战略转变
1941年，日军在一份《对共产军的观察》的情报中说：“共军……埋头于恢复战斗力及重建根据地的工作……彭德怀说：‘以游击根据地的经济建设作为本年度的中心课题。’”确实如此，百团大战过后的1941年，八路军正是埋头于恢复战斗力及重建根据地。
为了渡过根据地面临的严重局面，刘、邓根据中央军委及八路军总部的指示在晋冀豫根据地采取了一系列措施：加强“三三制”的政权建设，整训主力兵团，加强军区建设，发展地方武装和人民武装，坚决进行反“蚕食”、反“扫荡”的斗争。
每一项措施都是根据地在恶劣的环境中生存与发展的重要一环，哪一个环节出了问题，都会影响到整体机能的发挥。这些环节正像人体上的各个系统一样，相互影响相互联结，绝对缺一不可。
129师的主力兵团整训，从1940年12月下旬开始，至1941年6月底结束，分两期进行，每期两个月。百团大战后，部队减员很多，新补充战士的战术动作、射击技术都不符合标准，整训势在必行。但在主力整训过程中，对日军蚕食、“扫荡”的打击就相对的弱了一些。
百团大战后调整的重要措施之一是加强了地方武装建设。1940年有一段时间，由于盲目扩编，地方武装、游击武装正规化过猛，致使地方武装力量削弱很多。在残酷的“扫荡”与反“扫荡”过程中，主力兵团一旦转移，马上就暴露出地方部队、游击队不能独立支撑根据地的武装斗争的情形，使已经取得的成果迅速丧失。
为此，1941年2月22日，彭德怀向华北各大小战略区发出关于军区工作的指示，要求把八路军的基于兵团与军区组织系统分开，建立起军区独立的组织机构与系统，在军区领导下加倍发展地方武装和组织各种群众性的抗日武装队伍，使之即使在主力部队转移的情况下仍然能够坚持武装斗争，保卫根据地。1941年3月28日，彭德怀在北方局干校发表关于《抗日根据地武装斗争》的重要演说，将他的上述想法进一步理论化，正式提出了建立正视军、地方军、民兵三结合的武装体制。
彭德怀的“三结合”的思想，得到了毛泽东、朱德的赞同。同年11月7日，中共中央军委发出《关于抗日根据地军事建设的指示》，进一步肯定了这一武装体制，并在各个根据地普遍实行这一体制，以后，这一体制也成了解放战争时期乃至中华人民共和国武装体制的基本形式。
刘伯承在具体实践“三结合”武装斗争思想的过程中，又对其进行了创造性的发展。
刘伯承在游击集团的建立上动了一番脑筋。1941年5月，刘伯承连续发布命令，要求健全与强化游击集团，对敌展开全面、有力的斗争。建立游击集团的这一措施，体现了刘伯承对敌后游击战争的深刻认识。游击集团是地方武装与人民武装相结合，广泛地开展游击战争，配合正规军作战的组织形式。村级以民兵的游击小组为干队，自卫队和其他民兵为支队；区级以区游击队为于队，各村人民武装为支队；县级以独立营为干队，各级游击集团为支队。地区基于团、营分遣到县，即是该县游击集团的干队。
这一严密、科学的组织形式，是敌后游击战争的一个“创举”，在以后的反“扫荡”作战中起到了重要的作用。
在发展游击集团的同时，129师先后将新编第9旅、新编第11旅、决死第3纵队和新编第10旅等主力兵团与冀南、太行有关军分区合并，所隶各兵团改为军分区的基干团。到1941年底，晋冀豫根据地大多数军分区都已有一至三个基干团。整个根据地的地方武装在这一时期得到了迅速的发展。
那时，与“三结合”喊得一样响的是“三三制”。
1940年3月6日，为进一步加强根据地的政治建设，健全民主制度和政权组织，中共中央发出《抗日根据地的政权问题》的指示，指出抗日民主政权是民族统一战线性质的政权，根据这一原则，应明确规定，在抗日政权中共产党员占三分之一，非党的左派进步分子占三分之一，中间派占三分之一，即实行三三制。“三三制”的实行，加强了各种力量间的团结，扩大和巩固了统一战线。
中央提出建立“三三制”的政权体制后，邓小平即在太行山各抗日根据地加以组织落实，并进行了创造性的发挥和阐释。邓小平于1941年4月15日发表了《党与抗日民主政权》一文。文章中，邓小平充分肯定了“三三制”的政权是当时敌后抗战的最好的政权形式，因为它是“几十革命阶级对汉好、亲日派、反动派的联合专政，既能合乎统一战线原则，团结大多数与日寇、汉好、亲日派进行斗争，又能保证由共产党员与进步势力结合起来的优势”，说到这里，邓小平意犹未尽，他进一步指出这种政权形式也是“将来新民主主义共和国所应采取的政权形式”。
邓小平在《党与抗日民主政权》一文中还批评了“党权高于一切”、“党员高于一切”的错误观点，他明确提出在“一个半封建的缺乏民主的国家”里，“共产党员一般缺乏民主的习惯，缺乏民主政治斗争的常识与锻炼”，他提出要“使党更加接近群众，锻炼党，使党成为群众党”。温乐群在《邓小平之初》一文中认为，邓小平的这些思想和主张反映出他的远见卓识，至今仍未失去其价值，使人振聋发聩，倍感亲切。这可能是半个世纪后，邓小平主张进行政治体制改革进一步发展扩大民主的最初思想源头。
在斗争最残酷的阶段，“三三制”显示出了它独特的价值。
争夺中间地带
对华北即将出现的困难局面，八路军总部和中共中央北方局遵照中共中央和中央军委关于打破敌顽夹击、战胜困难的方针和政策，结合华北实际情况，于1941年1月6日和2月26日先后发出对敌斗争指示。明确指出：敌可能增加华北兵力，进行大规模“扫荡”，国内可能发生突然事变，华北战局将比以往任何一年严重。要求八路军广泛进行交通破袭战，打破敌人的侵害封锁，做好反“扫荡”作战前的准备等。
实际上早在百团大战进行过程中，1940年9月25日彭德怀在中共中央北方局高干会议上所做报告的第五部分中，就在谈及百团大战的胜利影响华北情况的两个可能时指出：
华北战局更加严重的可能：
1.可能调动敌人增援，从华南、华中及日本国内调3个至5个师团到华北来。
2.敌加强铁路线的严密封锁，由一般的分区“扫荡”进行分区“清剿”。
3.敌人加强对于山岳基本根据地的残酷摧毁与屠杀。
虽然八路军的高级领导人对百团大战后的日军的报复行为早有预见，但其来势之猛、程度之烈仍然超出了人们的想象。
力实现彻底摧毁抗日根据地的企图，日军首先大力增修铁路和公路，并在铁路和主要公路两侧挖封锁沟，筑封锁墙，特别在平汉路北段两侧各10公里地带，构筑了长达500公里的封锁沟，以切断北岳、太行山区抗日根据地与冀中、冀南平原抗日根据地的联系，断绝山区根据地的经济来源。
与此同时，在平原抗日根据地沿纵横交错的公路大量增设据点，三里一个岗楼，五里一个据点，将根据地分割成若干小块，强化“囚笼”政策。在切断了根据地间的相互联系后，再对根据地进行“边沿蚕食”和“跃进蚕食”。
所谓“边沿蚕食”，即在准治安区的边沿，先潜入特务，建立秘密组织，待时机成熟，突然进入，乘游击队和群众暂时退出之际，迅速成立伪政权，待群众近回后，这一区域已由灰色变为黑色。所谓“跃进蚕食”，即以“扫荡”为先导，在抗日根据地内部安设据点，然后依托据点逐渐向外扩张，变抗日根据地为其占领区。从效果上看，“边沿蚕食”对抗日根据地的威胁更大。
因此，为打破日军对抗日根据地的封锁和蚕食，中共中央军委指出：凡对我有害的道路，必须彻底破袭之；凡为敌必争，而我又无力控制者，不可因破袭而引起敌之守备加严；凡是我方需要通过的交通线，不可破坏，以免引起敌之注意，加紧封锁，而不便我通过。
1941年6月9日毛泽东在给“刘邓并彭左罗”的题为《河北平原反“蚕食”斗争的政策》的电报中指出，“敌在冀南之‘蚕食’政策，其目的在于缩小我之活动地区，扩大其占领地，若不予以击破，则我在平原将立足困难。”当毛泽东将反“蚕食”与能否在平原生存联系起来后，“蚕食”与反“蚕食”就有了非同寻常的意义。毛泽东进一步阐明：击破这种政策的中心环节在于有正确的政策，主要应从政治上着手，而不能只是军事进攻或以军事进攻力主。在这里，毛泽东以一个政治家的目光，捕捉到了这一军事斗争中的政治色彩。“主要应从政治上着手”，在理论上指导着抗日根据地在未来的斗争中走进一个全新的领域。
基于“从政治上着手”的思想，民众中某些被迫应付敌人的行为，不仅不应尖锐地反对，反而应该因势利导成为带有计划性的应付敌人的办法，甚至成为策略，甚至“应帮助民众想出这些办法应付敌人，只有如此才不致使群众脱离我们”。
基于同样的思想，在敌对势力为主的地区内，“应多采用两面派政策”，加强伪组织、伪军工作，多交朋友，“一切只着眼于一时的痛快拼命斗争而不知道转弯的办法都是有害的”。
毛泽东的思路，引导着在敌后工作的干部开始了更加积极有效的斗争。
于是，斗争中主力军、地方军与民兵自卫队结合了起来，军事斗争与政治斗争结合了起来，公开的斗争与隐蔽的斗争结合了起来。
实行封锁与“蚕食”的日军开始感到正在逐渐地被反封锁、反“蚕食”。
平原不“平”，山区也不宁
日军的“扫荡”是和“治安强化运动”、“蚕食”一起推出的“套餐”。
日军之所以在1941年最后一个季度才开始实施对太岳、太行两根据地的“扫荡”，是因为在此之前日军四处用兵，一直没有腾出手来。1941年5月，华北日军发动了对国民党军作战的中条山战役。虽然日军在年初就制订了以剿共为主的年度计划，但太平洋战争爆发在际的紧迫感，仍然使日军觉得盘踞在中条山脉中执行“消极抗日，积极反共”的国民党50万大军是一个沉重的包袱。为了甩掉包袱，日军发动了中条山战役。中条山战役后，华北日军又从7月开始准备，于8月至9月底发动了对晋察冀边区抗日根据地的“扫荡”。
为配合国民党中条山作战，中共中央军委和八路军总部发出了多次指示。5月14日、5月15日、6月9日毛泽东为中共中央起草了三份电报，指示既要“团结对敌”，“配合作战”，又“决不为国民党激将法所冲动，而是周密考虑情况，给以有计划的配合”，而且指示“与正面友军配合作战，决不计较国民党的反共仇恨”，毛泽东还进一步说明，“我军仍须在不可不打（即必须打）又不可打得太凶（如百团大战那样）的原则下部署远后方及近后方之配合”。
1941年6月，日军在中条山击败国民党军后，发动和指挥作战的多田骏不仅没有受到赞扬，反而受到了大本营的批评，因为他把大本营制订的剿共为主的任务放在了次要的位置。这样一来，不仅没有触动八路军，反而在中条山又留下了真空地带，为八路军的发展创造了更为有利的条件。
八路军129师所属大岳纵队抓住这一有利时机，南下岳南，不仅打击了侵占晋南地区的日军，而且开辟了岳南根据地。8月初，由386旅和决死1纵队组成的太岳南进支队，为了开辟岳南根据地，进入临屯公路以南、沁河以西地区开展抗日游击战争。
日军为驱逐进入岳南的八路军，于9月20日以第36、41师团各一部及第16独立混成旅团主力共2万余人，向岳南根据地发起了大规模的“扫荡”。
反“扫荡”中陈赓巧妙地避开日军进攻的锋芒，率领主力主动转移，使日军屡屡扑空，被迫退出我抗日根据地。
日军10月初不得不放弃对岳南的“扫荡”后，又转而对太行区实施“扫荡”。10月底，日军7000余人分南北两路开始了对太行区的“扫荡”，南路36师团4000余人，由潞城、襄垣等地出动，向黎城、赤岸、西井等地进攻。
日军这个行动是直奔八路军的首脑机关而来的。当时，八路军总部机关驻西井，129师机关驻赤岸。
31日夜里，日军进攻黎城，扑了个空。11月1日占领东阳关。之后，日军采取夜间行动，向129师机关所在地赤岸急进。
11月1日深夜，已经知道了日军正在向赤岸急进的刘伯承，仍然神态自若地站在地图前，察看着日军前进的位置和本师主力的态势。随着时间的推移，日军的包围圈越来越小，刘伯承终于发话了：
“师部转移的时间定在2日凌晨1时。”也许有人会有疑问，刘伯承凭什么将转移的时间定在2日凌晨1时？当你了解了刘伯承“利害变换线”的理论后，就会明白刘伯承在图上比划、计算的真正意图。
“利害变换线”是指能够跳出包围圈的位置线。如果向外突击过早，则敌人迅速转换队形，又会构成新的包围圈；如果转移过迟，则敌人已经构成合围态势，又无隙可乘。刘伯承将包围圈即将台拢的那一刻，称为“利害变换线”，并且将他的这一理论贯彻到整个129师。
当日军的尖兵占领了赤岸村以南1里处的高地后，正是刘伯承在图上标出的“利害变换线”的最佳位置，刘伯承这才下令转移。
转移途中，刘伯承又给师直机关于部上了生动的一课。
刘伯承带领部队向北转移后，从地方游击队的通报中得知。北面偏城方向没有日军，比较安全，队伍正准备往北进，刘伯承突然下令：回头向南，朝西岗方向前进。北面无敌情，南面是日军的部队，怎么会往南走呢？这是当时很多人嘴上没说出来，但心里却一直百思不得其解的问题。队伍快到西岗时，刘伯承又下令向东前进，向邯长路运动。越过邯长路后，转入涉具东部的大山谷。战士们一见连绵的高山，陡峭的断崖，就知道已经到达了安全地带。大家突然明白了，刘伯承先北后南，再向东的行军路线，有效地分散了日军的注意力，等他们明白时，已经来不及了。如果直接向涉县东部运动，就会遭日军的迂回拦阻。
11月9日，在大山里已经转悠了近半个月的日军，又向位于黄崖洞的八路军总部的兵工厂发起了攻击。黄崖洞易守难攻，守备黄崖洞的总部特务团凭借黄崖洞的有利地形，与敌展开了激烈的战斗。百团大战中，日军就曾派过一个大队去袭击黄崖洞兵工厂，大怒之下的彭德怀在关家垴让这个大队的日军为此付出了重大的代价。
黄崖洞兵工厂外围的各个道口都构置了两层防线，三道雷区，厂区与山洞有密道相连，工厂转移后，整个厂区立时又变成了一个大雷场。
战斗中，日军使用了各种山炮、新装备的火焰喷射器、毒气等武器，经过9天9夜的战斗，5000多日军在留下1000多具尸体后，逃离了黄崖洞。
战斗后，中共中央军委称黄崖洞保卫战是反“扫荡”的一次最成功的模范战斗，八路军总部力特务团开了庆功大会，彭德怀代表总部授予特务团团长欧致富“保卫水腰立战功”的锦旗，授予特务团“黄崖侗保卫英雄团”的称号。
从黄崖洞撤走的日军，又在从西井回窜黎城的必经之路上，遭到了129师主力的伏击，丢下400多具尸体，狼狈逃回黎城。反“扫荡”就此胜利结束。
咬紧牙关，渡过今后两年最困难的时期
1941年12月8日，以日军偷袭美国太平洋海军基地珍珠港为标志，太平洋战争爆发了。随着美国正式对日宣战，中国政府也正式对日宣战。从此，中国的抗战与国际反法西斯联盟正式结力一体（在国际上正式有了名份）。
但华北敌后抗战形势却并没有因为太平洋战争的爆发，而有任何松动与缓和的趋势，其紧张程度反而愈演愈烈。
为配合太平洋战争，日军更急于坐稳“屁股”，企图将中国变为太平洋战争的后方基地，而华北则更要成为其“大东亚战争的兵站基地”。为达此目的，迅速解决中国问题，摧毁中国的抗战意志就变得更急迫了。日军在对国民党继续推行“政治诱降为主，军事打击为辅”的政策的同时，其政策的重心仍在华北，在中共及其领导的八路军起着主要作用的广大区域。日军以前解决华北问题主要是力解决“稳定”、“治安”等问题，太平洋战争爆发后，解决华北问题则主要是要确保华北重要的资源和交通线。于是，日军在华北“扫荡”、“清乡”、“蚕食”与“治安强化运动”短时间内反复。交替的进行，政治、经济、军事、文化的多位一体的“总体战”也全面铺开。
中国共产党人在国际形势剧烈变动的时期，仍然能够保持清醒的头脑，既看到了有利的一面，又看到了困难的一面。中共中央于12月17日在《关于太平洋战争爆发后敌后抗日根据地工作的指示》中指出：“太平洋战争的爆发，无疑的对于我国抗战是有利的”。“日本与中国战争已四年有余，现在又与英美荷及南美等二十余国为敌”，“因此日本对中国侵略的军事、政治、经济力量不能不有所减弱”，“日军士兵情绪将更觉前途渺茫，伪军伪政权将更为恐慌”，这是对中国抗战有利的一面。指示同时又指出，“然而在太平洋战争的初期，形势是有利于日本的”。“敌为供应太平洋战争，其榨取在华资源，巩固占领地之心必更切，因此敌人对敌后抗日根据地的‘扫荡’仍旧是可能的，而对根据地财富之掠夺，对根据地经济之封锁亦必更强化与残酷，同时敌人必更加控制伪军伪政权，增强其特务活动与破坏工作。”为此，指示中指出：敌后抗战的“总的方针应当仍旧是长期坚持游击战争，准备将来的反攻”。抗日根据地的军民要“咬紧牙关，渡过今后两年最困难的时期”。
在“扫荡”与反“扫荡”中，有很多精彩的事例。冈村宁次在其回忆录中记述了一件令他终生难忘的事件：“有一天，一座碉堡上发现由村子那边过来一支送葬行列。如此大殡实在少见。当行列走近碉堡旁时，分队长等人完全不假思索，放下吊桥，武装整齐地走出碉堡。刚刚来到行列近旁，突然送殡人群大乱，许多手枪一齐射击，分队长等应声而倒，随后冲入碉堡，残兵均被消灭。”这样的例子很多，冀南军区在1941年的夏季问就导演了一幕这样的“活剧”。
南宫西边50多里处有一个较大的镇子——娄子镇，1939年日军在这里建立据点后，经常外出袭扰，对周围的抗日根据地危害很大。经过细致的研究，陈再道决定智取娄子镇。陈再道从冀南军区7旅19团中挑选了15个战士组成奋勇队，化装成挑水、扫地的人员，随着内线人员进入了娄子镇内。
奋勇队员进入日军驻扎的院子里后，抽出短枪，冲进日军的休息室内，向正在睡觉的日军猛烈射击。战斗只进行了十分钟，日军一个小队大部被歼，在日军施放毒气后，奋勇队员才迅速撤离战场。
