官军在扬州片区连连受挫，金陵片区的官军却毫无声息。向荣向咸丰奏报，说他正在执行一个巨大的计谋，暗中通过内应瓦解城内的贼党，现在已陆续有几万人逃到城外，城内密报，约有三千多人等待着内外夹击。他正在准备攻城器具，等到大炮撑上炮架，就对城内开火，发起总攻。这是不是他为按兵不动寻找的借口，谁也无法判断。
武汉战区的情况更加不容乐观。太平军于十一月份重新在黄州集结，对上游构成极大的威胁。而崇纶对吴文镕的刁难变本加厉。为了应对敌情，吴文镕主张从省城派出兵力，走陆路侦探敌踪，寻机攻击。之所以不走水路，是因为曾国藩的水师尚未齐备。崇纶马上唱反调，坚持要立刻雇用几百艘民船，派出五千兵力，水陆并进。吴文镕说：“现在城防兵力匀不出五六千人，而民船临阵必退，反而误事。”于是崇纶不再理睬吴文镕，连总督给皇上奏报军情，他也不肯列名。吴文镕对这种无赖的态度无可奈何，请求咸丰将自己罢免，另派重臣接任，或者先让崇纶兼代总督。
吴文镕此举犯了咸丰的大忌，紧要关头，咸丰最恨臣子们撂挑子。臣子们可以互相不买账，但不能拿脸子给皇上看。咸丰严旨申斥吴文镕，责成督抚同心协力。他仍令吴文镕迅速带兵出城迎战，令崇纶专办武昌城内外防守，又令台涌火速赶往德安接手防务，以便青麟调往武昌。
十二月初，吴文镕决定奉旨出征。这是一个无奈之举。皇上不许他等待曾国藩组建水师，担心延误出征，那么他只得领兵赶紧渡江，驰赴黄州前线。他对此次征战毫无把握，已经怀着必死的决心。他被崇纶逼到这个地步，只能以死来抗争崇纶的无理取闹。
吴文镕决定从武昌带走四千兵力。由他先后调往黄州前线的兵力，共计七千多人。他给崇纶留下六千人守城，担心省城兵力不够，通知官文从荆州调二千名满兵来接济武昌。
吴文镕正要开拔，崇纶忽然觉得失去了安全感，动员僚属一起去跟吴文镕商量：“制军大人大可不必急于带大军出城，先派唐树义率领水师去黄州就行了。等到军饷和兵力充备之时，大人再亲自前往，如此便可防剿两不耽误。”
崇纶出尔反尔，吴文镕哪里肯听！崇纶说服不了吴文镕，又向皇上告了一状，说吴总督性情偏执，不听人言，没有因时制宜，不搞集思广益，以致百姓愤怨，官兵离心。
咸丰接到告状的折子，也看出崇纶自相矛盾。此人先前参劾吴文镕闭城坐守，现在又责怪吴文镕坚持出城作战。咸丰非常诧异，崇纶为什么出尔反尔？为什么从直隶到江苏到湖北，官军领导班子总是在关键时刻闹不团结？唉，也罢，这两位大员同在一城，一定互不相容，还不如将他们拆散。于是他坚持要吴文镕赶紧渡江，亲赴黄州指挥作战。
咸丰正在为各地大员与朝廷离心背德而烦恼，又接到张芾奏报，以江西财政困难为由，请求暂停采买铜铅运往云贵。咸丰觉得此人越来越不听话，奉到谕旨时不能虚心体会，为皇上分忧，反而“呶呶置辩”，于是决定将他交部议处。
咸丰罢免了穆彰阿，对他手下的红人张芾与陈孚恩自然也不喜欢。南昌保卫战中，这两名失宠的大臣都在城内，与江忠源合作得不错，守住了危城。但咸丰并未因此加赏张、陈，反而指责张芾保奏太滥。张芾凡有所请，咸丰总要找茬子驳回，并颁谕申斥。这一次的奏章，也许确实带着张芾的几分怨气，但咸丰比他的怨气更大，所以张芾撞到了枪口上。
团结一致的湖南
骆秉章在十月份接到衡州和郴州的告急公文，称两地有大股会党起事。他决定将援赣湘军调回增援，给罗泽南发去命令：江西泰和会党窜扰湖南茶陵、攸县等处，令你部立即驰回湖南会剿。骆秉章强调是江西的会党杀进了湖南，所以要将援赣军撤回，使张芾那边不好反对，说明这位老人做官已经到了炉火纯青的地步。
江西镇压会党的战斗这时已经进入尾声。李续宾于九月二十日攻破了安福的一座敌营，然后再接再厉，击败朱村桥的会党。紧接着，他得知沔洞和洋山的会党在永新集结，于十月六日向永新攻击，几败会党后，追到莲花，烧毁会党的五座军营，将他们逐向湖北。五天之后，会军从安福撤走，李续宾进占安福城。这时他接到罗泽南的命令，叫他去吉安会师。
李续宾赶到吉安的时候，罗泽南率部从固江开到，罗李两营会师，于十月二十一日向湖南开拔。
骆秉章欢迎援赣军回省，令李续宾将吃官粮的士卒增加到五百人。加上体制外的湘乡勇，李续宾手下有了八百多人。罗泽南和李续宾两部分别定名为“中营”和“右营”，还刊发了两颗木印，官方化程度增高。从这时开始，湘乡勇各营确定了军旗的颜色，中营打红旗，右营打白旗。
官方虽然还没有为湘乡勇制定军饷制度，但李续宾的部队待遇还算不错。当时粮价便宜，士卒每天得到一钱银子就会乐得合不拢嘴。湘军各营发放饷银都缩水，只有李续宾按照湘平发足军饷。所谓“湘平”，是湘潭县所用的秤。用这种秤来称量银子，比国库的秤略少一点，每一两约合库平八钱一分一厘七毫。湘潭商务殷盛，常有汽船往还汉口；咸丰以来，将卒多为湖南人，营中称量银子的秤都是湘潭秤，所以推行于湖南全省及长江流域的大商埠。李续宾能按湘平足额发放军饷，已是非常难得了。
李续宾与士卒同甘共苦，偶然遇到粮食匮乏，士兵每天只发四两米，李续宾也只领四两。他跟最下级的士兵打成一片，同卧同起。士兵的家人向李续宾家打听自家子弟的情况，李续宾收到家信后，一定会把那人叫来，将家里的情况告诉他。李续宾写家信时，也会把该士兵的情况写上，请家人转告他的父兄。士卒感恩戴德，愿意为他效死，不敢犯禁，右营因此而独享盛名。当时辰勇和楚勇自相仇杀，但他们都钦佩李续宾的品德和威望，不会攻击湘乡勇。
这时的湘乡勇接受骆秉章和曾国藩的双重领导。骆秉章在长沙给他们定编发饷，曾国藩则从衡州对他们发号施令。湘乡勇回省后，当即接到曾国藩从衡州发来的命令：永兴会党一千余人抢掠县城，驻扎在油榨墟，令你部往剿。罗泽南即日驰赴永兴，制订作战方案。他分派永兴的乡勇攻打圩北，自己率部直捣圩西和圩南。三面夹攻，攻破敌垒，斩杀大批敌军，将永兴平定。李续宾在十一月份打了十一仗，随后与罗泽南一起驻军衡州。
罗泽南始终没有忘记自己是一名学者，一位老师，非常关心教育事业。他一边搜捕油榨墟的会军残余，一边集资修复石鼓书院。江西巡抚张芾上奏罗泽南平定安福的功劳，保升他为直隶州知州，与刘长佑一同留江西补用。李续宾得旨以府经历补用。
大约在罗泽南和李续宾征战永兴的同时，周凤山和曾国葆也奉命镇压常宁的会党，彭玉麟跟随部队前往。官军很快收复了县城。十一月十一日，会军逃到羊泉洞，曾国藩又调张荣组和储玫躬前往增援。会军三天后进占嘉禾，然后攻打蓝山，推进至道州的四庵桥。曾国藩添调邹寿璋和魏崇德增援。官军各营与会军作战均有斩获，储玫躬战功最大。
此仗结束，曾国葆来见大哥，汇报战斗经过。他特别推重彭玉麟和杨载福，说他们“才当任一军，不宜屈为帮办”。这时彭玉麟只是一介生员，杨载福前因守住了湘阴有功，已被提拔为千总，曾国藩决定重用二人，令他们分头招募水勇，各自率领一营。彭玉麟和杨载福从此成为湘军水师将领。
江忠源身在庐州，迫切需要湖南的援助。这时礼部左侍郎、光禄寺卿宋晋向咸丰提议，吕贤基死了，江忠源病了，曾国藩却拥有实力，可以依靠，应当令他挑选练勇，乘船顺流东下，与江忠源水陆夹击，歼灭安徽沿江敌船，则会令金陵、扬州、镇江的敌军落胆，向荣和琦善就能将敌军一举扫平。
曾国藩奉到上谕，皇上令他率部乘船东下，与江忠源合作，迅速压制安徽的太平军。此时安徽的局面比任何省份都要糟糕，咸丰指出，不利的情况都是由于长江上面没有官军水师战船拦截追剿，听凭敌军往来自如。既然曾国藩也懂得水师的重要性，就应该火速建立水师，亲自统领，去拯救安徽的危局。
事情到了这个地步，曾国藩已经彻悟了水师的重要性。但是咸丰千呼万唤的水师在哪里呢？曾国藩并非没有尝试创建水师，但他的努力失败了。木筏造过了，可是无法使用；水师的战舰湖南没人见过，幕僚们面面相觑，不知该从何下手。
曾国藩日思夜想，广泛听取意见。岳州营的守备成名标、广西候补同知褚汝航、知县夏銮等，先后奉派来到曾国藩的行辕。曾国藩请他们做了幕僚，询问拖罟、长龙、快蟹、舢板各种船只的式样，然后召集衡州和永州两地的工匠，按图制造。曾国藩也成为设计师中的一员，细心钻研，不遗余力。
这时候，广西巡抚劳崇光派人押送二百尊火炮前往湖北，船过衡州。曾国藩得到消息，赶紧把押送官请上岸，说：“这批火炮是要送往田家镇的炮台安装的，可是那里的驻防军已经溃败，你们还能往哪里送？不如将炮位留在此处，也请押运的各位水手留下，为我们教练水师。”
炮位留下来了，经费还是不够。湖南的财政部门无法满足他的需求，军饷还得靠募捐接济。曾国藩选派秀才和绅士，在各州县设立募捐局，但是不用官印，以防强权勒索。他自己印刷军功执照，盖上巡抚和布政使的印章，按照所捐的数额填发给捐款人，从六品到九品不等。
十一月二十六日，曾国藩终于给了皇上一点安慰。他向咸丰奏报，说他正在筹备水军和陆军，准备开往安徽作战。但是战船火炮和水军还未集结，他在等待广西右江道张敬修购办外国炮和广东炮一千尊，带领工匠从广东来湖南。张敬修来后，湘军便可开拔。
曾国藩为了解决湘军在征途上吃饭的问题，奏请设立水路粮台，从湖南的漕米中提取二三万石，作为湘军的粮食供给。为了确立使用捐款的合法性，他请皇上批准将他经手劝捐的款项用于湘军的军饷。为了进一步提高绅民捐款的积极性，又请求允许他随时发放吏部的卖官执照。对于曾国藩的请求，咸丰全部照准，还安排吏部给了他一些盖了大印的空白执照，可以随时填写，用来从捐生手中兑换银子。在这种意义上说，曾国藩的军队无论用的是财政拨款还是民间捐款，都是经过朝廷批准的款项，而捐款一项，是用作为国家资源的官衔来交换的。
曾国藩原来的打算是增募六千名步兵交给江忠源统带；奉旨筹备水师之后，他扩展了原来的计划，决定建立一支包括水军和陆军的万人大军，由他亲自率领，大举东征。江忠源从庐州发来求援信，语气非常迫切。为了给江忠源救急，曾国藩和骆秉章商议，决定派江忠浚率领一千名新宁勇增援庐州，曾国藩自己则留在湖南抓紧经营战舰。
这时曾国藩已形成了一个具体的进军方案。他要制造二百艘炮船，率领水师从江路进发，雇用二百条民船跟随在炮船之后；陆军则从大江两岸随同推进。执行这个构想需要巨大的经费，还要取得中央政府和湖南政府的大力支持。他与骆秉章书函往还，请求援助，骆秉章大致满足了他的需求，使这番大业得以完成。曾国藩把自己比为“蚊虻负山、商距驰河”，又说是“精卫填海、杜鹃泣山”，表明他在扩军时期所经历的艰难。咸丰三年的冬季，曾国藩克服重重困难，终于建立起了镇压太平军的利器——湘军水师，为他戎马生涯的辉煌铺垫了底色。
十二月一日，曾国藩委派褚汝航前往湘潭设立一座分厂，监造战船，衡州造船厂则委派成名标监督。他们制造的战船分为大、中、小三号，大号的叫做“快蟹”，中号的叫做“长龙”，小号的是从民间购买的钓钩船，改造为炮船。褚汝航在湘潭添造了几十艘舢板和小艇。两座造船厂的产品进行比较，各用其长，湘潭船厂的产品较为坚利。
