隆武二年十月中旬，兴明军一万五千人，跋山涉水，翻梅岭，从平远入广东境，然而，未入韶州府城即被告知，隆武圣驾已至广州。韶州府又传两广总督丁魁楚军令，因韶州府地关紧要，命兴明军一部于此协防，其余各部兵发肇庆听用！
得到此令的兴明军高层立即炸了窝，张衡、范苍诸将立即大骂丁魁楚未怀好心，意图吃掉兴明军。上官云立刻认识到，此时广州形势恐怕很是复杂了。
上官云等人不知，在兴明军与行军路上艰难跋涉之时，隆武朝形势变化也颇为惊人。
先是郑芝龙不顾其子郑成功、其兄弟郑彩等人苦劝，终于投降清朝，大明失了福建全境。
起初，郑成功和郑鸿逵见既然无法改变郑芝龙投降清朝的决定，特别提醒他亲自前往清军大营所在的福州风险太大，不可轻率行事。然而，郑芝龙自以为在福建、广东海域拥有强大的水师，满洲贵族的军队擅长骑射，缺乏水上作战能力，势必像明朝皇帝一样借重于自己何况，二十年来通过垄断海上贸易积聚的巨额财富更使他驽马恋栈。他不听劝告，带了五百名士卒到达福州，谒见贝勒博洛。见面之后，博洛伪装出一副仰慕已久的样子，对他大加赞赏，还折箭为誓，许以重用。欢饮三天之后，博洛忽然在半夜传令拔营回京，命郑芝龙随军北上。芝龙心知中计，但已经轻入虎穴，随身所带士卒被安置于别营，自己孤身一人只好听凭博洛摆布了。
郑芝龙只好委婉地向博洛求情，表示就他个人而言既然已经投降清朝，进京“面圣”正是自己的愿望；不过，留在福建沿海的长子和兄弟拥有相当兵力，自己一旦进京，呼应不灵，恐怕海上从此多事。博洛的估计同他正好相反，以为掌握了郑芝龙，郑氏家族群龙无首，又不能不为芝龙的安全着想，必然惟清朝之命是听。因此，他让芝龙当面写了几封信，借以招抚郑氏子弟和部将，并且对芝龙说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”这样，郑芝龙在清军严密监护下被送到了北京。但清廷食言自肥，仅授予他一等精奇尼哈番的空头官衔，拨入旗下，实际上遭到软禁。正所谓聪明反被聪明误了！
博洛回京之前，确实利用了郑芝龙的声望招降其旧部，奉芝龙之命降清的有武毅伯施福、澄济伯郑芝豹和部下总兵十员，兵将数万，均被调往已从浙江赶来的李成栋部听用。
而得到了隆武帝消息的郑彩、郑成功带着所部不足万人重新归于隆武治下，张肯堂部数千兵也驻于惠州，俱受丁魁楚节制。
当是时，丁楚魁亲迎圣驾于广州。饱尝颠沛流离之苦的隆武帝等人终于到一繁华安定所在，此时的隆武朝，坐拥两广、两湖一川之地，外有大顺军和大西军残部联合，且因为隆帝的存在，避免了史上绍武、永历之争，朝庭还有些实力。
朝堂上，路振飞审时度势，力辞首辅之位，全力保举丁魁楚。隆武帝为了得到两广兵力支持，终于诏丁魁楚为兵部尚书、东阁大学士位居首辅，路振飞为文渊阁大学士、吏部尚书，张肯堂为大学士、左督御史，吕大器为大学士、督军兵部尚书，瞿式耜为兵部右侍郎、广西巡府等。任民育、苏观生、陈邦彦、马吉翔以下勋臣贵戚济济一堂。
朝堂外有督师大学士何腾蛟、章旷，忠贞营李赤心部，水师郑彩叔侄，及张家玉、陈子壮一帮能臣武将及各路督府。这些实力整合起来，隆武朝拥兵五十万。而此时兴明军部真是可以忽略不计了。
然而，隆武朝刚一安定，廷争又起。首先是隆武新旧臣子之争，旧臣自然是以路振飞、张肯堂、任民育等人一路；新臣自然以丁楚魁等人为首。
路振飞等人以靖难之功得隆武宠幸，而丁楚魁等手重兵的实力军阀又是隆武帝不得不倚重的大臣。然后是，各路军官的粮米、兵饷之争，隆武朝数次征兵，但军饷是个问题。这样镇守一方的文臣和带兵武将多有抵触，扯皮官司打的两部堂官焦头烂额。
此时的福建军以李成栋为主，正在消化降兵，加强官府建设，对两广虎视眈眈。两湖战事稍平，双方都在积蓄力量，以图决战。
此前，赣州一役，督师万元吉、大学士杨廷麟以六千兵守城终被攻破，投水殉国，万元吉也投水而死，郭维经入嵯峨寺*死，同时遇难者有翰林院兼兵科给事中万发祥、太常寺卿兼守道彭期生、吏部主事龚棻、兵部主事王其宖、黎遂球等官绅三十余人。清军凭借有限兵力攻陷赣州，固然在很大程度上是由于明朝督师万元吉部署不当，但湖广总督何腾蛟的坐视不救也是重要原因之一。
外患难平，内争又起，再加上马吉翔等一些投机分子群而争之，朝堂内外，真是混乱不堪了。更让各位大臣忧心的是，隆武帝自汀州以来，因逃难时于梅溪落水，受大寒，身体每况愈下。
隆武帝在给永明王朱由榔的手札中写道：“……国事飘摇，体格难坚，朕子不及满岁，万事忧心，恐大去之期已至。永明神宗嫡孙，正统所系，后当属尔。”
隆武帝在往汀州逃亡时，即已有此言，现在又和朱由榔如是说。本是不传之言，但朱由榔身边太监王坤得到此讯却如获至宝，四处散播，一时廷内外众说纷纭。这王坤本不是什么好鸟，当弘光灭亡时，只身投隆武并要未获重用，哪知却得遇逃难中的朱由榔，得入朱由榔的王府，甚得厚爱。这投机小人，当然想从中获利。
这些情况，兴明军中诸人哪里料得到。但眼前一件大事，便是丁魁楚的号令听是不听。上官云心想，现在不翻脸恐怕到了肇庆还得翻脸，还不如仗着有些皇恩，厚着面皮拖上一拖。但得讲些策略罢了。
兴明军扎于城外的当夜，营中便因缺饷之事闹起了“兵变”，颇有把战火引入城中的架式，上官云连忙向韶州府求援，言道：“请以韶州府库为解兴明军半年军饷之空缺。”那韶州府也不是好相与的，他于城头见那兴明军营中兵士如临大敌，刀枪在手，火铳上架，甚至摆出了攻城之势，再联想到白天所见，兴明军军威甚壮的情景，心中已明白了上官云心意。
无奈，只能以府中资用缺乏为由，进行推托。至此，再也不提调拨兵士之事。上官云又道：“可否允许兴明军入城中向大户借些银两？”
韶州府鼻子都气歪了，又不能撕破脸皮和兴明军干一架，更不便发函求援。只得拿出两千两银子破财消灾，送瘟神出韶州。一面又急信往兵部、内阁状告兴明军。等到兴明军开到肇庆时，内阁和兵部分别收到了韶州府的折子。
在路振飞等隆武老臣看来，兴明军的存在无疑增加了他们在朝堂上说话的份量，丁楚魁未经廷议便要瓜分兴明军实是在挖他们的墙脚。如果隆武帝仍然康健的话，他们并未认识到这样一个军事存在的重要性，但从隆武帝身体状况来看，真不乐观了。
所以，内阁中因这份折子，便吵闹了起来。任民育认为，兴明军乃史督师遗部，从扬州乱军突出，又参与名震江浙的江阴防守战，在江南几挫敌锋，今又有护驾之功，圣上亲封主官上官云为靖难伯，此等劲旅理应放于重镇为防守主力，守护一方。
丁楚魁则从两广地区统一攻防角度出发，认为，在这一盘棋下，任务势力都必须服从兵部也即总督府的居中调度，如果各自为战，则无疑是重蹈两湖之覆辙。
路振飞反驳，既然明白形成合力的重要性，那便应当认识到让兴明军分散驻防，各不统领，严重削弱了这支军队的战斗力。
众人争持不下时，马吉翔跳了出来。他指出，韶州传来的兵变事件说明兴明军并非像路振飞、任民育所说的那样能征善战。这样部队放在关键部位危害顿生。
大家吵得不可开交，却没人想去交于圣裁。丁楚魁好不容易才将兴明军打入冷宫，可不想再被隆武帝给召回来。而路振飞担忧于圣上龙体的安康，不想因为这样的小事再去烦他了。
吕大器见惯了众人表面上打着维护朝廷实是利益相争的嘴脸，心中十恼分火。但不能总是纠缠在这样的事件中吧！最后提出折衷方案：兴明军仍作为独立军队存在，可置廉州或雷州一府驻防，大家实在是不好意思提出将兴明军安置在琼州那样的海角天涯了。众人终于接受了这样的调停方案。由此事可窥隆武朝廷全貌，就这样，兴明军这支奶奶不疼爷爷不爱的百战之军被边缘化了。
