廷杖，即是在朝廷上行杖打人，是对朝中的官吏实行的一种惩罚。最早始于隋朝，又一说是唐代，在金朝与元朝普遍实施，明代则实施得最著名。明代往往由厂卫行之。成化以前，凡廷杖者王去衣，用厚绵底衣，重毰迭帊，示辱而已，然犹卧床数月，而后得愈。正德初年，逆瑾（刘瑾）用事，恶廷臣，始去衣，遂有杖死者。
廷杖分“用心打”和“着实打”，至于采取何种打法由监刑官按皇帝的密令决定，如果监刑官脚尖张开，那么就是“着实打”，可能会导致残废，而如果监刑官脚尖闭合，那么就是“用心打”，则受刑的大臣必死无疑。
明代的廷杖始于明太祖鞭死开国元勋永嘉侯朱亮祖。朱亮祖父子作威作福，多为不法，罪有应得，但朱元璋却开了廷杖大臣的先例。此后明成祖永乐时期废此不行，但朱棣死后十几年，明英宗就恢复了廷杖。
万历想立郑贵妃的儿子为太子，但遭到大臣们的极力反对，当时太子又叫国本，因此，这次斗争又称为国本之争。最后万历被激怒了，上疏干涉皇帝“私生活”的礼部尚书洪乃春被拖到午门外廷杖六十。这以后廷杖几乎成了万历对付那些对他和郑贵妃之间的关系敢于置喙的大臣们最主要的手段了。明黄道周《节寰袁公（袁可立）传》：“及在御史台，值他御史触上怒，将廷杖，诸御史诣政府乞伸救，辅臣以上意为辞。”
“国本之争”前后争吵达15年，使无数大臣被斥被贬被杖打、万历皇帝身心交瘁、郑贵妃悒郁不乐、整个帝国不得安宁。直到福王赴洛阳就藩才算告一段落，但万历悲痛欲绝，他感到自己虽贵为天子，而终被群臣所制，让爱子离京而去。
就像黄仁宇先生指出的那样，大臣们被杖之后，立即以敢于廷争面折而声名天下，并且名垂“竹帛”。死是人人都惧怕的，但只是屁股上挨几板子就可以名垂千古。因此，不管朝廷讨论的事情是对是错，纯为反对而反对，而冒险骗取廷杖的也大有人在。
被廷杖的大多是一两个人，但在正德年间明武宗创过一百零七人同时受杖的纪录，而时隔不久，这个纪录就被打破，嘉靖皇帝同时廷杖134人，其中16人当场死亡。上百人被扒下衣服，排在太和殿下，上百根棍子同时起落，一时间声响震天，血肉横飞。而廷杖的缘由也是无所不有。劾严嵩，论妖僧，谏万贵妃干政，要廷杖；谏元夕观灯，谏武宗南巡，谏嘉靖勿服金丹，也要廷杖。正德年间，十三道御史弹劾刘瑾，上一本的杖三十，上两本的杖六十，而上三本的每本各杖六十，不等杖完，人就死了。大宦官刘瑾就曾在午门杖死过23个大臣。
1519年，群臣劝说皇帝不要到江南游玩，惹得皇帝大发雷霆，对劝阻的146名大臣加以杖责，结果打死了11人。
中国古代有“太子者，国之根本”之说，所以关于太子册立的异议被称为“国本之争”，又称“争国本”。朝廷大臣按照明朝册立长子为太子的原则，大多拥戴皇长子朱常洛，然而明神宗宠爱郑贵妃，有意立郑贵妃的儿子朱常洵为太子，这受到大臣与慈圣皇太后极力反对。由于明神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。朝中上下也因此分成两个派别，明神宗与群臣争论达15年之久。朝中的空气里弥漫着浓浓的火药味，紫禁城上空阴霾笼罩。
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历代王朝宫闱斗争永恒的主题无非是争夺皇位继承权，明代也不例外。万历朝围绕皇太子接连发生了“妖书案”、“梃击案”、“红丸案”，以及他死后的“移宫案”等，后三案被人们称为晚明三案。案情扑朔迷离，往往让人如坠云里雾里，晕头转向，不知所云。作为三案的导火线和前奏，妖书案是了解万历朝宫廷斗法的重要事件。那妖书案究竟是怎么回事呢？
明代宫女图万历皇帝由于宠信郑贵妃，于是便挖空心思讨好郑贵妃，爱屋及乌的结果是想立郑贵妃所生的皇三子朱常洵为皇储，而不愿意册立王恭妃所生的皇长子朱常洛为太子。明制有嫡立嫡，无嫡立长。终明一代，废长立幼都会被认为是大逆不道，几个为之奋斗的皇帝没有一个成功的，万历皇帝也不例外。
在外廷大臣看来废除皇长子是不合祖宗法度的，因此屡屡向皇帝谏诤，尽快册立皇长子为太子，称为“争国本”。皇帝却寻找种种借口拖延，借口之一，皇长子的生母是宫女出身。宫中的慈圣皇太后李氏（万历皇帝的生母）也有所闻，由于与长孙生母经历相似，她特别心疼长孙。有一天，万历到慈宁宫向母亲请安，母子之间发生这样一场对话：
太后说：“外廷诸臣多说该早定长哥（宫中称呼太子为长哥），皇帝打算怎么办？”
万历漫不经心地答道：“他是宫女的儿子。”
这下触到太后的伤心处，正色训斥道：“母以子贵，宁分差等？你也是都人的儿子！”
这一下点到了要害。原来万历的生母李氏，也是宫女出身，早年以宫女身份为隆庆皇帝生下了朱翊钧（即后来的万历皇帝），才进封为贵妃。万历自知理亏，如果因为宫女所生不能册立为太子，那么他本人根本就不可能当上皇帝。听了母亲的训示，他惶恐万状，伏地请罪不已。有了亲奶奶给撑腰，朱常洛才勉勉强强保住皇太子之位。
皇长子朱常洛，生于万历十年（1582年），十三岁那年（万历二十二年）才出阁讲学，即接受正规皇太子教育。因为是“庶出”，加上母亲地位低下，太子母子在宫中的日子过得很艰难，与其兄弟备受宠爱形成鲜明的对比。就连基本的皇帝教育也一拖再拖，实在拗不过廷臣的一再谏诤，万历才批准其出阁讲学，四年后举行冠礼，再过三年册立为皇太子，这条路一波三折，过于颠沛，后人李逊之《泰昌朝记事》概括为一句话：“一切典礼俱从减杀”。
李逊之
字肤公，江阴（今属江苏）人。是明代天启年间遭党祸为魏贤所害的东林党领袖、御史李应升的儿子。明亡后，自称为“江左遗民”，专心治史。将明末党争之事，以其亲身经历，加上各种稗官野史之说综合而成《三朝野记》。
朱常洛虽然成为皇太子，但日子并不好过。一方面父皇并不喜欢他，另一方面郑贵妃处心积虑想更换太子。皇太子朱常洛的处境岌岌可危，引起朝野上下忧心忡忡，于是乎有所谓“妖书案”的发生。
所谓“妖书”其实称不上“书”，不过寥寥数百字的街头小广告。这件事还要从另一本书说起。明代冬烘先生吕坤把历史上的“列女”事迹编成一本书，题名《闺范》。不久太监购得此书，传入宫中。郑贵妃眼红，决定跟风做本书，请人捉刀代笔增补了十余人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃终篇，并加写一篇序文，嘱托其伯父郑承恩及其兄弟郑国泰重新刊刻，书名改《闺范图说》。
吕坤撰闺范郑贵妃把自己列入“闺范”之中，意图十分明显，无非是想借此抬高自己的地位。不料有人把两书混为一谈。万历二十六年（1598年）有一个托名燕山朱东吉的人，为《闺范图说》写了一篇跋，把一本经过别人篡改的议论妇女道德的书，加以政治化、现实化，从而引起轩然大波。
原书作者吕坤蒙不白之冤，立即写了《辩忧危议疏》向皇上辨白：
“先是，万历十八年臣为按察使时，刻《闺范》四册，明女教也。后来翻刻渐多，流布渐广，臣安敢逆知其传之所必至哉？伏乞皇上洞察缘因《闺范图说》之刻果否由臣假托，仍乞敕下九卿科道将臣所刻《闺范》与（郑）承恩所刻《闺范图说》一一检查，有无包藏祸心？”
显然，他表白自己编写的《闺范》后来被人改头换面成《闺范图说》，与他无关，不能说成他自己偷偷送进宫里，企图“结纳宫闱”。
吕坤当然是无辜的。由于事情牵连到郑贵妃，万历皇帝想方设法淡化此事，使事态渐次平息。因此这本“妖书”——《忧危议》，并未引起政坛的震动。到了万历三十一年（1603年），又冒出一本《续忧危议》，旧事重提，终于酿成晚明史上有名的“妖书案”。虽然文章不长，却好像一颗重磅炸弹，使政坛为之震动。
《续忧危议》用皇太子岌岌可危的处境大做文章，指责郑贵妃企图废太子，册立自己的儿子为太子。揭帖一针见血地指出东宫（指太子）虽立，却是在被迫的情况下的权宜之计，皇帝三心二意，时刻准备撤换储君。接着还推测说，皇帝打算以福王（即朱常洵）取代皇太子，原因是“母爱者子贵，以郑贵妃之专擅，回天转日何难哉”。又说，“夫在朝在野，固不乏人，而必相朱者，盖朱名赓，赓者更也，所以寓他日更立之意也”。接下来，列举了附和朱赓的九个文武大臣，“而又有郑贵妃主之于内，此之谓十乱”。总的意思是说，皇帝不得已册立朱常洛为皇太子，但太子居住的东宫及其规制都不具备，因此储位未妥，国本未固，在“十乱”的活动之下，不知什么时候太子就会被废掉，而改立郑贵妃之子朱常洵为太子。
一夜之间，这份小广告传遍京城，上至宫门，下至街巷，到处都有，一时间舆论大哗。人们看到这份类似传单的东西，指名道姓议论当时政治中最为敏感的话题。郑贵妃打算由自己的儿子取代太子的事情毕竟不是什么上得了台面的事情。即使郑贵妃没有此意，被人公开讨论，皇家的脸面还往哪里摆？更何况还说到她的痛处，想必她一定梨花带雨地在万历面前拼命表白了很久，并请求皇帝为她做主，找到这多事的家伙。
《续忧危议》中指名道姓提到的次辅朱赓，为了避嫌，他赶紧诚惶诚恐地把它呈送皇帝，并且附上一份申辩书：“臣以七十衰病之人，蒙起田间，置之密勿，恩荣出于望外，死亡且在目前，复更何希何觊？而诬以乱臣贼子之心，坐以覆宗赤族之祸。”
万历皇帝接到奏报，一面对朱赓加以安慰，说这是不诡之徒无端造谣，一面下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门立即侦察肇事者。由于“妖书”涉及太子的废立问题，惟恐太子朱常洛惊恐不安，特地召见他，安慰道：“哥儿，你莫恐，不干你事。但去读书写字，早些关门，晏些开门。”又说：“近有逆恶捏造妖书，离间我父子兄弟天性亲情，动摇天下。已有严旨，缉拿以正国法。”“妖书”不仅震动了内宫，而且震动了外廷。内阁首辅沈一贯、次辅朱赓，鉴于“妖书”把他们说成是郑贵妃的帮凶，为避嫌疑，都待罪在家。
内阁中只剩下沈鲤一人主持日常工作，外间便把猜疑集中到沈鲤身上。与沈鲤本来就有嫌隙的沈一贯，要化被动为主动，乘机打击沈一贯，说“妖书”出于沈鲤的门生、礼部右侍郎郭正域，指使给事中钱梦皋上疏诬陷郭正域、沈鲤与妖书有牵连，主张严查到底。
郭正域
（1554～1612年），字美命，江夏人，明朝政治家。神宗万历十一年（1583年）进士，博通经籍，勇于任事，有经济大略，人望归之，与沈鲤、吕坤同被誉为万历年间天下“三大贤”。
达观
明代名僧，名真可，字达观，与憨山和尚同参曹溪并相善，后隐居天台山，又去五台山修行，行高洁，为一时名僧。
沈令誉
游医，明代四大高僧之一紫柏禅师俗家弟子，名医缪仲淳的门生。
京营巡捕陈汝忠受沈一贯之命，逮捕了和尚达观、医生沈令誉，欲从这些人口中引出郭正域。结果达观和尚被拷打至死，沈令誉受刑后奄奄一息，都未招供。三法司（刑部、都察院、大理寺）的官员又把郭正域的同乡胡化抓来，要他诬陷郭正域、沈鲤，胡化拒绝招供。
皇太子朱常洛得知郭正域因“妖书案”被诬陷，十分焦虑不安。郭正域曾经当过他的讲官（老师），深知其为人，多方为之鸣冤，又传话给提督东厂太监陈矩：“饶得我，即饶了郭先生吧！”后来还是陈矩鼎力平反，郭正域才免遭陷害。
万历皇帝朱翊钧“妖书案”迟迟无法侦破，东厂、锦衣卫压力与日俱增，不得不加紧搜索。最后抓了一个替罪羊皦生光，被判凌迟处死，再枭首示众。理由是：“生光捏造妖书，离间天性，谋危社稷。”就这样，无辜的生光被糊里糊涂凌迟处死，然后枭首示众，他的妻妾、儿子都发配边疆充军，皦生光成了“妖书案”的一个替死鬼。就连沈一贯、朱赓对“妖书”出于皦生光之手也难以置信。他们曾就此案向皇帝表明：有关皦生光的证据，“空洞繁言，无足推求事实”，“含糊难明”。
然而参与会审的官员却振振有辞，不过他们的定案有如儿戏。据《先拨志始》记载，参御史余懋衡向众官员宣布他定罪的依据是：“昨梦观音大士说：‘妖书系生光在场的人听了莫不匿笑’，”此话传到宫中，皇帝听了也为之倍感荒唐。据《罪惟录》记载，另—个参与会审的御史沈裕为了急于了结此案，曾厉声对皦生光说：“恐株连多人，无所归狱。”听了这样的诱供，皦生光不得不自己“诬服”，以后也不再翻供。他叹息道：“我为之，朝廷得我结案已矣，如一移口，诸臣何处乞生？”冤案的真相已经跃然纸上。
《罪惟录》
明末清初史学家查继佐（1601～1676年）撰。原名《明书》，后因遭文字狱牵连，以“获罪惟录书”而署书名。皦生光虽然是一个落魄文人，屈打成招后，却很有骨气，始终没有顺从厂卫及三法司官员的意图，随意攀诬他人。提督东厂太监陈矩在向皇帝汇报时，承认皇上要追究幕后主使人的旨意难以实现，无可奈何地说：“（生光）忍刑辗转，书内词名一字不吐。”
刑部尚书萧大亨想讨好皇上，再三诱使生光扳扯“同谋主使之人”，皦生光拒不服从，在会审时，萧大亨把写好的纸条塞入刑部主事王述古袖中。纸条上写着这样几个字：
“脱生光而归，罪（郭）正域。”
王述古正色拒绝：“狱情不出囚口，出袖中乎？”
皦生光死后，舆论界普遍认定，“妖书”并非生光所作。当时有人说，“妖书”出于武英殿中书舍人赵士桢之手。赵士桢一向慷慨有胆略，“妖书案”发后，杜门不出。据说，皦生光凌迟处死后，赵士桢精神错乱，屡次梦见皦生光索命，一病不起。又传闻，赵士桢临死时，“肉碎落如磔”。所谓“肉碎落如磔”云云，当然是民间关于因果报应的街谈巷议，不可当真。
依常理推测，一个落魄的秀才，怎么能写出这篇涉及“国本”的政论文《续忧危议》。能撰写此文者，非得熟悉宫廷内幕及官场上层动态不可，区区生光断然无此能耐。然而，“妖书案”则是政治的晴雨表，反映出当时朝野上下对于皇太子地位不稳的一种忧患意识，力图以曲折的形式表明舆论的压力，迫使郑贵妃不敢贸然废太子。包括一部分参与会审的官员在内，都不愿在此案中株连无辜的所谓“主使人”，而铸成大错。既然抓住了皦生光，又有刻字匠为人证，案犯又供认不讳，此案便草草了结，是无奈中的上策。对于皇帝来说，真犯究竟是谁并不重要，把“妖书”舆论压下去才是当务之急。因此对于皦生光的处理，他不同意论斩，偏要凌迟以后再枭首示众，着意要造成一种威慑气氛，使后人不敢再在郑贵妃的问题上说三道四。
“妖书案”虽然以这种奇特的方式了结，但是它的政治后遗症，却长期持续。上层官僚的派系门户之争愈演愈烈，沈一贯一派与沈鲤一派的矛盾浮出水面，由暗而明。此后的“梃击案”、“红丸案”莫不如此，拉帮结派，以此为话柄，互相攻击。正如李逊之《泰昌朝记事》所说：
“光庙（朱常洛）在东宫，危疑特甚，有前后妖书事，皆宵小辈窥伺内意，以为神庙（万历）必有易储之举，以此构衅造间，且肆毒朝绅，各剪所忌，而门户主名立矣。”
