1867年1月9日，睦仁亲王在皇宫的清凉殿小御所举行了登基仪式。坐在天皇宝座上，睦仁立即把精力投注于推翻幕府统治上。他放眼日本上下，幕府的奢侈无度与百姓的苦不堪言对比鲜明；西方列强在国内大肆倾销产品和抢夺原材料，以至于日本国内商家关门的关门，转行的转行，一时间物价随风而涨，百姓生活无以为继。这一切，再加上睦仁自记事起耳闻目睹的现象，都令他如坐针毡。看来，推翻幕府统治、将大政重握天皇手中势在必行。不满15岁的少年天皇踌躇满志，无时无刻不在谋划着改弦更张。
睦仁天皇刚即位，便立即大赦那些因反对幕府而获罪的朝臣，不消说，他立即得到了这些人的誓死效忠。日后的倒幕运动中，这些人的确为天皇大效犬马之劳。在治国方面，尚未成年的睦仁常会向外公中山忠能和重臣岩仓具视等人寻问建议，这两人自是全心辅佐新皇。此外，睦仁还发现朝臣中有一批职位虽低但锐意改革的人物存在，于是，他毫不迟疑地重用他们。
当然，朝廷中也并非一边倒地支持倒幕。除倒幕派外，还有支持幕府统治者和骑墙观望者，后者不在少数，因为他们尚难以看出倒幕派与幕府两者争斗究竟后果如何。与此情形相同，日本全国的各路藩主也分出三大阵营来。日本局势已是箭在弦上，此箭何时射出，倒幕运动以何等方式发起，实非急促之事，倘一着不慎，触及各方利害机关，则满盘皆输。睦仁天皇决定审慎从事，他命令岩仓具视等心腹大臣拟订一份废除幕府制度的秘密诏书，勒令幕府将军德川庆喜将大政交出并辞去官职。诏书措辞激烈，若皇令遇到幕府顽抗，那么兵戎相见亦在所不惜。密诏拟好后，天皇首肯。于是，密诏被下发到受幕府压迫最深也是倒幕决心最坚定的萨摩藩和长州藩。天皇此举意在暗中联合倒幕中坚力量。
1867年10月14日，当萨摩藩的大久保利通和长州藩的广泽兵助接到密诏时，他们立即着手实施倒幕计划，并做好向京都发勤王之师的准备。与萨摩藩以大久保利通和西乡隆盛为代表的强硬倒幕势力相比，倒幕派中尚有一批持温和态度者，土佐藩堪为代表。土佐藩主山内容堂并不反对大政复古，他只是希望倒幕派允许幕府主动让权，而不是采用武力根除幕府势力。但无论如何，倒幕与大政复古已然成为不可逆转的时代潮流。此时，德川幕府的做法着实让睦仁天皇和倒幕派大感意外。
幕府将军德川庆喜竟主动请求辞去征夷大将军之职，并决意奉还大政于天皇。庆喜这样做，实是出于对天皇及朝臣的试探。庆喜很清楚，日本由武士阶层控国已近700年，德川幕府为政也已260年有余，统治日本的是一个被武士阶层建立完善的国家机构，操纵这个机构非那些朝臣所能为。考虑到这些，庆喜认为即便将大权交予皇室，后者也定难以驾驭，用不了多久这大权便会被送回来。最初的结果正如庆喜所料，少年天皇及其朝臣立根未稳，尚没有健全的国家机构，此时获得幕府交出的政权却不能令其正常运转。万般无奈之下，睦仁天皇只好重又委以德川庆喜处理内政外交的权力。即便如此，倒幕派一直没有中断准备工作，眼见天皇将部分政权还于幕府，他们唯恐大政复古中途夭折，于是更加紧在全日本调集倒幕军队。以岩仓具视、中山忠能为核心的倒幕朝臣还大力协助睦仁天皇健立健全政府机构，他们及那些勤王人士秘密策划“王政复古大号令”的发布日期及一切相关事宜。计划停当后，萨摩、长州、艺州、尾张和越前五个藩的勤王之兵立即把守住宫门，禁止任何倒幕派以外的朝臣进宫。
1868年1月3日，依照岩仓具视等勤王派预先策划的那样，睦仁天皇向全国发布“王政复古大号令”，昭告天下：“接受幕府将军德川庆喜奉还大政的请求，同时实行王政复古。”为表决心，天皇宣布，自即日起，废除幕府及摄政、关白等旧制，增设总裁、议定和参与三个职位，全面建立天皇政权机关。同时，撤下原先负责京都卫戍的亲幕府的会津藩和桑名藩军队，将此大任交于萨摩、长州、艺州、尾张和越前五藩的勤王军队。如此一来，京都气象发生了翻天覆地的变化，日本国改天换日，天皇及革新派彻底控制了朝廷局面。那么，该怎样处置德川庆喜呢？
就在发布王政复古大号令的当天晚上，皇宫小御所内，新成立的政府机构召开了首次御前会议，研究讨论对德川庆喜的处理问题。会议现场气氛凝重，与会官员皆为倒幕派和勤王派首脑，他们一脸严肃。自前来会场的路上，他们看到皇宫各殿、各门、各要道及宫外四处均有全副武装的卫队把守，非受邀人员一律不得入内。那时，官员们便深切体悟到：自己正欲参加的将是一个关系到日本前途的会议。
理论上讲，这次御前会议应该很容易便得出有利于天皇的决定，因为毕竟没有支持幕府的官员参加；但是，倒幕派内部并非全是像岩仓具视和大久保利通这样的强硬派，还有一股温和势力，他们支持还大政于天皇，但并不主张把幕府彻底打倒，因为他们认为幕府无可否认地对日本发展作出过很大贡献。温和派中，因好杯中物而素有“鲸海醉侯”诨号的土佐藩主山内容堂，便是“公武合体论”的鼓吹者，他觉得最好的办法是将天皇和幕府力量合在一起。至于这次会议，他则有着相当独特的看法。这不，会议开始不久，这位喷着酒气的一藩之主开始陈说自己的观点了。
他环视所有与会人员，然后质问为什么看不到德川庆喜及其部下的影子。他被告知：虽然德川幕府请辞将军之职且奉还大政于天皇，但朝廷对其真正意图尚不能明确知晓，故此次御前大会没有请他参加。山内容堂闻听此言，不满之语脱口而出：“这种做法实不公平。”在他看来，将德川等人拒之门外，实际上是岩仓具视、中山忠能等朝臣和萨摩、长州两藩的主意，他们定是趁天皇年轻而欺上瞒下，暗里调遣军队，以己之兵力护住京都，将支持幕府者拒之宫外，不惜以武力彻底消灭德川政权而取代之。此等狼子野心之徒，山内不屑与之为伍；但眼前革新大潮令他耳目一新，对日本前途充满期待，所以他不得不忍辱负重。但听到对方说到德川所谓的企图时，他再也按捺不住对岩仓等人的反感，冲口说道：“这难道不是在借着王政复古而满足某些人对权力的欲求吗？某些人大谈尊奉辅佐天皇，却以此为幌子来为自己谋得权位。”
山内话音刚落，坐在上方的睦仁天皇脸上闪过一丝奇异的神情，但转瞬即逝。岩仓具视见山内向其叫板，便愤而站起，厉声呵斥他竟敢在天皇御驾之前口出狂言，天皇何其英明怎能被臣子蒙骗。岩仓告诉山内，这次王政复古前前后后所有事宜均受天皇示下而为，所以，他认为山内容堂应就刚才的话道歉。山内迫于对方抬出天皇来，只得道歉。岩仓继续慷慨陈词，历数德川幕府“挟天子以令诸侯”的种种罪过。这一番言论立即得到大久保利通的高声赞同。虽然山内容堂不再言语，但与其持相同观点的其他几个人仍站出来为幕府说公道话。这些人担心王政复古刚开始便对幕府施以根除的做法，会有失公道，以致不能孚众望。以岩仓具视为首的强硬派对此忧虑不以为然，因为他们认为目前对王政复古最大的威胁仍然是幕府依然庞大的势力，所以，他们对温和派摆明局势：目前就德川庆喜的态度，明显是在以退为进，如果他真想奉还大政于天皇，那么就该立刻辞去所有官职，把其领地和对辖区民众的管辖权尽皆交出来。
就这样，针对是否根除德川幕府，倒幕派内部两大阵营一直唇枪舌剑争论到深夜。睦仁天皇一直很有耐心地听大家讨论，但他不免为会议能否最终得出一致意见感到担忧。终于，西乡隆盛忍无可忍了，他向大家亮出揣于怀中的短刀，沉声说道：“那就让这把短刀来做个决定吧！”这样一来，再加上温和派对于皇宫内外陈兵把守的畏惧，他们最终做出了让步。就在天皇舒展眉头的一刻，新政府的首次御前会议就如何处置德川幕府达成了一致决议：削去德川庆喜的所有兵权；剥夺他对其领地和属民的管辖权。
至此，本想试探天皇的德川庆喜落得一文不名，统治日本达265年的德川幕府轰然倒台，而日本幕府政权也在682年后的这一天走向消亡。德川幕府及其分布在全国的势力自然不会善罢甘休，德川庆喜虽说稍显软弱，但目睹德川家族的辉煌将在自己手下烟消云散，他也不能坐视不理。日本全国战云弥漫，形势一触即发。
1868年1月，京都得到消息，有人在萨摩藩纵火生事。在此之前，幕府中心地江户和其势力范围大阪都在盛传这一消息，幕府军极受鼓舞，纷纷请缨杀奔京都。眼见形势危急，京都也积极备战。睦仁天皇亲自观看了萨摩、长州、艺州和土佐藩藩兵的军事操练。当幕府叛军分两路发兵京都时，戊辰战争爆发。讨幕军见幕府军来势凶猛，便提前来到鸟羽、伏见两地迎击。幕府军人数远超讨幕军三倍，尽管讨幕军斗志昂扬，战斗仍胶着到深夜。不过，最终讨幕军获胜，并乘胜追击叛军，途中又陆续有那些原本观望的藩主引兵加入讨幕军行列。
眼看幕府大势已去，睦仁天皇宣布德川庆喜为“国家叛逆”。1868年2月，睦仁天皇颁布亲征诏书，率讨幕军直捣德川老巢江户。此时，已无心恋战的幕府军面对天皇御驾亲征的凌厉攻势，很快便败下阵来。天皇率军进入江户城。之后，天皇巡幸大阪，并在那里检阅了海军，从中见识了西洋舰队的威力。为了表彰在倒幕运动中有上佳表现的大久保利通等人，天皇还在大阪接见了这些功臣。大久保利通等人是泡在儒家思想里长大的，能蒙恩接受天皇接见，他们顿觉三生有幸。有感于年轻天皇的英气与魅力，大久保利通以玉来比喻天皇，并预言：假以时日，此玉定成大器。
当然，玉需雕琢方成大器，而此时，已掌日本政权的睦仁天皇正蓄势待发要来雕琢日本这块玉石了。
