1月12日陈毅、饶漱石、张云逸、赖传珠致第一师、第三师电：“如你们认为苏中兵力过多时，可抽派一个团到盐阜区，以便三师派一个团到淮海区活动。今后一师转移方向宜向北而非向南。”
同日苏中区党委敌工委发出加强对日伪军工作的指示，要求各级党组织认识这一问题的重要性，抽调大批有条件的干部参加这一工作。
1月13日与管文蔚、陈丕显、叶飞、钟期光联名发出致陈毅、张云逸、饶漱石电：拟将苏中主力转移到江南浙东及淮南巢湖、无为地区。同日，陈毅、饶漱石、张云逸、赖传珠连复两电：“关于一师部队南移问题，我们已有数电要你们立即停止行动”。“中央已有指示，不要我们部队及人员到浙东去”。1月15日又电示：“一师转移方向主要当向北，而非向南”。
1月21日苏中区党委发出《关于在反“清乡”斗争中掌握青红帮的指示》，指出：日伪军在苏南“清乡”中利用流氓帮会，给我们以很大损害。在苏中反“清乡”斗争中，我们要对青红帮主动加以掌握，使其参加反“清乡”斗争，掩护我们的干部，孤立日伪军；同时注意他们的落后性和破坏性，不能助长它的发展。
1月25日在如东沙家坝召开的第一师直属队干部会议上作报告，要求坚决贯彻执行精兵简政政策，集结一切力量争取反“扫荡”斗争的胜利，提出五项政治号召：一、一切为了坚持原地斗争，反对退却逃跑；二、一切为了胜利，反对盲目硬拼；三、一切为了革命利益，反对个人打算；四、一切为了战争的胜利，要做困难时的英雄；五、巩固党内外的团结，拥护党的绝对领导。
1月28日华中局、新四军军部确定反“清乡”斗争的总方针是必须坚持原地斗争。粟裕对比苏南反“清乡”情况，从苏中实际出发，制定了“以公开武装斗争为主，达到原地斗争的目的”的反“清乡”斗争方针。
1月29日发出致陈毅、张云逸、饶漱石电：报告苏中日伪顽情况及我对日伪顽的工作。
2月1日发出致王必成、江渭清电，提出第二旅南移以后苏南工作的方针，指出：“在目前整个形势以及敌我力量对比下，我在政治上应争取对抗战的主导地位，而在军事上，在反攻以前，无需主动进行对敌决定胜负的战斗。只有这样，才能变敌我矛盾为敌顽矛盾，而使我在这矛盾中求得生存与发展”。3月11日、3月30日、4月1日、4月3日连发四电，反复强调上述指导思想，以及对付国民党军队进攻的方针、策略和战术，指出：“你们部队在长期准备反摩擦战的情况下，战斗情绪必然很高，但应防止过左，绝对不宜主动向渝军（按指重庆国民政府指挥的国民党军）进攻，即使其向我进攻，如无绝对胜利把握，则应毫不犹豫地转移，以求得军事上的主动和增强政治上的优势”。
同日在苏中区党委出版的《党风》1943年第2期发表《论坚持苏中斗争与任务》，实事求是地解释了干部中对中共中央1942年7月提出的“今年打垮德国，明年打垮日本”口号的疑问，指出：“日本军阀为要应付行将到来的盟国反攻，其今后动向将逐步停止正面战略进攻，而加强其对敌后的控制，以便榨取占领区的人力物力，应付其所遭遇的严重危机”。因此，日本侵略军对我根据地的“扫荡”将较过去任何时期严重。“敌人这一次‘清剿’、‘清乡’，是在其整个战略重心逐渐转向敌后的情形下进行的”，而且进行了较长时间的准备，将增加我们一些困难，使局势更加严重。但是，“我们决不能因此得出一个不能坚持原地斗争的结论”；相反，“我们有着坚持胜利的客观条件和决定胜利的主观力量”。
“然而胜利需要争取才能得来，决不会自己送上门来。因此，我们在严重斗争行将到来之前，应不失时机地加紧做好准备，以便迎击敌人更毒辣更残酷的‘扫荡’，应付复杂的环境，克服自己的一切困难，增加敌人以更多困难，团结一切可以团结的力量，从各方面痛击敌人”。
2月2日苏联斯大林格勒保卫战胜利，消灭德国法西斯军队23万余人。
2月5日苏中区党委党校、第一师教导大队和政治部文工团转移到苏南溧水地区，组成中国人民抗日军政大学第九分校。
2月7日在苏中区干部会议上作形势报告，指出苏联取得斯大林格勒战役胜利以后，苏德战争形势有急转直下可能。
2月8日赖传珠发出致叶剑英、滕代远并刘少奇电，报告新四军参谋工作情况。有关第一师部分说：“第一师司令部短小精干，能适应战争环境，对当面敌伪情况以及地方党政关系能有系统的了解与整理，并能掌握敌人动态与适时给下级指示，但首长对参谋人员欠信任及荷包主义包办现象，虽稍许进步，但还仍然存在。”
2月23日为配合盐阜区反“扫荡”斗争，指挥苏中部队展开攻势作战，攻克曹家埠日伪军据点，全歼守敌1个营。24日，又攻克孙家窑伪军据点，生俘伪军116人，毙伤40人，缴获步枪150支。
2月28日发出致各旅各分区电：对新旧派伪军的斗争方针的指示。
3月1日发出致各旅各分区电，指出：“反‘清乡’的总的策略方针，是团聚一切反‘清乡’势力，集中力量反对敌人‘清乡’。对于日伪‘清乡’阵营中之对‘清乡’不满的消极分子，不论其出发点与立场如何，也不论其力量之大小与时间之久暂，我们均应争取，以便孤立主持‘清乡’的敌人”。
3月初日伪军加紧对苏中区的“清乡”准备，以有苏南“清乡”经验的第六十一师团接替南浦旅团，集中日伪军和“清乡”大队等共15万余人，并搜罗500万根毛竹和大量封锁器材。同时部署南浦指挥的日伪军在盐阜地区“扫荡”，配合其对第四分区的“清乡”。
3月8日苏中区党委和苏中军区发出反“清乡”紧急行动的口号，号召全区军民紧急动员起来，一切服从战争，一切为了反“清乡”的胜利，并且提出“每月每乡杀一个敌人”、不让敌人打篱笆，不替敌人筑碉堡修公路，在河里筑起暗坝，把大路挖成小路等具体要求。
同日对反“清乡”斗争的组织领导工作作出具体部署：区党委机关转移至第一分区，加强第一分区工作，请陈丕显同志布置督促进行；军区直属机关转移至第二分区，行政公署及军区司令部、政治部全力帮助加强第二分区工作，统由管文蔚同志计划实行之；粟裕率领十数工作人员暂留第四分区以吸引敌人，俟情况开始变化时再转移。第十八旅之第五十二团“仍暂在盐城地区分散行动，并应尽量向西北推进，以阻止韩德勤部向我地区窜扰，但不应主动引起摩擦和不宜超出自卫立场，并尽量从政治上争取友好”。这一部署，当天上报华中局、新四军军部，并于3月25日电告苏中各旅、各分区、各地委。陈毅、饶漱石于3月10日复电，要粟裕迅速转移位置，免遭日寇突然袭击。
3月16日中共中央华中局发出《关于苏中四分区反“清乡”的指示》，指出：动员军事、政治、经济、文化、锄奸、保卫各方面力量，开展反“清乡”斗争，把反“清乡”斗争变成根据地全民的斗争。
3月中旬在韩德勤残部撤离曹甸地区以后，指令第十八旅向北挺进至曹甸地区，打通与第三师、第四师的联系，控制这个战略枢纽地带。
3月24日在苏中第四分区党委会议上作关于反“清剿”、反“清乡”斗争的报告，提出总的方针是：“普遍深入的紧急动员，以现有组织工作为基础，组织一切反‘清乡’的力量，加强战时工作，广泛发动游击战，掀起群众斗争高潮，并准备各种复杂斗争的条件，运用多样的方式，打破敌汪‘清乡’阴谋，达到坚持原地斗争的目的。”
同日苏中军区第二分区东台独立团与如皋警卫团互相配合，攻克南侧背之角斜场、小洋口等日伪军据点，俘虏伪军112人，迫使南浦旅团一部和徐容部伪军从南撤退，打破了敌人割断二、四分区联系的企图。
同日发出对徐容部伪军工作的指示。
3月下旬南通、东南警卫团分别攻克金沙、余东、三阳、悦来镇等日伪军据点10余个，平毁敌碉堡40余座，并以部分兵力挺进长江北岸，掩护民兵、群众烧毁大批毛竹等封锁器材。
3月底苏中全区“三冬”工作基本结束。通过“冬防”工作，发展民兵45万余名，自卫队员20万名。通过“冬学”工作，有4300多名教师、12万基本群众参加教学，起到了政治启蒙、思想启蒙、文化启蒙作用。通过“冬耕”工作，政府发放500担公粮、近600万现金的农业贷款，救济了严重灾荒地区人民，有46万多人在生活上得到了政府帮助。
4月1日在第一师师部驻地汤家园接见第四分区对敌工作人员吴强。吴强潜入日伪军据点金沙镇侦察，获得敌人内部情报：原定4月1日开始的对第四分区的“清乡”军事行动，推迟至4月15日开始。粟裕认为这个情况很重要，立即动手写电报稿发出，并要吴强再次潜入日伪军据点侦察敌情。他说：这是斗争的重要时刻，需要及时掌握敌情。现在，日本人、汪精卫都落下了极度困难的深渊，败局已定。但是，他们还要穷凶极恶地进行垂死挣扎，我们也还要同他们作艰苦的坚决的斗争。
4月8日陈毅、张云逸、饶漱石、赖传珠致电粟裕：可参考第十六旅反“清乡”经验，动员群众及民兵大破敌之竹篱笆，以打破日伪军用竹篱笆围圈四分区的计划。
4月11日第十六旅王必成、江渭清连发两电给粟裕，报告：国民党第三战区乘日伪军对苏南“清乡”之际，调集13个团兵力向活动于溧水地区的第十六旅进攻。第十六旅决定集中优势兵力歼灭其一部。粟裕于4月12日复电，同意首先集中全力迅速歼灭东面的一路，然后主力向西南转移占领优势阵地，威胁西南的一路，迫其后退，不必作连续的进攻。指出：“今后苏南局面可能是延续的摩擦与反摩擦斗争的局面”。“你们的作战方针，应是在自卫原则下，求得在一个战役中迅速、有利地解决一个战斗，即适可而止，以便休养兵力，准备应付可能继续到来之顽军的第二个战役进攻。这样才能保证以后作战的连续性胜利和建立我军的声威，才能保证我军在该地区站稳脚跟，对今后形势才会有利”。4月14日再次电示：“立即分散向敌后转移，不宜纠缠恋战，更不应犹豫迟疑”。
第十六旅按照这一方针坚决反击国民党军进攻，歼敌2000余人，粉碎了国民党顽固派军队制造第二个“皖南事变”围歼苏南新四军的阴谋。然后主动撤出战斗，除留下部分兵力在溧水地区外，大部主力转移到溧武路两侧日伪军占区活动。
4月15日根据中共中央华中局指示，苏中区党委和苏中军区决定，汤景延团（由崇明县警卫团与通海自卫团合编的通崇海自卫团）打入伪军内部，被改编为“苏北地区清乡主任公署保安司令部第二教导大队”。他们以此为掩护，进行特殊的隐蔽斗争，确保苏中与江南的交通联系，购买、运输根据地所需军用物资，搜集日伪军重要情报，掩护我党政军干部。9月29日，奉命举行军事暴动，扫除日伪军据点十余处，胜利返回苏中军区第四分区，休整以后编为“联抗”第二团。
4月18日发出在反“清乡”中加强思想教育工作致各分区的指示，指出：
日伪军对四分区的“清乡”实际上是对苏中以至整个华中“清乡”的开始。反“清乡”是我们能否坚持原地斗争的关键。为此，各分区都应加强教育，克服太平享乐主义、资产阶级剥削思想和各种纪律松弛现象。
4月19日陈毅、饶漱石、张云逸、赖传珠发出致第十六旅电：“苏南主要发展方向，应向敌后，而不应向国民党后方”。
4月20日发出致电，报告苏南反顽斗争经过。
4月中旬南通、如皋、启东、海门境内日伪军倾巢出动，采取梳篦拉网、分进合击的战术，对苏中第四分区中心区实施“清乡”，构筑长达175公里的篱笆封锁圈，封锁沿江沿海所有港口，境内据点由63处增加到200多处，在封锁线上设置大小检问所150个。苏中区党政军民立即展开反“清乡”斗争。
4月28日发出致各分区电：通报丹北地区反“清乡”形势，提出对丹北地区开展反“清乡”的意见，指出：“须估计敌对丹北‘清乡’是形势发展所必然。因丹北地区位于长江和京沪铁道间，是大江南北坚持抗战有极大意义的地区，我在丹北的活动对敌威胁颇大”。“因此需号召丹北全党以英勇的精神坚持丹北斗争”。“武装斗争为坚持的主要形式。环境最坏时以分散游击战就地坚持为主”。开展统一战线工作，“指出敌清乡与各阶层的利害关系，以提高人民的抗战信心，揭破敌人欺骗、麻醉人民的阴谋”。
5月4日在第一师干部会议上作《目前部队中存在的不良倾向问题》的报告，指出：部队中存在的个人享乐主义、高高在上的官僚主义等不良倾向必须加以克服。如果任其发展，不仅不能坚持今后的艰苦斗争，而且将使我们革命集团走向瓦解。
5月11日发出致第一、第二、第三分区电，布置各分区配合第四分区反“清乡”斗争的任务，指示一、二、三分区各组织一个20至50人的短枪队，协助四分区执行锄奸任务；对参加四分区“清乡”的伪军留守部队发动猛烈进攻，歼灭其薄弱与重要部分；对日军中与主持“清乡”的小林师团有矛盾而不积极动作的南浦旅团部队，采取不主动进攻的方针。
5月12日为国际护士节和新四军医务节题词，并提出医务工作者修养的八字方针：“勤劳，忍耐，精细，温和”。刊载在1943年6月15日出版的《抗敌》第3年第4期上。
5月16日为准备打击“扫荡”东台以北地区的日伪军，率领第一师师部转移到第二分区。
5月17日苏中区党委发出《关于反对敌汪“清乡”与坚持原地斗争的综合指示》。
5月中旬日军为配合对四分区的“清乡”，命令南浦旅团集中日伪军400余人“扫荡”东台地区。苏中各分区内线作战与外线作战相结合，开展反“清乡”、反“扫荡”斗争，连续攻克日伪军据点10余处，歼灭日伪军1600余人，缴获步枪640余支、机枪9挺、各种炮5门，迫使敌人撤回“扫荡”兵力，配合了第四分区的反“清乡”斗争。
6月2日中共中央电示陈毅、饶漱石：利用各师首长到军部开会时机，在师以上干部中进行一定程度的整风。
