很多企业的内部控制制度形同虚设，根本的原因是企业的内控设置存在很多的问题，基本上使得企业的内控处于失效的状态。下面来看一下企业存在的内控问题。
1.内部控制制度不健全
目前，多数企业的内部控制制度不够全面，没有覆盖所有的部门和人员，没有渗透到企业各个业务领域和各个操作环节，使企业会计工作秩序混乱、核算不实而造成会计信息失真现象极为严重。如不少企业常规票据分管制度、重要空白凭证保管使用制度、会计人员分工中的“内部牵制”原则都没有建立，甚至一些小企业没有正规的财会部门，会计、出纳、审核等事项由一个人包办。原始凭证的取得或填制本身就不合法，以此为依据编制的记账凭证、登记的账簿、出具的会计报表及一系列的会计分析等也就毫无意义。一些企业人为捏造会计数据，设置“小金库”，乱摊成本，隐瞒收入，虚报利润，恶意逃避税收等。所有这些，都与企业内部控制制度不健全密切相关。究其原因，主要表现为：与组织结构有关；与制度体系有关；与企业负责人有关。部门之间缺乏有效的协调和牵制，往往造成管理脱节，产生漏洞，使人有机可乘。
2.缺乏有效的监督机制
有的企业虽然有内部审计，却不能充分发挥职能。一些企业的业务经办人员、财会人员甚至高层管理者利用监督不力的漏洞，大量收受贿赂，大肆侵吞公款，利用虚假发票非法占有企业资金等。
3.对内控制度认识有片面性
内部控制制度是企业各个业务部门或人员，在业务运作过程中形成的相互影响、相互制约的一种动态机制，是具有控制功能的各种方式、措施及程序的总称，它绝不等同于规章制度，也不等同于内部管理，更不是组织计划。内部控制要以有效为前提，其关键是作为内控制度主体的经理和员工。由于一些企业的经理和员工对内控制度认识上存在偏差，导致企业认识不到内控制度的重要作用，造成企业的管理混乱。
4.内控制度行为主体素质较低
有些企业财会人员的思想教育、业务培训跟不上，一些根本不具备从业资格的人员混进财会队伍，思想素质差，业务一知半解，连正常的会计业务都处理不好，更谈不上内部控制制度的运用。一些企业老板对会计制度、会计准则一窍不通，却什么都是一个人说了算，这样肯定给企业造成不可挽回的损失，使本就资金紧张的企业举步维艰。
5.内部审计职能弱化
内部审计是企业内部控制制度的一个重要组成部分。有调查显示，为数不少的企业没有设置内部审计机构，即使具有内审机构的企业，其职能也已严重弱化，不能正确评价财务会计信息及各级管理部门的绩效。于是，各级管理部门更加有恃无恐，趁机钻了内部控制的空子。另外，内部审计机构职能的发挥从很大程度上取决于企业最高层的主观意愿。
以上是企业处于无效内控的状态所反映出来的问题。企业刚成立时，出现这样问题时表明企业一切都要完善。但是，目前也有相当一部分发展起来的企业也处于内部控制混乱的状态，这样势必会对企业的健康发展造成影响。如果是初创企业在成立初期更要建立科学的，适合企业发展的内控体系，让企业的管理始终处于一种主动的状态。这样才能更有效地避免日后给企业的管理带来一系列的问题，使得企业往高效健康的方向发展。
事实上，一套严密的内部控制制度的顺利实施，企业老板起着十分重要的作用。离开企业老板的高度重视，再好的控制体系也显得软弱无力而流于形式。许多企业老板不重视内控制度，其根本原因在于严密的内控制度不仅控制一般的员工，而且连自己也控制了。一些老板习惯于一人说了算，而不习惯受到限制，尤其是资金方面的限制，这就为内控制度的执行设置了障碍。所以要是想让企业能真走上健康发展的道路，企业老板必须以身作则，自觉接受内控制度的制约，力求使内控制度在企业内部随时发挥作用。
