相较于其他两个署的长官还有人眼红，后勤署彻底成了冷水衙门，几个人哪怕知道这个主任也是上校，都没有人来竞争。推选的时候，其他人都推选洪承畴，毕竟洪承畴在陕西干的工作就是督粮道。洪承畴一度以为，未来自己就是干这个的了，但是朱由检知道洪承畴的军事才能，这种能作为军事主官的放在后勤部门，有些可惜了，所以最终由黄公辅来担任后勤主任。
下设第一科为装备采购和验收科。主要负责装备的采购工作，按照部队需求，提出装备新能，面向所有军工企业进行招标采购。同时还负责对部队接收的装备质量进行最终验收，确保部队接受的装备质量合格。
第二科是科研经费管理科。这个科室的主要工作就是对于装备生产企业研发过程中的经费尽心审批和协调。比如说研发经费怎么给，这个部门说了算，研发过程中需要那些企业进行配合，这个部门就出头协调。是一个服务型和管理型并存的机构。
第三科兵工科。这个部门第一个职责就是发展和管理武器装备企业，目前来说，装备企业都是手工作坊式的，全国最大的两家分别是工部虞衡清吏司管辖的军器局以及内府管辖的兵杖局。除此之外，就是边镇也存在有一些小作坊也在生产，甚至说质量还有管理水平都比京城水平高了。这个时代的总兵王朴就说过，中央生产的盔甲一顶十一两银子，质量还不如边军生产的三点七两的质量好。
朱由检对于兵工科可以说投入了巨大的期望，要求把工部的军器局以及内府的兵仗局火器制造作坊及火药作坊全部分离出来，成立两家新的火器制造企业。来应对接下来，大明军队对于火器装备的需求。未来希望在大明朝形成火药制造、火枪制造、火炮制造多家制造企业，能够形成装备质量竞争格局。
第四科装备维修科。随着火器时代到来，一场战争会造成大量的装备损伤，这些装备不可能全部扔了，需要把装备维修之后继续使用，所以成立装备维修部门还是很有必要的。本来的话，这一部门设在营一级就够了，但是现在没有那么多的维修设备，只能设置在旅一级，集中使用，未来肯定是要降一级的。
后勤第二处为军需处。主要的工作就是在全国建立起后勤基地，为部队准备作战物资，并且进行生产和保存工作。目的是最少设置十三个，每个行省一个，未来的话还可能更多。这个时代的运输能力，注定了运输距离相对较短，所以只能通过设置数量来达到保证军队作战的需求。当然，在具体设置中，是要根据战争需求进行决定的。比如说某处战争风险很高，那么这里就要建立起一个符合打赢这场战争需求的基地。那么预测这场战争是十万人规模的，那么十万人需要多少药物，需要多少粮食，需要准备多少后备武器等等，都可以通过数学来计算出来。
数学对于人类社会发展有着重要的影响力，不是说初二就够的。数学可以说彻底的影响了人类社会发展，几千年人类文明史发展最快的几百年，都是对于数学的探索中，不断地推动了其他学科的发展，从而成就了人类社会的发展。当然，这和时代数学可能还没有走到这一步，朱由检已经编写完数学教材了，等着合适的机会，就会刊印让学习。
军需处下属的机构包括粮食储存科、军械保存科、火药保存科、被服管理科，车船管理科、废旧物资管理科等，凡是部队用得到的，衣食住行都有相应的仓库进行保存。
这中间废旧物资管理科就承担着战场废旧物资的回收处理，也承担着展示日常报废物资的回收处理，同时陈旧粮食处理等职责，可以说是这个科室看着不起眼，但是作用还是挺大的。
当然，目前来说，还没有到要在全国建立基地的程度。当前的任务还是以人员培养为核心，未来的话，一旦这个部门成为了全国性的军事后勤基地管理单位，那么就要有人可用。免得到时候，再去培养，搞得手忙脚乱。
第三处叫做马政处，主要的工作就是马匹管理。哪怕朱由检有信心让火枪兵取代弓箭，取代盔甲制造等，但是没有信心让军队进入机械化时代，所以，战马是必备的，马政管理也就成了适应这个时代的必然选择。
马政处下属三个科室，第一科就是管理科，简单的来说就是对部队战马进行管理的一个部门，就是部队那个单位需要马，需要多少匹，什么质量的，那个级别可以配马，马匹报废了怎么处理，马匹老了怎么处理，战损马匹怎么补给就是这么部门的工作。
第二科就是兽医科，这个部门就是为马治病，培养兽医的一个部门。同时还要承担起马匹繁育管理的职责，比如说，留哪个做种马，这么杂交，建立马匹世系，统计马匹血统等都是这个部门的工作。当然，兽医科分为军马场兽医科和部队兽医科两部分。
第三科就是军马场，不过目前还没有建立起军马场的打算，毕竟周边也找不到一个合适的地方，未来的话，多占领一点地方，无论是后世的山丹或者呼伦贝尔之类的地方都可以作为军马场。
第四科就是草料管理科。这个科室是军需处和马政处共同建立的，毕竟材料堆放在军需处的基地中。
第四处叫做营房处，主要就是对于部队营房建设之类的进行管理，制定营房建设标准，保障营区用水安全，以及下水处理，避免污染和疾病传播。
第五处为运输处，下属最大的单位就是运输营。
第六处为路桥处，下属工兵营。
第八处为培训处，主要的科室包括厨师等后勤人员培训，以及对于战备军粮进行开发。战备军粮是朱由检最看重的，历来战争打后勤，要让士兵卖命，就要让士兵吃好。尤其是战争期间，远距离作战的时候，怎么保证士兵吃饱，吃好这就要指望战备军粮了。
第九处卫生处。目前来说，只组建了一所皇家陆军医院，医生从太医院调过来了五个医术不错，年纪比较轻的作为建院基础，另外就是从社会上招募了三十名年纪也不算太大的医生，总计三十五名。虽然是医生，但是作为军医，基本的军训还是必须要完成的，这算是军人的职责。所以，招募的时候，虽然年龄放的比较宽，但是太老了也不行，因为完不成军训。当然，也是军官人数最多的一个部门，虽然都是文职军官，但是朱由检给这个部门留下了最少五百人的文职军官编制，上不封顶，毕竟医院哪里都用得到。
在军医院的建设中，朱由检和选定的院长就是吴有性，其《瘟疫论》成为我国流行性传染病系统研究第一人。两个人就医院的建设聊了一下。
主要是讨论了四件事，第一件事就是医疗体系的构建，朱由检首先描绘了自己心中的医学蓝图，从而吸引了吴有性的兴趣。
按照朱由检的设想，未来实现每一个村都有卫生室可以给老百姓做一些基本治疗。每个乡镇都有卫生院，有主治大夫，可以解决大部分常见病。每个县都有一家专业的分科医院，医生专精一类或者几类疾病，从而拥有对该类疾病很高的治疗能力。每个行省，都有好几家能够开展疾病研究和教学的顶级医院。
军队每个连队有卫生员，能够解决战时头疼脑热，训练受到的轻微伤问题。每个营有专业的医生，可以解决士兵绝大多数常见疾病，以及外科伤害，最好有能力进行一些简单的手术。每个旅都有一个专业的医院，有能力面对一场战争带来的伤员治疗。到了师一级医院，能够展开疾病研究和外科手术研究，从而解决更多陌生的疾病。
外科手术朱由检虽然提出来了，但是能不能做到，朱由检也没有把握，这个时代的医疗还比落后，有没有能力进行外科手术，朱由检也不敢保证，只能说，让通过动物实验，来验证外科手术的可能性以及遇到的问题。
朱由检虽然没有要求必须要展开外科手术的研究，但是吴有性记住了，毕竟皇帝认为有可能做到，所以就必须要让皇帝的是想成为现实，吴有性自己也认为外科手术是有可能的，华佗的传说并不见得就是假的。所以之后，皇家陆军医院进行了很长时间的外科手术研究，推动了该手术在大明朝的诞生和完善。
第二个问题就是医疗人员培养问题，朱由检设计的医疗体系，很明显，需要大量的医生，但是现实来说，还没有这么多的医疗人才，甚至说，十分之一都没有，这种情况下，医院要建立起下属医学院，进行人才培养。
第三个问题，就是疾病研究的问题，现在人类已知的疾病很多都是绝症，无法治疗，这种情况下，就要求医院展开疾病研究，来解决这些疾病。
第四个就是药材培育的问题，就想这么大范围的培养医生，意味着药材使用会越来越低，自然意味着天然药材数量不能满足需求，这种情况下，就应该考虑人工种植，来满足治病需求。
