政治署作为三大署，主任也是军中实权部门，所以竞争的人很多，孙传庭都想进入这个部门，但是朱由检一番谈话之后，就决定放弃了竞争，最终黄道周成为了政治署主任。
政治署的主任叫做叫做黄道周，授予上校军衔，属于军中的第二把手。主要的工作就是加强可军队思想传建设工作。历史上这个人也算是学识渊博，尤其是性格十分耿直，喜欢学习屈原，最终也跟屈原一样，为国赴难。本人精通于理学，对于朱由检来说，不太喜欢理学，但是忠君爱国这一套对于军队思想建设很有利，自然是要采用了。
作为帝王，朱由检不会因为自己的个人喜好来决定是否使用一个人，而是根据是否对于自己有用来决定是用一个人。有用，你人品在差，我都会用你，顶多是想办法限制你。你没用，那么你人品再好，也不会用。
就像洪承畴，朱由检知道历史上他投降了满清，但是军事才华就摆在那里，难道还能放弃，能为自己征战天下，所以，考虑了一番，最终还是决定用了。但是就像左良玉这样的，虽然也能打，但是带兵如匪，刚能给朝廷抹黑，那么就不好意思了，你哪凉快哪呆着去，这辈子都不可能用你了。作为朝廷官军，你不说爱护百姓，至少不能搜刮百姓，但是左良玉的兵就是跟土匪一样，到处搜刮地方，刚能让朝廷失去人心。
这次新军组建，最让军官们开心的就是过去，督军的工作是太监负责，但是朱由检的新军没有设置督军太监，而是使用了政治署这个机构来进行思想教育。过去督军主要是为了防止军官叛乱，但是现在的政治署存在的目的是为了加强士兵教育，从本质上来说是不一样的。
历史上太监督军，插手军务，军官一般没办法反抗，因为太监是内臣，皇帝更加新人太监，你一个军官，本身掌握军权就属于不信任的范畴，太监要是参你一本，说不定小命就没有了。但是文人本身来督军，大家都是一样的，权利分清，你想插手军务谁怕谁，总有个讲理的地方不是。
再说到政治署，它下属第一处为军法处，主要就是军队司法行政工作。
军法处下属第一科为审判科；主要就是作为军事法庭对于违法军事法令的士兵和军官进行审判。比如说逃兵、拒绝服兵役、军内贪污等等都可以通过军事法庭进行审判。当然，过去的军法过于严苛，比如说营啸就属于死罪，但是在朱由检看来，营啸属于士兵压力过大造成的，至于说引发的后果，很大的原因是缺乏夜间训练。你不搞夜间训练，难道敌人也不夜间偷袭你？所以，这种行为有点掩耳盗铃了，你多搞搞夜间训练，士兵压力释放出去，也就没啥事了。
还有就是法不责众，导致了士兵集体性犯错，往往得不到处罚，这次增加了行政处罚相关条例，严重的甚至会对于整支部队进行撤编。
还有就是增加了一些有期徒刑，有些事够不到死罪，但是活罪怎么处罚？过去基本上就是免职，流刑。这次取消掉了流刑，一律该为有期徒刑。该多少年就是多少年，在监狱里面劳动改造。
第二科为调查科，其实类似于后世的检察院，主要就是对犯罪行为进行调查取证，进行起诉的机构。第三科为督查科，目的就是对于军法处等机构执法失当行为进行督察。
第四科为宪兵科，也就是宪兵连，但是属于营级级别。编制人数为121人，因为人数所以叫做宪兵连。宪兵连同时还负责平时的违法行为的逮捕之类的工作，有时候还负责医院系统检查军队卫生之类的，总之，哪里需要就去哪里，不但是军法处管理，其他部门需要到也能配合。加上第四科这个不吉利的数字，之后成为了大明军中最不讨人喜欢的一个科室了。
第二处为审计处，主要的工作就是对于军队开支数据进行审计，凡是审计处没有审计通过的，那么就要自己来承担损失了，否则就等着宪兵队找上门来。审计独立设置，有助于审计部门独立审核，避免沆瀣一气，从而造成审计流于过程。
第三处就是人事管理处，下属第一课档案管理科；第二科考功科。几个科室的名称大概就是工作内容的重点。档案管理这个时代也有，但是只针对于普通官员的档案，对于是并建立档案这件事，还是第一次。这个时代很多人犯了罪就跑去当兵，就像李自成就是杀人后从陕西跑到甘肃当兵了，如果有档案制度，去了就是逃犯，肯定被逮捕了。考功科简单的来说就是对于战功进行核查和进行相应的奖励。
第四处为征兵处，第一科为新兵训练科，和参谋署训练处联合成立新兵训练中心，负责新兵训练。第二科征兵宣传科；第三科政审科。新兵训练科目前只是一个空架子，毕竟全军都还没有训练完成，训练中心也就没有什么工作，不过等着军队训练完成之后，工作就会正式展开。到时候，这一部门就是军队新兵补充的主要来源，未来的军队补充肯定是不允许军官就地补充了，而是通过上级部门，从西饼训练中心进行补充。
就新兵训练中心来说，目前只是一个部门，人员也不多，工作暂时还是参加训练。未来的话会在每一个府甚至到县建设一家新兵训练中心，让士兵完成新兵训练，或者实现国家整体兵役目标。
然后在这些完成训练的士兵中，选择合适训练水平高士兵，的进入到兵种训练中心，比如说选择了骑兵的，进入到骑兵训练中心，选择了炮兵的，进入到炮兵训练中心。等着完成了技术训练，在分配到地方部队或者皇家陆军海军进行服役。
这样通过层层筛选之后，士兵的质量有保证。把那些不适合当兵的，提前就淘汰了，留下来那些可以适应军队，从而军队战斗力就有了保证。
第五处财务处，包括第一科财务管理科，主要工作就是对于现金进行保管，当然，未来银行成立之后，这个部门的工作就是和银行进行现金业务对接的机构。第二科工资核算科，工作就是对全军工资进行核算发放。第三科总账科，主要的工作就是账目单据进行核算以及单据保存的工作，同时也对财务信息进行分析，找出财务漏洞，也是跟审计处进行直接对接的科室。
本来的话，经济账目应该交给后勤部门，但是朱由检想加强政治署的军中地位，所以把财务部分交给了政治署。钱是看过一个段子，不知道真假，据说袁世凯练兵的时候，会亲自的把钱发到士兵手里面。不论真假，确实反映了一个事实，财务也是军队的核心所在。谁掌握了军队的财权，谁掌握了军队，你军官再牛，你给士兵发不出工资来，士兵照样不听你的。
第六处文化宣传处，处长叫做曹学佺，授予少校军衔。下属四个科室，相较于其他地方，这个科室的主要工作就是文化宣传，要求科室科长必须有很好的文艺功底，最终曹学佺担任了科长。
第一个是军报科，负责军队报纸、杂志、书籍之类的发行工作。
第二个是文工团，主要就是通过吸取歌舞形式来鼓舞士气，对于士兵来说，日子十分枯燥，适当的音乐有助于缓解士兵压力。当然，这个时代的文工团级别应该高不了了，未来就算是政治署变成了政治部，文工团还只是一个第三层次的机构。
第三个科室就是体育科，平时的组织军中训练之余打打比赛之类的，比如说，组成各营的足球业余联赛之类的，也有助于士兵的放松，毕竟文工团没有办法一到有空就去演出，平时的放松还是要靠体育比赛来完成。
第四个科室就是心理战科，这个科室主要的职责就是研究对手士兵心理状态，并且制定有针对性的宣传手段，来达到瓦解对方士兵意志的目的。第二个职责，就是研究己方士兵心理状态，进行有针对性的心理辅导，避免己方士兵出现怯战心理或者战后心理严重创伤，从而回归之后，危害社会。第三个职责就是针对于战争制定心理战计划，提交参谋署，供参谋署制定战术时候使用。
不过这个时代的心理学还在萌发阶段，朱由检也没有指望，这个部门能拿出什么成绩，只是安排了三个人进行研究这方面的内容，可见是真的没抱有太大的希望。但是这样一个不受重视的部门，最终还是做了不少大事，让心理战成为了后来明军战无不胜的秘密武器。甚至这个部门，因为人数一直不多，从来没有被军史研究者提起过。谁也没有想到过，大明军队的高级别作战计划，都有心理战的内容。随着使用的次数越来越多，最终这个部门独立于宣传部门而存在。
一直到了很多年后，心理学研究越来越发达的时候，很多人再去看这一时期的战争，就发现，大明皇家军队特别善于使用心理战瓦解对手意志。才从故纸堆中知道了个么一个，通常只有几个人存在但是级别高的吓人的部门。
