8月12日19时，中共中央军委致粟裕、陈士榘、唐亮、张震并告许世友、王建安、谭震林、华东局、中原局电，指出：“你们所提三个方案我们正考虑中，待你们和许王谭会商提出更接近实际的意见后，再正式答复你们。现我们只提出一些初步感想，作为你们会商时的参考材料。”电报说：“九月作战，预计结果有三种可能。第一，打一个极大的歼灭战。这即是你们所说既攻克济南，又歼灭五军等部大部分援敌。第二，打一个大的但不是极大的歼灭战。这即是攻克济南，又歼灭一部分但不是大部分援敌。第三，济南既未攻克，援敌亦不好打，形成僵局，只好另寻战机。”“在一个条件即是在使用许谭全力而不要其余各纵参加，或者即使参加也只是个别的师，至多不超过一个纵队的条件下，我们目前倾向于攻城打援分工协作，以达既克济南，又歼灭一部援敌之目的，即取你们第二方案，争取上述第二项结果。”
8月14日中共中央与中共中央军委致各野战军、各军区及各中央局、分局电：“我们现在向一切兵团及军区的负责同志提出警告，在战争第三年内，我们将要求你们严格执行及时的和完备的报告制度，将这件事作为一种绝对不允许违反的指令。”
同日王建安致中共中央军委、华东局、西兵团电，提出攻济战役发起时间最好在9月中旬。
8月15日中共中央军委电示刘伯承、陈毅、邓小平：“九月华野攻济打援是一次严重作战，需要你们的有力配合，望对你们直属各纵九月作战计划预先筹划，于月底以意见电告”。
8月16日与陈士榘、唐亮、张震一起去兖州，与许世友、谭震林会商下一步作战计划。
8月20日申时，与陈士榘、唐亮联名发出致中共中央军委、刘伯承、陈毅、邓小平、饶漱石、张云逸、袁仲贤电，报告：我们已于本日到曲阜与谭震林会面，同时到达的还有第三、第六、第十纵队参加开会的干部。西兵团各部，除华野指挥机关已进至济宁东北地区，第三纵队进至金乡、嘉祥地区外，其余各纵队均在原地休整待命。在陇海路以南的第一、第四、第八纵队待决定行动后再北移，以免引起敌人警惕，影响下一战役行动。中共中央军委于8月22日复电指示：“关于攻济及打援的作战计划由你们会商电告”。“关于作战时间，提议在申删（9月15日）以前完成有关攻城及打援的一切准备工作，申删左右开始攻城，御援及打援部队申删以前进入指定阵地”。
8月22日华野司令部电示各纵队，分配对敌侦察任务，并布置了解运河、汶河两岸地形。
8月23日午时，与谭震林、陈士榘、唐亮联名发出报中共中央军委并致管文蔚、陈丕显、韦国清、吉洛电，报告敌我兵力情况，认为“不论打援与攻坚均感兵力尚非绝对优势”。“因此，建议将苏北兵团全部（除三十四旅）调来参加此次大战役”。同时提出，“两月以后我们即可举全力沿运河及津浦南下，以一个兵团攻占两淮及高（邮）、宝（应），则苏北局势即可大大开展。如感到苏北必须留适当部队，则以三十三旅留苏北亦可”。中共中央军委于8月24日丑时复电：“同意调苏北兵团主力参加攻济及打援战役，酌留三十三旅、三十四旅在苏北”。8月25日，韦国清、吉洛与陈丕显分别复电，报告苏北兵团北进计划。
8月24日与谭震林发出致第三、第六、第十、第十一纵队指挥员并报中共中央军委电，指令华野第三、第六、第十、中野第十一各纵队提前结束整训，争取时间布置阻援打援，在运河以东以西两个防御地域，每个地域布置三至四个防御地带，每个地带能有三个旅的正面和十里左右的纵深防御。
8月25日午时，与谭震林发出致中共中央军委电，报告：攻克济南信心甚高。
同日亥时，中共中央军委电示粟裕、谭震林：请许世友担任攻城主要指挥员。粟裕、谭震林于8月28日复电：已令许世友回部参战。（注：许世友当时在胶东地区疗养）8月25日至29日在山东曲阜孔府主持召开有纵队以上干部参加的中共华东野战军前敌委员会扩大会议，传达讨论中共中央军委关于济南战役的指示，制定攻济打援作战部署。在讲话中指出：“打下济南，大量歼敌有生力量，将使战局推进一步。去年一年东兵团不能到外线作战，打下济南后可出四至五个纵队，中原战场敌我力量对比将发生重大变化，我将占优势。再打一二个睢杞战役那样的大仗，将使敌人在中原全部转入专守防御。十一月把战争推向长江沿岸，造成随时可以渡江的条件。”
8月26日3时，中共中央军委致粟裕、谭震林、陈士榘、唐亮电，指出：
“攻济打援战役必须预先估计三种可能情况：（一）在援敌距离尚远之时攻克济南；（二）在援敌距离已近之时攻克济南；（三）在援敌距离已近之时尚未攻克济南。你们应首先争取第一种；其次争取第二种；又其次应有办法对付第三种。”
同日发出报中共中央军委转陈锐霆电，请在西柏坡的华野特种兵纵队司令员陈锐霆于9月1日赶到兖州。
同日华野司令部发出豫皖苏、江淮、华中各军区配合攻济打援的作战部署。
8月27日晨，发出致中共中央军委电，鉴于敌我情况变化，济南战役关系战局及政局甚大，建议采取稳打方针，仍分两个阶段进行：第一阶段以足够攻占机场及达到吸引援敌之力量（约两至三个纵队），使用于济南方面外，其余应全部使用于打援，以求于第一阶段歼援敌六个旅，迫使援敌其余各路不敢继续猛进。然后于战役第二阶段集中主力（东兵团全部及西兵团三至四个纵队）攻占济南，仅以一部担任阻援。如此才能争取攻济时间，才能保证打援无问题。中共中央军委于8月28日丑时复电指示：“此役关系甚大，根据敌我两方情况，你的顾虑是有理由的。战役计划应以能对付最坏情况，即我们二十六日三时电所说第三种情况为根本出发点，而不应以第一第二两种情况为根本出发点”。“我们不是要求你们集中最大兵力，不顾一切硬攻济南，这样部署是非常危险的。我们要求你们的是以一部兵力真攻济南（不是佯攻，也不是只占飞机场），而集中最大兵力于阻援打援。济南是否攻克，决定于时间，而取得时间则决定于是否能阻援与打援”。“在此种形势下同意你的意见，第一阶段以足够攻占机场及吸引援敌之力量（两至三个纵队）用于攻城，其余全部用于打援。依情况发展，如援敌进得慢，而攻城进展顺利，又有内应条件，则可考虑增加攻城兵力，先克城，后打援；如援敌进得快，则应以全力先打援，后攻城”。
同日申时，中共中央军委致粟裕、谭震林、陈士榘、唐亮电，转告刘伯承、邓小平提出的配合华野9月作战的几个方案，并指出：“我们认为，依据刘邓各纵本身情况及对付张轸、孙元良各部之任务，似以按兵不动，待你们大打，济、徐吃紧，张轸、孙元良被迫行动，然后于运动中发起攻击，歼敌一部，再歼二部三部，较能保持主动。若和你们同时动作，一击不胜，反为不利。”
8月30日1时，中共中央军委致刘伯承、陈毅、邓小平电：粟陈唐9月15日左右开始行动。
同日2时，中共中央军委致粟裕、谭震林电，询问苏北、鲁南、冀鲁豫部队及俘虏情况。粟裕、陈士榘于9月3日午时复电报告部队及俘虏情况。
同日晨，由曲阜返回华野司令部，召开部处长会议。
8月31日与谭震林、陈士榘联名发出致中共中央军委并中原局、华东局、华北局电，报告经华野纵队以上干部会议讨论制定的作战方案：“作战任务以攻占济南为唯一目的，并求歼援敌之一部（至少三至四个旅），并坚阻援敌不能迫近济南，以使攻坚集团有足够的时间攻占济南，以争取第一种可能之实现”。
“作战方针，拟定将分两阶段进行”。第一阶段作战部署：攻坚集团以第三、第九、第十、第十三纵队及渤海、鲁中纵队共43个团组成，分为东西两个兵团，自济南东西方向实行攻击；打援阻援集团以第一、第二、第四、第六、第七、第八、第十一（中野）、第十二纵队以及鲁南、冀鲁豫军区部队共76个团组成，分为打援阻援两个集团，在徐济线及其以东地区准备打援，在鲁西南地区阻击增援济南之敌。攻坚战斗，拟于9月16日开始发起。中共中央军委于9月2日复电：
“完全同意未世（8月31日）电所提攻济及打援之整个部署。”
同日发出致冀鲁豫军区、华北局并报中共中央军委电：集中可能集中的兵力参加攻济打援战役。
同日12时，与陈士榘、张震联名发出致叶飞、刘培善等并转第四纵队、豫皖苏军区电，下达打援作战部署。
同日电令阻援集团各纵队构筑阻援阵地，架设可通行炮车的桥梁，第六纵队控制南阳镇、独山湖地区。
9月2日签发华东野战军济徐作战预备命令，决定集中华野全力攻歼济南守敌，夺取济南，并歼灭援敌一部或大部。指定攻城集团由许世友、王建安指挥，阻援集团由陈士榘指挥，打援集团由华野司令部直接指挥，“谭副政委于战役开始即返野司共同主持统一指挥”。
同日中共中央军委致粟裕、陈士榘、唐亮电，指出：苏北兵团和叶飞等部开始北移后，徐州之敌可能以一部兵力空运济南，“你们须密切注视此种可能情况，并预先考虑当发现此种情况时，是否提前发动攻占机场”。
同日中共中央军委致刘伯承、陈毅、邓小平并告粟裕、谭震林、陈士榘电，指示：中原野战军“必须准备在必要时向豫东前进，策应华东野战军”。同日申时又电：“我们同意你们打熊绶春之部署。此役能胜，就是给粟谭陈一个大帮助。”
同日韦国清、吉洛致粟裕、陈士榘、华东局、中共中央军委电，报告：苏北兵团仍于临沂、郯城间西渡沂河。同日午时，粟裕、陈士榘复电同意。9月4日又电示：敌已发现苏北兵团北移，应不失时机北转。韦国清、吉洛于同日酉时电建议：如敌进攻时，先应付其进攻。9月5日午时，粟裕、陈士榘复电指示：
尽量避免在南面同敌人作战。9月6日，韦国清、吉洛再电建议：将敌拖至沭（阳）南分散歼灭。9月7日戌时，粟裕、陈士榘电示韦国清、吉洛：苏北兵团应暂时放弃在苏北单独作战的打算，想各种办法争取时间北来。9月8日又电：
苏北兵团应分路快速北上。9月9日午时再电：苏北兵团迅速到达集结位置。9月15日，韦国清、吉洛率第二、第十二两纵队渡过沂河，到达苍山地区。
9月6日率领华东野战军司令部转移到山东宁阳西北十里之大柏集，决定在此地指挥攻济打援战役。
同日华东军区致各军区电：山东各地配合济南大战的部署。
9月7日中共中央军委致华东局、粟裕、陈士榘电：攻济需要许世友指挥。
9月8日晨，与陈士榘、张震联名发出致各纵队并报华东局、中原局、中共中央军委电：攻济战役将于9月16日发起。为使援敌调动不灵，第一、第八两纵应分路北来，豫皖苏、江淮、华中即展开破击、袭扰战。
同日毛泽东在西柏坡主持召开中共中央政治局会议（又称九月会议），检查过去时期的工作，规定今后时期的任务。会议于9月13日结束。10月10日，中共中央发出关于九月会议的通知。通知说：“中央会议，根据过去两年作战的成绩和整个敌我形势，认为建设五百万人民解放军，在大约五年左右的时间内（从一九四六年七月算起）歼敌正规军共五百个旅（师）左右（平均每年一百个旅左右），歼敌正规军、非正规军和特种部队共七百五十万人左右（平均每年一百万人左右），从根本上打倒国民党的反动统治，是有充分可能的。”同时指出：
“国民党现有全部正规军二百八十五个旅，一百九十八万人，其中在第一线者二百四十九个旅，一百七十四万二千人（北线九十九个旅，六十九万四千人，南线一百五十个旅，一百零四万八千人），在其后方者，仅有三十六个旅，二十三万八千人，并且大部分是新建立的部队，缺乏战斗力。因此中央决定人民解放军第三年仍然全部在长江以北和华北、东北作战。”毛泽东在会议上所作的结论中说：
“明年不能渡江，而不是不需要渡江。那么就得在长江以北打，因为蒋的力量百分之八十在江北地区。消灭了他的力量，也就算打倒他了。所谓蒋政权，也就是表现在他的军队上。”
同日与陈士榘联名发出致陈丕显、饶子健、曹荻秋电，指令江淮军区两个旅破击徐州至运河站铁路。
9月9日午时，与谭震林、唐亮、钟期光联名签发济南战役政治动员令，号召：“打到济南府，活捉王耀武”，“大量歼灭来援之敌，争取战役全胜”，“军事上政治上都要打胜仗”，“把战局向前推进一步，进一步开展中原战局”。同时报请中共中央军委和总政治部审示。中共中央军委、总政治部于9月14日复电：
“同意你们所发布之济南战役动员令”。
同日参加攻城部队西兵团召开的第三、第十和两广纵队作战会议，并在营以上干部大会上作动员报告。9月10日晨返回华野指挥机关驻地大柏集。
同日辰时，发出致许世友、谭震林并报中共中央军委电，指出：第三、第十纵队攻占西郊机场感到吃力，建议从攻城部队东兵团抽调第十三纵队全部至少一个师，协同西兵团完成迅速攻占机场任务。
同日午时，谭震林、王建安致粟裕、陈士榘、唐亮、张震并中共中央军委电，报告：国民党军第八十三师有空运济南动向，“果如此，战役部署似应以打援为主，求得连续歼灭援军后再转入大举攻城为妥当”。粟裕于9月10日复电：
“在未确实查明八十三师空运济南以前，仍按原计划于十六日晚开始攻击济南为宜”。
9月10日午时，发出致许世友、谭震林、王建安并报中共中央军委、华东局电：“接世友同志齐（8）日九时自华东局来电，建议将攻济西兵团之两个纵队中抽一个纵队至铁路以东，以便集中兵力”。“我们意见攻济战役之能否成功，正如军委所示，在于时间的取得。而攻济之第一步要求，似宜以迅速攻占机场断绝敌人空援为目标”，因此曾建议第十三纵队增加一个师或全部协助第三、第十纵队完成迅速攻占机场之任务，“攻城第二步再以主力转向济城及商埠”。
“我们同意世友同志集中兵力之意见，总以能迅速攻占机场为第一步作战目标”。
9月11日发出致许世友、谭震林、王建安并报中共中央军委电，指出：
