为进一步遏制地方分离主义势力，普京通过重新划分全国行政区域和建立七大联邦区，设立总统全权代表及重新确立中央与地方预算资源的比例来加强中央对地方的控制。2000年5月13日，普京签发命令，决定按地域原则在俄罗斯建立由共和国、边疆区和州组成的7个联邦区：中部联邦区；西北联邦区；北高加索联邦区；伏尔加河沿岸联邦区；乌拉尔联邦区；西伯利亚联邦区；远东联邦区。七大联邦区的长官由总统直接任命，他们直接向联邦总统负责，全面协调和处理地方与中央的关系。根据规定，全权代表有4项主要任务：（1）在联邦区内组织执行总统确定的国家内外政策基本方针；（2）监督俄联邦宪法和联邦最高权力机关决议的执行情况；（3）确保总统在联邦区的干部政策的实施；（4）定期向总统报告联邦区内国家安全问题、社会经济和政治局势情况。
同时，普京还改革联邦委员会（上院）的组成，规定联邦委员会议员不再由联邦主体的行政长官和议会领导人兼任，而由地方选举的代表组成；同时规定，在地方长官和地方议会违反联邦法律的情况下，总统有解除地方长官职务和解散议会的权力。这一改革削弱了地方领导人的地位和权力。后来，在地方的强烈要求下，普京成立了由地方行政长官组成的俄罗斯联邦国务委员会，使地方势力得以安抚。在国家杜马（下院），普京通过中间派政党实际掌握议会多数，确保了这个最重要的立法机构与行政系统的合作。普京通过改革联邦制度，从国家政体上为实施其政治路线提供了空间。《土地法》、《劳动法》、《政党法》等一系列重要法规的颁行，既显示了上述立法机关与行政系统的融合，也成为法制改革本身取得进展的标志。普京在2001年度国情咨文中指出，只有“通过加强所有机构和各级权力机构来巩固国家。
显然，不解决这个关键问题，我们就无法在经济和社会领域取得成就”。经过调整，到2002年初，在42个签署分权协议的联邦主体中，有28个主体已经废除了这种协议。
2004年9月的“别斯兰人质事件”后，俄罗斯总统普京主持召开了所有地方领导人参加的俄联邦政府扩大会议，宣布对现行的政治体制进行彻底改革，并很快出台了一系列以维护国家统一和加强国内安全为目标的反恐新举措。普京提出反恐新政的改革措施主要有两条：（1）改变现行地方领导人的直接选举制，用任命制代替全民投票选举制，在总统提出地方行政长官人选后再经过地方立法机关表决通过；（2）将俄国家杜马的混合选举制度（450名分权协议：在苏联解体的冲击下，俄罗斯中央政府控制社会政治经济进程的能力受到很大挑战。作为权宜之计，1992年3月签订的《联邦条约》以及随后的1993年宪法不仅没有解决联邦与地区政府间的权力划分问题，而且还允许中央政府与地方达成双边分权协议。在此背景下，一些地方领导人利用联邦中央的分权政策，先后和中央政府达成了分权协议，在为本地区争得了不少特权的同时，对俄罗斯国家的政令统一形成了障碍。
别斯兰人质事件：2004年9月1日上午，一伙不明身份的武装分子闯入俄南部北奥塞梯共和国别斯兰市第一中学，将1000多名参加开学典礼的学生、家长和教师劫为人质。3日下午，在恐怖分子向外逃人质开枪后，俄特种部队随即展开行动，解救了大部分人质。在解救行动中，317名人质被恐怖分子杀害；811人获救，其中包括547名儿童。此外，有两名别斯兰居民在冲进学校时被恐怖分子打死。俄强力部门在解救行动中共有10人丧生。参与这次袭击的恐怖分子均受到应有惩罚：31人被当场击毙，1人被判终身监禁。
议员的一半按照政党比例分配，一半由各大选区选举产生）改成单一的政党比例选举制，单席位选民区和相应的无党派自荐候选人将不复存在，国家的政治资源将集中在几个政党手中。同时，俄中央选举委员会决定，进入下一届国家杜马的政党得票率下限将由目前的5%提高到7%。
分析人士认为，普京改革国家杜马选举制度也是为了扩大政党规模，建立发达的政党体系，进而巩固多党政治的基础。作为俄总统权力支柱的“统一俄罗斯党”，在普京改革方案提出后，立即加快了扩员速度。在普京的支持下，国家杜马主席兼“统一俄罗斯党”主席格雷兹洛夫呼吁政府官员和地方领导人加入该党。这两种政权体制方面的改革最终目的只有一个，就是加强中央权力地位，也就是普京所强调的国家统一。通过这一改革，普京有望在现有的垂直行政体系基础上平行构建一个垂直立法体系，并借助两个“垂直体系”实施国家管理。普京正由此重新构筑整个俄罗斯联邦制度，进一步加强以总统权力为核心的国家垂直权力体系。
（二）以建立多党制为方向的政党制度改革
1996年6月16日，在俄罗斯总统大选上，前苏联总统、总统候选人戈尔巴乔夫在莫斯科市中心的一个投票台投票俄罗斯政党制度转型就是从苏联时期的一党制转向西方式的多党制，这种演变经历了从最初的混乱无序状态到逐渐规范化，最终走上法制化轨道。
早在戈尔巴乔夫改革末期，苏联就已经开始从一党制向多党制转变。1991年6月，叶利钦当选为俄罗斯总统，共产党自此在俄罗斯失去执政地位，加速了向多党制转型。这一时期，在俄罗斯出现了成百上千个形形色色的政党和政治组织。1992年6月统计，仅在俄罗斯司法部门正式登记的政党和组织就达1000多个。各种政党和组织经常发动群众性的集会、游行示威活动来对政府施加压力呼应上层权力争斗，“街头政治”成为政党活动的主要形式。
1993年12月新宪法通过后，各派政党活动逐步走上宪法轨道，多党政治基本形成。随着政党活动的逐步规范化，虽然参加选举的政党和组织仍然很多，但真正能最后进入议会的只是少数几个大的政党和组织。20世纪90年代中后期，一些政党和组织由于缺少社会根基，开始逐步消亡或者与其他政党和组织合并、联合，“政党热”开始逐渐降温。
2000年2月27日，普京在“团结运动”成立大会上的讲话中提出，要在俄罗斯实行有两三个或四个政党参加的多党制。他认为，国家还没有形成一个能够发挥作用的政党体系，俄罗斯所缺少的是能够把俄罗斯人团结起来、有威望的、形成体系的党。普京提出的政党制度改革的目标，就是要把俄罗斯的政党活动纳入法制轨道，在议会中形成一个支持政府的稳定的多数派，加强政府对政党的控制，最终确立西方式的多党制。在这一阶段俄罗斯的政党制度有了新的变化，其中最值得注意的两件大事是《俄罗斯联邦政党法》的制定和持中派主义立场的“统一的俄罗斯党”取代“俄共”成为国家杜马中的第一大党。
普京执政两年多来，俄罗斯的政党制度和政党格局发生了一些新的变化。
虽然在1995年颁布了《俄罗斯联邦社会联合组织法》，但俄罗斯还没有制定街头政治：通常指某些政治势力为达到一定政治目的，发动群众走上街头游行示威，甚至冲击政府部门的活动。
出一个规范政党活动的政党法。2000年12月，官方正式注册登记的政党和组织仍有180个之多。这样，俄罗斯全国上下都要求对政党体系进行整顿，建立稳定的政党制度。经过多年反复讨论和修改，俄罗斯国家杜马在2001年6月21日三读通过了《俄罗斯联邦政党法》，联邦委员会于6月29日也批准了这一法案。7月12日，普京总统签署并予以正式颁布《政党法》。《政党法》
对政党的成立、登记、撤销、党员的人数和地区组织的数量、政党的宗旨和活动形式、政党的权利和义务等问题都作了详细的规定。根据《政党法》的要求，各政党大力发展新党员和建立新的地区组织，出现了对政党进行改组、联合或建立新党的高潮，为参加国家杜马选举和总统选举作准备。通过对各政党重新进行登记的规定，普京加强了政府对政党活动的控制。
俄联邦国家杜马主席鲍里斯·格雷兹洛夫值得关注的是，中派政党实行联合，成为杜马中的第一大党，组成了支持政府的多数派。2001年4月17日，国家杜马中的4个中派议员团“团结党”、“祖国－全俄罗斯”、“人民代表”、“俄罗斯地区”经过协商，决定成立跨党团的协调委员会，从而大大加强了中派的势力。2001年12月1日，“统一党”（原译团结党）、“祖国运动”和“全俄罗斯运动”三大政治组织举行合并大会，成立全俄罗斯“统一和祖国党”，简称“统一俄罗斯党”。2002年11月，该党最高委员会选举俄内务部长格雷兹洛夫为主席。“统一俄罗斯党”目前已成为俄罗斯第一大政治力量。在国家杜马内，“统一俄罗斯党”联合“人民议员”和“俄罗斯地区”等议员小组，成立协调委员会，拥有杜马240多个席位。
这样就形成了支持总统的稳定多数，为普京顺利施政提供了重要保障。正是在这种情况下，杜马不顾左翼的强烈反对，先后通过了《所得税法》、《劳动法典》、《土地法典》和《农用土地流通法》等重要法案。这一时期的另一突出现象是，“俄共”在群众中的支持率有所下降，面临严峻挑战。
普京执政两年多来，对政党制度进行了一系列改革，特别是《政党法》的制定和实施，使政党在国家政治生活中的作用有所提高，初步形成了由左、中、右3派政党组成的多党制格局。但是，俄国的政党制度还不成熟，与西方国家的多党制相比仍有很大差距。
首先，俄国还没有实行由议会多数派政党组织政府的制度。在西方国家，通常由在议会选举中获胜的多数派政党组阁，经议会批准后行使职权。在俄国则不是这样。按照现行的俄罗斯联邦宪法，政府总理由总统提出人选，但必须经国家杜马同意。如果杜马3次否决总统提出的人选，总统可以任命总理，同时解散国家杜马，进行新的大选。政府总理名义上同时对总统和议会负责，实际上只对总统负责，而不属于任何政党。在俄罗斯没有真正意义上的“执政党”。目前“统一的俄罗斯党”虽然已成为议会第一大党，许多人把它称为“政权党”，但其多数党地位并不是在选举中获得的，而是通过在杜马中的各种政治运作而形成的。俄罗斯要真正完成向西方式多党制的转型，还必须对宪法中的有关条款进行修改。
其次，俄罗斯目前存在的政党除了少数几个党有严密的章程、明确的纲领、健全的组织系统和稳定的群众基础外，其他的党都比较松散，党员流动性很大，不能正常开展组织活动；有些党的章程和纲领只是为了在司法部登记而写成的，缺乏认真的论证；有些党只有领导人，没有多少基层组织和党员。
第三，俄罗斯目前虽然初步形成了由左、中、右3派政党组成的多党制格局，但是，每一派都有几个党。即使在同一政党内部也有不同派别。因此，俄罗斯的政党制度面临进一步整合的任务。俄罗斯要实现普京所设想的“两党制”或“三党制”，还有相当长的路要走。
（三）国家重新控制战略资源
曾几何时，叶利钦曾以反腐败赢得民众支持，他主张推行私有化实现“人民资本主义”。但私有化的结局，竟然将俄罗斯变成了“强盗掠夺”的国家，迅速形成了七大金融寡头家族对经济垄断和干政的局面，他们还通过洗钱将巨额资产转移到海外。俄罗斯民众普遍认为，私有化已成为合法化的盗窃行为。掌握国家经济命脉的七大垄断财团，不仅透过其所掌握的新闻媒体影响社会舆论，还通过提供政治资金和人员介入等手段来操纵政府决策，达到维护自己经济利益的目的。为摆脱叶利钦后期金融寡头对政治的干预，普京强调对金融寡头给以打击，逐步摆脱对寡头的政治依赖性。普京向俄罗斯的金融寡头们发出了强烈警告：“我奉劝那些人最好还是先把自己在法国或西班牙地中海沿岸买的宫殿卖掉……他们的钱是哪里来的？”普京上台以来，俄罗斯打击金融寡头的声势日益高涨，昔日在俄政坛叱咤风云的寡头如惊弓之鸟，惶惶不可终日。
1999年11月13日，俄罗斯联邦总检察院批准逮捕俄着名金融寡头古辛斯基。古辛斯基在检察院作出此项决定时旅居国外，俄总检察院已经宣布了联邦通缉令。着名寡头别列佐夫斯基汲取了古辛斯基的前车之鉴，拒绝俄总检察院的传讯出走国外，寻求“政治避难”。普京既坚决地对别列佐夫斯基、古辛斯基这种有强烈政治欲望的寡头予以坚决打击，同时对守法的寡头、财团采取较宽容的态度，明确提出对以往的问题“不予追究”，呼吁掌握大量海外资金的寡头们迅速回归资金，参加国家建设。
在打击金融寡头的同时，普京开始加强国家对战略资源的控制。2003年七大金融寡头指：鲍里斯·别列佐夫斯基、弗拉基米尔·古辛斯基、亚历山大·斯摩棱斯基、弗拉基米尔·波塔宁、瓦基特·阿列克别罗夫、米哈伊尔·霍多尔科夫斯基、米哈伊尔·弗里德曼。
10月25日，俄最大的私营石油公司——尤科斯总裁霍多尔科夫斯基被司法机关逮捕。这是普京大力打击寡头政治的延续。2004年8月初，普京签署命令，限制对549家具有战略意义的企业进行私有化。2004年9月14日，在召开政府扩大会议的第二天，普京同意了总理弗拉德科夫的提议，决定让俄罗斯天然气垄断企业——天然气工业股份公司和由国家完全控股的俄罗斯石油公司合并，组建俄能源领域的“航空母舰”。这两家公司正式互换股票后，俄罗斯石油公司将成为天然气工业股份公司下属的子公司。2004年12月，国有的俄罗斯石油公司以拍卖方式购得尤科斯石油公司下属的最大子公司——尤甘斯克石油天然气公司，普京终于迈出了对国家重要资源重新国有化的第一步。
