐立即追究南原、全州败逃罪责，以正军法，又认为朝鲜金应瑞泄露南原机密，让李昖处以国法。
翌日，日本人自全罗道与忠清道交界之处的锦山城出发，进犯忠清道，侵掠怀德、林川、韩山等地。先头八十多人到公州，探试锦江深浅，准备渡江北攻王京。
消息传来，王京城内人心惶惶，逃的逃，疯的疯，散去一空。朝中文武百官，纷纷把家里值钱的东西放进箩筐里，荷担而立，准备随时逃跑。妃嫔、宫女早已在初九出走避乱。
王京四面楚歌，悲观的大臣们，争先恐后向李昖献上退避良策。一时间，天又塌了。
李昖惶恐不安地看着杨镐的脸色，而杨镐却紧锁眉头地盯着手中明军的花名册。
拯救朝鲜，保卫王京，就靠杨镐一人了。杨镐苦不堪言，明军全都集合起来，就把烧火的、养马的全算上，也不到两万啊。王京危若累卵，朝鲜命悬一线。
死地则战，哀兵必胜。这句话，杨镐还是懂的。
杨镐把麻贵以及各个将领唤到帐下，痛骂一顿之后，带领他们登上王京的南山，察看地形，商讨对策。杨镐立即制订了一个扭转战局的计划，绝地大反攻！
麻贵连夜从各军营挑选了精壮士卒两千人，骁将十五人，由副总兵解生、参将杨登山、游击牛伯英、游击颇贵率领，奔赴稷山以南不远处的天安城，阻击日军北上，当然这一切均属秘密行动。
不久，经略邢玠到达辽东，军心才逐渐安定下来。
邢玠招来参军李应试，询问对策。
李应试，字省勿，以世荫为锦衣卫官员。后来成为一位天主教徒，取了一个教名葆禄(外文名字Paolo Li)，跟耶稣会传教士利玛窦(Matteo Ricci)交好，较早地接触到西方文化。五六年之后，他根据利玛窦的世界地图《坤舆万国全图》，刻印了《两仪玄览图》。而五年之前，他也随着李如松入朝，并建议李如松利用沈惟敬来麻痹小西行长，取得了平壤大捷。可见他足智多谋，故而邢玠对他很是倚重。
李应试反问：“朝廷之上作了什么应对之策？”
邢玠说：“政府秘密筹划了八个字，‘阳战阴和，阳剿阴抚’，万万不可泄露出去。”
李应试答：“如此就容易了。倭子再次发兵，就因为在两国议和方面，朝廷处理得过于绝望。南原之战，倭子故意放杨元一条生路，就是希望朝廷能够重新处置。不如让人去倭营，宣称沈惟敬还没有被处死，让他们尚存一丝议和希望，他们就会撤退的。”
那时，沈惟敬被杨元擒拿之后，仍然拘押在朝鲜王京，李昖还跟他会过面。
于是，邢玠派李大谏去小西行长军营，冯仲缨去加藤清正军营，暗地里自与日本人沟通。
但很快就从南方传来令人振奋的好消息，解生等人在稷山、天安之间大败日本人，遏止了敌人北上的迅猛势头。
4.稷山大捷
对杨镐来说，解生南下作战纯属最高机密，朝鲜君臣甚至其他的明军友部都被蒙在鼓里。眼看着日本人日益逼近，李昖整天忧心忡忡，寝食不安。可是，杨镐还是若无其事，李昖实在忍不住了。
九月初五，国王愁眉苦脸地出现在杨镐面前：“倭贼先锋已经到了恩津、连山境内，离王京仅有一步之遥，人心几乎要崩溃了。天兵快快出手啊！”
杨镐安慰说：“知道了，应当大发兵马，剿捕倭贼。”
李昖生怕杨镐只是磨磨嘴皮而已，又说：“天兵大部队还没有到来，倭贼的声势却如此之嚣张。现在已经到了公州，很快就会冲过来。不知道前头的防御，大人作了哪些布置？”
天机不可泄露，杨镐仍然守口如瓶：“倭贼突来侵犯，应当先观察观察，看看敌人多寡。可战则战，能守则守。”说这话时，杨镐也为解生的两千人马捏了一把汗。
初六，解生、杨登山、牛伯英、颇贵四将到达稷山以北十余里的弘庆院。该处地形复杂，多峡谷丘陵，于是解生就在此地埋下伏兵，还在草丛中暗藏了许多火药。
这时，日军已深入忠清道腹地，攻下清州，毛利秀元幻想着只要攻拔全义馆，那么他的三万大军就会一窝蜂拥入王京。于是，黑田长政率领五千余人作为开路先锋，直抵天安。
翌日清晨，黑田长政派遣先锋黑田图书助①、栗山四郎右卫门和毛屋主水武久，率数百人，前去探路。想要从天安向王京进军，愁站(又称愁歇院)是必经之地。从愁站折向东北的弘庆院，是王京的门户。
黑田军的先锋队小心翼翼地搜索前进，到了稷山城以南十余里的素沙坪，望见前方的开阔原野密密麻麻布满了明军，数量是自己的好几倍。黑田图书助有些胆怯，打起退堂鼓。
毛屋主水说：“我曾经多次见过大军，没有一次像长莜之役那样的。现在的明军兵力，是长莜兵的好几倍。一旦退去，他们必然追击，把我军消灭。不如奋起一击，或许可以全军而退。”黑田图书助、栗山四郎右卫门听到此话，决定一战。
毛屋主水很快就发现明军的优势所在，个个手里拿着厚厚的铁盾，足以抵挡日本人的刀铳齐攻。毛屋主水建议，在发铳的掩护下出击，冲入明军阵中，排开铁盾，然后大肆砍杀，必能取胜。于是，数百日军抖擞精神，准备冲锋。
令人纳闷的是，明军看到日本人漫山遍野冲上，竟然无动于衷，都像木头一样，站在那儿动也不动，甚至还向日本人热乎乎地招手、喊叫。原来日本人穿着白衣服，明军还以为是朝鲜人。
趁着明军迷迷糊糊之际，日本人乱发铳，烟雾腾空而起。数百人随之嗷嗷大叫，冲了上来。解生等人这才如梦初醒，于是跨上战马，身先士卒，飞驰而下，身后的明军挥舞着刀剑，以排山倒海之势猛压下来，又是操棍，又是射箭，一待接战，如捣药切菜，冲得日军七零八落，很快败阵下来。
明军兵分两路，左路从柳浦、右路向灵通，走平坦大道，包抄过去。一连追赶了十多里，从清晨一直鏖战到中午，日本人遗尸累累。由于战斗激烈，顾不上割取首级邀功，只阵斩日军三十一人，解生、杨登山各手斩二人，颇贵手斩三级。清理战场时，发现遗尸中有几个穿戴金盔金甲的，降倭叶春指认，其中一人是加藤清正的部将叶一枝。
黑田长政率领三千人在后，隐约听到前方有铁炮声，心里一阵隐忧，急忙派时枝次右卫门前去询问：“到底是遇到敌人，还是射击鸟鹤？”
① 黑田图书助及下文的栗山四郎右卫门、后藤又兵卫、黑田三左卫门为“黑田八虎”中的“四虎”。毛屋主水武久，“黑田二十四骑”之一。野村市右兵卫，“黑田二十四骑”之一野村太郎兵卫的儿子。
黑田长政十分担心，不等枝次右卫门回报，又派家臣后藤又兵卫、黑田三左卫门、野村市右兵卫等人赶赴前阵。
后藤又兵卫先行抵达素沙坪，吓了一跳，数不清的明军正在没命地追赶黑田图书助等人。后藤又兵卫急忙纵马跳上左侧山冈，招呼黑田三左卫门。黑田三左卫门叫道：“我们兵少，如果去攻击明军，必会全军覆没。但任凭明军前进，又会威胁到主人的本阵队伍。此刻纵然是九死一生，也要阻挡明军渡桥。”
黑田三左卫门不愧为“黑田八虎”之一，一马当先，跃过桥去，杀死过桥的几个明军。同时指挥部下，死拼一番，总算挡住了明军过桥。根据日本人的记载，足智多谋的后藤又兵卫还施展诡计，走马灯似的不停在左侧山冈上来回奔跑，扬起尘土，让明军误以为大部队在调动，明军这才停止追击。战后，后藤又兵卫对黑田三左门卫说：“以区区寡兵阻敌大军，实在凶险，幸亏有你们才存活下来，实乃不幸中之大幸。”
不久，黑田长政也率大军赶上来。解生见敌众我寡，加上日已黄昏，遂下令收兵。黑田长政将黑田图书助等人解救之后，也向南撤退。
夜里，解生料想明天又将有一场恶斗，对诸将说：“今天倭贼斗志正盛，明天当决一死战。大家努力向前，不要坐待军法处置。”又连夜向水原的麻贵求援，麻贵得报后，即刻下令各营，让他们尽数出阵，并发令旗，命游击摆赛率领精兵两千五百人增援。
仓促遭遇，谁也摸不清对方的底细，黑田长政也向天安的毛利秀元求援。
度过紧张的一夜，又是拂晓。黑田军率先向素沙坪的明军发起急攻。齐放炮铳之后，日军一字阵形散开，摆出一个鹤翼阵，母里太兵卫为右翼第一阵，井上九郎右卫门为右翼第二阵，后藤又兵卫为左翼第一阵，黑田图书助为左翼第二阵，两翼共三千人。黑田长政亲率二千人居中，对明军来了个先发制人。
随着战斗号角的吹响，黑田军的长刀长矛交织着黑白相间的两色军旗，在空中狂乱飞舞，喊杀声震山谷。
