柯尔克孜族信奉各种各样的神，但不建神庙。这些神灵的神邸在自然界中，有些则只留在人们心中。可分为人类始祖神、人类再生神、自然神、保护神、动物神等。柯尔克孜族心中的鬼也很多，形象各异。有“阿勒巴热斯特”，“萨斯克阿勒巴热斯特”，“阿则特克”等。还有独眼巨人“朵”，铜爪女妖、铜鼻女妖、飞毛腿精灵“介勒塔曼”，干里眼精灵“阔热尔玛木提”，顺风耳精灵“介尔听夏尔”，介孜坎皮尔等。柯尔克孜族心中的自然神主要有宇宙天神、日神、月神、火神、冬神、雪神、雷神、闪电神、风神；祖先神有阿达姆阿塔、阿瓦艾涅和努赫；保护神有乌玛依叶涅、巴巴德依罕、朵特、克德尔、康巴尔阿塔、奥依索勒阿塔、巧勒潘阿塔、乌依桑巴巴、奇羌阿塔、苏尔艾奇克等。
柯尔克孜语中，冬神被称为“奇勒代阶塔”。他从天而降，带着他的40个姑娘和40个儿子及9种不同的寒冻，每天派出一个儿子向地面发出严寒，使大地变冷结冻。当儿女们轮流出场发完冷时正好是80天时间。80天过去之后，他自己亲自上阵，将自己带来的9种寒冻释放出来。这样，大地上就出现了90天的严冬日子。冬神的前额上、眼睫上落满厚厚的白霜，胡须上结满冰棱，头上长满白发。他释放自己带来的9种严寒时，用雪点火，用冰架锅，煮吃那9种严寒。90天后，“奇勒代阿塔”带着儿女返回天界，大地才开始春暖花开。
雪神在柯尔克孜语中被称为“阿克阿塔”或“阿牙孜阿塔”。他专司降雪，体大无比。凡是被他降雪的年份，大地上总会五谷丰收、草木旺盛、牲畜肥壮。有时，他根据人们的祈愿采到人间。每当严寒过去，柯尔克孜族总要祈求“阿克阿塔”降临，给人们带来富裕。
柯尔克孜族认为，每当雨神下凡时，雷神和闪电神要按天神的旨意，为其呐喊助威。雷神不断吼叫，闪电神则用金剑砍杀人间妖魔。闪电击中之处，就是妖魔的栖身之地。据说妖魔常常躲在独树、山洞等阴暗之处，所以当电闪雷鸣时，人们不能躲入独树下或山洞里。每当旱年第一声雷鸣时，人们总要兴高彩烈地敲起锅碗瓢盆等器皿，一边绕着毡房跑，一边高喊：“大地裂开草盛、乳房裂开奶生”，祈求雷神佑助，使草原牧草茂盛，奶食丰足，祈求闪电神杀尽人间妖魔。
柯尔克孜族关于阿达姆阿塔是人类祖先的观念深受伊斯兰教人类起源学说的影响，但同时也保持了一定的民族特色。柯尔克孜族认为，阿达姆阿塔是造物主创造的最早的人类，为男性。为了不使其孤独，造物主用阿达姆阿塔的左边一条肋骨创造了阿瓦艾涅。他俩最初在一起生活在天堂之中，身如玉般透明洁净，每天吃天堂里的食物，而且没有任何邪念。后来，他们受到“夏依坦”的诱惑而违犯了造物主的禁令，偷吃了禁吃的食物。这些食物在他们的体内生成粪便，污染了他们的身体，只有指甲没有受到污染。造物主一气之下，将他俩逐出天堂，发落人间，靠自己的劳动度日。造物主随后把一仟零七十二种种子洒到大地上，使大地上长出了各种庄稼。阿达阿塔和阿瓦艾涅成为夫妻，在人间繁衍了后代。
柯尔克孜族认为努赫是人类的再生祖先。当阿达姆阿塔和阿瓦艾涅去世后不知过了多少岁月，人类长期不断地繁衍生息。但是，他们受到魔鬼的诱惑而犯罪，罪恶充盛人间。于是造物主便引来洪水惩罚人类。洪水淹没一切，世界的末日来临。在洪水来临之际，救世主建造了一般四方木船将努赫及其三个儿子撒姆、哈姆、贾帕斯以及他们的妻子送到船上。此外，还将世间的每一类动植物各选一对载到船上。洪水过后，努赫的儿子儿媳们分散在世界各个角落开发了那些地区。人类便是怒赫及其三个儿子的后代。
柯尔克孜人认为“乌玛依叶涅”是婴儿、妇女的保护神。她能把危病中的婴儿从灾祸和疾病中拯救出来并给婴儿赐予幸福的未来。在柯尔克孜族先民居住的叶尼赛河上游地区发现的《阙特勒碑》中，就有关于“乌玛依叶涅”神的记载，而在另一块《暾欲谷碑》中则把“乌玛依女神”同天神相提并论。古代柯尔克孜族把“乌玛依艾涅”视为吉祥、胜利之神加以崇拜。
柯尔克孜族认为“巴巴德依罕”是第一个开垦土地播种庄稼的人，也是司掌农业生产的神。“巴巴”在柯尔克孜语中是“始祖”之意，“德依罕”则是指从事农业的人。柯尔克孜族把“朵特”认为是所有手工艺匠人的佑护之神和鼻祖，认为工匠、手工艺人的技艺均传自“朵特”。有一则传说描述了朵特与隼比试本领的经过。说是隼用坚固的脚爪踢碎高速转动着的磨盘，但还未等它转回头，“朵特”立刻就能把磨盘修复，让它重新转动起来。隼因无法战胜“朵特”十分伤心，流下两行热泪。从此，隼的两眼角上便留下了两道黑色的泪痕。柯尔克孜族认为“克德尔”神能给人降福、佑助人们走出厄运，是幸运神。在有些地区被称“克孜尔”。他对每一人都很公平，在人的一生中变幻成各种人物，通常是白须老人与人相遇三次。如果有谁与“克德尔神”相遇时能认出他，那将会有莫大的幸福降临到自己头上，事事顺心，一生福运亨通。但是，错过这三次机会的人占绝大多数，因为“克德尔”通常变幻不定以各种面目出现。柯尔克孜族在给人祝福时常常说：“愿克德尔神佑助，一生快乐幸福”，为出远门的人说：“愿克德尔神与你相伴，一路平安。”
柯尔克孜族把司掌马之命远，第一个将烈马训养成家畜的神称为“康巴尔阿塔”；司掌绵羊命运的神称为“巧力潘阿塔”；司掌牛的神称为“乌依桑巴巴”或“桑戈巴巴”；司掌山羊的神称为“奇羌阿塔”；司掌野生动物的神称为“苏尔艾奇克”；司掌飞禽命运的鹰神称为“布达依克”；司掌猎犬及狗命运的神称为“库玛依克”。
柯尔克孜族的观念中，有人鬼、兽鬼、家畜鬼、植物鬼等。它们分为善鬼和恶鬼。主要有：阿勒巴热斯特、萨色克阿勒巴热斯特、阿孜特克等。“阿勒巴热斯特”多为披头散发，形象极为狰狞可怖。常在傍晚时出来活动，特别是在妇女分娩或熟睡时潜入，掐住妇女的脖子，置她于死地。若有人剪下其头发，她便会苦苦地哀求并发誓永不侵袭其后代。如果还不放手，她就会拿出藏在舌头下面的黑色纸片交给抓住她的人。如果有谁获得这种黑色纸片，他就会成为降妖驱鬼的法师，“克乌奇”。“萨色克阿勒巴热斯特”形同女人，其乳房可绕人脖两圈而致人于死地。由于其乳房下常常发出熏人的奇臭而得名。“阿孜特克”经常出没于戈壁、沟壑、废墟、墓地、树林之中伺机诱骗蛊惑单独行人，夺取其性命。变化无常，很容易使人上当。
柯尔克孜族认为各种精灵有善恶之分，生活在下界，有时也到上间世界来侵袭人类或帮助英雄。他们大多人面兽身、力大无穷、能通人语。有些有三头、七头、九头，有些长着铜爪、铜鼻，有些是独眼、有些饭量惊人吞食世间的一切，有些耳朵硕大，一只耳朵当褥铺一只耳朵当被盖，各个奇形怪状，在山区、草原、地上、地下找英雄交战，成为史诗、神话及民间故事中的人物。
柯尔克孜族民间信仰中，一种身体巨大、独眼、具有超常神力的精灵被称为“朵”。他身体象人，但浑身长满毛，有很多种类。有一些长有数个头，有些能把大山扔着玩如同玩石子，有些帽子里能容纳一圈羊或一群马，有些上唇着天，下唇着地。他们常在人迹罕至的原始森林、深山洞穴或地下世界出没，危及人类生命。他们常常是赤手空拳或手持木棒石块与英雄搏斗，由于缺乏智慧而常被英雄人物用烧红的针戳瞎独眼或用宝剑砍去头颅，或用神箭射死。在《玛纳斯》史诗、《艾尔托什图克》、《交达尔别西木》、《加尼西和巴依西》等史诗及其中民间故事、传说中出现，名称有所不同但性格基本相似，成为英雄主人公强有力的对手。
“介孜坎皮尔”柯尔克孜族民间信仰中的女妖。她拥有瞬息万变的本领，阴险狠毒、诡计多端，总是企图谋害独行者、远离村落独居的人家或年青姑娘。常以老妪的形象出现诱骗少女为其捉头上的虱子并乘机吮吸她们的血。
图腾崇拜：
柯尔克孜族的图腾崇拜起源于对动物的崇拜。而对动物的崇拜很重要的一点是对一种力量的崇拜。柯尔克孜族自古从事狩猎和游牧，对动物有着特殊的感情。尤其是在崇尚勇武的英雄时代，对动物的力量、凶猛非常赞赏，从而逐步走向对它们的崇拜。他们时时刻刻都希望求得某种凶猛或神圣动物的保护，借住动物的神力增加自己的力量。因此，千方百计地将自己或者部落同某种动物联系在一起，视这些动物为自己的保护神。不仅如此，他们还将这类动物的图案篆刻到器皿上，绣到大纛、织物用品上，或纹在自己身上展示给外人，从心灵上接近这些动物。在很多神话传说中，还有很多灵性动物与柯尔克孜族各个不落带有血缘关系地记录。与柯尔克孜族有密切关系的动物主要有雄狮、骆驼、母鹿、雪豹、狼、马、牛、鹰等。不同的部落有不同的图腾。
在叶尼塞河流域时期，柯尔克孜人普遍以牛为图腾，有不食牛肉的习俗。因此，草原上牛很多，任牛老死。也不宰杀。这据说是古柯尔克孜人认为他们的先祖与牛有着一种神秘的关系。唐代，柯尔克孜人中即有雪豹氏族，这是以雪豹为图腾的部落的自称，他们在狩猎中从来不猎取雪豹。柯尔克孜族中的布务部落，便是以鹿为图腾的部落。鹿在柯尔克孜语中称为“布务”。在特克斯一带的布务部落柯尔克孜人传说，他们的祖先是吃牡鹿奶长大的，因此他们将牡鹿视为圣母，成为整个部落的图腾。他们在毡房的门口上方绣有鹿的标志，行路时看到鹿则要下马让路，甚至在刁羊赛马时，也高喊着“布务”的口号冲锋助威。在史诗《玛纳斯》中描写的跟随玛纳斯出征的、围绕在玛纳斯队伍周围的苍龙、巨蟒、灰狼、羚羊、猛虎、雄狮、公驼、雪豹、神鸟等等，其实就是高举各个部落不同图腾的大旗或戴着本氏族图腾形象面具的各部落成员，追随着各部落总首领、部落统帅玛纳斯出征时的盛况的描写，是柯尔克孜各部落图腾崇拜的历史记录。
根据史料记载，生活在叶尼塞河的柯尔克孜族的先民视牛为自己的图腾。59唐代的柯尔克孜族中有雪豹氏族，这是以雪豹为图腾的部落的自称。柯尔克孜族中有以鹿为图腾的“布古”部落。这个部落在柯尔克孜族中也是一个很大的部落。在柯尔克孜语中，鹿被称为“布古”。1850年，哈萨克民族志学家乔坎·瓦利哈诺夫在吉尔吉斯（柯尔克孜族）中搜集了很多有关传说和神话。他写道：“关于‘布古’这一名称的产生，在人们中间有很多有趣的神话传说。传说名叫卡拉木尔扎和阿散木尔扎的两个人在阿拉米西克地方狩猎麋鹿。在追杀途中，他们从鹿群中发现一男一女两个小孩。他们射杀了那个男孩，而且活捉了女孩。女孩看到自己同伴的尸体号啕大哭，痛不欲生，久久不能平息。据说，后来由于这个女孩的诅咒，卡拉木尔扎和阿散木尔扎两个猎人断子绝孙，没有繁衍后代。部落头人看到可爱的女孩，便把她交给了自己手下的一名叫穆尔扎库勒的大臣。穆尔扎库勒逐将她许配给自己的儿子加曼库勒为妻。根据他们后代的说法，这个部落的始祖母不是一个凡人。她被人们称为“有角妈妈”，并以自己产凡的智慧而受到人们的广泛尊重和敬仰。后来，有角妈妈鹿妈妈时刻不忘向自己的女佣叮嘱，不要将自己洗过头的水倒到有人能踩到的地方。后来，这位女佣人不知是好奇还是实在找不到清洁的地方，就将这神奇的洗头水喝掉了。过了不久，那女仆就有孕在身，很快便产下一男婴起名叫杰勒当。奇石吉尔吉斯（柯尔克孜）人十分敬仰长角鹿妈妈“姆玉孜杜耶涅”。每当在悲伤的时候怀念她，向她祈祷，并以整个部落的名义宰杀牲畜进行献祭。”同一个神话一百多年之后在内容方面又有了新的发展，而且对神话的内含又有了一定程度的解释。下面是后来搜集到的很多变体中的一个：“卡拉木尔扎和阿散木尔扎是两位着名的猎人。某一天清晨，他们在外出打猎途时，卡拉木尔扎突然发现了一个大的鹿群，而且在鹿群中还看到一男一女两个小孩。阿散木尔扎射杀了那个男孩，却将女孩活捉后带回家。女孩被许配给他们的兄长木尔扎库勒的儿子阿勒赛依特为妻。女孩在出嫁前向阿勒赛依特提出三个条件说：‘第一，你绝不能说我是你俘获来的妻子；第二，你绝不能掀开被子观察我的身体，否则我就会离去；第三，如果你动手打我，可千万不要打我的头部。’”又过了一段时间，卡拉木尔扎和阿散木尔扎准备再一次外出打猎。女孩听到这个消息之后，立刻派一个小孩向猎人们传到她的请求。希望猎人们如果射杀母鹿，就将母鹿的皮连胸部带乳房整个剥下来给她送来。这样请求的原因是她想吮吸母鹿的奶。两位猎人听到这消息，愤愤地说：“你看看，昨天还是个没有父母的孤女，从鹿群中间来的女仆，今天却想指挥我们。”但是，猎人们的话也被姑娘听到，于是她气愤地发出诅咒：“愿卡拉木尔扎的后代不超过三代！愿阿散木尔扎的门户不超过百户，即使超过百户也不会超过秋天！”
