清代初年，修整明北京国子监为太学，裁掉南京国子监，改为江宁府学。清代北京国子监是全国最高学府。
清代北京国子监设祭酒满族、汉族各1人，司业满族、蒙古族、汉族各1人，职在总理监务、执掌教令。博士满族、汉族各1人，助教满族16人、蒙古族8人、汉族6人，学正汉族4人，学录汉族2人，职在教诲。典籍汉族1人，掌书籍碑版。典簿满族、汉族各1人，掌文牍事务。
国子监的生徒，来源很多，共分两大类。一为贡生，一为监生。贡生有岁贡、恩贡、拔贡、优贡、副贡、例贡这“贡”，监生有恩监、荫监、优监、例监这“四监”。
岁贡，有地方贡于国家之意。府、州、县学按照规定的时限与数额，将屡经科考、食廪年深的生员，依次升贡到国子监。
1645年，清政府命中央直属各省起送贡生，府学每年1人，州学3年2人，县学2年1人。各地贡生到京后，要进行廷试。时间是每年5月15日，后改为4月15日。如有滥充者，即发回原学。一省发现5名以上，学政要被罚俸。
恩贡，是岁贡在特殊情况下的改称。清沿明制，凡国家有庆典或皇帝登极，便颁布恩，以当年的岁贡生充恩贡。
拔贡是常贡之外所行的选贡之法。各地儒学生员，经过考选，凡学行兼优、年富力强、累试优等者，得以充拔贡。
清顺治时的1644年，首举选贡。顺天府特贡6人，每府学贡2人，州、县学各贡1人。当时为6年考选一次，乾隆时改为12年一次。
副贡，各省乡试除录取正卷外，另取若干名为副榜。中副榜者，可以作为贡监，入国子监肄业，称副贡。
优贡，类同拔贡，每3年考选一次，举送的次数比拔贡多。
读书士子除了参加科举考试者外，由此而入仕途的，亦谓之正途。五贡就任官职，按科分名次和年分先后，恩、拔、优、副贡多以教谕选用，岁贡多以训导选用。但在具体实行中，常有变动。
在五贡之外，还有例贡。凡儒学中的廪生、增生、附生，按政府规定报捐为贡生的，称例贡。这是当时由捐纳入官的必由之路，由于是出资捐买而得，很为一般人所蔑视。
例贡或在监肄业，或在籍，均可称为国子监监生。乾隆年间议准，例贡如果志在由正途入仕，准其辞掉例贡头衔，以原来的身分参加科举考试。
在贡生之外，还有监生，包括恩监、荫监、优监和例监。
恩监，清乾隆年间开始实行，主要是选拔和照顾一些资历、身份较特殊的士子，恩准入监肄业。清乾隆时的1737年，准八旗汉文官学生应讲求经史，每3年奏请钦点大臣考试，优者拔作监生，与汉贡监等一体肄业。
1786年规定，凡陪祀孔庙的圣贤后裔，本人是武生俊秀及无功名顶戴的俊秀，均恩准做监生。另外，八旗算学生、汉算学生、钦天监天文生均准考恩监。
荫监，又分恩荫和难荫两种。恩荫是按内外文武官员品级，荫子入监。
1645年，定文官中京官四品、外官三品以上，武官二品以上，可送一子入监。从1713年开始，宗室亦给荫入监。1646年，定满、汉三品以上官员，3年任满，勤于国事而死者，可荫一子入监。
清雍正以后，特别体恤军功死难者。凡八旗武职立功身故，无论功绩大小，是官员的，给七品监生1人，是护军校、骁骑校的，给八品监生1人，均于子弟内补充。
1739年规定，八旗武职立功病故，所给的监生，按立功等第定监生品级。一二等军功，给该员子弟监生1人，食七品官俸，三四等军功，给该员子弟监生1人，食八品官俸，五等军功，给该员子弟监生1人，照捐纳监生例，准其应乡会试。
优监，与优贡雷同，唯入监条件略有降低。1733年规定，在地方儒学为附生及武生的，可以选为优监生。
例监，与例贡雷同，但条件更放宽。凡未取得生员资格的读书士子，即俊秀，可以通过捐纳而取得监生资格，称例监。
贡监生入太学后，依次到六堂研习。六堂分为3级：正义、崇志、广业堂为初级，修道、诚心堂为中级，率性堂为高级，根据学习成绩递升。
国子监的监生，又分为内、外两班。内班是住在监内的，有膏火之资。外班则散居监外各地，无膏火。外班补内班，要经过考试。内班贡监生的告假等事项，都要按严格的规定办理。
清初，内班共有监生150名，每堂25名，外班120名，每堂20名。清乾隆初年，改内班每堂为30名，这样内、外班共300名，既而又裁减外班120名，拨年班24名为外班生。
国子监授课和考试的办法是：每月初一、十五日师生向孔子行祭奠礼毕，听助教或学正、学录讲解经书，然后要进行覆讲、上书、覆背，每月3回，周而复始。
所习内容为“四书”、“五经”等，还有兼学习“三经”和“二十一史”的。每人每日要摹名帖数百字，并立日课册，按期交助教等查验。
每月十五日，祭酒、司业轮换考课四书文1篇，诗1首，称大课。一般是司业月考，祭酒季考。另外，每月初一日，在博士厅课经文、经解和策论。每月初三及十八日，助教、学正和学录还要分别主持考课，试四书文、经文和诗策等。
监生坐监的期限，始初各种贡监生并不一样。恩贡、难荫、由廪生出身的副贡，时间最短，为6个月。其他有8个月、14个月、24个月的。例监最长，为36个月。1727年规定，各监生肄业，均以3年为期。修业期满后，可应吏部铨选，以教谕、训导等选用。
清代还给国子监学生制定了严格的学规。顺治初年颁布国子监学规18条，康熙年间又以“圣谕“的方式颁布《圣谕十六条》。雍正时期又将《圣谕十六条》修订为《圣谕广训》，用以约束学生，并规定每月初一、十五必须将国子监学生集中在一起，由教官宣读。
雍正时期的16条国子监学规基本内容是：
敦孝悌以重人伦；笃宗族以昭雍睦；和乡党以息争讼；重农桑以足衣食；尚节俭以惜财用；隆学校以端士习；黜异端以崇正学；讲法律以儆愚顽；明礼让以厚风俗；务正本以定民心；训子弟以禁非为；息诬告以全善良；戒逃匿以免株连；完钱粮以省催科；联保甲以弭盗贼；解仇忿以重生命。
这些内容在当时的条件下是以特定的封建礼教、法制纲常为内涵的。这个学规具有一般学规的共同特点，如道德人伦、勤劳节俭、和睦友爱、端正风气、遵纪守法等。
