近代以来，随着边境贸易的发展，晋商的足迹向北逐渐延伸，他们将中国的茶叶、丝绸等物品贩运至西伯利亚，同时将西伯利亚的皮毛制品运回国内，从而形成一条闻名于世的北方“茶马古道”。1917年，在这条茶马古道上，一场突如其来的鼠疫灾难正在悄然蔓延。
1917年8月，在内蒙古中部的绥远一带开始零星出现鼠疫疫情。11月，在牧区贩运动物皮毛的马车夫，以及在外蒙古、绥远一带经商的晋商，陆续返回山西老家过年。很快，疫情传入晋北。1918年1月5日，山西某旅店的店主一家，接待从外地过来的商人，全家18人因感染鼠疫而相继病死。从此，拉开了鼠疫以山西、内蒙古为中心向周边传播的序幕。这次疫情波及山西、直隶、绥远、察哈尔、山东等地，甚至还蔓延到了安徽和江苏。
早在1917年12月，北洋政府就收到了关于绥远等地发生鼠疫疫情的报告。虽然北洋政府对这件事保持了高度的警惕和重视，但行动却很迟缓。直至1918年1月，北洋政府才委派伍连德赴山西抗疫。
伍连德来到晋绥交界的重灾区丰镇后，很快查明这次鼠疫与1910年东北流行的鼠疫相同，都是因贩卖旱獭皮毛所导致的肺鼠疫。不同的是，晋绥疫区较为分散，且多属乡村地区，交通不便，民风保守，增加了抗疫的难度。而且当时军阀割据，各省各自为政，疫区地跨华北、华东多省，对抗疫行动牵制很大。在东北积累的抗疫经验，在晋绥地区推行却受到重重阻力。
比如，北洋政府民政部认为抗疫救灾属于民政部主管，遂派出抗疫工作队到山西，山西军阀阎锡山则认为此事应由山西省政府领导抗疫工作，而伍连德则是外交总长举荐的，这就导致抗疫工作多头领导，无法建立统一的指挥体系。伍连德制定的有效抗疫措施，无法充分发挥作用。虽然此次肺鼠疫不如东北鼠疫严重，但防治效果不如东北鼠疫效果明显，错过了防疫的窗口期，延长了扑灭时间，直至1918年5月15日，才被完全扑灭。据不完全统计，整个华北地区，加上安徽、江苏两省，死亡人数合计16000多人[4]。
虽然防疫工作各自为战，但在鼠疫发生的前一年，即1916年，北洋政府内务部公布了近代中国第一个控制传染病的法规——《传染病预防条例》。其中，规定了传染病控制措施、传染病报告等条款，共计25条，在一定程度上为防疫工作提供了指导。
鉴于此，伍连德认为应当尽快建立一个与东三省防疫事务总管理处相类似的统一防疫机构。正是在此背景下，北洋政府在北京建立了一个临时组织——中央防疫委员会，主管疫情防控。但政令依旧难以畅通。于是，伍连德决定和地方政府合作，各自划定防疫区域，遮断交通，开展卫生检疫。
为此，1918年1月18日，北洋政府内务部颁布了《检疫委员会设置规则》和《火车检疫规则》，同时要求中央防疫委员会与地方政府协同合作。经过反复协商，双方划定了防疫区域，接下来就是遮断交通。所谓“遮断”就是指隔断疫区内外的交通，包括铁路、水路和陆路交通，以阻止大量人员及货物的往来。每一个交界点都会设置检疫所检查来往人员的身体情况，一旦发现感染者立刻安排到隔离所进行隔离。华北地区的铁路承担着该地区大部分的交通运输功能，所以铁路卫生防疫也就成为这次防疫措施的重中之重。当时，为了防止鼠疫沿铁路线蔓延，正太和京汉铁路的客运班线基本停运，但货物运输基本正常。此外，华北重要的铁路干线都建立了检疫所，并对货物开展常规性消毒。
与此同时，中央防疫委员会还与津海关（也就是今天的天津海关）税务司商议，要求津海关对从日本进口的紧缺防疫物资免税、简化查验流程、快速放行等，同时从津海关关税项下拨付一定的数额，充当防疫经费。
尽管中央防疫委员会采取了一系列的防疫举措，但真正实施起来却是困难重重。首先面临的困难就是各条铁路的防疫政策各不相同，其次检疫造成的人员滞留问题也让许多地方压力倍增，这些人的衣食住行几乎都要靠地方政府解决。除此之外，还有部分军阀不服从检疫，地方官员消极应对等问题。于是，原本很好的防疫策略，却没有得到很好的实施。这一切都让中央防疫委员会举步维艰，但疫情不等人，此时的鼠疫如同星星之火迅速蔓延了整个华北地区。
如果说，之前沿着交通线防疫只是线状的防疫，那么，接下来，中央防疫委员会将绥远、察哈尔、山西、直隶四个省划分成四大疫区，就是将防疫由“点”铺到了“面”。绥远就是今天内蒙古中部地区，直隶省也就是今天的河北省。而察哈尔在当时则是覆盖了内蒙古的部分以及河北的部分地区。如果此时你眼前有一幅中国地图，想必你就可以看出来在这四个疫区中，山西尤为重要。因为从地域上看，山西和其他三个疫区都紧密相连，而且居于中心地位，所以山西的成败事关重大。事实也证明，山西在防疫中取得了成功。1918年3月，山西仅用了70多天就扑灭了肺鼠疫。那么，山西到底是如何防疫的，竟然早于华北其他地区两个月就扑灭了鼠疫呢？
提到民国时期的山西，就不得不提到当时的山西省省长，也就是大名鼎鼎的山西军阀阎锡山。1918年新年伊始，阎锡山就接到了北洋政府的电报，被告知绥远、包头等地出现了鼠疫疫情。这时，阎锡山已经给自己在心里打了个预防针。年关将近，当时在外务工和经商的人也陆续返回山西，如果这时候没有做好防疫工作，那么后果将不堪设想。于是，当他后来收到山西旅店的疫情报告后，一刻未缓，立即从北到南拉起了四道防线，每道防线都有军队的把守，负责检疫工作。除了设置防线外，山西省政府还要求所有从疫区回来的人隔离7天。只有7天后没有任何症状的人，才能被放行。而山西防疫之所以如此得力，并深孚众望，主要在于政府大力救济流民、乞丐以及老幼，将他们送到指定的收容所，并且免费提供吃穿。如果家中多人死于鼠疫，自己无法谋生，政府也会拨款救助。于是，山西凭借着及时的防疫举措以及社会各界的众志成城、万众一心，在3月份就战胜了鼠疫。相较之下，其他三个疫区的表现则不尽人意。以直隶为例，当时直系军阀忙于争权夺利，军阀混战，无暇顾及抗疫。
长达两年的晋绥鼠疫直接促成了近代中国第一个国家级防疫机构——中央防疫处的建立。
1919年3月，北洋政府根据西方国家防疫经验成立了一个固定的防疫机构——中央防疫处。它是中国第一个由政府正式设立的国家级防疫机构，在我国防疫史上具有重要地位，是一个集疫情调查、科学研究和疫苗制造于一身的机构。
而这样一个重要机构的建立与海关紧密相关。中央防疫处刚开始建立的时候，隶属于北洋政府内务部，而当时内务部决定用防治晋绥鼠疫的余款作为中央防疫处的创办经费，这才将防疫处组建起来。但是，防疫处的运营靠什么维系下去呢？海关关余。
关余，是“关税余额”的简称。自1842年清政府签订中英《南京条约》后，中国需要不断地向西方列强支付各种赔款的本金和利息，这些赔款有不少来自海关关税。尤其是1901年《辛丑条约》签订后，清政府需向八国列强赔款4.5亿两白银，此款分39年付清，本息合计高达9.8亿两。为此，列强要求清政府以关余、盐余和常关三项收入作为担保。按规定，海关原本每年要向中央防疫处拨款12万元来支撑其运转，到了实际执行的时候，经费被降到了11万元[5]。后来因为财力有限，这笔钱也没真正交给中央防疫处。但海关的经费支持并没有就此结束。又过了两年，内务总长向外国使团申请从海关关税中拨款来维持中央防疫处的运行，外国使团同意并设立委员会来监督这笔关税的去向。就这样，海关关税自此成为中央防疫处运转的主要经费来源。
此次疫情过后，伍连德深感卫生检疫人才以及医疗卫生事业发展对国家的重要性。他上书国民政府，建议改变中国医科学生的培养方式，引进当时国际先进的英美医学教育体系等。他力荐美国洛克菲勒基金会在北京建立新型的医学院校和医院，最终促成北京协和医学院及北京协和医院的建设。
当时北京较为完善的医院都是由外国人建设的，伍连德倡议中国应自行建设一所现代化的综合医院。除了北洋政府的部分拨款，他还募集了大部分经费，甚至从自己的薪酬中捐资出来，最终于1918年建立了北京中央医院，也就是今天北京大学人民医院的前身，不惑之年的伍连德也荣任首届院长。
