经过精心策划，杀人计划已准备就绪。
周养浩一到贵阳麒麟洞，就通知特务队队长张鹄，选派六名可靠的特务队员准备押解。张鹄挑选停当后对杨虎城说：“总裁派周主任来请先生到重庆商谈西北问题，请杨先生尽快启程。”
杨虎城十分奇怪，用陕西土话说：“瞎措！瞎措！西北问题为何要找我杨虎城去商谈。快请周先生来，我当面问问他。”
第二天，周养浩果然来了，拍着胸脯对杨虎城说：“请杨先生放心，我周某用人格担保，的确是委座请你去重庆商谈西北问题的。”
杨虎城沉思良久后，没有正面回答，只是说：“住几天再看！”
此后，为了使杨虎城解除疑虑，周养浩有意不提回重庆这件事，每天陪着杨虎城上街、逛公园。
9月5日，杨虎城终于答应随周养浩一道回重庆。
不过，在离开贵阳之前，杨虎城似乎对自己的命运已经有了某种不祥的预感，他写下了一生中的最后一首诗作：
烽火连三季，
风物倍凄凉；
骊山吐皓月，
清辉满长安。
“六日晚达渝”，周养浩用贵阳的军统电台密报毛人凤。
车队出发了，周养浩和郑文松坐在前导的吉普车上，杨虎城和儿子杨拯中、副官阎继明坐的救护车居中，由张鹄和特务队员李谦祥、杨以谟、罗文焕押解；宋绮云和夫人徐林侠带着幼子宋振中、杨拯贵和勤务兵张醒民及行李坐卡车殿后。由特务队员胡少亭、汤建成和江利田押解，汽车一辆接着一辆，沿蜿蜒的川黔公路疾行。第二天，车队到达离重庆138公里处的綦江县东溪镇。
午饭后，周养浩吩咐车队就地休息，一切由张鹄全权负责，自己便和郑文松先行启程了。
傍晚，周养浩在南岸四公里半和驾车来迎的杨进兴、杨钦典相遇。
杨进兴递上一封信，写道：“他们交杨进兴同志带回，兄可回家休息。”最后的签字是“以真”（毛人凤化名丁以真）。
周养浩看完信后对郑文松说：“你留下，和杨进兴一道等候囚车到达。告诉张鹄，派特务队员把阎继明、张醒民带到望龙门看守所，说是毛局长要了解杨虎城先生的生活情况，报告总裁。因此，要他们先去城里谈谈。如若他们两人不愿走，或是杨虎城有怀疑，就一同带回去处决掉。”吩咐完毕，周养浩看看天色已晚，环顾四周后，就钻进汽车回杨家山办公室等候消息。
晚上，车队到达渡口，在海堂溪过河的趸船上，郑文松对杨虎城谎称：毛先生要找阎继明、张醒民询问杨将军的生活情况，报告总裁。于是，阎继明、张醒民被羁押到望龙门看守所。9月9日，毛人凤到杨家山，指示周养浩将阎继明、张醒民押至渣滓洞。11月24日晚，杨进兴、安文芳、杨钦典用跟杨虎城将军一路坐飞机到台湾去的谎言，将阎、张二人从监狱提出，杀害于梅园下面的公路下。
“嘎——”，汽车在松林坡停车场前一停住，张鹄首先跳下车来，打开后车门说：“杨先生，安排你在这里暂住两天，等候总裁接见。”
在张鹄的带引下，杨虎城在前，年仅19岁但头发已经花白的杨拯中，双手抱着母亲的骨灰盒紧随其后，拾级而上，跟在后面的是同车押解的特务队员。
登完陡立的石级，眼见天黑如盖，耳听暗谷松涛呜咽；暗谷的尽头，白公馆监狱不时地眨着鬼眼。杨虎城与儿子右弯入了上歌乐山顶的路，劳累、饥寒、困乏，一齐向他们虚弱的身子袭来。他们的步履是那么的蹒跚。
杨虎城父子步入戴公祠后，张鹄指着戴笠生前居住时的会客室说：“这里面有两间房子，随你们住哪一间。”
杨拯中一进里屋，躲在门后的王少山举起匕首，迅速凶狠地戳进他的腰间。
“爸……”杨拯中惨叫一声，还来不及挣扎就倒在血泊之中。
走在前面的杨虎城，闻声已知有异，刚回头一看，熊祥的匕首就刺进了他的腰部。几乎同时，杨进兴用白帕蒙住了他的嘴。接着又是几刀，杨虎城挣扎了几下，软软倒下了。
熊祥和杨进兴很快离开了杀人现场，来到原戴笠警卫室。
杨进兴对安文芳和杨钦典说：“马上有部汽车过来，其中的两个小孩，你们负责弄死。”
卡车很快到了停车场。特务队员先跳下车，宋绮云等一行随后下来。徐林侠和杨拯贵在前，宋绮云和宋振中在后，在随车特务队员的押解下，来到了原戴笠警卫室。
“这里有三间屋子，你们先到里面休息一下。”等候在门口的杨进兴说。
徐林侠一走进屋子，就被预伏在里面的王少山用刀杀害了，在外屋的宋绮云则丧命于熊祥和杨进兴的利刃之下。
两个七八岁的幼童正玩得开心，突然，安文芳向杨拯贵扑去，卡住她的脖子，杨拯贵被活活憋死。杨钦典将“小萝卜头”按倒在地，凶神恶煞般地说：“让我来要他的命！”然后对着尚未断气的“小萝卜头”的胸脯狠命就是一刀……
安文芳和杂工陈紫云等将杨虎城父子的遗体和谢葆贞的骨灰盒掩埋在戴公祠前的花坛内，宋绮云等的遗体则掩埋在警卫室与伙房由陈紫云预先挖好的坑里，随后又在上面打上了三合土。
晚上，郑文松前来向周养浩复命，说是处置完毕，杨虎城及其儿子杨拯中、女儿杨拯贵，宋绮云夫妇及其幼子的尸体均已埋入松林坡内，他是亲眼看到填完最后一铲土后才离开现场的。
周养浩面无表情，打电话向毛人凤汇报完毕后，才径直驱车赶回市中区青年路他的另一个秘密家中。
熊祥和杨进兴先行来到停车场，把杨虎城将军和宋绮云两家的行李全部带走。杨将军的箱子，因毛人凤有言在先，由郑文松和张鹄清点封存，张鹄保管。箱子内有：美钞两千四百元，宋子文赠送的白金怀表一只，黄金九两（是张静甫带杨拯中到贵阳看病时在西门子钟表行用美钞买的）。8日下午，这些财物便由周养浩转交到了毛人凤手中。
10日，毛人凤对参与杀害杨将军一行的特务论功行赏：周养浩、熊祥和杨进兴各得银洋200元，张鹄得150元，郑文松和特务队员以及其他行动员各得50元，司机助手等5人每人20元。
张鹄率领特务队员，当晚住进了小龙坎东吴大旅社。第三天，又转住进中美合作所造时场招待所。15日，保密局西南特区用飞机将他们送到昆明，张鹄任保密局云南站看守所所长，特务队员到云南任新职，每人升衔一级。
1949年11月30日，重庆解放；12月3日，中国人民解放军重庆市军事管制委员会（简称军管会）发布第一号布告，宣布重庆市军管会正式成立。
几天以后，一个三十来岁、身体精悍的男子走进刘祥伦科长办公室举报：“杨虎城将军在戴公祠被杀害后，遗体掩埋在戴公祠左侧的花坛内。”
这位提供情报的男子叫李育生，三年前因聚众抢劫军统车队的物资被特务机关以土匪罪名关进白公馆看守所，11月24日才被释放出来。这是上个月中美合作所闹鬼时，李育生听白公馆看守所杂工，参与挖坑、掩埋杨虎城、宋绮云、阎继明等尸体的陈紫云说的。陈紫云此时住在童家桥乱石山6号。
这个李育生，为革命作出的贡献绝非仅仅如此，在几天前白公馆的大屠杀中，他就已经因为帮助罗广斌等19位革命志士脱险而立了一功。此事稍后再述。
就在李育生举报的同时，公安部刘祥伦科长也送来了从自首或被捕的国民党特务分子口中侦知的有关杀害杨虎城将军的零碎情报。
12月11日上午，天上下起了绵绵细雨，重庆市军管会的一辆美制中型吉普车和一辆美制道奇大卡车相跟着出城，向磁器口方向原中美合作所驶去。车上，坐的是寻找杨虎城将军忠骸的小组，该组由三人组成，胡三高、安志坚，另一位是杨虎城将军的小同乡秦一民。他们正由举报人李育生引导，前去挖掘杨虎城将军等人的忠骸。大卡车上另外还有十几个工人和一些参观人员。吉普车上坐的则是中央电影制片厂两位同志和《大公报》的记者陈琦震先生、《新民报》的记者周德华先生。
汽车进入原中美合作所特区时，大家顿时便感到非常异样，歌乐山中，林深树密，一路上都可看见烈士的尸棺。细雨绵绵，好像也是特意在为杨将军志哀，更增加了阴森可怖的气氛。汽车开到了一个山坡上停住，大家一下车，即感触目惊心，所能看到的尽是些装有蒙难烈士尸体的棺材。为杨将军预备的棺木，也放在那里。此棺黑漆红头，分内棺外椁，很是讲究。最后到了一处很气派的地方，下边是个院坝，上边有好些房子，这就是所谓的戴公祠了。戴公祠大门外左边，有一块靠外边是石砌的花台，上面的泥土左右长约两丈、宽约五尺，靠左边这一头泥土甚松，上边放有石头三块，瓦片一块。
李育生指着花台说：“不会错，杨虎城将军的尸体就埋在这里面。”下午一点钟，工人们开始挖土，由于唯恐将杨将军遗体毁伤，故取土甚慢。掘有二尺五六寸深，即首先发现衣服，稍后发现头部，臂边并放有呢礼帽一顶，颜色不可辨别，但很大，然后看见全身，在脚边发现宽长约一尺的小木箱一个，内装骨灰。人背朝石砌这边，头朝右方，嘴上蒙有白色布巾，缚于头后。当即继续挖掘，用白布铺于平地，将尸体抬出，面朝上放下，面部肌肉已不完整，额已见骨，鼻尖塌毁。
李育生和电影制片厂的两位同志及两位记者都叮嘱胡三高、安志坚和秦一民，要详细鉴别，千万不能弄错了。工人们则继续挖，很快挖出一具头朝左方的青年尸体，面部肌肉已经烂完，脚上穿的是胶底帆布鞋，腹部已破，内脏外露。经秦一民细细辨认，认为极有可能是杨虎城将军父子忠骸，其确证有四：一是头部稍窄而前后甚长，额部饱满，颧部不太大，须长多半寸，发长数寸，均有白者，其形状大致与杨虎城将军生前头形相似；二是骨骼甚大，胸部发达，酷似杨将军体形；三是杨夫人谢葆贞女士抗战胜利后，即被折磨发狂而死，杨将军将遗体化灰置于左右，日夜不离，其脚边掘出之骨灰盒当系杨夫人无疑；四是与青年人同埋一处，并系上下堆放，显系杨虎城父子。旁人没有这样巧合。再以面部肌肉及衣服腐烂情形来看，确系两个多月前被害……当发掘工作进行期间，电影制片厂工作同志不断将这惨绝人寰的景况摄入镜头。
经秦一民初步辨认后，杨虎城将军的遗体安放在事先准备好的黑漆红头内棺外椁内。不久，杨虎城、宋绮云两家和副官阎继明、勤务兵张醒民的棺木和杨夫人的骨灰盒也移放在白公馆下的平坝里。因来这里辨认、办理领尸手续和观看、凭吊的人很多，环境嘈杂。稍后，闻讯后千里迢迢从西北赶来迎灵的杨将军的大儿子杨拯民也到了戴公祠，请他辨认，由于忠骸毁坏严重，他也无法肯定从花台中挖出的两具忠骸就是他的父亲和弟弟。军管会管理人员与杨拯民商量，建议把杨虎城将军等人的棺木另外移往一个地方暂厝，以便开棺作进一步辨认。
给杨虎城将军忠骸作最后科学鉴定的便是曾替杨将军镶过牙的蒋祝华医生。蒋医生如此回忆了当时的经过：“重庆解放后不几天，突然有军管会的同志带着一位穿便服，身材魁梧，操北方口音的中年男子（后来才知道他是杨虎城将军的大儿子杨拯民）到市民医院来找我，自称姓杨，要我和他一道去看一个病人。我于是跟随他出医院大门。他请我上了一辆轿车，车上我们彼此都未谈话。从他的表情来看，非常悲伤。轿车驶向沙坪坝，经杨公桥直抵我曾为杨虎城将军看过病的住所。下车后，他带我进入一间厅堂，里面设立了灵堂，我不知来此何故。忽然，他叫人将堂中棺木打开，让我辨认是否为这个死者作过牙的修复手术。我首先环视了这个死者的体貌仪容：胡子花白，面部五官尚能分辨，唇浮肿。在我眼帘便浮现出杨虎城将军的生前仪容。这不是杨虎城将军吗？接着我便慌忙用口镜翻开上唇，显示出我亲自为他作的两颗假牙。无论是从假牙的部位、数目、工艺形态，特别是我在作前牙活动桥时，前牙龈部不现基底来看，证实这正是我亲手所作的。两个单臂卡环仍牢牢地固定在两个上尖牙颈部，杨将军除这两颗假牙外，全口其它牙齿仍像我过去为他检查时的那样，都是完好无损的。我转过身来对这位姓杨的中年男子说：‘这是杨虎城将军，无论从全口牙的数目、形态、缺牙的位置和镶牙的工艺操作特征，以及卡环部位的设计，都说明这是我亲手制作的。’正是根据我对杨将军牙齿的特征，才从数百个死难烈士的尸体中辨认出杨将军的遗体，大约两三天后，我接到军管会的一份请柬，邀我到皇后餐厅赴宴，表示答谢我对杨将军遗体的科学鉴定。”
1950年1月15日，追悼杨虎城将军暨被难烈士大会在中华路青年馆隆重举行，刘伯承、邓小平、张际春、曹荻秋等首长亲临致祭，各民主党派、人民团体的代表一千多人参加了追悼会。追悼大会后，杨将军、宋绮云等的灵柩均覆以国旗，由杨拯民护送登轮，经由汉口送回陕西公祭后，安葬于长安县烈士陵园。
