在清朝统一蒙古之前，蒙古和西藏的关系就由于佛教的流传而相当密切了。西藏的佛教，曾分有噶兴派和格鲁派等派别。因格鲁派穿黄色禅衣，所以又称黄教，他们提倡苦行，敬重戒律，不娶妻，禁饮酒，戒杀生等等。黄教创始人宗喀巴，在明朝洪武二十五年(1392年)，在他最得庞的八个子弟中选了二人，一人为第一世达赖，一人为第一世班禅。此后，达赖、班禅都采取“转世”相承，互为师徒。
由于黄教在群众中的威信不断提高，赢得了明朝政府的好感。明万历六年（1578年），蒙古鞑靼部土默特万户首领俺答，邀请三世达赖索南嘉措到青海会晤，赠送给了他“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。“达赖”，蒙古语为大海的意思，“喇嘛”，是藏语上师的意思，这就将达赖喇嘛奉为海一般的大师。此后，就有了达赖喇嘛这一称号。后来五世达赖和四世班禅，于明崇祯十四年（1641年），在蒙古和硕特部首领顾实汗的支持下，灭藏巳汗，驱逐了后藏的红教，取得了西藏地方的统治权，但实际上西藏地方完全受顾实汗的控制。
由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏和清朝的联系也开始于清朝入关之前。清崇德四年(1639年)，皇太极专门派人致信达赖喇嘛，请他致力于宣扬佛法，利益众生。后达赖喇嘛派使团到盛京朝贡时，皇太极予以最高的礼遇，亲自率诸王贝勒大臣出怀远门迎接。清顺治九年，达赖到北京朝见清世祖，清廷特地修建了一座西黄寺，专给达赖喇嘛居住，次年封他“西天大善自在佛所领天下释教普遍瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，由朝廷册封达赖喇嘛的制度从此开始。
康熙帝无论对佛教还是道教，都是不大感兴趣的。十一年二月，他在赤城（今属河北）见一道士跪在路旁，就叫兵部尚书明珠前去问清原因，原来这个道士的庙在离赤城三十里的金阁山，庙名为灵真观。现听说皇帝到了这里，特请皇帝另赐一个庙名。康熙听后说：
“此道士妄干侥幸，求赐名号，意欲蛊惑愚民。”遂告诉道士，他自己亲政以来，这种求赐观庙名号的，一概不准。况且古人崇拜教的，结果都是无益而有损。并举例说：梁武帝酷爱佛教，最后饿死于台城；
宋徽宗好信道教，父子都做了金国的俘虏。
康熙虽不信教，但仍继承祖辈尊崇达赖喇嘛、抚绥蒙古的既定国策，经常派人去西藏看望达赖和班禅，给他们赠送贵重的礼品。康熙还规定每年给达赖喇嘛拨五千两白银，作为他赡养僧众之用；给班禅五十大包茶叶，作为僧众熬茶之用。所以，达赖喇嘛和班禅，对朝廷也十分敬重，按期进贡。
达赖喇嘛与蒙古和硕特部首领顾实汗，在西藏建立了联合统治后，其势力发展很快，扩建了拉萨的布达拉宫，使之成为全藏的宗教圣地，并卧势迫其他教派改宗，扩大黄教势力。同时，以达赖喇嘛为首的西藏地方势力与蒙古和硕特部在西藏的统治势力，逐渐产生了冲突。
康熙十八年（1679年），达赖五世任命他的亲信桑结嘉措为“第巴”（达赖、班禅属下的执事官）。达赖五世对桑结嘉措特别有感情，在他八岁时就接到布达拉宫，进行精心的培养，使其成了一个知识渊博的青年。噶尔丹在少年时期曾在西藏当过喇嘛，与桑结的关系比较亲密，后来噶尔丹回准噶尔夺得首领地位，桑结也成了“第巴”。二十一年（1682年），达赖五世去世，桑结嘉措匿丧不报，假说他已“入定”，不能见客，于是一切报告均须经由桑结“代达”，一切命令均须由桑结“转颁”。这样一来，桑结嘉措在事实上就成了西藏地区的最高统治者。桑结并打着达赖五世的旗号，反对蒙古和硕特部首领达赖汗（顾实汗的儿子），又暗中勾结噶尔丹，支持他侵犯喀尔喀蒙古，并唆使其与清廷对立。桑结还在康熙三十四年冒用达赖五世的名义，请康熙给他自己封爵。康熙受他蒙蔽，册封他为土伯特国王。
在康熙二十九年之前，清廷的西藏及黄教政策主要是借达赖喇嘛的影响去调和西藏、蒙古各部同清廷的关系。早在康熙十六年左右，准噶尔噶尔丹就杀了青藏的鄂齐尔图汗，而自称博硕克图汗。不久后他又乘吴三桂叛乱之机，对漠北的喀尔喀、青海地区进行扩张，从而导致了噶尔丹对喀尔喀蒙古、青海等蒙古的染指。在如此变局下，清廷深知借助蒙古信仰的精神领袖达赖喇嘛和黄教之影响，将对它的蒙古政策有利。因此康熙二十三年，当喀尔喀左右翼因噶尔丹的挑拨而发生内乱时，清廷特谕达赖喇嘛，要求他与清廷共同遣使前往蒙古各部，劝说他们和解。但是此时达赖喇嘛已去世，西藏权力实则控制在桑结嘉措手中。桑结嘉措一方面想利用五世达赖喇嘛逝世之机，积极辅助噶尔丹建立起一个信奉黄教的草原帝国，另一方面也想借噶尔丹之手去消灭蒙古草原另一异己的宗教力量，即喀尔嘻部的格根喇嘛。
后者自得到达赖喇嘛封号后，在蒙古草原上的影响越来越大。
清廷本想利用达赖喇嘛在黄教信仰区域内的威望去促使喀尔喀蒙古各部间的和解并阻止噶尔丹对喀尔喀的扩张。但是桑结嘉措却从切身利益出发，与清廷的期望背道而驰。第巴集团派往噶尔丹军营中的使节不仅没有劝说噶尔丹息兵议和，相反却为他传递福音和预言，并鼓吹南征大吉。正是在桑结嘉措的支持与鼓动下，噶尔丹悍然于康熙二十八年进攻喀尔喀蒙古，结果喀尔喀蒙古全军溃败，被迫投奔清廷。
不仅如此，桑结嘉措在支持噶尔丹击败喀尔喀蒙古各部后，并没有就此歇手，因为它的目标只完成了一半。它虽支持噶尔丹建立起蒙古汗国，但它要彻底消灭喀尔喀部格根的宗教势力却没能达到。因为后者带着他的喀尔喀部众投奔了清廷，并在清朝的支持下，进一步提升了他在蒙古人中的宗教地位。所以桑结嘉措对于噶尔丹准备南进、消灭土谢图汗为首的喀尔喀蒙古等行为，采取全力支持的姿态。
康熙二十九年，噶尔丹在桑结嘉措的鼓励与支持下率大军深入北京近七百里的乌兰布通地区，气焰极其嚣张。但是噶尔丹的军事进攻却被早有准备的清军击溃，从此开始走上了衰亡之路。噶尔丹对清廷军事进攻的失败也给桑结嘉措以沉重的打击。他们看出厄鲁特准噶尔势力虽强，却无法与清朝抗衡。因此桑结嘉措开始转变对清朝的政策。它一方面率西藏诸台吉和噶尔丹向康熙帝上尊号，主动寻求与清廷妥协，以免受清廷惩罚；另一方面又为噶尔丹势力的苟存作出自己最后的努力。康熙三十四年，桑结嘉措为了缓和清廷对噶尔丹的军事压力，再次遣使清廷，请求清廷勿革噶尔丹汗号。然而，此时清廷对桑结嘉措以及准噶尔部的政策却发生了变化。因为喀尔喀四部来归后，清廷基本上控制住了外蒙古的局势。此后，清廷对桑结嘉措的所作所为不再容忍。它一方面通过扶持准噶尔的策妄阿喇布坦去抵制噶尔丹，另一方面又开始从军事上剪除噶尔丹势力。
噶尔丹被削弱后，清廷开始腾出手去处理桑结嘉措与噶尔丹“交通”一事。糜熙三十五年，清廷命令各处查收达赖喇嘛“交通”噶尔丹的书信情报。同年，清廷又从准噶尔投诚人的口供中获得噶尔丹与桑结嘉措相勾结的详细信息，并得悉五世达赖喇嘛早在九年前（其实是十六年前）早已逝世而桑结嘉措隐而不报的确切信息。清廷就此谕责桑结嘉措。此后，桑结嘉措在西藏的权威面临着威胁，而且清廷对桑结嘉措政权的支持也开始萎缩。
康熙三十六年(1697年)，桑结嘉措公布了达赖五世的丧事，同时宣布已择定仓洋嘉措为转世灵童，称达赖六世。达赖汗坚决反对，矛盾日益尖锐。康熙四十年，达赖汗死，其子拉藏汗继位。拉藏汗了解到，新立的达赖六世仓洋嘉措虽才华出众，但十分厌倦清教徒生活，故将其称之为假达赖，并向朝廷报告了他的不端行为。四十四年(1705年)，拉藏汗打败了藏兵，杀掉了第巴桑结嘉措。拉藏汗杀了第巴，却开始遭受来自青海的顾实汗后代的蒙古势力的攻伐。康熙因桑结嘉措长期匿丧，又支持噶尔丹搞叛乱，对他很不满。所以，就袒护拉藏汗，封他为“翊教恭顺汗”。拉藏汗捉拿了仓洋嘉措解送北京（在青海途中死去），引起西藏上层人士及民众的不满。因此，在西藏存在着一股反对拉藏汗的潜流。为此，清廷于康熙四十八年以“青海众台吉等与拉藏不睦，西藏事务，不便令拉萨独理”为由，派遣侍郎赫寿进藏管理藏务，此实为第一任驻藏大臣。
准噶尔部的首领噶尔丹在康熙三十五年兵败自杀后，他的侄儿策妄阿拉布坦，由于忠于清朝，对朝廷很恭顺，而且积极配合清军打击噶尔丹。康熙对他也比较信任，不仅将噶尔丹的余众都归属于他，而且还赏给他阿尔泰山以西、天山以北全部厄鲁特四部的领土。承认他为准噶尔部的合法首领。但时隔不久，策妄阿拉布坦随着统治势力的扩张，即陆续吞并周边各部，一直窥测着西藏事态的发展。当拉藏汗在西藏遭到孤立，向他求援时，他首先娶拉藏汗的姐姐为妻，后来又将拉藏汗的长子丹衷招为女婿，因而取得了拉藏汗的信任。
五十五年(1716年)十一月，策妄阿拉布坦以护送丹衷夫妇回西藏省宗为名，派其表弟策零敦多布率兵六千，从伊犁绕南疆戈壁，越和阗（今新疆和田）南大雪山，昼伏夜行，向西藏迸发。五十六年七月初，由藏北腾格里海（今纳木错）直进达木（今当雄）。当时拉藏汗正在用兵于青海，对儿女亲家毫无戒备。听说有大批人马护送自己的儿子和媳妇回来省亲，正准备到达木迎接。这时突然接到其次子报告了准噶尔兵进藏的企图。拉藏汗急忙调集兵力，急驰到达木一带阻击，连续坚守了三个月，双方互有伤亡。后拉藏汗兵逐渐抵挡不住，退据拉萨，并急速派人向朝廷求援。
准噶尔兵于十二月二十八日夜围攻拉萨，第二天就占领了全城。
杀死了拉藏汗，掳掠了其家口及各寺庙的兵器送往伊犁。接着，准噶尔兵对拉萨城进行了两昼夜的洗劫。拉藏汗的次子苏尔扎率数十人突围，不久仍被抓获，苏尔扎的妻子脱逃奔青海，向朝廷报告了详细情况。
策零敦多布遵照策妄阿拉布坦的指令，在拉萨组成了以达克咱为第巴的亲准噶尔政权，遂发兵进攻“前藏”（拉萨以东至四川一带）
等地，准备长期占领西藏。
五十六年(1717年)七月，康熙接到驻守新疆巴里坤的靖逆将军富宁安的报告，得知了准噶尔兵进藏的消息。当时康熙还不清楚策妄阿拉布坦进兵的真实意图。他有两种估计：一是为了争夺西藏，一是为配合拉藏汗进兵青海。对第一种估计认为可能性不大，重在第二种估计。因此，康熙决定在青海等地备兵，以防不测。九月初，派侍卫色楞等赴青海了解情况，并具体交待了应对不同情况的处置策略。
十月下旬，康熙接到青海蒙古和硕特部首领罗卜藏丹津的报告，弄清了准噶尔兵进藏欲灭拉藏汗的确切消息。五十七年初，康熙才收到拉藏汗的求援信，这时拉藏汗已不在人世了，便命令侍卫色楞所统领的满洲、绿旗及从西宁调集的兵共二千四百人赴藏救援。康熙所以只派这么一点兵力，和他不明准噶尔兵力的情况有关。因为有的报告说准噶尔兵是六千至一万，有的报告说是三千，而真正到达西藏的只有二千五百人等等。康熙估计，如果是二千五百人，经过几个月作战，现最多也不过二千人，他回想起前两年，准噶尔兵二千余人掠哈密，官兵仅用二百人就将其击败的事情。现用二千四百人对付二千人是足够的了。
康熙的这种轻敌思想自然也影响到了色楞。五月十三日，色楞率兵进至青海与西藏交界处的穆鲁乌苏（今青海通天河），接到康熙暂停进兵的命令，要他等将军额伦特派人将准噶尔兵引出来后，再分进合击。但色楞急于求成，怕等额伦特兵到会耽搁时间，贻误战机，便擅自率兵越过穆鲁乌苏，从拜图一路深入藏地。康熙得知色楞冒进的情况后，即命令额伦特迅速进兵策应。额伦特于六月十八日起程追赶，直到七月二十日才在喀喇乌苏（今西藏那曲）追上。两军会合后，准备渡河占领狼腊岭，然后进军到达木地方。
准噶尔兵自清军进入藏境后，就一直派人暗地进行严密的监视，并于喀喇乌苏附近设伏以待；另有部分兵力则绕到清军后面，截断了清军的饷道。因此，清军从喀喇乌苏刚一出动，就遭到了伏击。由于兵力不足，无力突围出来。结果相持了一个多月，直到弹尽粮绝，全军覆没，色楞和额伦特也都战死。意大利人德斯得利在《西藏纪事》
中，详细地描绘了这次战斗的悲惨情景：
“准噶尔人将清军官兵包围在营地，不许粮秣进入。清军官兵最后活着的人，只能吃饿死了的同伴尸体。后来他们派出一些西藏喇嘛，乞求准噶尔人允许他们走出营地求生路。准噶尔人同意，但清军官兵身体虚弱到无法逃生的程度，结果仍被准噶尔人一个一个杀害掉。”准噶尔兵在西藏首次全歼入藏清军后，策妄阿拉布坦更加得意忘形，指使策零敦多布继续向东进至喀木地区，企图争夺今四川的巴塘、里塘，继而进取青海、云南等地。五十七年十月，康熙命令皇十四子允褪为抚远大将军，赴西宁筹划进兵西藏事宜；提升四川巡抚年羹尧为四川总督，负责督办设立进藏驿站，保证进藏官兵的粮饷供应。
康熙五十八年（1719年）二月，康熙命令都统法喇及副将岳钟琪，率满汉官兵招抚巴塘和里塘，力四川进藏官兵开辟通路。五十九年正月，康熙又命令抚远大将军允褪率兵从西宁移驻穆鲁乌苏，管理进藏军务及粮饷，居中调度；授侄子延信为平逆将军，率兵一万二千出青海，向喀喇乌苏进兵，为中路之师；授噶尔弼为定西将军，会云南都统武格所率官兵共一万人，从巴塘迸发，为南路之师；派将军富宁安、傅尔丹率兵二万五千人，分别从巴里坤、阿尔泰出师，为北路配合出击之师，以牵制准噶尔援兵进藏。是年二月，康熙册封噶桑嘉措为达赖喇嘛六世，交由中路军护送西藏，将护送达赖喇嘛与进兵西藏联系起来，以争取西藏人民对朝廷进兵安藏的支持。
康熙对这次进兵西藏，经过了一年多时间的精心准备，于五十九年四月十六日，下令各路大军向西藏迸发。定西将军噶尔弼等率南路军自成都起程，经打箭炉（今四川康定）、里塘、巴塘。六月，即进至西藏境内的察木多（今昌都）；八月六日，进至拉里（今嘉黎）；二十三日凌晨，攻取了拉萨。随即分兵扼守拉萨附近的要地，断绝了拉萨与准噶尔往来的交通。
平逆将军延信等人所率的中路军，从西宁出发后，行军途中所经过的地方，尽为深山穷谷，瘴气漫天，环境极为艰险。准噶尔将领策零敦多布，率主力迎战，经数次战斗，被清军歼灭三千余人，于是率残部数百人逃回伊犁。清军留大军于达木，派轻骑护送达赖喇嘛六世至拉萨，九月十五日，在布达拉宫举行了隆重的坐床典礼。
清军在南路、中路大军会师拉萨的同时，北路军在新疆地方也屡战获胜，招抚了准噶尔兵数千人。自此，康熙集大军进藏大功告成。
康熙不忘为进藏而舍身忘死的清军将士们，第二年，以无限欣慰的感情，作了一首《平藏将士》诗：
去年藏里凯旋回，万里辛劳瞬息过，丹陛今朝宴赏陪。
欢声载道似春雷。
康熙在平定了西藏叛乱后，进一步加强了对西藏的管理。派遣满洲、蒙古及绿旗兵四千名进驻西藏，命策旺诺尔布代理定西将军，统辖驻藏兵马。从此，建立了清朝政府在西藏的驻兵制度。
进兵安藏获胜，清朝得以加强对西藏的管理。
首先，派满洲、蒙古及绿旗兵，共四千名驻藏，由策旺诺尔布署理定西将军印务，统辖驻藏兵马，额驸阿宝、都统武格俱参赞军务。
这是清朝政府在西藏驻兵的肇始。
其次，处死叛徒达克咱之后，于康熙六十年春，决定废除西藏地方政府中总揽大权的第巴一职，设置四名噶伦（政务大臣或政务委员）负责行政工作。因康济鼐一直担任阿里地区总管，曾发动起义截击准噶尔人的回路，功劳最大，被清朝封为贝子，任命为首席噶伦，并兼管后藏和阿里地方的事务。另有空布地方之第巴阿尔布巴首先效顺，同大兵取藏，也封为贝子；隆布奈亲身归附，向导有功，授辅国公，此二人及达赖喇嘛的强佐（一译商卓特巴，意为司库或总管）扎尔鼐俱任命为噶伦，与康济鼐共管政务，组成新的西藏地方政府。新政府官员由中央政府任命，消除了和硕特部汗王的影响，并改变了第巴独揽大权的局面，调动了西藏各地区贵族的积极性。
笫三，在招抚里塘、巴塘成功以后，康熙批准四川总督年羹尧的奏请，令暂归四川统辖。又在打箭炉至拉萨沿途设立驿站，更加密切了西藏边疆与内地的联系。
进兵安藏并对西藏进行有效的管理，是康熙晚年的重要业绩之一，也是对中华民族的一项具有重大历史意义的贡献。这时康熙已是暮年，他为这项事业，花费二十年的心血，面对巨大的成功，感到无比欣慰。
西藏既已安定，康熙便将战略重点移向西北，集中精力对付策妄阿拉布坦。分屯重兵于巴里坤、阿尔泰一带，总兵力约四万人左右，分属三名将军统领。因直捣伊犁路途遥远，粮饷难继，所以三路大举进剿的日期不得不一再推迟。采取就近屯垦，稳步前进，静观待变的策略，先从巴里坤征取吐鲁番，再从吐鲁番进驻乌鲁木齐。直到六十一年十一月康熙去世前，虽未能直捣敌人老巢，但却为雍正、乾隆时期最后解决西北边疆问题奠定了基础。
略在文化上，他多次举办博学鸿儒科，创建了南书房制度，并亲临曲阜拜谒孔庙，他还组织编辑与出版了幕熙字典》等图书、历法和地图；在治理国家中，他建立会盟制度和避暑山庄外藩朝觐制，加强了多民族国家的稳定；他废止了残酷的圈地令，实施更名田，整修黄淮河运等水利工程，取消新增人口的人头税，施行“摊丁入亩”制度清王朝在康熙的治理下，由大乱走向大治，很快就成为了一个幅员辽阔、政治统一、文化昌盛、经济繁荣的世界强国。可以说，也正是他的文治武功，奠定了“康乾盛世”的坚实基础。
