（二）中央政府和地方政府分别承担的具体职能
中央政府的职能应该体现在以下几个方面：第一，审核地区合作的必要性和可能性。这样做能够尽量减少盲目的区域合作行为，也是中央政府的一项特权。第二，推动可能或有必要合作的区域尽快完成。中央政府因为处于比较高的位置，掌握了区域合作所必需的政策资源，所以它能够通过行政手段或经济手段，甚至领导人的权威来推动必需的区域合作。第三，为区域合作提供政策和环境保障。中央政府在区域合作完成以后，就应该着手制定有利于区域合作的政策，并为区域合作提供必要的环境保障。如促进市场完善的法规，公平竞争的法规，产业结构的政策法规等，甚至居民迁移政策，人力资源流动政策等。第四，协调地区之间的矛盾。地方政府之间因为处于一个层次，双方在利益发生冲突时往往不能进一步协商，这时中央政府就应该出面。此时的中央政府是处于高位的，它要根据国家发展的总体目标，以有利于整个国家发展的战略眼光来处理地区之间的矛盾。其协调的手段可能是强制性的。
地方政府在区域合作中扮演了相对直接的角色。第一，地方政府可能是直接参与者。地方政府如果直接参与区域的组建，那么，它就要与其他地方政府进行谈判，协商地区合作的主要问题。另外，作为政策制定者，区域内的政策法规，区域发展的整体规划都可能由地方政府来直接完成。第二，设立相应的组织来配合区域的成立和管理区域内的相关问题。地方政府在区域发展中的主导性使其必须要为区域的发展承担相应的职能，这些职能又要体现在各种相关组织的设立和正常规范地运行。第三，区域发展所需公共设施的提供者。地方政府可以不直接建设公共设施，但必须组织和发动本地方和区域内其他组织和单位参与区域公共设施的建设，为区域发展提供比较好的环境。第四，区域安全的直接维护者。区域的发展要有稳定和安全的社会环境，地方政府要自觉提供和维护，这是其政府职责的必要前提。另外，域的安全还应表现在其政策的安全上，区域内的政策不能朝令夕改，要让区域内的每一个组织和个人都能感受到政策的安全性，以更积极和更有预见性地工作。第五，区域公共问题的应对者。地方政府对属于本地方的公共问题，如环境保护、社会治安等应积极面对，采取切实可行的措施予以解决。第六，区域的宣传者。地方政府应把合作的区域作为一个品牌在不同的场合进行宣传，特别是要宣传因区域合作而发挥效益的组织和企业，要让区域内的组织和企业有成就感。要为区域内的组织和企业与区域外的组织和企业，甚至国外的组织和企业的合作提供机会，为它们的发展提供一个好的形象和机遇。
（三）正确处理次区域合作中的中央政府与地方政府的关系
无论是地区与地区之间的合作，还是城市与城市之间的合作，都必须正确认识和认真处理地方政府与中央政府之间的关系。在我国，地方政府的权力从根本上来说是中央政府赋予的，没有中央政府的支持，地方政府有很多的事情无法完成。具体来说，在区域公共管理问题上，地方政府和中央政府之间关系处理的原则是：（1）中央政府仅宏观协调，把握区域发展的总体方向，使之不至于过远偏离国家的整体发展目标。地方政府则具体运作，在不损害国家其他地区发展的基础上开展区域合作以促进发展。（2）中央政府的宏观调控主要限定在政策法规的制订，而不能干预区域内部的事务。地方政府在中央宏观政策法规的基础上制订本区域内部的政策规范。（3）中央政府与地方政府在涉及国家整体发展的问题上要进行协商。中央不能直接要求地方政府做不能做和做不好的事务，地方政府也不能因为区域利益而对涉及国家整体利益的公共事务不作为。
（四）正确设置各种区域内部的组织及运作机制
区域内部的事务要由区域组织来完成，因此就必须设立相应的区域组织承担相应的职能。区域组织可以是在区域内各相关组织（包括政府）协商建立的。区域性组织机构可以是超越地区政府之上的，在解决区域范围的问题时起主导作用，也可以是由地方政府相关成员组织的，受地方政府的影响。区域组织机构的运作机制主要应该是协商式的，这种协商应该有明确的时间、地方、主持人、议题和议程。协商的方式可以是双边的，也可以是多边的。无论何种组织和机制，都必须在政府的统一指挥和规范下设置和运行。
五、次区域行政的目标
1.政治目标
次区域行政活动的首要目标往往是政治、安全目标。在次区域经济合作中，政治目标也占据重要地位。国际关系研究中的功能理论认为，在相互依赖的世界中，一个国家的政治、社会、经济问题已很难说是其限制在国家内部，它往往涉及跨边界的问题，社会福利的最大化也不可能在一个国家边界内单独实现。国家间首先是以经济作为初始的非争议领域（Non—Controversial Area），通过一种自然的外溢过程（Spillover Process）——原有合作中产生的利益引起对进一步合作的需求，逐渐达到政治联合的目标。在功能主义理论的代表人物戴维·米特兰尼（David Mitrany）看来，世界问题多层影响的观念就像将石子扔向池塘，产生一系列的合作圈，将有限的经济合作领域拓展到更广阔的全球政治和安全领域。他还认为，一旦在经济领域培养了统一的习惯，在需要的时候自然可以扩展到政治领域甚至军事领域。比如图们江地区的次区域合作得到了在美国支持下的联合国开发计划署的重视，并在1991年匆匆忙忙地抛出其宏达的开发图们江地区的计划，其目的之一就是抓住冷战结束的机会来推动被称为“冷战化石”的东北亚局势的缓和、促进朝鲜的对外开放。中国方面认为，中国恢复成为日本海的沿岸国地位，就具有非常重要的战略安全意义。韩国则坚定地认为，通过图们江地区的经济交往，可以推动朝鲜半岛的政治环境改善，从而能够推动朝鲜半岛的和平统一。同样，第二次世界大战以后，德国（原联邦德国）积极推进与周边国家的次区域经济合作，尤其是与法国间的巴登—阿尔萨斯次区域经济合作的目的，主要是希望通过在有限地理空间范围的合作效应能够外溢到更大地理空间的包括政治、社会领域的合作，以此得到欧洲各国，尤其是与其有着较深隔阂的法国的承认与认同，重新回到欧洲大家庭中。即使就粤—港—澳地区的经济合作而言，其政治上的考虑也是显然的。20世纪80年代初期，中国中央政府决定设立深圳、珠海等经济特区，给予广东省很大的自主权和政策优惠，考虑之一就是通过鼓励广东省（以珠江三角洲为主）同香港、澳门的经济交往，来消除港、澳与内地的隔阂、鼓励港、澳对内地的信心，促进香港、澳门顺利回归祖国的怀抱。
2.经济目标
不同于国家间的区域合作往往以政治、安全目标为主导，在次区域经济合作中，经济目标也居主要地位。由于需要通过次区域经济合作解决的现实经济问题不同，发达国家和发展中国家在次区域经济合作中的目标也就存在差异。
（1）发展中国家的经济目标。
第一，促进工业化，保护民族工业。工业化是发展中国家实现经济增长的必由之路，在众多发展中国家中，由于存在资金、技术的不足大多采用了引进工业发达国家的资金、技术作为工业化的起点。但在这一过程中存在着两难的选择：大规模的引进，意味着对民族工业的冲击，使仍处于工业化初级阶段的民族工业有可能受制于发达国家的控制。如果不引进则有可能失去工业化发展机会。在这种情况下，将资金引进限制在较小地理空间范围内的“次区域”地区，就可以解决这个两难问题。
