我们经常在柯尔克孜族老人们口中听到“祖先的灵魂保佑！”，“要尊重亡灵！”，“希望你先祖的灵魂围绕在身边！”，“愿祖先的灵魂惩罚你！”等话语。这些都是柯尔克孜族原始信仰和宗教观在当今社会的遗留。柯尔克孜族的祖先崇拜来源于古老的萨满教灵魂不灭的观念。随着生产力的不断发展，人类逐渐开始从古老的自然崇拜过渡到自身崇拜，人类开始显示出自己的能力。根据萨满教观念，人死后灵魂脱离肉体，游荡在人世空间，如果灵魂附体，他还会复生，重新回到人间。这样的观念和人类自身同自然界的不断斗争和不断征服的过程促成了祖先崇拜的产生。祖先崇拜实际上是灵魂崇拜的具体表现形式。
柯尔克孜族的一些传统习俗就是灵魂崇拜的体现。古代柯尔克孜人确信人死灵魂犹存，其灵魂在人死后依然会为生前未能达到的目的而奋斗。而且还可以保护生者，给生者赐福禳灾。死者的亲属需时常到埋葬死者的坟墓前看望、打扫，并祈祷死者的灵魂安息，给自己带来幸福、安宁。古代柯尔克孜人认为，人死而灵魂犹存，为求死者的灵魂安息；并给后人带来幸福，消除灾祸，因而总是以崇敬之心对待埋葬死者的土地，对墓也作为有意志的对象，加以崇拜。还认为人死而灵魂不灭，成为死者的隐形体，无所不在，甚至可以保护活在世间的亲人。梦见死者，认为是死者的灵魂遇到饥渴，来人世寻求世间的帮助。这种情况下，柯尔克孜人习俗，须立即备一碗清水祈祷上天，然后将水洒在干净的地上。举行这一仪式，可以使死者的灵魂在阴世安息，免受饥渴之苦，能够来去自如，活动自由，但不会来干扰人世。送葬仪式全都结束后，柯尔克孜人习俗，需拿一把玉米粒大小的石子，念一段《古兰经》，将石子撒在坟堆上，同时在坟堆周围扔一些石块。他们认为这样可以使石子、石块起抵御外力的作用，以免死者的灵魂遭到任何敌对行为的骚扰。
柯尔克孜人认为，人死而灵魂不灭，成为死者的隐形体，无所不在，甚至可以保护活在世间的亲人。梦见死者，认为是死者的灵魂遇到饥渴，来人世寻求世间的帮助。这种情况下，柯尔克孜人习俗，须立即备一碗清水祈祷上天，然后将水洒在干净的地上。举行这一仪式，可以使死者的灵魂在阴世安息，免受饥渴之苦，能够来去自如，活动自由，但不会来干扰人世。
由于相信已经死亡的人们灵魂还活在人间，而且还会保护自己的后代安宁幸福，帮助他们战胜艰难困苦和各种疾病、灾难。柯尔克孜族的祖先崇拜，同萨满教有着千丝万缕的关系，而且首先表现在丧葬礼仪当中。父辈死去，要尊重亡灵，取悦亡灵，尽量让死者的灵魂得到最大的满足。不仅要将死者生前所使用的用品统统作为陪葬品，而且还要建造陵墓，让后代记住亡者的业绩，并不时前来进行祭祀。认为如果在生前和死后没有一如既往地尊重父母和祖先，那么其生活就不会幸福美满。
古代柯尔克孜族实行土葬、火葬、树葬等。土葬时还有很多殉葬品。在叶尼塞柯尔克孜族的墓葬中发现的随葬品有牛、马、羊等动物以及各种生活用品。对祖先的崇拜还表现在对死者的祭典上。祭典举办之时，都要宰杀马、牛、羊等牲畜，还要举办各种竞技游戏活动取悦亡灵。人们认为，亡灵在另一个世界舒心与否，与后代举办祭典的隆重程度和程序是否齐全有密切关联。如果祭典举办的隆重而热烈，所有程序都得到美满地执行，那么亡灵就会安息，并全力佑护自己的后代，反之，则会给后代带来灾害。在英雄史诗《玛纳斯》当中就有不止一个描述柯尔克孜族为纪念亡灵而举办祭典的盛大场面的描述。比如史诗第一部《玛纳斯》中的“阔阔托依的祭典”和史诗第六部《阿斯勒巴恰与别克巴恰》中“阿斯勒巴恰的祭典”是两个规模宏大的祭典亡灵仪式。不仅宰杀的马牛羊等牲畜数量数以万计，支起的毡房铺满草原，而且邀请参加的客人也来自四面八方，不同的部族和不同的国度。除了邀请客人进行款待之外，柯尔克孜族古代祭典的一个重要内容是举办盛大的群众性娱乐活动。其中，赛马、摔跤、射箭、马上搏斗比武是最引人入胜的娱乐内容和取悦亡灵的方式。
柯尔克孜族相信祖先灵魂不死的观念，祖先的灵魂佑助后代完成使命的情节在英雄史诗《玛纳斯》中有很多具体而生动的反映。史诗中如果马纳斯的后代遇到困难，身处险境时，只要向玛纳斯的灵魂祈祷，玛纳斯的灵魂就会前来襄助。比如玛纳斯之子赛麦台与独眼巨人玛德阔勒决一死战的关键时刻，赛麦台祈求父王玛纳斯的灵魂保佑他获胜。当他祈祷完，奇迹出现，只见玛纳斯骑着阿克库拉神骏威武地向他走来，玛纳斯的身后是骑着黄花马的阿勒曼别特及骑着青公山羊骏马的英雄楚瓦克。三位英雄从赛麦台面前一闪即逝，赛麦台顿时浑身充满力量，用矛尖把身体庞大的独眼巨人挑起来，摔得粉身碎骨。这种场面在史诗的八部故事中都能够找到，而且成了史诗演唱者们反复使用的母题。这种对于祖先灵魂的崇拜，不仅反映在史诗文本当中，而且还反映在史诗歌手学唱史诗的实践当中。在调查中，我们不止一次地从玛纳斯奇本人或者从听众口中听到玛纳斯奇在不自觉的状态下被迫领受“神灵梦授”，日后成为玛纳斯奇的情况，而且这种“神灵梦授”的观念在越是早期受到采访的玛纳斯奇身上得到更深刻的体现玛纳斯奇们的“神灵梦授”现象与萨满接受神的启悟而成为萨满的过程有着相同的背景和惊人的相似之处。显而易见，这是柯尔克孜族传统的原始萨满文化观念在玛纳斯奇这一特殊群体中的遗留。进入玛纳斯奇梦境的那些史诗中的半人半神的英雄人物或者象白胡子圣人那样的超自然神灵都是柯尔克孜族从古至今延续的灵魂崇拜观念的产物。他们不仅启发未来的玛纳斯奇学唱《玛纳斯》史诗，而且始终成为玛纳斯奇职业生涯不断走向辉煌的心灵领护者。歌手们在演唱史诗时要很自觉地首先向神灵祈祷，请求他们保佑自己完成神圣使命。比如居素普·玛玛依一开口就以“哎…依，我诵唱英雄玛纳斯，愿他的灵魂保佑我，让我唱得动听而真挚。”的诗行开篇，呼唤英雄的灵魂，祈求神灵的保佑。史诗中的英雄人物都是半人半神的形象。玛纳斯奇们在梦中领受启悟的“神灵”都是史诗中最英勇顽强的英雄玛纳斯，或者是具有特殊本领和精通巫术的人物额尔奇吾勒、阿勒曼别特，或者是具有未卜先知本领的女主人公、英雄玛纳斯的妻子卡妮凯，或者是来自神界的神秘的白胡子圣人那样拥有超凡神力的人物。无论是史诗英雄人物也好，神秘的白胡子圣人也罢，他们身上所表现出的萨满文化特性都足以让我们把玛纳斯奇的“神灵梦授”同萨满的神启梦境联系在一起。
这种杀生祭祖的习俗一直延续到今天。在当代柯尔克孜族生活中，人死后不仅要用伊斯兰教的教义进行丧葬活动，而且还要在不同的时间段中，一般都要在3日、7日、40日和一周年之时举办宗教祭典悼念活动，被称为“纳兹尔”。每一个“纳兹尔”举办之际都要杀牲，宰杀牛羊马等牲畜，准备丰盛的食物招待客人，安慰和取悦亡灵。在柯尔克孜族中有“如果不能让死者满意，活人也不会得到安宁。”的谚语。人们认为祖先死后，其灵魂依然掌管着后人的安乐，在必要的条件下还会重返人间。上述谚语便真实地反映了柯尔克孜人对亡灵祭祀的意义和对祖先的崇拜和虔敬。根据乔坎·瓦立汉诺夫的记载：人们认为，人死40天或最少4天之内，死者的灵魂会每天返回到自己生前的住处探望观察自己的后代的行为，因此，人们每天晚上都要在房内点上油灯，不让它熄灭。每天傍晚还要在点灯之前，掀开毡房的门帘，并在一个碗里盛满马奶放在门边的白色毡子上，准备迎接死者的灵魂的来临。
柯尔克孜族相信祖先的灵魂在特定的时间显灵，回到人间保护自己的后代。在《玛纳斯》史诗以及其他民间文学作品中均有生动的表现。英雄玛纳斯在其后代遇到危险，向他祈求保护时，都会显灵，帮助其后代渡过难关。
萨满教：
柯尔克孜族的祖先也以黠戛斯之名活跃在历史舞台上。关于黠戛斯汗国的建立以及政治经济文化方面的情况我们在上文中已经有所论述，在这里只谈一谈它的宗教信仰。对于黠戛斯人的宗教问题，《新唐书·黠戛斯传》记载，黠戛斯人“祠神唯主水草，祭天时，呼巫为甘”。从这一描述中我们至少能够了解一下三点，即将水草作为崇拜的对象，祭天，呼巫为甘。这已经清楚地表明，当时的柯尔克孜族人已经完全信仰了萨满教最古老的自然崇拜形式。
在历史上，柯尔克孜族信仰的宗教，最早为萨满教和万物有灵为基础的原始宗教。萨满教是柯尔克孜族长期信仰的原始宗教，在他们的思想意识中占居主导地位，根深蒂固，延续至今。“万物有灵观”、自然崇拜、祖先崇拜、动植物崇拜和图腾崇拜的痕迹在民间依然随处可见，在人们的日常生活及各种礼仪中均有所表现。柯尔克孜族还有很多独特的神灵崇拜，有许多特殊的神灵依然受到人们的敬仰。
柯尔克孜族信仰万物有灵，崇拜自然神，认为自然界中的万事万物，天地、日月、高山、大河、水、火各有其主，一切动植物都有神灵做主。其中，尤以山神和水神最为典型。柯尔克孜族认为天神“腾格里”是最高神。人类的一切都是上天赐予，星神主宰人类的命运，因此遇事首先要向上天祈祷，并要用香火共奉上天神灵，用牲畜奉献苍天。
从事游牧生产活动的古代柯尔克孜族人民由于在生产生活上对水草的依赖，精神上就产生了对水草的崇拜。他们“祠神惟主水草，祭无时，呼巫为甘。”古代柯尔克孜族将萨满教神职人员，即萨满称为“甘”。古代柯尔克孜族还信仰“乌麦”女神。认为“乌麦”女神不仅是灶的保护神，更主要的是她是妇女儿童，以及子孙后代的保护神。萨满教在广大柯尔克孜族群众中影响很大，信仰时间最长。即便是改信伊斯兰教之后的今天，萨满教的遗留依然随处可见。萨满教在柯尔克孜族中的影响一直延续至今，在近代甚至当代柯尔克孜族的生活和各种礼仪中都有所表现。如遇有人生病，须请巫师施术，将布撕成长条，拧为蛇状，放入阴暗的旧墙洞里；穿上巫师的服装，敲着碗、桶，摇头摆臂，做各种动作，跳神驱邪祛病。举办婚礼时，除了叼羊、赛马、摔跤、歌舞之外，将新娘接到男方家后，要请一位长者念经祝福，并让新娘新郎双双吃一块泡在盐水中的馕，以求白头偕老，永不分离。在某些地区牧民还坚守晚上不吹灯，让其自己熄灭的萨满教拜火习俗。每年春天，在举办庆祝诺如孜节的仪式时，仪式的很多内容都与萨满教有着千丝万缕的联系。
萨满教是柯尔克孜族自古信奉的原始宗教。根据这一宗教，柯尔克孜族认为万物皆有灵、皆有主，天神“阔克腾格尔”为万物之主宰，其它神均要服从天神的安排。萨满教的教义通过萨满巫师之口传授给广大信仰群体及后代。人们认为宇宙分为上中下三界。上界分九层，下界分为七层，即“九重天、七层地”。上界居住着诸天神和诸天仙；下界居住着各种精灵、魔鬼及亡灵。人类居中界，经常需要苍天及神灵的保护，而且要时时提防精灵鬼怪的侵袭。人的生命是由“腾”、“艾斯”、“库特”、“夏依”等组成。“腾”构成人的肉体，控制人的运动。“艾斯”构成人的精神，控制人的思想和意识。“库特”是幸福之源。“夏依”则是力量的主宰。四者结合为一体构成生命。“腾”、“艾斯”、“库特”、“夏依”时合时分。当“夏依”离开人体时，生命将失去力量，而当人入睡时，“艾斯”脱离“腾”而去，在“梦神”的带领下遨游下界及来世，与各种精灵鬼怪相遇。“腾”则仍留在人的体内。人死即表明“腾”、“艾斯”、“库特”、“夏依”均离开人体。它们变成一只绿色苍蝇从死者鼻孔中飞出成为死者的灵魂在中界和下界之间穿行，并在另一个世界永存或复活。在天神的主宰下，星神左右人的命运福祸。土星、太白星、老人星、白羊星等为善的化身，火星、双鱼星则是恶的化身。当善恶两星相斗时，天空就出现流星现象。天上的每一颗星都代表地上的一个生命，每一人都有寄托着生命的命星。如果天上有一颗星星陨落，就表明人间有一人死亡。祖先的灵魂在大多数情况下会帮助后代，但有时也给人类降下灾难。特别是古代部落首领、汗王及着名英雄被尊为圣人，其亡灵栖身地坟墓被认为是圣地，时时受到人们的祭拜，否则会给后代带来疾病，使人畜遭秧。
