8月15日在《抗敌报》第29期发表《增强党性与整顿三风应该与部队中的实际结合起来》一文，指出：“目前整风的状况，最大的毛病是学习文件与实际脱节，专讲一些文件上的词句与原则，而与实际问题完全不接触或者只讲些琐碎事，降低了原则。这就使整风工作得不到更好的效果”。因此要“使增强党性、整顿三风与实际联系起来”，“特别要以干部为主要对象，首先纠正干部的不良倾向与思想行为，使其真正能以身作则，成为好的榜样，才能影响下级，影响全体，使大家有所效法”。
同日电令第十六旅：应用各种办法歼灭回窜江南的“忠救军”或驱逐其出境。9月7日，再令加强对镇（江）丹（阳）武（进）地区的控制，不让已南移的“忠救军”立足。
8月19日发出致新四军首长电，报告苏中第三分区反“清剿”情况。
9月1日中共中央发出《关于统一抗日根据地党的领导及调整各组织间关系的决定》，要求各个根据地实行一元化领导体制，特别指出：“在游击区因为它的特殊性，领导的一元化不仅是在相互关系上应有所确定，而且在党、政、军、民的机构上，在必要时亦须一元化。党委、政府、民众团体的机关，可与军队指挥机关、政治机关合并。党、政、民干部在军队或游击队中担任一定的职务（如正副军事指挥员、政委及政治部各种工作），战时参加军队与游击队工作。战斗空隙时则仍实行原来的党、政、军、民职务（如党委书记、县长、工会主席）”。
同日苏中区党委在如皋县南坎镇召开扩大会议，对反“清乡”斗争和秋收中的群众工作、建党工作作具体部署。
9月3日复谭启龙、何克希9月1日电，同意他们提出的对付窜入浙东地区的“忠救军”的第一方案，即“力争该部魏、孙两大队中立，乘其袁部尚未到达时，集中力量将袁部解决，再与魏、孙分别统战，巩固三北地区，再行南进”，指出：“唯须估计到自己力量，应在绝对有把握时才可行之”。12月下旬，浙东新四军部队发起对“忠救军”的反击作战，将其基本消灭。
9月10日连发两电给第十六旅，提出恢复澄锡虞（江阴、无锡、常熟）地区工作和对付国民党军的方针，指出：在日军放弃浙赣线、国民党军北上反攻的情况下，“你们如主动向溧武路以南之顽忠救军进攻，不论在军事、政治上均不利。因此，你们不可轻举。只有在顽向你们进攻，而情况十分明了，胜利极有把握的原则下，才集中兵力予以歼灭性打击”。“总以保存、聚集有生力量与坚持原地斗争为一切工作之中心”，“不能违反战役、战斗上以多胜少和速战速决的原则”。
9月上旬根据苏中军政党委员会扩大会议关于主力部队地方化的决定，组织领导第一师和苏中军区部队统一整编，四个旅各保留一个经过充实加强的主力团，作为苏中军区掌握的机动兵团；其余主力部队与地方武装合编为地方军；保留保障海上交通和开展沿海工作的海防团；组建担任领导机关警卫和培养干部的教导团。从而使主力部队与地方部队的战斗力都得到提高，三结合的武装力量体制得到进一步改善。
9月16日中共中央华中局通报：伪军第二集团军总司令杨仲华停职查办。
指出：“杨仲华事件是最好利用机会，不可错过”。指示各部队各地区利用日伪军和伪军内部矛盾，乘机进行瓦解和争取伪军的工作。苏中区党委即派新四军政治部统战部副部长夏征农去泰州与杨仲华谈判，并达成军事上互不侵犯、政治上不破坏抗日政权、经济上盐棉税收合作等协议。事后，粟裕将谈判结果报告华中局饶漱石、陈毅、曾山。
9月19日发出对苏中区第一分区反“清剿”斗争的指示。
9月25日获悉日伪军400余人奔袭正在二镇休整的第一师指挥机关和主力部队，立即作出作战部署，并亲自指挥第一师第三旅一个团在二镇以南的谢家渡打了一个伏击战，歼灭日军南浦旅团第五十二大队中佐大队长保田以下110余人，生俘日军3人。此战胜利，迫使日伪军第一次“清剿”仓皇收兵。战后，指示把保田中佐的尸体整理好，送到日军据点麒麟镇，并附信一封，警告日军不要再屠杀中国人民，否则难逃保田的下场。三天以后，日军南浦旅团长回信，扬言与新四军决战，但不得不承认：“贵军战后归还战骸，宽厚仁德，诚贵军政略之胜利”。
9月30日指令第十八旅两个团越过京沪铁路南下。
10月10日与苏中军区政治部主任钟期光联名发出《领导群众性对日伪斗争应注意的问题》的指示电，针对8、9两月第三分区的群众性武装斗争高潮，提出领导群众性对日伪斗争的方针政策，指出：“这一运动要成为巩固的群众运动，党和政府主要负责人应亲自参加自卫会直接领导斗争，以加强其领导，使我党能决定群众进退，防止自流现象，以免遭受损失”。“包围据点是冒险进攻的行动，如非群众自发，又非策略需要，应该避免。但对下乡日伪军应发挥民力坚决打击之”。“这种全面性的自卫运动，应普及到全苏中”。
10月19日与谭震林、叶飞、钟期光联名发出致第十六旅、第十八旅电：
第五十一团南下，划归第十六旅建制。
10月24日中共中央华中局电示：“华中局内定之苏中区党委名单为：粟裕，（陈）丕显，管文蔚，周季方”，“待中央批准后再正式通知你们”。12月2日，中共中央华中局致各师、各区党委电宣布“苏中区党委以粟裕、陈丕显、管文蔚、周季方四人为委员，粟任书记，陈副之”。
同日苏中区党委发出《关于敌伪排斥法币及我根据地发行抗币的决定》，除揭露汪精卫伪政府宣布停止使用国民政府货币的阴谋外，决定发行苏中根据地货币，作为根据地唯一通行货币。
10月25日与谭震林复第十六旅10月24日所报对付国民党军第五十二师及“忠救军”的决策电，指出：目前不宜在两溧（指溧水、溧阳）地区与顽作战。
10月下旬主持在南坎镇召开的苏中军政党委员会第三次扩大会议，并在11月11日的闭幕会议上作《半年来工作总结及目前工作意见》的报告。陈丕显作《开展三冬（冬防、冬学、冬耕）运动》报告。管文蔚作《苏中精兵简政的方针与实施步骤》报告。谭震林作为华中局代表参加会议，并作《目前形势与任务》报告。会议对党政军民各方面的工作进行了检查，作出了具体部署，确定总的指导思想是：“充分发挥主观力量，广泛地开展游击战争，处处打击敌伪军，同时在不利条件下适当进行各种不同的辅助斗争，以达到武装公开坚持之目的”。
粟裕在报告中强调指出：“我们要估计以后斗争会更尖锐，将要遭受更多的困难和可能更大的削弱，这就要求我们在战略指导上要非常谨慎小心。而且敌人可能抢在同盟国反攻以前来解决中国问题，把中国作为他的赌本，因此敌人必将更加强对敌后的控制，这就是接近胜利时的困难”。“我们要提高党性锻炼，加强全党团结，在党中央及华中局领导下，坚持苏中斗争，准备反攻的各种力量，以争取反攻中的伟大胜利，并取得反攻胜利后民主进步势力的绝对优势，保障战后顺利建设新民主主义的新中国”。根据中共中央和华中局决定，实行一元化领导体制，撤销苏中区各级军政党委员会，成立苏中区各级党委，作为各级最高领导机构。
11月5日与谭震林、钟期光联名发出致新四军军部电，报告第一师精简整编情况，说：“为执行中央精兵简政的指示，一师及十八旅除编四个主力团外，其余均增强地方军，以便培养出许多新的兵团而坚持原地斗争”。
11月12日中共苏中区委通过关于出版《苏中报》、《党风》的决定，作为苏中区党委的机关报刊。为加强对党报的领导，成立党报委员会，以粟裕为书记兼社长。
11月14日发出致第一师各旅、苏中区各分区电，指示：“为使各地方兵团迅速发展成为主力兵团，各级司令部工作力量除加强对主力有计划的整补外，同时着重于地方兵团之整训与作战指导”。为此调整司令部的组织体制。
11月18日在第一师干部会议上作《坚持苏中斗争和准备反攻问题》的报告。
同日向华中局和新四军军部报送《苏中区反“清剿”斗争总结》，报告从1942年6月到11月粉碎日伪军三次“清剿”的情况和经验教训。
11月25日作关于当前工作任务的报告。
同日与陈丕显、管文蔚一起，在东台三仓欢迎著名爱国民主人士邹韬奋，向他详细介绍苏中根据地情况，并按照他的意愿安排他到苏中各地考察民主政治建设和文化教育情况。邹韬奋在视察了东台县许墩乡民选乡长的活动以后说：
“我在这里看到了真正的民主政治。农民群众能投票选举乡长，只有在共产党领导下才能做到。这在中国历史上是空前的创举，也是中国的希望所在。”参观了粟裕指导创办的骑岸中学后说：“在新四军的抗日根据地能办出这样一所中学，是不简单的。”12月15日，在新四军第一师机关举行的欢迎会上讲话，兴奋地说：“我在苏中看到了新中国的光明！”
11月苏中区党委发出《关于坚持敌后斗争及反“扫荡”的指示》，指出今后的任务和方针是：想尽一切办法克服困难，坚持原地斗争，尽力忍受艰难，保存实力。
12月8日指示第一师参谋人员翻印毛泽东著作《中国革命战争的战略问题》。参谋秦叔瑾在日记中说：“粟师长很重视这本书，他很熟悉其中的战法。”
12月16日在南通县骑岸镇主持召开苏中军区教育会议，并作总结报告，全面阐述部队教育的意义、方针、内容、方式方法和组织领导等问题。他指出，抗日战争相持阶段中的二重任务是：1坚持原地斗争，粉碎敌人的一切进攻（“扫荡”、“清剿”、“清乡”）。2积蓄与加强力量，准备反攻。政治教育的方针是：1坚定斗志。2坚持斗争。3坚强斗力——整风以改造我们的思想。军事教育的方针是：1灵活运用更分散更严重的游击战。2善于利用敌人“扫荡”间隙进行整训。3学习将来更残酷更复杂的正规战。
12月20日苏中区党委发出关于精简的通知，指出：精简是切合今天实际情况而又照顾将来发展的政策，必须根据目前环境及工作局面来切实地调整机构，对不同地区提出不同要求，边区和游击区党政军领导机关应完全合一，平时分工负责，战时一同作战。区党委各部长、行署各处长的特务员、马匹一律取消，其他机关亦应尽量少用勤务员、特务员、马匹。1943年1月15日，又发出关于彻底实行精简的决定，要求各级组织落实精简计划，实行一元化领导，以适应坚持原地斗争的要求。与陈丕显、管文蔚分赴各地督促指导。到3月底初步完成，苏中区党政军民机关共精简9200余人，区党委、行政公署、军区（第一师）3个机关只保留73人。
12月25日中共中央华中局和新四军军部离开苏北阜宁县驻地，向淮南路东根据地盱眙县黄花塘地区转移。1943年1月10日到达目的地。
12月下旬指令第一师第二旅旅长王必成率领第二旅一部及苏中党校、抗大九分校渡江南下，加强苏南地区的武装斗争。1943年1月13日，第二旅一部与在苏南坚持斗争的第十六旅会师，组成新的第十六旅，下辖第四十六团、第四十八团，王必成任旅长，江渭清任政委。
12月在苏中区党委机关刊物《党风》1942年第1期发表《关于军队供给工作问题》一文。文章指出：“虽然我们现在的军队距离机械化的程度尚远，然而由于敌人武器与技术的优良，也必然需要我们有更好的技术保障与良好的指导，才能战胜敌人，决不是单凭政治工作就能收到十全十美的效果的”。“为了战胜具有现代技术装备的敌人，除从政治上及人力动员上去压倒敌人外，还应在技术与装备上适当的提高，以改善敌我优劣悬殊的形势，争取战争的胜利”。
12月组织领导参谋人员总结1942年的军事工作和海上工作情况和经验，上报中共中央华中局和新四军军部。报告中说：“武装斗争是中国革命的法宝之一，其中心是在于正确把握战略指导方针，否则是不能指导武装斗争的。因此，要使县以上干部懂得这个战略方针，懂得为什么采取这个原则，为什么说某些过高要求提出来是违背战略方针的”。“在战略指导上，我军军事行动进行到适可而止的程度，即应进行政治攻势，巩固已得胜利”。“在今天敌后斗争条件下，我们对于反共派的斗争，是与对日伪的斗争交叉错综地进行的，并且随时受到对日伪斗争的约束。所以说，今天敌后斗争，民族矛盾是主导的矛盾，也是基本的矛盾。我们对反共顽固派与日伪间的关系，要详加调查研究，认识其与日方存在的矛盾以及与伪方既有矛盾的一面又有能够联合的一面，以利用他们彼此间的矛盾。同时应该提高警惕性，充分估计到在何种情况下顽伪可能公开配合向我进攻，因为反共派在反共方面是不顾一切、不择手段的”。
从1941年到1942年，粟裕领导苏中、苏南军民作战350余次，毙伤日伪军7000余人，生俘日伪军6800余人，在临江濒海、地富人稠、交通发达的平原水网地带，粉碎了敌人的“扫荡”、“清剿”、“清乡”，开辟了海上后方基地和海上交通线，创建并坚持了苏中、苏南抗日民主根据地。
1943年36岁
1月1日中共中央办公厅举行新年团拜会，并欢迎刘少奇由华中回到延安。
同日在第一师干部会议上作《坚持原地斗争，保存有生力量》的报告。
同日日本侵华派遣军总部和汪精卫伪政府成立“苏北地区清乡主任公署筹备处”，制订《苏北地区第一期清乡工作总纲》，准备将苏中第四分区作为“第一期清乡实验区”。
1月5日毛泽东复陈毅、饶漱石电，同意他们去年12月23日电提出的在日军大举“扫荡”的严重形势下，新四军可能被迫在某些地区作分散布置的计划，“唯浙东方面不宜去人，恐抗战胜利时被国民党消灭，收不回来”。“在战后与国民党合作时，我们即须准备于战后开至黄河以北，这是总方针”。
1月10日中共中央发出《对华中反“扫荡”的指示》。指出敌后形势可能日趋严重，要求根据地一切工作应避免张扬，采取各种复杂的方法来保存我之力量，以度过今后最危险的两年。
同日发出致中共中央华中局电，报告苏中反“扫荡”、反“清乡”斗争部署。报告认为，“今后苏中形势将空前严重，但在总的有利形势下，我们有充分条件克服困难”，“但为粉碎敌‘扫荡’、‘清乡’，达到坚持原地，保存力量，仍应从坏的方面作充分准备”。拟彻底进行精简，开展反“清乡”统战工作，加强反“清乡”战术教育，加强反“清乡”情报工作，加强党内团结和军民团结。
同日发出致中共中央华中局电，报告《关于组织敌伪工作机构及其目前任务及策略原则的决定》。
同日中共中央书记处复陈毅、饶漱石电：“同意你们送大批干部来延安，并同意赖传珠来延安，以粟裕为参谋长”。
