元代统一全国后，于至元二十八年（1291）即下令：“凡先贤过化之所与好学之家，出钱粟赡养学者，并立为书院。”这表明，只识“弯弓射大雕”、以武取胜的元代统治者认识到儒学对他们统治的重要。他们还将部分书院纳入官学，设山长、直学等官吏主持教学与行政事务，甚至以奉祠大员兼任山长，书院的地位空前提高。
朱彝尊在《日下旧闻》中提到：“书院之设，莫盛于元，给廪饩以养之，几遍天下。”元廷统一江南后，江南大部分儒士不愿为元廷效力，他们隐居山林，授徒讲学，亦有建书院以度时日的。元廷对办学和办书院的儒士采取了因势利导的办法，对其中部分书院给予承认、支持、置田、拨款、授官，使书院和学校都得到了一定的发展，儒士们也乐得在山林中教学自乐。白鹿洞书院在元代一度十分兴盛，大概与此种情况有关。但是，元代统治时间短，加之元至元二十四年（1287）高美亭白鹿洞书院曾不慎失火，百年儒宫“一夕烟灭”。元至正十一年（1351）红巾军起义时，双方战争激烈，白鹿洞书院又毁于兵火。元末明初的南康知府王祎在《游白鹿记》中提到：“书院已毁十五年，树生瓦砾间，大且数围。”“昔日规制不可见，惟闻山鸟相呼，山鸣谷应，余音悠扬，恍类弦歌声。”因此，我们只能凭借极少的资料进行记述，恐不能反映白鹿洞书院“元尤盛”的情况。
元代，在宋军被击溃以后，白鹿洞书院的房舍没有受到多大损坏，因此很快恢复了前制，元时白鹿洞书院称朱晦翁书院。
（一）书院山长和师长
叶宗仁，号梅川，星子人，叶清叟之子。至正间（1341—1368）抚州路总管（治今抚州）冯骥认为叶宗仁“迹晦丘园而不求闻达，学穷经史而尽力晦人，宜居师长”，叶宗仁因此被“授予白鹿洞书院山长，远近宗之”。
王肖翁，浙江金华人，延祐至治间（1314—1323）为南康府学教授，兼主白鹿洞书院山长，他曾亲自查视白鹿洞书院洞田。虞集在《鹿洞新田记》中提到：“王君之劳，田之始入。”“教授王君肖翁实通摄书院之事，乃能亲行田间，视其肥硗去取之，故所得皆上壤。”
柴实翁，鄱阳人，曾为白鹿洞书院山长。
杨本岩，吉安人，曾为白鹿洞书院山长，庐陵县主簿。
郭朝用，星子人，至顺间（1330—1333）进士，曾为白鹿洞书院训导。
熊自得，字梦祥，丰城人，元末以茂才被推荐为白鹿洞书院山长，后任大都路（治今北京）儒学提举、崇文监丞。
陈澔，曾为白鹿洞书院山长。
黄慥，星子人，元至正十四年（1354）任白鹿洞书院山长，曾授浙江钱塘县教谕。著有《素行集》30卷传世。
熊升，丰城人，至元间（1335—1340）曾任星子知县，学优政平，以兴教善俗为务，每公暇，辄入白鹿洞书院与诸生讲论，实为白鹿洞书院的良师益友。
（二）与书院关系密切又有功于白鹿洞书院的人
陈炎酉，元至元间（1260—1294）为南康路总管，兴学赈饥，缮修白鹿洞书院，有益于民，曾被生祀于先贤祠。
崔翼之，字鹏举，燕山（今北京昌平）人，大德间（1297—1307）曾为南康太守，关心教育，为白鹿洞书院增置洞田百亩。虞集在《白鹿洞书院新田记》中提到：崔翼之曾说：“昔者斯洞在南唐时，学者之盛犹数百人，宋初固不待言矣。及朱文公作而兴之，以讲道其间，其规约之要，被乎天下，学者响应，认为宗焉。此其所建立又非昔人所能及者。”崔翼之还谦虚地说：“翼之不敏，假守兹郡，诚不敢以学校为缓，于圣人之道，诚亦知所尊信，而未之能学也。”他慷慨地说：“思行其所以为教者，而未之能为也。然而缮其廪饩，使其师弟子得安于治其业，顾之虽不足，犹庶几可能乎？乃视学田之入而节缩其沉泛，计其资之积可易民田百亩。”可见他对白鹿洞书院之重视。虞集这样赞扬崔翼之：“历官多美政，守是郡（南康）二年矣，能练乐易，敏诚坚信，民无隐私，庭无留事。其用民之力也，若增石闸，缮郡治，非必尚为者不为也，是以事集而人不知扰。”崔翼之为官，造福一方，老百姓自是不会忘记，至治初（1321）元廷诏“命司臬事举天下守令之最”，崔翼之得到百姓的好评，成为最好的“官”。江西部使者牢某认为崔翼之“政绩著明”，对他的二十五件政事进行考核，件件通过。南康府人将他的像奉祠，崔翼之不同意，但还是被供奉在先贤祠。
马端临（？—1323），字贵与，乐平人。父廷鸾，曾为宋丞相，忤贾似道不成，辞职归故里。马端临侍父家居。宋亡不仕，教授乡里，博览群书，曾任衢州路柯山书院山长。他用二十余年的时间撰成《文献通考》。其第46卷录宋初四大书院建制本末，以白鹿洞书院列首位。
李溉之，滕州人。以荐授翰林国史院编修。泰定初（1324），除翰林待制。天历初（1328），授奎章阁承制学士。延祐二年（1315），到白鹿洞书院谒先圣先贤。其《游庐山记》提到：“顾瞻磅礴，思古之人得以所志于兹。山泉消其尘昏，息其道气，遂以大有为于天下者，未必不有少助云。”
姚燧，字端甫，号牧庵，曾在德化（九江）县城的太平宫建匡山精舍，讲读其中，又在大德九年（1305）与程钜夫同游南康数日。据说他曾游白鹿洞书院。
高若凤，字在翁，吉水人，至治（1321—1323）进士，历知封州，所至兴学恤民，练军养士。会连城有寇警，若凤驰谕之，皆感泣散去。泰定间（1324—1327）任建昌州（治今永修）州判，写有《送人读书白鹿洞》。后任南康路（治今星子）判官，曾与白鹿洞书院师生诗歌唱和，并评定诸生诗文等级。留有《白鹿洞》诗：“碧瓦参差俨杏坛，白鹿深锁洞门闲。不宗朱氏原非学，看到庐山始是山。十里松风潮汹汹，一溪泉雨珮珊珊。便当卜筑书堂近，五老峰前任往还。”
张铁峰，元代人，有《游白鹿洞》诗：
二李不可作，町疃深云局。
双涧汇清白，五老存典刑。
煌煌太平中，赐书来天庭。
逮我紫阳翁，实学益开明。
斯文厄劫灭，谁复主齐盟。
吾道如日月，天运当再运。
人心一枢纽，斡旋有常经。
寒谷回阳律，衿佩还青青。
（三）书院生徒
由于资料不全，仅找到二人。
冷应凯，字才夫，升仁乡人，宋咸淳贡生。宋亡，隐居不仕。性孤介，寡交游，从饶双峰读书白鹿洞，深契诚明之旨，灏然自得。元初，宣慰使李钰荐于朝，累征不起。尝讲学龙崖，因号龙崖先生。南昌熊凯挽诗云：“学道一灯来白鹿，斯文千古属龙崖。”著有《龙崖集》10卷。后世把他与绍兴间助岳飞剿灭农民起义的宣和进士冷诛同论。人们把他俩与官至提刑、“身被执心不夺”不食而亡的淳祐进士冷应元并称冷氏三杰，建“三忠祠”祀奉他们。
江西进士榜
黄异，字民同，号节庵，星子人，曾读书白鹿洞书院。至元间（1335—1340），领乡荐授惠州学录，迁道源书院山长。元末兵乱，归隐家中，讲论经史，开悟后学。陈友谅据江州时，曾招聘黄异，但他不愿为陈友谅效力。其木主曾祀书院之先贤祠。有《游白鹿洞书院》诗：
少室趋朝鬓未斑，独留洞屋白云间。
紫阳学接千年统，白鹿名高万仭山。
弦诵优游符泰运，风烟顷刻落环尘。
遥瞻瑞拱斯人后，入秦从容达帝关。
