新政府走马上任，睦仁天皇不得不面对前幕府政权遗留下来的外交问题。近些年，日本国门逐渐打开，前幕府政权已与欧美多国通商和建交，政府中也设置了专门与外国人打交道的“外国奉行”一职，也即现在的外交部长，日本与外国互有使节往来。随着国际贸易的发展，横滨业已成为日本重要的贸易港口城市。此时，若天皇政府再秉持“攘夷”论已是万万行不通了，它必须接受前政府与欧美各国达成的所有协议并承担由此而产生的债务等。
而这时候的外国公使，也正于各自公馆内张望着日本的时局，他们一时不知该如何是好，对于新政府的掌国能力，他们尚摸不清底细。
榻榻米
日本的传统住宅具有浓郁的民族特色，由于木结构房屋有利于抗震、防潮而被传承。屋门多为左右拉门，屋内铺有草席和坐垫，只略高于地面，被称为榻榻米。一张榻榻米仅约2平方米，甚至更小，每间居室放三四张榻榻米。榻榻米还是房间大小的标准，不仅可以确定房间的面积，甚至整个城市都可以用榻榻米的数据来衡量其大小。也正因为这个原因，战争、地震、火灾、洪水等不断的天灾人祸，都不能打破古城京都特有的棋盘式格局。
为重树国威，新政府建议天皇尽快会见各国公使。睦仁天皇传下旨来，决定在京都皇宫内召见外国公使。圣旨一下，立即遭到仍奉行“攘夷”论者的强烈反对，朝中老臣甚至天皇母亲皆口出强硬之词：“鬼一样的洋人，是决不能进入我圣洁殿堂的！”而那些宫中女子，因从未出宫半步，终日坐井观天，只闻得西洋人长相奇特，一直被形容为鬼怪，如今听得这些鬼怪要入得宫来，顿时被吓得面如土色。
闹剧演毕，接见公使事宜顺利进行。1868年2月30日，睦仁天皇在皇宫内先后接见了法国和荷兰公使。天皇英姿焕发，给两国公使留下了年轻有为的印象。可原定同日接见的英国公使帕克斯却迟迟未见踪影。原来，这位大英帝国的公使在前来皇宫的路上出了意外。
帕克斯作为英国公使，地位自然不能小觑。这不，行进在入宫路途上的他，贴身两名秘书官随侍，50名全副武装的英国骑兵护住其坐骑，另有日本的肥后藩兵300名及十几名警官前呼后拥。沿途挤满了观看稀罕洋人的百姓。突然，两名彪形大汉自人群中蹿出，不由分说，举刀便向洋人头上砍去。本来，他们是冲帕克斯而来，所以专挑那些身着显眼制服的英国人砍杀，但他们不知道那个身穿黑色大衣的人才是帕克斯。尽管如此，猝不及防的护卫人员也不免一阵骚乱。
队伍中首先反应过来的是中进弘，他本是萨摩藩武士，现被天皇征用，与后藤象二郎一起为此次英国公使觐见担任入宫接引。中进弘跳下战马，飞身上前挡住一名大汉去路，对打中，他被砍伤头部。这时，后藤象二郎持刀赶来，两人合力制服大汉，并割下其首级献给帕克斯。同时，又一名大汉也落入英国人手中。与这一惊险打斗场面迥然不同的是，那300名肥后藩兵自始至终一动不动，他们根本没有加以援手的意思。“攘夷”政策在日本积习已久，由此可见一斑。
受此惊扰的帕克斯，眼见日本武士奋不顾身保护自己，也便不想把事情闹大，只是要求日本政府将所俘刺客斩首示众。在过去，日本人对外国人动武，一般被当做爱国者般处以剖腹自杀的武士级处罚，而今这砍头的刑罚倒有着杀一儆百的意图。无奈，日本政府只得照办。同时，天皇宣布将接见英国公使的日期改为3月3日。
在外交上迈出的这第一步，虽说不无惊险，但睦仁天皇并未有半点惧意，相反更激起了他在国内进行全面改革的锐志。1868年4月6日，睦仁天皇于紫宸殿在众公卿朝臣面前颁布了《五条誓文》。这是一份具备临时约法性质的文件，其内容为：“广兴会议，万事决于公论；上下一心，大展经纶；公卿与武家同心，以至庶民，各遂其志，使人心不倦；破除旧来之陋习，立基于天地之公道；求知识于世界，大振皇国之基础。”《五条誓文》一经发布，立即成为新政府全面改革的基本纲领。从第一条内容入手，睦仁天皇这改革的第一把火指向了政治领域，采取了一系列措施来建立以天皇为核心的中央集权政府。
睦仁指导新政府颁发《政体书》，规定日本的最高国家机关为太政官，其下设置立法、行政、司法机构，且如欧美国家般使三权分立。为了使天皇牢牢掌控国家的最高权力，睦仁后将太政官改组为正院、左院与右院，其中，正院一部集立法、行政、司法三权于一体，位为至尊，且直属天皇管辖。天皇成为名副其实的日本最高权力拥有者。
既然拥有了最高权力，如果再像过去那样屈居京都一隅则难以随时感知时代潮流，于是，睦仁天皇决定迁都江户。1868年9月3日，天皇将江户改名为东京。迁都之日，盛况空前，百姓夹道叩拜。受幕府严密监控近300年未出京都的日本皇室，终于步出旧日宫门，来到已沐开放风气的东京。迁都第十日时，天皇下令以己之名大宴东京市民。当御酒抬到坊间巷里，东京市民畅饮之时，感圣上隆恩之余，也将对改天换日的顾虑一扫而光。可以说，人们对旧幕府余威的怀念，此时已换作对天皇的忠诚。1868年10月23日，睦仁引《易经·说卦篇》“圣人南面听天下，向明而治”中的“明”与“治”，改年号为“明治”，这样，庆应四年便为明治元年。明治天皇还规定，一代天皇只能用一个年号。
迁都东京后，明治天皇放眼全国，意识到是该收回各路藩主的领地权了。长期以来，日本三百路诸侯各据一方，藩主们自恃拥有领地、百姓及军队，而对皇权造成极大威胁。明治天皇岂能放任这等现象存在下去。1869年春天，自萨摩、长州、肥前及土佐藩主动上交天皇以版籍后，全国各路藩王纷纷效法。明治天皇宣布永久收回各藩领地及领区百姓，但暂且保留藩号，收编旧日藩主为国家行政官员，委以藩知事之职。紧接着，明治天皇趁热打铁，推行废藩置县，彻底废除日本各藩，将藩知事们全都迁来东京，由政府发俸禄供养；同时，在全国建立各级行政组织。
在废除封建藩主领地权的同时，明治天皇还从《五条誓文》第三条出发，取消封建特权。1869年，天皇政府取缔公卿和大名称号。1871年，政府下令废除贱民制，次年，明治天皇宣布“皇族、华族、士族、平民”四种身份制度，主张四民平等。1876年3月，明治政府又颁布了“废刀令”，彻底剥夺武士的佩刀权，使其再不能对贫民任意杀戮。自此，武士身份在日本走向终结。
当日本四民“各遂其志、人心不倦”之时，明治天皇又把改革矛头指向经济方面，以期“上下一心，大展经纶”，发展资本主义经济。
明治政府首先改革日本旧有的封建土地制度，在从各路藩主那里收回的领地上实行新的土地私有制。一方面，政府允许土地买卖；另一方面，废除以前的实物贡赋，改由政府核定地价、统一征收货币地租。就这样，在土地改革领域，封建领主土地所有制也被抛向了历史的垃圾堆。
国内旧有封建残余消灭殆尽，接下来，明治天皇着眼于“求知识于世界”。1871年11月20日，明治天皇派遣岩仓具视率团前往欧美各国考察。考察团归国后，带来了西方先进的科学与文化技术。借此“西风”，明治天皇及其政府制定了“殖产兴业、富国强兵、文明开化”的三大政策。
所谓“殖产兴业”，明治天皇及他的得力助手大久保利通、伊藤博文等人制定了两步走的战略规划。首先，着力创办官营企业，引进西方先进的生产设备、技术及管理体系等，应用于建设铁路交通、近代通讯、近代金融及军事工业等，全面发展近代资本主义工商业。当官营企业发展得如火如荼时，政府又以向私人发放无息贷款、补助金等方式，来吸引私人投资工矿业等，然后，进一步带动日本近代民营工业的发展。这时，“殖产兴业”便进入了第二步，政府大力扶植和保护私营资本主义企业，日本国内出现了一大批新型的资本家。进入19世纪90年代，日本产业革命的热潮将近代工业推至日本经济的核心地位，而近代工业的飞速发展也使日本初步实现了资本主义工业化。
发展经济的同时，明治天皇又开始建立新式军队。在取消国内武士阶层对军职的垄断过程中，他怎么也不能忘记当年“禁门之变”对皇家带来的耻辱；他在全国颁布第一个征兵令，实行义务兵役制，欲创建一支天皇自己的常备军。考察团很推崇德国的军事制度，于是，明治天皇聘请德国等外籍教官训练军队；同时，设立陆军省、参谋本部等直属天皇管辖的军事机构。明治天皇严令军政分家，天皇成为日本军队的最高统帅。不过，天皇并没有任由军队彻底西化，他还极力向军队灌输忠君爱国思想和武士道精神，将效忠天皇和为天皇捐躯说成是军人最好的归宿。此外，明治天皇还参照英国海军模式，打造坚船利炮，建立起一支近代化海军，同时也进一步促进了兵工厂、造船所等军工企业的发展。为培养高级军事人才，他还命令创办军事大学。有了这支新型资产阶级军队，明治天皇再不惧怕国内叛乱；对外，他也努力摆脱民族危机，逐步取消与列强签订的不平等条约。
明治维新进行到现在，日本已是国富民强，与之相比，国民的整体素质则亟待提高。明治天皇擎起“文明开化”大旗，先是“破除旧来之陋习”，废止皇族、朝臣的染齿、剃眉风俗。天皇及皇后率先剪发髻，穿起西式服装。为增强日本国民的身体素质，天皇还改变日本人的饮食习惯，提倡吃牛肉、喝牛奶，他又一次以身作则，并且还极爱品葡萄酒。天皇已做出表率，日本国民竞相效仿，一时间，洋装店、西餐馆次第出现于城市街头。“破除陋习”的同时，明治天皇不失时机地发展教育事业。他宣扬以儒教为主、西洋哲学为辅的教育理念，当然还有他一贯秉持的忠君爱国思想，都糅入他的教育指导方针中，由新设置的文部省统一管理全国的教育发展事业。在明治天皇的督促下，日本模仿西方教育制度，建立起小学、中学、大学的三级近代学校体制，大量扩招学生，对贫穷孩子实行义务教育；聘请西方学者来日本任教，课程中多设西学内容；创办师范院校，培养专门人才。另外，每年还有大量日本留学生被派往欧美国家。一番“文明开化”改革后，日本社会万象更新。
至此，明治维新各项改革均已展开，日本国内涌现了一大批思想启蒙者，“明六社”等宣传欧化主义和自由主义的团体也招揽了大量民众。一股浓郁的追求民主、平等、自由和立宪政治的巨大声势在日本弥漫开来。然而，明治天皇对此却采取了压制措施，因为他觉得日本此时尚不宜施行立宪政治。不过，他并没有无视这一现象。1882年3月，明治天皇派伊藤博文率团再赴欧洲，专门研究各国宪法。归来后的伊藤博文向天皇推荐德国的君主立宪制，并拟订出宪法草案。明治天皇召集心腹重臣对宪法逐条审核，深恐其中有威胁天皇绝对统治权的字句。终于，1889年2月11日，明治天皇正式颁布《大日本帝国宪法》。人们看到听到的宪法内容，无不充斥着天皇至高无上权力的字眼，行政、立法、司法及军事大权均归天皇一人掌控。天皇即为日本至尊，作为臣民，必须无条件服从天皇的命令。不过，这部宪法也规定臣民享有选举与被选举权，同时也规定了臣民的相关义务。这也在一定程度上顺应了日本人民对自由民权的渴求。宪法还规定议会由贵族院和众议院构成，但议会并不能辖制内阁，因为内阁只对天皇一人负责。很明显，这部具有资产阶级性质的宪法还是极具日本特色的。
1890年11月，日本第一届帝国议会成立，明治天皇亲自莅临开幕式现场，他正式成为亚洲第一位立宪君主，而日本也成为亚洲第一个立宪国家。
明治维新成就了日本，使之成为亚洲近代唯一的资本主义强国；同时，它也成就了明治天皇，使其被国人奉为神圣。然而，随着日本国力日渐昌盛，一度遭受欧美列强侵略的日本，也在明治天皇的授意下，开始推行军国主义，准备向外侵略扩张了。
