冈村隐居王文成家一连四个月，除了《中央日报》以外的全国各地报纸纷纷发表文章，南京、上海、北平、广州、武汉的街头巷尾，不时地出现传单、漫画和标语，一齐对国民党政府庇护冈村的倒行逆施行为进行质问、谴责和讽刺。
八月十日上午，戴笠飞机失事死后，继任国防部保密局局长的毛人凤，心慌意乱地拿着刚从南京街头墙壁上撕下来的四幅题为《穿连裆裤》的石印漫画、两幅题为《在青天白日下》的木刻漫画去见蒋介石，要求蒋介石批准保密局进行侦破，逮捕漫画的制作者和张贴者。
蒋介石沉默不语，铁青着脸，先拿起石印漫画看了看，见上面画着他的右胳膊挽着冈村的左胳膊，两人笑逐颜开地共穿一条连裆裤。木刻漫画上，画着冈村跪着匍匐在地上，身上覆盖着国民党的青天白日党旗，只露出个破裤裆裹着半个屁股和两只光脚板。使毛人凤感到意外的是，蒋介石既没有习惯地骂“娘希匹”，也没有同意他的意见。只冷冷地说：“你们不要大惊小怪，唵！个这个，派人把这些画撕掉就行了，唵！”
舆论是可怕的。毛人凤走后，他给何应钦打电话：“是敬之兄，唵，你们国防部，还是让冈村宁次住到江湾战犯监狱去。这个这个，应该向他说明，唵，这样做，可以说是保护拘留。另外啦，唵，在适当的时候，要对他进行必要的审讯，希望他能够理解，唵！”
冈村在八月十一日的日记里写道：“国防部派吴永明先生来上海，通知我入狱，并转告蒋委员长与何学长对我的关怀。我完全理解，并深深感谢他们。”
为了入狱方便，冈村剃了光头。他在八月十四日的日记又写道：“在监狱，可能两个月难理一次发，故今日剃了光头。想到社会舆论对中国政府的压力，今日入狱，于心始安。一进监狱，我老是想着小姑娘王宝敏。”
在监狱里，冈村住着一卧室一卫生间的小套间，不仅可以会客，而且可以在院内自由走动；监狱还派一名叫邬志文的中年人为他做饭菜、送茶水、扫地和洗衣服；中山博士仍与过去一样，每天为他检查一次身体。上午十点以后，房间里的气温比较高，邬志文就将藤睡椅搬到树阴下，让他躺在上面看书报。冈村对前去看望他的汤恩伯说：“一切都与我住在自己家里一样自由和方便，丝毫没有蹲监狱的感觉。”
南京审判战犯军事法庭决定八月二十日对冈村进行公审。先天晚上八点左右，典狱长孙介君遵照何应钦的意见，将有关情况告诉冈村：
“本来，蒋总统无意使冈村先生受审，但考虑国内外舆论，不得已而为之。让先生受审，仅仅是一种形式而已，不要存在任何畏惧心理。蒋总统与何部长、汤司令都说过，希望先生在受审时，对中国人民在八年抗日战争中遭受的痛苦要表示痛心，以求得中国人民的谅解。”
“好，好！”冈村很激动，“我遵嘱照办。”
临时法庭设在塘沽路上海市参政会礼堂。审判台上用麻绳吊着四个孤零零的大字：“公审大会”。
这种布置，独具匠心：既含糊又不含糊；既说明问题，又不使冈村受刺激，恰到好处。
台下坐着一千二百余人，他们是各省市的代表，军队代表，各驻华使馆代表和新闻记者。
八点四十五分，身着黑色法衣的军事法庭庭长石美瑜，法官叶在增、葛召荣、李之庆、宋书同，检察官陈光虞，书记官张体坤，在台上前排座位上就坐，指定辩护律师江一平、杨鹏、钱尤生坐在第二排座位上。
五分钟之后，身穿深灰色西服，头戴同样颜色礼帽的冈村宁次，由四名法警押入法庭。他抬头望了望悬挂在审判台上的四个大字，心里获得几分慰藉，步子也迈得坚实了。他摘下礼帽向台上深深一鞠躬，又向台下深深一鞠躬，然后提着礼帽面对台上立正站着。
九点正，石美瑜宣布开庭：“公审大会开始！下面，由被告说明自己的姓名、性别、年龄、籍贯和身份。”
翻译将这句话译成日语说给冈村听后，他沉沉地点了一下头：“是！本人是冈村宁次，男，六十六岁，日本东京人，前日本驻华派遣军总司令，陆军大将。”
石美瑜说：“现在，由张光虞检察官宣读起诉书。”
起诉书说远不说近，说轻不说重，而且非常抽象：
“被告在华时间长达十六年之久，较之其他战犯的犯罪事实要多。民国十四（一九二五）年至十六（一九二七）年任皖系军阀孙传芳的军事顾问，为孙传芳割据浙、赣、皖、闽、苏五省出谋划策，破坏中国的统一。翌年，他任日军步兵联队长，参与由大仓利通师团长指挥的攻打济南的战争，屠杀中国军民五千余人，中国政府派交涉员蔡公时等十七名外交官前往济南与日军交涉，结果蔡被日军割掉耳朵和鼻子，几天后蔡与十六名外交官惨遭日军杀害。”
陈光虞念到这里，冈村按照蒋介石等人“要表示痛心”的吩咐，呜呜咽咽哭了起来，又向台上台下各鞠一躬。他抹着眼泪说：
“我有罪，我有罪！虽然攻打济南由大仓指挥，在那里实行大屠杀和割掉蔡公时先生的耳鼻是他的主张，但我应该劝阻。可是，我没有这样做。有罪，我有罪！”
他连捶两下胸脯，把罪责完全推到大仓利通身上。
石美瑜一击惊堂木：“等起诉宣读完了你再说！”
“我一心只想到自己的罪行，竟忘记了法庭的规矩，敬请原谅！”他向石美瑜鞠一躬。
陈光虞继续念道：“民国二十一（一九三二）年，被告作为上海派遣军副参谋长，参加侵占上海的战争，使四千多个无辜市民死于非命。翌年五月，被告与中国代表熊斌签订了《塘沽协定》，使日军进一步控制了华北。被告出任关东军副参谋长时，为伪满洲国的所谓独立出谋划策，又一次破坏中国的统一。”
关于冈村在华北、华中地区实行残酷的“三光政策”，起诉书一字不提。
陈光虞最后说：“被告率部驻华北期间，以及后来任驻华派遣军总司令期间，多次发动侵占中国领土的战争，给中国造成不可估量的损失。”
石美瑜说：“下面由辩护人江一平律师为被告辩护。”“庭长先生！不用辩护人为我辩护。”
冈村显得很沉痛，“起诉书说的全是事实，我一概承认。我深深感到对不起中国人民。”
他又哭起来：“不论法庭怎样对我量刑，我都甘领甘受！即使判我死刑，我也是死有余辜！”
历时四十分钟的公审，谁也没有直呼冈村宁次的名字，颇有点礼貌相待。
石美瑜宣布被告退庭后，冈村哭哭啼啼离开法庭。
当天晚上，冈村怀着复杂的心情，给在日本大东亚省任课长的长子冈村忠正写信：
“今天，我第一次受审，开始不免有些紧张，但听完检察官念的起诉书之后，紧张的心情就消失了。按起诉书的陈述，无论如何定不了我的罪。不过，我还是按照中国政府有关领袖的叮嘱，在法庭上显得十分沉痛，居然三次流了泪，连我自己也不知道这泪是怎么流出来的。但我注意到了，我的眼泪并没有打动多少与会者的心。关于我的问题，最大的矛盾是中国最高当局与老百姓的看法不一致。然而，我相信，只要中国的现政权不被共产党所取代，我就有生还故土的希望。遗憾的是，中国正在进行的这场内战，国军屡战屡败。因此，我仍忧心忡忡。”
正因为如此，当一九四九年一月蒋介石下野时，冈村如丧考妣似的痛哭了一场，而且伤心得一连两天只吃下两个馒头。何应钦知道后，派秘书王顺民去监狱安慰他。王顺民对冈村说：
“何部长说，蒋总统名义上引退，但中国的实权还掌握在他手里，请冈村先生放心。本来，政府早就想宣布先生无罪回国，但考虑国际法庭对一批定为甲级战犯的人尚未做出最后的判决，让先生回国十分不利，所以仍让你暂时留在中国。”
“依王先生判断，我什么时候能够回国？”冈村问。
王顺民说：“估计快了。”
辽沈、淮海、平津三大战役结束后，解放军兵临长江，严重威胁着南京。一月二十日晚上，代理总统李宗仁与刚回到溪口老家的蒋介石通了电话，决定国民政府迁往广州。第二天，何应钦偕同曹士澂飞抵溪口，为在押战犯的处理向蒋介石请示。
曹士澂向蒋介石报告说：“我们从东京引渡的乙、丙级战犯和自己逮捕的战犯五千二百五十六人，已被判处死刑的一百四十五人，病死监狱的四十七人，被判无期徒刑的一百四十九人。已经调查不能定罪的四千九百一十五人，已陆续释放了三千二百五十一人，还有一千六百六十四人，外加冈村宁次。”
“我们来见总统，就是请示这些战犯如何处理，冈村先生是否可以在最近宣布无罪释放。”何应钦说。
蒋介石煞有介事地说：“我已经引退回家当老百姓了，唵，不要叫我总统。”
“不！”何应钦显得很深情，“你现在是、将来仍然是党国唯一的领袖！那就允许我叫领袖吧。”
“你们向德邻（李宗仁）兄请示过没有，唵？”蒋介石问。
何应钦说：“请示过。是他吩咐我们来见领袖的。”
“我看啦，唵，不能定罪的就统统释放，冈村同样释放，唵！”蒋介石说：“请敬之兄转告冈村先生，以后我还要聘请他当顾问的，唵！”
一月二十四日晚上十时，仍在上海市参政会礼堂，由石美瑜主持对冈村进行第二次也是最后一次审判。审判是在小范围内进行的，只有二十一名中国记者在场。
十点过五分，石美瑜宣布判决书：
“本案被告于民国三十三（一九四四）年十一月二十六日接任驻中国派遣军总司令。所有长沙、徐州各会战日军之暴行，以及酒井隆在广东之犯罪，松井石根和谷寿夫在南京之大屠杀，均系被告到任之前发生的事，与被告无关。被告在任期间，中国军队作战大有发展，日军陷于孤立，战争意志丧失。虽然驻湖南、江西、浙江等地之日军曾发生过零星罪行，已由该驻军直接上级落合甚九郎、菱田元太郎等承担责任，本庭已分别判刑，现在服刑中。以上零星罪行无以证明与被告有联系，因而不应负共犯罪责。日本投降后，被告立即停战，率百万大军奉命投降。综合以上各项，依法判处被告无罪。”
冈村两眼噙着泪水听完宣判，向台上台下各一鞠躬：“衷心感谢中国政府宽大为怀，衷心感谢中国政府宽大为怀！”
一月二十日，中共中央发言人关于命令国民党政府重新逮捕冈村宁次的谈话发表时，冈村已由十名中国便衣武装保护乘轮船到了日本福冈。
这些，都是三个月以后的事了。
现在，再回到一九四八年十月十五日上午九点左右，蒋介石又收到国际法庭发来的电报：
“十四日复电敬悉。待冈村宁次病情好转，请嘱其就东条英机、小矶国昭之犯罪写一证词。对甲级战犯的最后审定在即，证词请于本月二十五日前派专人送国际法庭。”
蒋介石在电报上批了“请曹士澂先生照办”之后，起身在房间里边踱步边想：哪些人将被定为甲级战犯？
