洪武初年，百事待兴，朱元璋亲自过问回回历科的设置。当时，有个人叫黑的儿，回回国人，朱元璋向他询问元朝定历法的官有哪些人。不久，便设立了回回历科。根据黑的儿提供的线索，第二年，朱元璋又征召回回历官郑阿里等11人进京，一起讨论历法问题，于是始定大明历法，并设置回回司天监。（《明通鉴》卷一·纪一)。之后，每次修订大明历法，都有回回人参与。洪武十二年(公元1379年），明太祖又命设回回博士科，回回吴凉(原名马沙亦黑)被授为刻漏博士，因学术成就巨大，多次受到洪武帝的嘉奖。
不仅如此，朱元璋对包括伊斯兰教在内的很多阿拉伯文化思想也给予了较多的重视。洪武十五年(公元1382年），元太祖发布《敕回回太师文》，命回回太师翻译有关阿拉伯文化的典籍，并授为翰林编修。自此，回回文化在更为有力的政治支持下，进一步得以广泛传播。
明朝开国之初，朝廷曾试图与中亚回回等国修好关系，但收效不显。及至明成祖朱棣继位后，仍然继续致力于与中亚国家建立友好关系。明建立之初，在中亚地区兴起了帖木儿帝国。帖木儿在位期间（1370-1405)不断对外扩张，想仿效成吉思汗建立大汗帝国。明朝与帖木儿帝国之间的关系，一度出现紧张状态。1402年，帖木儿率军打败了土耳其后，东归撒马尔罕，以为西方已定，就打算对明朝用兵，声称要“亲来见大汗，使之称臣纳贡于帖木儿”。就在集结数十万大军向东进发的途中，帖木儿病死了。于是，帝国内部便爆发了争夺汗位的斗争。帖木儿死后，其子沙哈鲁和侄子争夺汗位，数次构兵。永乐八年（1410年），明成祖朱棣特遣都指挥使白阿儿忻台，带着他的信劝谕沙哈鲁和哈里，不要“构兵相仇”，信中说：
“天生民而立之君，俾各遂其生。朕统御天下，一视同仁，无间遐尔，屡尝遣使谕尔。尔能虔修职责，托辑人民，安于西徼，朕甚嘉之。比闻尔与从子哈里构兵相仇，朕为侧然。一家之亲，恩爱相厚，足制外侮。亲者尚尔乖戾，疏者安得协和。自今宜休兵息民，保全骨肉，共享太平之福。”“自后朕将遣使往尔国，俾两国时通往来，商人可以交易有无也。”(《明史·哈烈传》）
如此苦口婆心的劝谕，足见明朝对帖木儿帝国的友好态度。于是，自永乐之后，两国之间一直保持着友好的邦交关系。
明朝相对开明的民族政策，回回文化在中国的广泛传播，明朝与中、西亚伊斯兰国家之间和睦友好的邦交关系，成为回回族在明代得以稳定发展的三个最基本的政治、文化和对外关系的前提条件。这三个基本的前提条件反映在河州，毫无疑问，不仅有利于居住在这里的各民族人民群众的安定团结，而且也方便了伊斯兰教文化在这里的广泛传播。
河州进入明朝的版图，是在洪武三年（1370年)。洪武初年，征虏大将军徐达统帅诸将，陆续击溃盘踞在秦陇河西一带的元朝残余军队，其中冯胜在临洮、沐英在洮州、李景隆在岷州、邓愈在河州，各建功勋。邓愈时为征虏左副将军，他以大兵压境之势，迅速逼临河州，并追前元豫王于西黄河。这时，陕西行省吐蕃宣慰使何锁南顺应大势，送书求降，由何锁南统属的镇西武靖王卜纳刺也率吐蕃诸部来归附。至此，大明砥定西北，河州以西，朵甘、乌斯藏等部都已归附，朝廷“征哨所至，极甘肃西北数千里而远”（《明通鉴》卷三·纪三）。
明初，由于长期的兵灾战乱，河州百业凋敝，民不聊生。朱元璋深知边地民众的疾苦，为安定民心，洪武九年(公元1376年），命时任都督同知的沐英将军乘传诣关、陕之机，来到熙、河二州，问民疾苦(《明通鉴》卷六·纪六）。按照朝廷的要求，河州知州、守备等官吏大都能“因俗而治”，致力于地方经济复苏和民心安定。他们整修了城墙，重修了鼓楼，取正了州前街道，维修了茶马司院，按照朝廷发给番人的“金牌”组织茶马贸易，并疏通了水渠，实施了军屯，逐步改善了河州群众的农耕、商贸和防卫的基础设施条件。为安定各民族人心，知州曾召集诸番于州府的报恩寺，宣布了朝廷的亲民政策，并“犒以花红羊酒”，在政府怀柔政策的感召下，“番人稽首而退”(见朱绅的《竽庵记》)6经过明初以来的恢复性建设和以后的发展，河州的面貌发生了显着的变化，“不数年，河州遂为乐土”（《明史》卷一三四《宁正传》），成为“秦陇以西繁华称首”（明《河州志》风俗卷之一)的一方宝地。
伴随着经济的恢复和发展，河州的回族也相应地得到了较快的发展。从已有的记述看，河州回族在这一历史时期的增长发展，主要来自四个方面：
一是前元时土着回回人口日渐繁盛。明洪武六年（公元1373年），太祖朱元璋颁行《大明律》，其中明确规定，禁止蒙古、色目人自相嫁娶；汉人不愿与回回、钦察婚姻者，可听认其自相嫁娶，不在禁限。然而，实行这样的法令，客观上促使汉人以通婚的方式不断融入回族中。按照中华民族融合的一般规律，汉人与少数民族通婚融合后，结果大都是少数民族被汉化，最典型的便是南北朝时期的五胡归汉。但对于河州的回族来讲，恰恰相反，由于伊斯兰教的独特宗教禁忌，汉族男女以通婚方式融入回族的，必须以随入伊斯兰教为前提，这样，便出现“异源同流”的民族融合现象，因而使回回民族“自有明以来，日渐繁盛”(《续修导河县志》卷二)。
二是明时外地屯丁有不少落籍河州。见于记载的有洪武十年(公元1377年），朱元璋命邓愈发凉州等卫军士在河州等处屯田(《太祖洪武实录》卷一一二)。同时，邓愈的一些随从也落籍河州，主要有姚、邓、党三姓，其后生聚日众。明洪武十二年（公元1379年），都督同知沐英领兵来洮州，沐英调往云南时，留下了部分士兵在今临潭、临夏一带戍边屯垦，后落藉成为当地农户。明朝实行移民实边政策，大批安徽、江苏、晋冀一带的贫民也被迁来河州，成为屯丁，其中尤以凤阳人为多。据清康熙《河州志》记载，“有明屯卫之设，仿唐府兵遗制也。后更置营兵，则民实而军名也。故详地丁，原额下下丁六千三百一十四丁”。这些屯丁当中，有些是回回人，或后来皈依了伊斯兰教，随入了回族。
三是不少西域入附回回人在河州落居。明永乐以后，由于明与西域关系得以改善，在这种特定的历史条件下，中国历史上又一次出现了长达200年之久的西域回回人入附中原的大迁徙。据史料推算，自明太祖洪武中至明世宗嘉靖初的百余年间，人附西域回回人总数在十五六万，安置在肃州、甘州、凉州、河州、平凉一带的，至少有五六万之众，在此之中，河州安置当在万人左右。
四是商客留住河州的增多。河州从宋熙宁开始，便成为西北地区重要的茶马互市之一，及至明代，茶马贸易更为发展。洪武初年，西北的“市马”大多在河州进行，当时朝廷颁发给西番的金牌和信符共41面，其中给河州纳马番族就有21面，纳马7705匹，额定的差发马匹数，超过其他各地的总和。明朝政府易马的茶叶，主要产自川、陕，另有部分湖南、湖北和云南茶。征纳数量如此之大的马匹，自然需要大量的茶货，仅明正德九年（1514年）运来河州收贮的茶叶就有45万多斤(22.5万公斤）。于是，在规模庞大的茶马贸易中，大批番商、番客和川、陕、湖、广、滇一带的茶商，经年不休地往返于河州这条茶马古道上。河州“南关市客店一十八座，四方商贾居焉”（《河州志·里廓》)。民国时期，据马兹廓先生考察，河州的穆斯林，明时“由陕、豫、川、广、新及土耳其等地移来者亦多”，其中“八坊人的来源，远则为湖广川陕等省人，近则为甘肃陇东、陇南、陇西及皋兰等地人”(马兹廓《穆斯林在临夏》，载《西北通讯》1948年3卷1期）。限于资料缺乏，我们无法对明代中晚期河州的回民数量作出准确统计，但若粗略估计，当在5万左右，因为据明嘉靖五年（1526年）统计，河州户5280，人口90845；军卫户4217，人口6533；总计人口97378。清康熙四十六年（1707年)统计，河州口147585。据此推算，晚明时，河州人口当在15-16万之间。按少数民族与汉族各占二分之一计，少数民族当为7-8万人；而其中回族与东乡族按1950年人口统计时比率为2：1，回族即为5万有余。
五
在河州回族人口发展的进程中，清朝统治的260多年，是一个非常特殊的阶段。这一阶段最突出的特点是，人口变动空前急剧，人口亡失、迁徙、聚合的规模和频率，是明代270多年间从未有过的。造成这种人口大增大减、剧烈变动的根本原因，如前文所述，在于满族入关后全国出现的特殊的政治与民族情势。
清是继元之后第二个由少数民族入主中原建立的大一统国家。对于满族以少数民族入主中原的这种政治现实，在清初相当一个时期内，许多政治集团、地方势力和普通民众，并没有接受。其中最重要的有三个方面：一方面，以李自成为首的大顺农民起义军败出北京后，继续以多种斗争形式，坚持了20多年的顽强抵抗；另一方面，明时的遗老故臣在近20多年的时间里，一直试图纠集力量恢复明室，其中朱氏遗属曾在南方先后组建过南京的福王政权、绍兴的鲁王政权、福州的唐王政权和肇庆的桂王政权，坚持到了1662年；再者，关内的不少百姓，也有一种自认为被异族征服的民族屈辱感，出现了持久不消的民怨。正因为这几个方面因素的同时存在，导致了清初“勤王之师四起”，社会动荡不断。以后，虽在康熙、雍正、乾隆三朝100多年间，曾出现过一番“康乾盛世”，但自乾隆之后便由盛转衰，从鸦片战争开始，清王朝日趋腐败，内忧外患并起，此伏彼起的反清斗争，一直伴随到中国最后一个封建王朝的寿终正寝。
在这种国情大势下，河州回族与全国很多民族群众一样，表现出强烈的反清复明思想，当时伊斯兰教中流传有“回不保清”的口号，回族不服清朝的统治，屡次起事反抗，以响应全国的反清浪潮。于是，在清朝270年间，“剿回匪”、“平回乱”的事役不下十数次。河州包括回族在内的各族人民，对于清王朝的感受，犹如遭遇了一个冰冷的严冬，痛苦的记忆至今使人们不堪回首，伴随着持续的社会动荡，河州人口随之也出现了剧烈的变动。
首先，本地籍人口耗损严重。入清以来，河州回族积极呼应全国风起云涌的反清斗争，于顺治五年（公元1648年）、乾隆四十六年（公元1781年）、同治元年（1862年）、光绪二十一年（公元1895年)先后举行了四次大的反清斗争，致使人口受到惨重的耗损。同治元年(公元1862年）河州人口为347825口，经过十余年社会动荡战乱，到同治十三年（公元1874年）时，河州人口仅有153456口，13年内人口锐减56%。光绪十八年(公元1892年)河州人口为296125口，而经过光绪二十一年（公元1895年）之变，河州大批难民流落他乡，藩宪曾龠禾为恢复社会秩序，将在省难民3000余户安置在举院，饥者给粮、寒者给衣、病者给药、死者给棺。即使如此，因库存财物有限，难民无衣无食者触目皆是。到光绪二十四年(公元1898年）统计人口时，州内仅有人口193421口，6年时间人口减少10万余口。
其次，外地籍回民迁入较多。这中间各有不同的情况一种是清初以屯丁移民方式迁人，如曾经显赫一时的临夏县马占鳌家族，其祖籍原在陕西大荔县，清初移居河州漠尼沟柴墩岭村。再一种是清廷“办理善后”被逼迁到河州的。清同治年间，清廷派左宗棠镇压狄河回民后，将洮河以东居住的临洮回民，全部逼迁于康乐、河州一带。光绪二十一年(公元1895年)河湟反清斗争之后，清政府又从陕西关中迁来回民2000余人，安置在河州北塬、东西川一带。还有一种是为求庇护而来。同治之变后，作为河州回民反清斗争主帅的马占鳌、马海晏等，均被前来清剿的左宗棠收编，同时给以必要的信任和安抚。随着河州社会局势的稳定，许多外地回民认为河州是马家的故里，可以多一些安全感，因此慕名而来河州。外来回民的渐趋增多，补充了因数次举事亡损的本地籍回民的数量，因而从总体上看，进人清朝以来，河州回民的数量呈较大幅度增长状态。’
第三，部分汉民的“随入”，扩大了穆斯林的数量。入清以来，伊斯兰教的经堂教育中心逐渐由陕西关中移至河州。随着伊斯兰教在河州的强化传播，一些回汉杂居地区的部分汉民群众，以不同缘由改信伊斯兰教，“随入”回族，因而使回族人口数量得以进一步增加。如永靖县孔家寺一带，此地居民多姓孔，大川附近的孔庙即为孔氏家祠，但其族中一部分则信仰伊斯兰教。大河家亦有信仰伊斯兰教的孔家。东乡唐汪一带的唐姓家族，有一部分因信仰伊斯兰教便成为回族，一部分仍为汉族。“随教便入族”，既然信仰了伊斯兰教，过去既有的汉民身份便改为回族。这便是信伊斯兰教与信基督教、信佛教最大的不同。
据民国二十年（公元1931年）《续修导河县志》载：“回族亦自有明以来日渐繁盛，至今占全部二分之一，姓氏马姓最多。”广河县胡门拱北“清乾隆五十年锦文”中，共记写有关承办及赞助人员名单269人，其中马姓172人，占64%，说明至清乾隆时，广河一带的马姓穆斯林已占当时穆斯林总数的绝大多数。
民国三十年(公元1941年），其时的“西北回教协会”曾作过一次较为详细的调查，统计表明，当时伊斯兰教民康乐县为35532人，临夏县为98800人，宁定（即广河)县为64025人，永靖县20013人，和政县为37066人，五县共为255436人。这个数字是“四乡八坊”的全部穆斯林教民，其中包括东乡、保安、撒拉族穆斯林。如按1950年底人口统计中将回族、东乡族、保安族、撒拉族分别进行统计得出的比例加以推算，此时回族人口当为169600余口。民国后期，临夏回族人口发展很快，其中不少是因各种原由从外地返回临夏的。到1950年新中国首次进行人口普查时，全州回族总人口达到270300人。这说明，这一阶段临夏回族人口的增长并非都是生育型增长，其中也有部分属于汉族随入回族，部分则是由外地迁入。至此，临夏回族自治州的回族人口基础已经完全奠定，进人了现代稳定发展的新时期。
