由于科英布拉大学有着不断搬迁的历史，所以，创校700年来，大学机构设置当然有所变动。与此同时，该大学一方面保持着对由各种错综复杂因素构成的大学史的关注，另一方面对大学相关文件的认识也产生了可喜的变化，因此，最终建成了今天宏伟的文书档案馆。
因此，以下请允许笔者就该大学文书档案馆的沿革，从创校至今，分六个阶段，就除迁校之外的与文书管理有关的重大事项做一简要的阐述（7）。
1. 创校和不断搬迁的时期（1290—1377年）
科英布拉大学在里斯本和科英布拉之间来回迁校的大约20年间，当然，也保存了各种各样的文件资料。因为，就是再小的修道院也知道需对文件进行正常的管理。但在大学创立88年间的文件资料之中，这一时期的文本，现存的只有1917年终于回归大学文书馆的当时迪尼斯国王承认学校创立的诏书，而其他的文件资料只存在于一本叫“绿本”的手抄本中。本应存在的印刷原件只能留在了人们美好回忆之中（8）。
“绿本”是1471年编纂的一部手抄本，其中收集、抄写了很多迁校时期的文件资料。在这些手抄的记述中，在很多地方可以找到证明该大学曾经独立地保管着该校的文件的事实。
例如，在1367年5月20日的费尔南多国王的亲笔书信中提到，因大学创校以来，各代国王授予了大学各种特许状，该校向费尔南多国王重新出示了这些特许状的原件，要求其对这些特权予以追认。即，从这封亲笔书信中可得知，大学曾经保管着特许状的原件。另一方面，从这封信件所出示的特许状中可以得知，它们之中没有最初迁校至科英布拉（1308年）以前的特许状。由此可以想见，在最初的迁校期间，文件的管理并不那么严格。
那么这些散落的文件资料到底在何处呢？一部分，据“绿书”的记载保存于圣乔治城的塔（托雷德通博国立文书馆的前身）里，其他一部分文件资料则下落不明（9）。
从“绿本”工作人员的相关记录中可以得知，除了这些特许状之外，第一次迁校至科英布拉之后，该大学曾一直保管着该大学账簿的手抄副本。
总体上说来，由于各种各样的原因，大学在里斯本和科英布拉之间来回迁校的第一个时期，大学的文件资料基本上都遗失了。
然而，据“绿书”记载，当时的大学除制定了有关的管理方法外，还拥有相当数量的文件资料（10）。
2. 里斯本时期（1377—1537年）
1377年以后的160年间，大学一直都定校于里斯本。1380年，据克莱门特七世教皇的诏书，该大学的毕业生亦获得了同当时的西欧大学一样的“万国授业资格（11）”。这样一来，葡萄牙的大学也和欧洲的大学一样开始享有特权。
实际上虽然享有各种特权，但当时的大学自身所发挥的作用并不明显，而且，大学有关文件资料的重要性也并没有被清楚地认识到。当然，因大学在160年里都没有变换校址，因此，在文件资料的管理方面，在某种程度上当然形成了一定的方针、制度。而且，从“绿书”中也可以知道，有相当数量的文件资料的原稿被保存于大学中。但是，在决定当时大学运营方针的规则中，即在若昂一世（1432年）和曼努埃尔一世（1495—1521年在位）的章程里，都没有包括有关文件保管的相关规定（12）。因此，除了“绿书”这本手抄本以外，以原件形式保存下来的当时的文件资料非常少，而且在1537年最终迁校至科英布拉的时候，大多数文件都被弄遗失了。
3. 科英布拉时代之第一个时期（1537—1772年）
大学从1537年由若昂三世诏令迁校到科英布拉（13）至今，再也没有离开过科英布拉。科英布拉时代的第一个时期之初，大学遵从前述的曼努埃尔国王的章程和1537年以后频繁颁布的国王诏令运营学校。但与此同时，又正如前所述，在曼努埃尔国王的章程中，并不包含有关文书保管的相关规定，其他诏令里同样没有。所以，从原则上来说，当时所有的文件管理工作均交予校长亲自打点，并无特殊措施。
针对这样的文件管理体制，国王在1540年的诏令中，首次明文规定：“配用一个三锁箱，保管收集相关文件资料，其钥匙分别由校长、宗教法或者法学的校长和评议会文书掌管（14）”。
从这个诏令中不难得知，需要保管的文件资料要求放在一个箱子中，虽然在数量上很少，但从必须加用三把不同的锁这一条文来说，就证明了其文件的重要性。也就是说，至此，连国王都明确地关注到了妥善保管大学文件资料这一问题。
更进一步，根据当时评议会的有关记录，若昂三世在1544年制定了有关规定，大概可以认定的是，在这个规定里，要求为大学文件资料管理方面配备一名专业管理人员。
在当时所颁布的这些诏令和章程中虽然已提及了相关文件的保管规定，但实际上并没有按照规定实施。比如说，从1543至1555年把持校长职位12年的迪奥戈迪·穆鲁撒牧师，就以其权威为背景而无视规定，绝不想把有关文件交予他人。而另一方面，当时在该大学办事机构受聘的费路南·洛佩斯·迪卡斯纽达就曾以在诏书上，国王把他任命为图书馆及文书馆管理者为正当缘由，向评议会提出了“按照章程任命自己的职务（15）”的要求。但评议会在被称为“科英布拉大学之王”的穆鲁撒校长的淫威下，却没能同意洛佩斯的要求。当时的要求“配置一名文件资料管理者”的诏令（1548年）也并没使这种状况得到改善。
1555年卸下校长职位的穆鲁撒牧师希望卸任以后仍然掌握实权，于是继续无视规定，甚至不向后任校长移交相关文件，而将其留在自己手边。这些文件资料最后回到学校的时间是1558年。并且在这时，若昂国王颁布了“在专门文书保管所设立之前，文件资料被保管在有三把不同锁的箱子中，钥匙分别由校长，神学部校长和评议会文书保管（16）”的诏令。但是具有讽刺意味的是，洛佩斯在这项诏令下达后的四个月就逝世了。
这样一来，学校在迁至科英布拉后约二十年中，终于基本奠定了文件资料管理的基础。更进一步，此时，因教皇认可教会财产编入大学资产，因此也扩大了大学的资产规模。而且，随着这些资产的加入，当然要进行权利证书的移交。因此，交由大学保管的文件资料的数量也在短时间内陡增，文件管理工作也随之显得重要起来。但以章程形式对大学文件资料保管工作做出明文规定，则是到1591年，由菲利普国王亲自颁布的。
在菲利普国王颁布的章程中，确认大学文书档案馆作为大学非常重要的独立办事机构，并大体对其做出了如下规定：文书档案馆所设置的一名管理官，必须由校长，评议员和顾问在评议会共同认定。管理官必须精通大学事务，特别是在文件档案收藏、管理方面具有相当能力，必须能够正确读懂各种字体。章程要求文书档案馆设置在评议会会议室隔壁，房屋要坚实牢固。所收集的羊皮纸文件、账本和书籍必须进行分类并装箱妥善加以保管。而对已装箱保存并分类的文件资料，要按照不同的内容做出标识。管理官必须制作出显示哪些箱子保存哪些资料的目录。这些箱子的钥匙均由管理官保存，而保管着最重要的文件资料的箱子则要求分别用三种不同的锁钥锁好。钥匙则分别由校长、财务审议会（17）的最高议员和文书档案馆的管理官掌管。
文书档案馆对所收藏管理的文件范围必须有具体的规定，即：对教皇颁布的诏书以及特许状、捐赠状、国王所颁布的诏令、财务方面的账本、大学和大学附属教会所有权的不动产权利证书、入学申请书、考试问题和答案的副本等，这些都是必须加以收集的文件资料。而且在该章程中还制定了处罚规定。例如，教官（在日本是指国、公立大学从事教育或研究工作的教师）在向文书档案馆提交了试题原件后，若不能向财会部门出示由文书档案馆管理官签署的收据，则领不到报酬。
相关的收藏手续也是如此。例如，秘书处和评议会的账簿，在校长任期结束时，该账簿如存有空白页则必须在该空白页上写上“以下空白”字样。然后，才能提交至文书档案馆。像这样，根据文件资料的不同类型，明确细致地规定了收藏手续。
另外，对文件资料的使用、借出也有相当严格的规定。文书档案馆原则上禁止把文件资料的原件带出文书档案馆。而且，每次所发行的文件资料的副本必须得到财务审议会的审议同意才能发行。但是，在菲利普国王所颁布的章程中规定：完全禁止把文件带出文书档案馆的原则，似乎没有得到严格的遵守。于是，在1684年，又颁布了“严禁将文件原件带出文书档案馆”的诏令。
如上所述，大学自迁至科英布拉以来，特别是在1590年菲利普国王颁布了相关章程以来，渐渐形成了科英布拉大学文书档案馆的收藏、管理文件的基本框架。在这之中，毫无疑问，菲利普国王所颁布的章程对文件的管理起到了相当重要的作用。但是，正如前所述，而且从1684年另行颁布的诏令中也可发现的那样，这之前的章程、规定并没有得到严格执行。虽然如此，不能不说菲利普国王所颁布的这些章程、规定对规范今天的大学文书档案馆有着开创性的作用。该章程还于1653年由若昂四世追加认可，一直沿用到1772年的庞巴尔改革（18）开始为止。实际上，该章程确定了科英布拉大学长达180年以上的大学文件、档案管理方针。
4. 科英布拉时代之第二时期（1772—1834年）
身为乔治一世的宰相的庞巴尔侯爵，在政治、经济、宗教等各个领域大刀阔斧地展开了改革，在教育改革方面，同样也倾注了极大的关注。在这之中，特别是针对大学所进行的改革，从学校的组成机构到学校的财政都进行了大规模的改革。与此同时，还多管齐下，对文件管理体制也进行了合理的重组。
在庞巴尔改革之前，有关学校财务方面的决定，首先由校长和三名教授组成的财务审议会决定。如遇需要做出重要决定时，则由大学董事会（19）会商并做出决定。但庞巴尔于1772年根据国王颁布的敕令废除财务审议会。取而代之的是设立资产管理运营局，并命该管理局将原管理在该局财会部门（20）的所有与大学资产方面有关的文件、账簿等交由资产运营管理局（21）保管。也就是将改革以前由大学文书档案馆负责保管的文件资料一分为二，有关资产关系的文件资料由资产管理运营局文件保管所（22）保管，其他文件资料则由校办文书保管所（23）保管，即，根据文件分类不同，交由不同的文书管理所分别保管。
另一方面，庞巴尔在1774年废除耶稣会时，把没收的该会的巨大的资产都交付给了科英布拉大学。伴随着这样的资产转让，原属于耶稣会，修道院等的相关文件资料，也都一并转移至科英布拉大学，因此，大学所管理的文件资料无论在数量上还是在质量上都有了大幅的增加。但是，随之所暴露的管理危机就是，在新增加的文件之中，由于对与资产证明方面没有直接关联的文件资料管理不善，就导致了再一次遗散的可能性。
再者，据1777年的记录显示，那时，文件保管所依旧只有一个，作为大学教育改革的一个环节的命令——必须将文件保管所分为两个这样的决定，实际上并没有得到严格的贯彻。但是，后来，渐渐地，建立起了新的保管场所。同时，也解决了财政担保问题。最后，校办和资产运营管理局都分别有了各自独立的办公场所并成功地设置了两个独立的文书保管所——校办文书保管所和资产管理运营局文书保管所并分别得到了完善。至此，由庞巴尔改革所形成的把文件资料分为两部分管理的制度化改革规定，直到1820年革命之后，对“旧体制”进行自由主义大改革这股狂潮波及大学领域为止，在原则上，一直受到遵守。
5. 科英布拉时代之第三时期（1835—1900年）
庞巴尔对旧体制所实施的自由主义改革措施之一，是市政当局对大学资产实行实际拥有。自1820年一直与自由主义阵营展开较量的绝对主义阵营，1835年宣告了其失败。之后，大学资产管理运营局成为国家机构——国家财政审议会的直属办事机构（24）。第二年（1836年）资产管理运营局被裁撤。最后，1840年，原属该大学的资产与其他国有财产一并被置于科英布拉市行政厅管理（25）。伴随着大学资产接受国家的直接管理，以前分为两个部分的文书保管所亦合并为大学文书档案馆（26），成为隶属于科英布拉市行政厅的一个部门。这些措施当然强化了国家对大学的管理。针对这些措施，大学方面虽然亦尝试过重新获得对包括文书保管所在内的大学独立管理的所有资产的经营权，但这种经营权最终没能回到大学。
因为庞巴尔改革，文书保管所先是被一分为二，接着又因为庞巴尔的自由主义改革，再次统一成单一的大学文书档案馆，这样一来，文件资料的收藏、管理到底呈现怎样的情形呢？根据制度规定，文件资料确实是应该收集在一起的，但实际上，却还是分别保存在两个文书保管所中。既然已经直属于行政厅事务部门了，那么，与行政无关的文件资料，就算极具历史研究价值，也不会引起重视。结果造成只收集整理具有实用价值的相关事务文件资料，于是，再一次导致了文件资料的散逸、混乱的严重问题。
例如，1860—1862年，数学系教授安东尼奥·杰·特谢拉被学校委派执笔整理1537年迁校至科英布拉到1860年间近三百年的大学史。但该教授只关心自己感兴趣的领域的书籍，并无心于文件资料的整理。结果导致文件资料的整理更进一步的混乱。并且，在该教授的助手由临时工变为正式职员之后，这种情况变得更为糟糕。像这样，因庞巴尔改革被分为两部分的文件资料，未经仔细整理就相互混放在一起，文件资料的散逸情况有增无减。当然，文件的大量散佚由各种原因所致，其中之一就是，当时任王立图书馆长一职的文豪阿雷祥多雷·艾鲁克拉努（27）将科英布拉大学497件重要的文件资料擅自拿出，移交给了托雷·多·屯堡国立文书档案馆管理。针对文件管理的混乱，公共教育局（28）于1879年，下令整理文件资料。古籍文书研究学者布里埃·佩雷拉在历经6个月的调查后，向学校提交了有关的报告书和科英布拉大学珍藏的羊皮纸文件的书目。尽管当时对文件管理尝试过短暂的改善努力，但这种努力终究属于一时性的，并未制定出根本性的解决之策。因此，大学教职员工对文件资料的收藏、管理意识日渐薄弱，文书保管所最后竟成了教职员工的物品寄存处。
而使这种倾向愈发严重的是，原属文书保管所的房间亦被财务部门占用，文件资料和旧桌椅一同被盖在了灰尘之中。
但是，这种令人忧虑的状况再一次被公共教育局察觉。该局于1897年1月，要求大学校长提交文书管理现状报告和改善措施。于是，学校为应急成立了文件管理专门委员会，同年3月由安东尼奥·巴斯昆赛劳斯向公共教育局提交了报告书。报告中如实地记载了文件资料管理方面令人忧虑的状态：
“文书保管所一如照旧，满房间里堆着家具、废弃器材、空箱子、纸类资料、印刷品等等寄存物。重要的羊皮纸文件和纸质文件，都被蛀虫啃食得破碎不堪。不论本国人还是外国人，每次只要想查阅此处的文件资料并递交申请书时，大学的有关人员为掩饰家丑，甚至不惜编造理由拒绝查阅（29）。”
正如在巴斯昆赛劳斯的报告中见到的那样，当时，的确需要立即对大学的文书管理体系采取根本性的改善措施。
6. 科英布拉大学时代之第四时期（1900年至今）
在巴斯昆赛劳斯提交报告书之后三年，1900年，校长下令颁布了大学文书档案馆细则（30），同时，巴斯昆赛劳斯被任命为文书档案馆馆长。
1900年大学首次以校长令的形式颁布了明文规定的文书馆细则。在这之中，既然明确承认了大学文件本身所具有的史料价值，它也就包括了防止文件资料的散逸和破损等各种具体的规定。细则还对文书馆的定位（31）、文件管理方法、借阅、外借手续、工作人员编制等做出了具体规定。并且，根据1901年6月12日所颁布的第四号政令，认定文书档案馆为大学的独立机构，进一步奠定了文书档案馆在大学中的牢固地位。
另一方面，根据1931年6月27日颁布的政令，规定在各省的省会城市设立地方文书档案馆。一般来说，各省的省文书档案馆都建在已有的图书馆或者博物馆的附近，但科英布拉市却将大学文书档案馆和省文书档案馆建在一起，形成一种特殊的形式，持续至今。总之，设立省文书档案馆，针对动不动把重要的文件资料交由里斯本的托雷通博文书馆收藏的行为，在一定程度上反映了地方分权化趋势。
由于大学文书档案馆兼作省文书档案馆使用，因此，所收藏的文件资料的数量急剧增加。之后，由于收藏空间不足的矛盾进一步加剧，学校制定了建设档案馆新楼的立项报告，并且在1948年终于建成了这座功能健全的文书档案馆，而且，还举行了盛大的落成仪式。
该馆书架总长达七千米，具备这样一个容量空间的科英布拉大学文书馆，除了负责定时进行文件资料的收藏、整理外，还举行类似于捐赠以及其他一些活动（32）。
尤其是联系到捐赠这一块，并非只限于收藏纸质文件资料。据馆长透露，目前还收藏了部分绘画品。
总而言之，所藏的文件资料数量也在大幅度增加，在独立文书档案馆建成已30年的今天，其收藏空间，再过几年又将是一个难以回避的问题。
科英布拉大学文书档案馆，除了具有文书档案馆本来的作用，即：配备专门的工作人员对大学的相关文件进行整理、收藏，还负责书籍目录的制作、出版。而且，作为省文书档案馆的业务之一，还负责公证文件的交付。此外，还负责为攻读文书馆管理专业的学生提供实习场所，并且，出版大学工作人员的论文纪要或以所藏文件为基础出版研究论文等等，所从事的活动范围非常广泛。
