东北是清朝的发祥地，是满族人的故乡。在十七世纪三十年代，经过清太祖努尔哈赤和太宗皇太极两代人的征战，统一了西起贝尔加湖、北到外兴安岭、南至日本海、东迄鄂霍茨克海的广大地区。
明末清初，当清军兴兵入关，逐鹿中原的时候，俄国人乘机派出远征军，开始侵略黑龙江流域。
由于清初东北地区大批人口不断南移和“从龙入关”，致使该地区变得空旷而人口稀少，很多军事重镇没有设防，给沙俄侵略者以可乘之机。他们很轻松地进入黑龙江流域，使居住在此处的达斡尔、鄂伦春、鄂温克等少数民族大受其难。清朝政府得知沙俄入侵黑龙江的消息后，深感自己的发祥地受到威胁，必须加以驱逐，可当时清朝正全力进行统一战争，无暇顾及东北，朝廷尼布楚只令海色率六百人前去征剿，因指挥不当，乌扎拉村之役失败。这次战役的失败，终于引起了顺治皇帝的重视，此后他不断派兵征剿，黑龙江各族人民也前来助阵，他们和清朝驻军一起，英勇奋战，抗击沙俄侵略者。至顺治十七午，清朝将俄国侵略势力驱逐出黑龙江中下游58地区，但俄国人仍然占据着上游的尼布楚。
康熙即位后，俄国侵略军继续向我边境侵扰，并于康熙四年以尼布楚为基地，在充分准备后，卷土重来，向黑龙江流域进行新的侵略扩张活动。很快，他们就在尼布楚、雅克萨、楚库柏兴以及黑龙江中下游地区建立了一些侵略据点。他们修筑工事，建造堡垒，开辟道路保持和后方的联络，以这些地区为根据地，四出劫掠、烧杀，还强迫当地各民族交纳贡税。康熙六年，索伦族某部头目根特木尔在俄军的引诱下，率四十多人叛逃尼布楚，投靠俄国。清廷派兵追至尼布楚，要求俄方引渡，但遭到俄方的拒绝。此事成为中俄双方长期交涉的一个焦点。
康熙帝亲政后，对沙俄侵扰东北十分关注。他深切地意识到俄国入侵是清朝的一大祸患，其患不除，边疆便不会巩固，祖宗发祥地也不会安宁，如果对其姑息，不加制止，后果不堪设想。但不久就爆发了三藩之乱，康熙为了平定叛乱，救亡图存，从全国各地征调精兵前往平叛前线，而原本兵力就十分空虚的东北，其盛京和吉林乌喇、宁古塔等地的驻防军也被紧急调入关内。为避免南北同时用兵，康熙派遣使臣前往尼布楚向俄国表示和平解决争端的意图。
根特木尔叛逃之后，根据清朝政府当时的“逃人法”，逃人并不因其逃亡而改变膘来的隶属关系，国家有权追捕，并对窝逃者处以加倍惩罚。康熙九年春，康熙命宁古塔将军巴海派人赴尼布楚投递文书，对沙俄侵略黑龙江提出质问，并要求归还逃人根特木尔，提议俄方派人前来北京商谈，以和平解决边境争端。四月下旬，尼布楚统领阿尔兴斯基接到文书后指派米洛瓦诺夫等十人出使北京。康熙皇帝本着和平解决争端的愿望，隆重地接待了他们。双方开始会谈后，由于俄方没有解决争端的诚意，对清朝政府索要逃人之事，则推脱须待沙皇批准，不予答复。康熙当即严正指出：黑龙江一带自古是中国领土，今罗刹犯我边境，侵占我边城雅克萨，并策动根特木尔叛逃，已严重地危害到了我国主权，本欲出兵讨伐，但念两国关系且百姓免遭生灵涂炭，和平解决最好。但和平解决的首要前提是俄方归还逃人，停止在边境地区的挑衅，只有这样，双方才能永远和好及发展贸易往来。俄方使团返回尼布楚时，康熙皇帝再次致书沙皇，重申和平解决边境争端的愿望，并令索伦总管孟格德陪同前往。此后，孟格德多次奉命前往尼布楚，要求俄方对归还逃人问题进行答复，但沙俄政府对此事置若罔闻，不加理会，这样，逃人问题就被搁置了下来。
康熙十五年（1676年），沙俄派使者尼果赖前往北京进行交涉。
当时正处三藩之乱，但康熙还是先后两次在太和殿和保和殿接见了尼果赖一行，并派理藩院尚书阿穆瑚郎等问来使归还逃人根特木尔一事。但尼果赖对此事避而不谈，却提出了所谓发展贸易等十二项条款，要求清朝政府答复，态度极端蛮横和无礼，导致交涉无果而终。
尼果赖回国后，将中国的三藩之乱看作是牟取利益的大好机会，鼓动沙皇向中国边境进犯。因此，从康熙十五年起，俄国加强了东西伯利亚各城堡的武器装备。他们以尼布楚和雅克萨为据点，倾巢出动，一路向东南精奇里江及其支流推进，一路向南，侵扰额尔古纳河一带。沙俄不顾中国的警告和交涉，继续向黑龙江下游进犯。至康熙二十一年，沙俄的军事据点已经遍布于黑龙江下游直到海边。
画对沙俄的屡次侵犯，康熙帝多次派人前往警告，要求俄军停止侵略。康熙十九年，康熙皇帝特派大理寺卿明爱前往卜奎（今齐齐哈尔），向雅克萨俄军当局交涉，要求拆除俄军所建据点，撤出中国领土，否则，将以武力驱逐。但沙俄侵略军不但对康熙帝的警告置若罔闻，反而变本加厉，悍然进行战争挑衅。
经过长达十余年的谈判与交涉，康熙帝认识到，对于沙俄这样一个侵略成性的国家，不用武力是解决不了问题的。早在尼果赖来华之前，为加强东北边防，康熙皇帝就开始编组“新满州”，将军事和屯戍结合起来，使东北各族成为抵御沙俄侵略的重要力量。
“新满州”是指清兵入关后编入旗籍的东北少数民族部众。康熙元年，曾颁布对编组“新满州”有贡献者，按军功授奖。康熙亲政后，继续沿用这一传统方式，编组新满州。十年，康熙皇帝北巡至叶赫，召见宁古塔将军巴海，让他抚绥宁古塔各族部众，整备器械，加紧东北边防，警惕沙俄入侵。十二年，世居松花江下游诺罗河（今挠力河）、乌苏里江和穆棱河等地的赫哲族墨尔折勒氏请求内迁，康熙皇帝谕令宁古塔将军巴海，将其安置在宁古塔附近，编置四十佐领，以其族人扎努喀、布克托为首领，号新满州。康熙十六年，由赫哲人和库雅拉人编组的新满州共达七十八佐领。对于在入关前就已编佐领的黑龙江中上游地区的索伦、达斡尔和鄂伦春人，康熙皇帝将他们重新编组，让他们定期进京朝贡。
康熙二十一年，清朝终于胜利结束了三藩战争，东北的安全问题立即被提上议事日程。这一年，康熙进行了第二次东巡。他趁去沈阳谒陵的时机，还特别去了吉林，检阅水师，召见宁古塔将军等高级将领，了解武备和边疆情况。对地形、地貌、风俗、民情等实际情况进行了一番实地的考察。
东北之行结束后，康熙派遣副都统郎谈、彭春率人以捕鹿为名，到雅克萨侦察敌情。十二月底，郎谈等人返回北京，向康熙报告：
“俄国人盘踞在雅克萨，筑有木城，如果发兵三千，并携带红衣大炮二十尊，就可攻取。”康熙认为不能操之过急，并且充分借鉴清初几坎征伐沙俄，因粮饷不继导致失败的教训，决定派兵永戍黑龙江，采取家属随军的办法，将军队的家口迁来居住，达到永戍的目的。同时要求八旗官兵自行耕种，解决军粮问题，形成与沙俄对垒的态势，再相机进取雅克萨。
康熙二十二年十月二十六日，清政府正式设立黑龙江将军衙门，任命萨布素为首任黑龙江将军。萨布素到达黑龙江后就开始对瑗珲城扩建。康熙考虑到该城地处江东，比较偏僻，与内地联系不便，下令迁至下游右岸，在托尔加城旧址另建瑗珲新城。该城的建立大大加强了东北的边防力量，成为重要的抗俄军事基地。为保证反侵略战争中情报传递的快捷准确，康熙皇帝从二十二年起，就开始筹备建设驿站工作。二十四年，自吉林乌喇至黑龙江流域，又设置十九处驿站。
经过永戍、屯田、设立驿站等一系列的精心准备，武装收复雅克萨的条件已经成熟。这时，康熙和大臣们开始探讨进兵雅克萨问题。
满浯中的“雅克萨”，是河流冲刷的河湾的意思，它位于今漠河以东、呼玛西北黑龙江北岸，是黑龙江上的交通枢纽。沙俄哈巴罗夫占领此地建筑城堡，改名为阿尔巴津，后被清军击溃。康熙四年，侵略者卷土重来，再次占领雅克萨，成为其在黑龙江的重要据点。
康熙二十四年正月，康熙提出以武力收服雅克萨的基本方针。经过议定，决定于四月末水陆并进，力求招抚，争取其投降，如对方还是置若罔闻，则以武力攻取。在领导此次战役的人事安排上，重新任命都统彭春统兵，副都统班达尔善与护军统领佟宝为参赞。
四月二十八日，康熙下令清军分批开赴雅克萨。由满、蒙、汉、索伦、达斡尔、鄂伦春、赫哲各族组成的大军，水陆齐发，直逼雅克萨。
五月二十二日，清军抵达雅克萨城下，康熙本着先礼后兵的原则，用满、俄、拉丁三种文字致书雅克萨统领，向城内的俄军发出了“最后通牒”，令其撤出雅克萨，返回俄国本土，并提出以雅库次克为界的议和方案。但沙俄自恃城堡坚固，拒不撤军。
康熙遂命清军于二十三日分永陆两路列营，准备武装进攻。
清军分水陆兵为两营，将城包围起来，布置弓弩为掩护，将红衣大炮排列于阵前。二十五日黎明，彭春下令攻城，清军水陆并进，炮火齐发，城内硝烟弥漫，建筑物纷纷被击中，俄军死伤惨重，已经无力进行抵抗。没有几天，俄方雅克萨督军托尔布津走投无路，决定投降。清朝对俄方十分宽大，在保证不再重犯的条件下，释放了全部俘62虏，并允许带走全部武器和财产。俄军举行了简短的投降仪式，被遣往额尔古纳河口，再遣返回国。但遗憾的是这样的优待，并没有换来俄国人的悔改和诚意，相反地，他们时刻都在想着伺机反击和报复。
第一次雅克萨之战的胜利使举朝沉浸在胜利的喜悦中，康熙也认识到了筹划周详对战争胜利的重要意义。收复雅克萨之后，他进一步作出战后部署，在黑龙江驻兵，在雅克萨设立哨所。在六月十四日的谕旨中，再次强调防守雅克萨的重要性。但彭春等人并未按康熙皇帝的谕旨行事，而是将雅克萨城堡一把火烧掉了事，周围的庄稼也未收割，哨所未立，不等命令到达就擅自撤离，回兵瑗珲、墨尔根等地。
这等于是放弃了雅克萨，雅克萨所在的黑龙江上游地区，仍然是门户洞开、自由出入之地，无疑为沙俄再次前来提供了可乘之机。
七月，沙俄发现清兵并未在雅克萨设防后，俄军雅克萨头目托尔布津率领原班人马及增援人员，重新回到雅克萨。这次他们吸取教训，不仅在故址上重建城堡，还进一步加强其牢固性、防御性。他们在城的四周建以高高的土墙、炮垒并配置火器。在墙外挖掘壕沟，调来大批粮食、弹药和其他战略物资。及时地收获了清军没有毁坏的庄稼，作为储备之用。并于二十五年到呼玛旧堡窜扰。康熙祓迫再次兴师伐俄，于二十五年二月得知沙俄重新占领雅克萨，立即命令萨布素速修战舰，统领乌喇、宁古塔官兵二千人，驰赴雅克萨，担当第二次收复雅克萨的主力。
萨布素奉命，经过准备，于五月初率军从黑龙江城出发，月底逼近雅克萨城。俄军仍然拒不投降，并主动出城迎战，凭借城壕工事，施放枪炮，遥击清军，清军以大炮还击。双方展开了炮战，俄军退守城内。鉴于俄军的雅克萨城比较坚固，一时难以攻克，萨布素决定在城周围筑垒挖壕，进行长期的围困。城内的俄军人员很多受伤，粮饷来源也被清军切断，统帅托尔布津受重伤毙命，整个城内士气低落。
特别是冬天来临，饥饿的俄国人抵挡不住寒冷的侵袭，疾病在城中开始蔓延，到年底，只剩下一百五十余人。长期围困的策略收到了显著的效果，眼看俄军已经支持不下去，萨布素正准备率军攻入城内之际，突然收到朝廷停止攻城的命令。原来，沙俄得知俄军在雅克萨军事失利，武力侵占黑龙江已经失败，对雅克萨被围人员又无法救援，于是接受了停战谈判。
康熙二十五年正月，沙俄政府指派戈洛文为全权大使，率领官吏士兵一千九百余人前来中国谈判。次年春，得知康熙皇帝为促成两国谈判早日实现而主动从雅克萨撤军，便对和平谈判采取消极拖延的态度，企图策动我国喀尔喀蒙古臣服俄国，以加强在谈判桌上对清朝政府的压力，并因此在喀尔喀蒙古逗留两年。
在清朝的一再催促下，直到康熙二十七年(1688年)，戈洛文派遣使者科罗文至京，安排谈判事宜。沙俄为加强在谈判中的实力，建议谈判在色楞额举行。康熙皇帝为迅速解决两国争端，表示同意，并很快组成了以侍卫内大臣索额图、都统公舅舅佟国纲为代表的谈判使团。临行前康熙对使团的首席代表索额图说：“中俄两国的冲突完全是俄国挑起的。尼布楚、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪，都是我国所属之地，不可弃于俄罗斯。”使团一行至克鲁伦河时，正遇到准噶尔厄鲁特蒙古噶尔丹兴兵袭击喀尔喀蒙古，致使路途受阻，清朝使团奉命折返，和谈地点改为尼布楚。
康熙二十八年七月底，清朝使团到达尼布楚。康熙根据噶尔丹攻占喀尔喀的形势，估计清朝与噶尔丹之间的战争不可避免，为了避免清朝处于两面作战的被动局面和防止沙俄与噶尔丹勾结联合抗清，决定对俄国稍做让步，争取早日达成协议，结束东北问题。
康熙与索额图等议定了三个划界方案，一是以原属于我国的勒拿河与贝加尔湖为界；二是以尼布楚为界；三是让出尼布楚，以额尔古纳河为界。康熙认为，如果以尼布楚为界，那么俄国要谴使通贡，就失去了栖托之所，这样，俄方很难同意。因此，他指示索额图，要尽量争取以尼布楚为界，如果俄方坚持索要尼布楚，则我方可以作出重大让步，以额尔古纳河为界。而俄国在无力增援雅克萨的情况下，也希望获得和平，以保证它在西伯利亚地区的权益不致进一步受损。因此，它指示俄国使团，可在必要的时候让出雅克萨。
谈判开始后，沙俄代表在会议上无理纠缠，漫天要价，设置障碍。而清朝官员则据理力争，谈判一度陷入僵局。正在这时，原喀尔喀蒙古所属布里亚特人、温科特人掀起了大规模的抗俄斗争，起义者达到两千人，许多受俄国奴役的喀尔喀部众，纷纷来到清朝政府使团驻地，请求将他们带回中国境内。俄国使团见势不妙，为防止事态进一步扩大，不敢再抱延，终于在康熙二十八年七月二十四日(1689年9月7日)，签订了中俄间第一个条约（伲布楚条约》，共六项条款：
一、中俄两国以格尔必齐河、额尔古纳河至外兴安岭为两国东段边界，以南归中国，以北归俄国。中段边界暂行有效，留待以后再议。
二、俄人应拆除在雅克萨所建城堡，俄国居民携带其用物，退入俄国境内，两国猎户人等，不得擅越边界。
三、互不收纳逃人，如有逃人，双方均应遣返。
四、已在中俄两国定居的双方居民，维持现状。
五、自和约签定之日起，双方居民持有护照者，可以过界往来，并可以贸易互市。
六、双方均应严守条约，避免争端。条约最后以满、俄、拉丁三种文字刻在石碑上，置于两国边界，作为永久纪念。
康熙保卫和巩固东北边疆，堪称是一项伟大的事业。《尼布楚条约》虽然在领土方面对俄国作出妥协，但以法律的形式明确了中俄东部国界，保证了这一地区一百六十多年的和平与稳定。同时，（伲布楚条约》也是中国与外国签订的第一个平等条约。清朝在条约签订后，更加加强了对黑龙江地区的管辖，进一步建立与健全了管理机构，也加强了防备力量。
