1949年9月6日，西南军政长官张群和毛人凤命令徐远举飞赴昆明搞“九九”整肃，临行前徐派保密局西南特区副区长李修凯、西南长官公署二处副处长杨元森、西南特区二科（审讯）科长濮齐伟、二处二科（行动）科长雷天元与军统局司法室副主任、国防部高级法官毛惕园、法官夏鸿钧会同签办，将关押在白公馆、渣滓洞的因《挺进报》事件被捕的川东地下党、华蓥山武装起义人员陈然、江竹筠等42人和“民革”川康组织负责人李宗煌、王白与、周从化、周均时、黎又霖的名单，由西南特区专员陆坚如交二处上尉书记余海文承签，二处司法股长张界核对，西南特区助理秘书周顺思报毛惕园签判，最后由毛人凤送蒋介石批准，准备进行集体大屠杀。台湾保密局还要求将处决现场的遗体逐一拍照送核。
也就是这一天，由有“笑面虎”之称的周养浩将杨虎城一家和宋绮云一家从贵阳骗到重庆，全部杀害于歌乐山下的松林坡。
1937年11月26日，杨虎城偕夫人谢葆贞及幼子杨拯中由法国马赛回到香港，住九龙半岛酒店，要求回国参加抗战。蒋介石复电邀杨虎城到南昌会晤，并派戴笠前往迎接。
12月1日，杨虎城到武昌，戴笠率武汉行营及湖北省政府官员一百余人在车站迎接，安排杨虎城住在武昌胭脂坪湖北省政府招待所。第二天，杨虎城由戴笠陪同乘飞机前往南昌，住在二纬路一号戴笠的办事处内，即遭软禁。事前，戴笠从杭州警校特训班毕业生和南京警察厅特警科，选调了三十多名特务，组建了警卫队（1940年改称为特务队），由特警科军事股股长李家杰任队长，龚国彦任队副，提前赶往南昌待命。12月2日，办事处主任王立生率众到机场迎来了戴笠和杨虎城，安排杨虎城住楼上，戴笠住楼下。
当晚，戴笠对李家杰说：“我派你当杨先生的警卫队长，明里是警卫，暗里是监视，防止他逃跑或自杀，要保守秘密，不许让外人知道此事”。
随即，戴笠将李家杰带到楼上，对杨虎城说：“李队长忠实可靠，特别选来伺候杨先生。”
戴笠陪杨虎城住了五六天。这时，日寇进逼南京，南昌市区每天都有日机来空袭投弹，戴笠与李家杰陪杨虎城同乘一辆车到郊外躲避空袭。戴笠多次对杨虎城说：“你就安心在南昌住些日子吧，等委员长决定了接见日期后，我就马上陪你去。倘若日机再这么轰炸下去，对你一家人也不安全，我们还是换个地方住吧。”
几天后，杨虎城被移居到离市区十多公里外的梅岭江西省主席熊式辉的别墅里。四周由宪兵八团一个排守卫。
当天晚上，戴笠便悄悄离开了南昌。
12月，南京沦陷，随后九江告急。1938年1月，李家杰按戴笠的指示，将杨虎城转移到湖南省桃源县城三四公里外的吴家大屋监禁。两个月后，戴笠派特务杨继荣、蔡霞观（女）把杨夫人谢葆贞、儿子杨拯中送来一起囚禁。长沙大火后，桃源不时遭日机轰炸，李家杰奉命于1939年春押解杨虎城一行，沿湘筑公路经沅陵迁至贵州息烽。先是被关押在息烽阳朗坝看守所，后戴笠检查时，发现阳朗坝离公路太近，怕出问题，于是又把他们一家三口迁往离息烽县城十多公里的玄天洞道观内。除12名特务和宪兵看守外，还在周围15公里范围内修筑起碉堡，由军委会特务四团张止戈部第三连廖广文部驻守。
玄天洞是崇山峻岭中一个百步方圆的天然岩洞，有平房五间，潮湿、阴暗，早晚有浓雾扑室，在这种恶劣环境下，杨虎城一家经常生病。杨虎城要求外出散散步，李家杰的答复居然是：“不行！”
这时，杨虎城已看出，蒋介石不可能在短期内放他，要改变居住环境，更不可能靠蒋介石良心发现。在他的一再要求下，军统局才同意由杨虎城自己拿了数百美金，在离玄天洞百步之遥的另一新洞内招工修建囚室。在修建过程中，李家杰趁机吞食建房费用，被杨虎城识破，李家杰见杨将军有不满之处，便处处刁难。1939年底，谢葆贞生下儿子杨拯黔，九天后夭亡。1941年2月，生下女儿杨拯贵，谢葆贞身体虚弱，营养又差，只好从山下请了一个农妇来带养孩子。
一天，杨将军一家正围桌就餐，看着粗劣的饭食，拯中又黑又瘦的面孔，听着孩子哇哇的哭叫，谢葆贞心烦意乱，顺口说了句：“怎么饭菜弄得越来越糟糕？”
恰好李家杰路过，他不仅不致歉，反而站在门口阴阳怪气地说：“杨夫人还是将就一下吧，百多号弟兄陪着你们到这山旮旯里来吃苦受罪，也没抱怨半句哩。”
谢葆贞不堪顶撞，蓦地将一碗饭兜头盖脸地朝李砸去。
李自知理亏，落荒而逃。但从此后，他们便结下了深仇大恨。李家杰虽不敢在杨夫人跟前露面，暗地里则常常无中生有，添油加醋地向戴笠打报告，诬陷杨将军夫妇如何辱骂党国领袖、谢葆贞是精神病、杨虎城有钱不拿出来治病等等，并以谢葆贞有精神病，影响杨虎城生活为由，将谢葆贞和奶妈赶回旧洞居住，活活拆散了这个家庭。
面对李家杰的精神虐待和迫害，杨虎城极力抗争，经常和李家杰争吵。戴笠见李家杰实在无法继续工作下去，只得调李到重庆中训团任警卫组副组长，改任龚国彦为特务队队长，1949年3月又由白公馆看守所长张鹄接任。对负责看押的三个特务队队长，杨将军的评论是：“李家杰官僚的脑筋，军阀的举动，唯利是图，不知民苦，我太太的病就是受他刺激引起的；龚国彦拨弄是非，爱钱如命，剥削阶级的典型人物，几年来整得我连一口气都喘不过来，这家伙厉害啊！张鹄，獐头鼠目，自尊自大，不把人当人看，纯粹的一个刽子手！”
长期的忧郁，使谢葆贞精神开始失常，常常隔着窗子大骂特务，甚至不管碗盆、桌椅，皆朝特务砸去。杨虎城屡屡恳求医治，但副队长兼杨虎城的专职医官张静甫虽然恭敬周全，却缺医少药，无法可施。
戴笠每来视事，杨虎城总要提出改善生活条件，为儿子延师教读的要求，均未获准。
1945年初，杨将军病情时好时坏，饮水不良造成的胆结石病经常发作。谢葆贞的病情也愈发严重，急需人照料，经多次请求，戴笠才允许将监禁在息烽集中营的杨虎城的副官阎明、勤务兵张醒民移囚玄天洞，以照料杨虎城夫妇生活。
1946年1月，旧政治协商会议在重庆召开，要求结束国民党一党专政，结束特务的罪恶活动。释放张学良、杨虎城，成为各界人士的共同呼声。3月戴笠摔死，军统改组为国防部保密局，息烽的军统特务机构相继撤迁南京。1946年10月中旬，张学良由贵州桐梓县天门洞（40兵工厂所在地）被押解到原中美合作所松林坡戴公祠，11月1日又被押往台湾新竹县竹溪口。
在保密局由毛人凤主持的一次局务会议上，司法处长李希成报告张学良的押解经过后，问：“对杨虎城如何处置？”
毛人凤想了想说：“总裁对此尚无明确表示。杨虎城这个案子，处理实在有点困难，释放吧，杨虎城必定造反；杀吧，又有好多顾虑，暂时只好继续关下去。”
1947年4月30日，杨虎城被移押重庆原中美合作所杨家山一平房内，由交警大队和宪兵24团一个连看守。7月，杨将军胆结石病急性发作，在童家桥洗布塘中央医院童家桥分院（前身为军统局四一医院），由中央医院医生陈仁亨割掉胆囊。后又由牙科学博士蒋祝华拔掉两颗牙齿，并为他配上假牙，正是蒋医生配的这两颗假牙，为日后确认杨虎城遗体提供了科学依据。
据蒋祝华医生回忆：1947年夏天某日，蒋祝华突然接到伪中央医院谢锡珙院长打来的电话，要他准备医疗器械，一会儿有车来接他去为一个病人拔牙。大约半个钟头后，果然就来了一辆美式吉普车，蒋医生带上他的学生简华彬和张维汉医生一同前行。车开到歌乐山下，经过一道大门检查，然后就到了一个办公室，有两个人陪他们吃中饭。吃完饭后，他们就被带到山上最高的一幢房子，四面有持枪的岗警。当蒋医生等人坐下后，有一个人来给他们招呼，叫他们一会治病时不要多问，稍后，另外的人便带了一个病人来与蒋医生对面坐下，并介绍这是杨老先生。蒋医生见杨先生个子高大，头发蓬松，未戴帽子，也未戴眼镜，未加修饰的脸上，留有二三寸胡须。他穿了一身陈旧的黑色长绸衫，面容严肃，气宇不凡。但是他全身带有一股浓浓的臭味。当蒋医生一跨进这个地方，他就意识到这位杨先生不是一般的政治犯，既然要请有着他这种医学资历的人来替这个人看病，这姓杨的绝非一般的人。蒋医生开始为杨先生检查，问他哪里不好？杨先生没有说话，只用手指着上唇。蒋医生在检查时，发现他两颗上中前门牙松动，明显叩痛，是创伤引起的根尖脓肿，如果早进行治疗，就不会发展这么严重。于是蒋医生提出这两颗牙齿应该到医院照片、作根管治疗及根尖切除手术。但旁边的人说：“到医院去不行，我们这里没有条件，也没有医生，请你来，你把它拔掉就行了。”
蒋医生回忆说：“我当时感到很愕然，既不能按我提出的方案治疗，又要拔除能够保留的牙齿，心里感到很是不安。杨老先生由于疼痛难忍，只有同意把牙拔了，我只好违心地为他消了毒，打了麻药针，很仔细地分离了牙龈，轻轻地把牙拔掉了，再进行了止血。我问杨先生痛不痛，他摇头表示不痛。手术后，他就被看管的人带走了。当时我就与他约好：一个月后再去为他镶牙。后来，他们用吉普车把我们送回了医院。在返回的路上，张维汉医生在我耳边细声问我，知不知道杨老先生是谁，我说不知道，他说那就是杨虎城。我很震惊，当时全国人民都不知道杨虎城将军囚禁在哪里，原来却在歌乐山麓。一个月后，按照约定时间，下午两点钟有车接我们去为杨虎城将军镶牙，由于我已知道他就是发动举世闻名的西安事变的爱国将军，心中对他产生了敬意。我早已为他想到了最好的修复方案，采用当时最好的黄金丁牙为他修复，并且在他的唇侧设有基底，固定在最稳当、最舒适的牙上。车到后，我便把给杨将军镶牙的想法讲给看守听，但遭到反对，我只得为他安装瓷牙。当我与杨将军见面时，我看见他仍然穿着上次的那件衣服，周身臭气四溢，但他仍保持着固有的威严气度。我便开始为他检查打样，取石膏模型。这些本来可以让我的助手去做的，但是出于对一位爱国将领的尊重，我都亲手制作，完成了假牙，又为他装戴上，经过几次修整，我问他是否合适，他点头表示满意。然后很快又被管理他的人带走了。”
杨虎城病体稍愈，夫人谢葆贞的病情却不断恶化，甚至发展到十多天不吃食物。杨虎城的专职医官张静甫技穷，只好从中央医院请来同学张维汉、任万山两医生会诊，经两医生建议，又请来成都的专家刘昌永。将谢葆贞送到童家桥分院治疗几天，毫不见成效。
1947年12月27日，谢葆贞不堪折磨，产生了自杀的念头。护士劝她服药时，她说：“你那金戒指好漂亮啊，给我看看吧。”护士没有在意，取下给她，她接过去一下便塞进口中，吞入肚内。护士吓得大叫起来，医生们闻声匆匆跑来，赶紧施行抢救措施。但谢葆贞拒绝救治，刘昌永医生不得不让几名医护人员强力将她按在病床上。她已经二十多天粒米未进，身体十分虚弱。刘昌永为她注射葡萄糖液，针头刚一插进去，谢葆贞便停止了呼吸。
人生最大的伤心事，莫过于老年丧子，中年丧妻。丧妻之痛使杨虎城一连数日不语不眠，唯将爱女搂坐膝上，相对垂泪……
谢葆贞火化后，杨虎城将夫人的骨灰殓入一个尺多见方的箱子内，白昼为伴，夜晚共枕。
1949年元旦，国民政府蒋介石总统发表元旦文告，作出主张和谈的姿态。
1月18日，蒋介石重新安排人事，派朱绍良为福州绥靖公署主任，张群为重庆绥靖公署主任。
1月21日正午，蒋介石约宴五院院长，正式宣布引退。下午2时，又在黄埔路总统官邸召集国民党中央常委临时会议，出示他和李宗仁的联名宣言，宣布：“于本月21日起由李副总统代行总统职权。”
宣布散会后，老态龙钟的于右任忽然追上前去，喊道：“总裁，总裁！”
蒋介石停下问道：“何事？”
于右任说：“为和谈方便起见，可否请总裁在离京之前，下个手令把张学良、杨虎城放出来？”
蒋介石把手一甩，说：“那是政府的事，我已经不是总统了，你找德邻（李宗仁）办去吧！”说罢，便加快脚步走了。当天，《中央日报》宣布蒋介石引退。下午4时10分，蒋介石一行乘专机经杭州到奉化溪口老家隐居。
22日，李代总统下令释放张学良、杨虎城，为表和谈诚意，下令取消剿总，改各地绥靖公署为军政长官公署；撤销特别刑事庭。3月20日晚，川盟负责人范朴斋向张群提供成渝两地“六一”被捕民盟盟员名单37人。3月21日，国民党和谈代表团飞赴北平的前一天，田一平等18人从渣滓洞被营救出狱。同一天，兰国农等三人从白公馆被放出。此后，又有一些人通过疏通关系获保释。
重庆《大公报》、《新民报》，南京《江南晚报》、《人报》，香港《华商日报》、《文汇报》，接连登载了有关开释杨虎城的消息：
1月24日，李代总统电令台湾省主席陈仪、重庆市市长杨森：着令释放张学良、杨虎城，并以专机送他们到南京共商国是。
1月26日上午9时，国民党重庆市市政府接李代总统释放杨虎城电令后，监察院院长于右任曾与杨森通电话，探询杨虎城近况。
张学良软禁在台湾新竹县井上温泉；杨虎城拘押在重庆近郊某处，据闻设在重庆的绥靖公署主任朱绍良离任前往探视。
旅京陕籍人士于右任、孙蔚如等各方接洽，闻派专机迎杨氏离渝来京，孙将军并拟亲搭专机飞渝迎杨氏。李代总统之代表甘介侯拟近期专机飞渝迎杨氏。
对于释放杨虎城的命令，新闻界已传得沸沸扬扬，国民党内却没有任何人出来接受此任，当时毛人凤已率保密局机关的大小特务由南京撤退到上海办公，根本不理这回事。而给李代总统配的徐记保密局（局长徐传道）仅是个摆设，根本无权办理如此大事。李宗仁一看自己的命令得不到执行，便直接致电重庆市长杨森，要他释放杨虎城。
杨森是蒋介石的忠实走狗，当然不会听李宗仁的话，但又不便公开违抗李代总统的命令，只好虚与委蛇，召开新闻记者招待会借媒介向社会各界表明：“李代总统释放杨将军的命令，已于26日到达本府，本府理当遵命行事。但鄙人确不清楚杨虎城现在羁押在什么地方。而且，这个事情也不该我管，故除将电令转请重庆绥靖公署张长官处理外，并决定如此电复中央。”
