“臣闻私议害国，私智非上，先王之所禁；而邪说诬民，处士横议，亦圣人之所不容。谨按：通直郎致仕程颐，学术颇僻，素行谲怪，专以诡异聋瞽愚俗。……劝讲经筵则进迂阔不经之论，有轻视人主之意；议法太学则专出私见，以变法神考成宪为事。……未尝心伏前日之罪。颖洛之凡庶节操不立之徒往往为先生弟子，名目标置。朝廷有大政令，则其徒更唱迭和，指而议之，败坏风俗，莫此之甚！真乡原之乱德，治世之奸民也。原其罪恶不在邓析、少正卯之下。此而不治，何以纯一道德？”（李心传：《道命录》卷二）
这个充满火药味的奏书，简直是绝妙的荒诞剧。二程理学本是要学为圣人的，此时程颐却被强加上“乡原”、“奸民”等莫须有的罪名。
四月三十日，圣旨下，程颐被“追毁出身以来文字，除名，其入山所著书令本路监司常切觉察”（同上）。朱熹在《伊川先生年谱》中对此事发生的原因进行分析解释道：
“崇宁二年四月，言皆论其本因奸党论荐得官，虽尝明正罪罚，而叙复过优。今复著书，非毁朝政。于是有旨追毁出身以来文字，其所著书令监司觉察。”（《伊洛渊源录》卷四）并勒令他解散学馆，不许他再行聚徒讲学。
接着，蔡京对思想学术的迫害进一步扩大升级。七月，讲义司奏言：
“泗州姚孳乞天下之士皆不得在外私聚生徒，即使邪说诐行无自流行。看详。若不帐外私聚生徒，即不系置学之处，子弟无从听读，难以施行外，其邪说诐行非经贤之书及元祐学术政事，不许教授条禁。欲遍行晓谕，应私下聚学之家並仰遵依，上条取进止。”（同上）
七月十三日，朝廷下诏： “元祐学术政事不许教授指挥。”此后，朝廷又多次下过此类不得以元祐学术政令教授学生的命令，并多次诏令烧毁元祐学人的书籍版印，而首当其冲的则是“三苏”、黄庭坚的蜀学著作。自秦以来，专制政权对学术思想的禁锢手段，大多如此。而蜀、洛二学在元祐年间相争不已，此时却同遭厄运了。
八月，朝廷颁布了元祐党人的姓名，并下监司长吏所刻石。在株连的97人中，程颐以“死党余官”，位列第二十三。于是，又有言者论伊川先生聚徒传授，乞禁绝。
迫于形势的压力，也是为了保护同仁，程颐只得迁居到伊阙（龙门）之南，还遣散了四方学者。但他并没有让学生们放弃自己的理想和学术，而是告诫弟子们：“各尊所闻，行所知可矣，不必及吾门也。”（《道命录》卷二“崇宁二年十一月”）以减少无谓的牺牲。
崇宁三年（1104年）六月丁已，徽宗下诏将所谓元符奸党统统划归为元祐奸党。徽宗“亲书刻石于文德殿之东壁，又命蔡京书而颁之天下”（《道命录》卷三）。徽宗和蔡京皆为历史上著名的书法家，他们亲写的“元祐奸党名录”定有很高的艺术价值，可惜，没有保存下来，今天无法赏阅到。
在风声鹤唳中，程颐始终坚持笔耕不辍。其理学体系的代表作《书解》、《诗解》、《春秋传》、《论语解》、《改正大学》、《伊川易传》等，都在此间完成。他在《春秋传》的序言中说：
“自从秦代以后，《春秋》的学术不再流传，我为圣人的志向不能被后代的人理解而哀伤，所以写作《春秋传》以阐明它，使后来的人通晓其文字而求得其义旨，懂得其用意而体现其作用，三代的盛况就可以恢复。这部《春秋传》虽然没有能够穷尽圣人蕴藏书中的深奥道理，大体上还能使学习者获得一个入门的途径。”
崇宁五年（1106年），程颐自伊川鸣皋迁往嵩县陆浑山（程村）。以前有很多人请求程颐传授《伊川易传》，他就是不肯。如今，在这种草木皆兵的形势下，程颐担心其《伊川易传》有可能失传的危险，乃扶病躯将此书传授于程门高足尹焞、张绎。程颐对《易》学的贡献之一，就是从理论上论述了性理与象数的体用一源、显微无间的关系。用《二程遗书》记载程颐的话说则是：
“有理而后有象，有象而后有数。《易》因象以明理，由象以知数，得其义则象数在其中矣。”
其嫡传弟子尹焞也如是说：“先生平生用意惟在《易传》，求先生之学者，观此足矣。”
随着执政权势的稳固，元祐党人其实已经所存无几，党禁自然开始松驰。再加上崇宁五年二月蔡京首次罢相，三月程颐也官复通直郎后退休。只是不久，风烛残年的他又由于风、寒、湿等侵袭其肌体，导致肢节疼痛、麻木、屈伸不利，患上了可恶的风痹症，但他仍坚持与疾病作斗争。哪怕是弥留之际，还念念不忘指点学生。当他听到门人说：“先生平日所学，正今日要用。”他十分吃力地以微弱的声音对门人说：“道，吾用便不是。”门人正准备退出，只听见“哎呀”一声，程颐便撒手人寰了。时为大观元年（1107年）九月十七日，享年75岁。
由于大观元年春正月，“以蔡京为尚书左仆射兼门下侍郎”。再次实行草木皆兵的政策，一些政客生怕自己惹祸上身，不敢前往吊唁。朝中只有哲学家邵溥星夜悄悄从洛阳赶来，“素衣白马”致祭。
就这样，一代理学大师程颐死后，仅在门生张绎、范域、孟厚、尹焞四人的张罗下，草草葬于今伊川县城西1.5公里处的白虎山下之伊川先茔。
尹焞是程颐晚年的得意门生，程颐对他寄予厚望。程颐曾言：“我死而不失其正者，尹氏子也。”（《伊川渊源录》卷十一）
程颐的确有先见之明，尹焞在理学南行方面立下了汗马功劳。靖康二年（1127年），金兵攻陷洛阳，尹焞阖家被害，他死而复生，辗转于长安山谷中。
后来，刘豫建立伪朝，礼聘尹焞，尹焞闻讯后夜渡渭水，逃至四川涪州，后在武信寻找到了《伊川易传》的全本。他因此致力于理学的研究与传承。
绍兴五年（1135年），尹焞被召为崇政殿说书，至九江，时值谏官陈公辅上书攻击程学，尹焞为维护师门声誉，坚辞不入朝，后在高宗的劝慰下方勉强就职。尹焞在经筵，为提高理学的地位做了很多努力。后因反对议和，得罪了秦桧而致仕。（《宋史·道学传》及《宋元学案》卷二十七《和靖学案》）
高宗时，在经筵者多为理学家，如杨时、尹焞、胡安国、朱震（上蔡门人）、范冲（祖禹之子）、张九成（龟山门人）等。他们形成了一个集团，为理学的发展做出了很大贡献。
作为我国思想史上占有重要地位的两位哲人，二程兄弟身后与其父程珦埋葬在一起。原来在宋哲宗时，为示尊崇程颢，特赐坟地祭田212亩，并建祠追祀，以后各代亦屡有整修，形成规模。
二程墓坐北向南，平面略呈长方形，东西长205米，南北宽137．5米，总面积约50亩。 墓园包括程墓和程祠两部分。祠庙在前，墓冢在后，四周有围墙。园内有古柏500余株，苍劲挺拔。墓园西北角为程氏三先生墓冢，呈品字形排列，上为二程之父程珦墓，左为程颢墓，右为程颐墓。墓前均竖有墓碑一通。墓前神道两侧置有明代增设的石刻仪仗石人、石狮、石羊等，多已残损。墓前祠庙内有大殿、卷棚、东西厢房各3间， 均为近代建筑，祠院内两侧分别竖立有明清时期的重修碑四通。
二程墓园虽历经千年风雨沧桑，但在当地政府、人民及程姓裔孙的保护下，其古建筑、文物、自然景观基本完好。近年伊川县又投资800万元，改造重建，并于园南辟地40余亩，新建二程文化广场，内建牌楼石坊、廊亭碑刻，错落有致，广植花木，四时常青，与著名之龙门石窟相辉映，是古都洛阳又一旅游亮点。
2005年，二程后裔们在二程文化广场中心树立了二程夫子青铜塑像，铜像身高4米，基座2.5米，总高度6.5米，以古朴端庄自然的造型面对正门：程颢居左，笑容蔼然，使人感受“如坐春风”的氛围；程颐居右，颔首倾听，神色端肃，让人想见“程门立雪”情景，神情毕肖，栩栩如生。他们身着儒服，并肩而立，犹如漫步于新建的“伊皋书院”，步履安详，喁喁交谈，话家常，探学术，谈心得，以一派学者风度笑迎八方游客，垂顾程姓裔孙，其栩栩如生的气质摄人心魄。而且碑文上的二程简介中，赫然写着“湖北黄陂人”。
程颢、程颐在世虽然历尽磨难，但逝世后却身价百倍。他们所创建的“天理”学说在中国古代思想史上具有重要地位，对我国古代政治思想和哲学思想都产生了重要而深远的影响，并受到了后世历代封建王朝的尊崇，以致逐步演变成为我国古代封建社会后期近千年的占有统治地位的思想。
宋宁宗嘉定十三年（1220年），赐谥程颢为“纯公”，程颐为“正公”。理宗淳佑元年（1241年），又追封程颢为“河南伯”，程颐为“伊阳（或伊川）伯”，并“从祀孔子庙庭”。元明宗至顺元年（1330年），又下诏加封程颢为“豫国公”，程颐为“洛国公”。明景泰六年（1455年），诏令二程祠以颜子（即颜渊）例修建，规制比于阙里，前后殿庑斋室等房共六十余间，祭文称颂二程“阐明正学，兴起斯文。本诸先哲，淑我后人”。
清康熙元年（1662年），诏令二程（程颢、程颐）后裔流寓他方者，除正额外，概行豁免杂派差徭。康熙二十五年，二程进儒为贤，位列孔子及门下、汉唐诸儒之上；次年康熙皇帝又赐给两程祠“学达性天”匾额；四十一年，朝廷决定每年给祭银四十两，支给门子二名。乾隆十六年（1751年），皇帝派使臣御祭二程，祭文称“道光丰石，功着遗经”，“学本诚明，性方成大”，是百世的“真儒”和“哲人”，先后拨给祭田共690亩，让程颐的二十五代孙五经博士程奉箴随驾到曲阜祭祀孔子。
在二程的故乡黄陂，在北宋年间便建有纪念性建筑“清远亭”，后更名为双凤亭，作为“中国名亭”入编《中国名胜大辞典》；到了明景泰年间，又在在二程昔日读书的鲁台山脚下，修建了一座形若飞鸟的建筑物二程祠，后更名二程书院、望鲁书院（学堂）和师范学堂，成为培育黄陂精英的摇篮。眼下，当地政府又斥资恢复重建程乡坊等，再现昔日“鲁台望道”、“花柳前川”等景观。
