从传统的政府治理理念到现代的政府治理模式的转变，首先要实现政府职能的转变，由“全能政府”向“有限政府”转变，建立现代公共服务型政府的理念和全新治理文化。政府要充分认识区域共同治理中，其主要职责在于服务市场，因此，政府更多的是在政策和制度上对区域市场进行引导，为区域市场的发展创立一个公平、自由的市场环境。具体体现为：建立跨地区产业整合推进机制，制订有利于促进投资的政策，发挥市场配置资源的基础性作用，进一步优化地区经济结构与布局；构筑区域共同市场体系，使各种生产要素在区域间自由流动，降低地区经济发展成本。
第二个转变是政府之间要树立区域化思维，打破原先的单位“行政区”理念，树立区域化思维模式，由原先的区域间恶性竞争转化为良性竞争，避免无政府主义的竞争转化为良性竞争，避免无政府主义的区域竞争模式，在竞争中寻求合作，共同促进区域发展，强调区域公共事务的合作治理和谈判治理。具体体现为在法律制定方面，不仅仅是用单纯的反不正当竞争法来反对地方政府的地方保护行为和诸侯经济，而且要尽快出台新的区域合作规则，放低国内、区域和地方市场进入制度，取消一些产业部门的垄断经营等；在社会资本培育方面，倡导一种公平、公开的竞争文化，包括减少管制、明确私有产权保护、减少对国有和集体企业的补贴；把教育摆在优先发展的战略地位，优化教育结构，大力加强基础教育，同时，要完善流动人口户籍管理制度，吸纳大批高素质人才来支撑区域经济的发展。
二、提高公务员队伍素质
提高公务员队伍素质，首先，要提高公务员队伍的执法水平。第一，依法行政，一切公共权力都必须符合宪法和法律，并在宪法和法律的监督之下行使；第二，合理运用权限，不以权谋私，全心全意为人民服务；第三，建立透明政府，严格实行政务公开，避免暗箱操作，自觉接受人民群众的监督；第四，建立精干的政府，必须严格注重降低治理成本并提高服务质量，避免机构人员膨胀。如天津滨海新区的开发建设能取得今天的成功，与其有相应的高效率的机构及管理体制的创新是密不可分的。天津滨海新区管委会仅有“两室四局三中心一平台四分局”，对应了市里的各相关部门，人员少，办公效率高。如建设发展局，从编制上讲也就8个人，但承担了建设、规划、国土、发改委等部门的工作，内部协调很快也很顺，避免了部门间的扯皮现象发生，而且市政府赋予了其与市直部门同等的审批权限，新区的项目不用出区即可直接审批。其他机构的情况也是如此，四个分局还同时接受管委会的双重领导。
其次，要改革干部政绩考核和责任体系。目前，GDP是考核干部政绩的主要指标。经济发展目标被看得过重，地方政府始终存在强烈的经济政绩冲动，总是把经济发展置于首位，忽视公共职能的发挥。因此，要改革干部考核体系，比如加入社会、环境，社会和谐度、人民的满意度以及地方竞争力等指标，只有这样才能使得各地方政府的施政更多地关注区域发展的方方面面。
三、建构区域合作机构
在当前国际市场竞争十分激烈、产业转移加速的条件下，区域经济只有通过政府的有力干预和宏观调控机制加以规范和推动，才能在利益、规模和产业结构方面得到合理的调整。因此，建立具有一定权利的各个不同层次的区域经济协调机构已经迫在眉睫。
区域内各地方政府也要建立超越地方权利的机构，使区域间有一个各地共同遵守的区域公约，以强化地方政府调控政策的规范化和法制化。内容可包括：形成区域生产力布局原则和区域产业发展准则，开放共同的市场，促进人才交流，建立协调的基础设施网络，统一开发利用自然资源，统一整治和保护环境，建立协调与管理制度，在户籍制度、住房制度、就业制度、医疗制度、教育制度、社会保障制度等改革方面加强行政协调，联手构建统一的制度架构和实施细则。以此协调各地区的政策行为，在招商引资、土地批租、外贸出口、人才流动、技术开发、信息共享等方面，营造无特别差异的政策环境，待时机成熟，再将这个公约上升为区域发展与管理法，实现区域制度架构的融合。
区域首长联席会议制度、秘书长协调制度、部门对口衔接制度等的确立，构成了区域利益协调机制的基本框架，为今后的合作夯实了稳定的基础。区域利益协调机制一定要实现机会均等、公平竞争和利益兼顾原则，同时还要有一系列相互支持的政策，各地经济合作避开对合作各方不利的内容，各地经济政策的内容以及变化的透明度的提高等；要完善鼓励机制；完善约束机制。这个机制的构成条件有：区域合作章程中明确的行为条款，包括区域合作各方在合作关系中应遵守的规则、在违反区域合作条款后应承担的责任、对违反区域合作规则所造成的经济和其他方面的损失应做的经济赔偿规定等。
20世纪80年代中国一些地区曾就区域发展组建过一些这种区域发展的协调机构，如环渤海地区的市长联系会，长江三角洲发展协调委员会等等。但由于不具备相关的权利，实施起来有一定具体困难而作用不大，90年代，中国创造了一些比较独特的模式，如长江三峡库区与移民开发相结合的区域经济模式，长江三角洲地区以枢纽港为核心的基础设施联合开发模式等。各种不同的协调机构的功能虽有区别，但仍需要政府出面将跨省区甚至跨界的经济利益和资源进行有效的组合，逐渐地形成超越行政区划的经济共同体。
目前国家已经启动长三角、京津冀地区的区域规划工作试点工作，正在稳步推进，以此为全国的区域规划积累经验。各地区都应该严格按照规划的要求去做，并指定出符合当地的发展规划。上海及江、浙两省正在研究参照欧盟的做法，建立直属国务院的规划委员会，协调长江三角洲大型基建及环境治理等重大问题，以加强区域协作，提升综合竞争力。
四、加强区域基础设施的建设和融资建设
提供基础设施是公共管理的一个基本职能，由于基础设施是一种公共物品，具有消费的非竞争性和非排他性的特点，因此，这类消费品常常存在着“搭便车”的可能性，往往成为制约区域经济发展的一个瓶颈。目前，中国的区域公共管理制度和区域基础设施供给制度缺乏区域合作体制，各地方政府更多的是关注单个行政区内的公共物品供给，而缺乏跨区域的公共物品联合供给制度，导致区域内的公共物品供给不足或供给过剩，造成公共资源的浪费，也不利于区域经济资源的整合。目前，全球范围的分工与交易空前扩大、科学技术特别是信息技术空前发展的阶段，流通从过去只有商品货物的流通，变成了包括有形商品和无形商品——服务以及其他无形的要素禀赋的流通。因此，加强区域的基础设施建设，目的在于在保证物流速度和质量的前提下，做到“低交易成本、低物流城市和低库存成本”。
区域经济合作，并不只是通过贸易往来实现域内各地的优势互补，而是区域内的各个城市、地区把区域作为一个整体共同进行开发。因此，必须通过各地政府的协同管理，从规划、制度、政策和措施等方面实现共同化、一体化的建设。
应继续推进流通产业政策和制度的创新，为发展现代流通方式提供更好的政策环境和制度保障。流通产业政策和制度的创新包括：建立和完善反垄断制度，彻底打破行业垄断和地区封锁，为流通企业的公平竞争和快速发展提供制度保障。一个国家的竞争能力，越来越取决于流通能力。使现代流通成为经济运行的先导性力量，使流通产业成为带动经济发展的新的朝阳产业，是我们面临的新情况、新问题、新任务。在市场经济条件下，流通的存在状况同各项宏观调控目标的关系越来越紧密，流通产业政策的重要性越来越突出。宏观调控不仅需要财政政策、货币政策和收入分配政策，而且需要合理有效的流通产业政策。通过保障货物、人员、服务和资本的自由流通使得资源能够流向回报最高的地区，从而改善区际资源配置，减少交易成本和社会资源浪费。天津环渤海银行面向全国集资、融资就是很好的思路。
随着信息技术的发展，经济领域中金融、贸易、咨询等行业都通过与信息技术的结合，实现了服务效率和质量的大幅度提高，而服务成本却大大降低。信息技术已成为区域共同市场发挥综合服务功能的重要支撑平台。加快建成现代化信息化平台既包括硬件功能性基础设施的投入外，还包括符合现代经济系统发展需要的信息化基础设施服务能力。因此加快城市信息化建设是区域共同市场扩展服务范围、提升其竞争力的有效手段。？
要深化投融资体制改革，为各区域主体提供平等、高效的投资和融资环境。如天津滨海新区日前成立有渤海银行，经国家批准发行了产业发展投资基金，为新区的建设提供了充足的资金需求和保证。通过各种融资手段，一方面可以筹集急需的建设资金，另一方面也可以加强各方面的合作，加快信用平台和融资平台的建设，使经济区成为投资的新热土，资金的聚集地。同时积极探讨建设区域银行联合体的可行性，使之成为可能，推进本区域同国际金融机构的合作，为经济区提供便捷优质高效的金融服务和支持。因此，要加快建立现代金融制度，消除金融业的行政垄断，增强金融资源的市场化配置；要加快基础领域的市场化改革进程，鼓励和支持民间投资进入我国基础领域。
