l989年3月，叶利钦辞去部长职务，去竞选人民代表，结果以很高的得票率当选。5月25日，苏联第一次人民代表大会开幕，叶利钦没有被选进最高苏维埃（议会）。为此，莫斯科发生了群众示威，结果西伯利亚一位当选者把位置让给了叶利钦。进入议会以后，叶利钦以反对派首领的身份出现，向戈尔巴乔夫步步进逼。
l990年3月，叶利钦当选为俄罗斯人民代表以后，便有意问鼎最高苏维埃主席。5月29日．叶利钦达到了这个目的。他是以强调俄罗斯主权而当选的，所以当主席之后不久．就通过了“俄罗斯联邦国家主权宣言”。在1990年7月的苏共二十八大上，叶利钦宣布退出苏联共产党。
1991年6月12日，俄罗斯举行第一次全民直接选举总统，叶利钦以绝对多数票当选俄罗斯联邦首任总统。
叶利钦当选为俄罗斯总统以后，他原任的最高苏维埃主席一职由副主席哈斯布拉托夫接替，人们习惯于称这位新主席为议长。自那时直至“8·19”事件前后，两人都合作得很好。可是紧接着为了争夺对政府的控制权力，双方摆开阵势斗了起来。
议会对叶利钦直接领导政府十分不满，因为这样议会无法监督政府的活动。此外，叶利钦依靠副总理盖达尔等少壮派推行市场经济一步到位的激进改革，这也是议会所不能接受的。
1992年，双方唇枪舌剑，争吵了一年，最后以任命总统和议会都能接受的切尔诺梅尔金为总理而告终。1993年4月的全民公决结果显示，双方不分胜负。6月，叶利钦绕开议会，主持召开制宪会议，通过了他提出的宪法草案，议会对他的这一举动攻击的火力空前猛烈，没料到9月21日，叶利钦下令解散议会，随后切断了议会的水、电、通讯。
议会在哈斯布拉托夫带领下毫不示弱，任命反对叶利钦的副总统鲁茨科伊为代总统。10月3日，支持议会的示威群众冲破了封锁议会大厦“白宫”的警戒线。哈斯布拉托夫鼓动群众去攻打中央电视台等要害机关。叶利钦则调集大军进京，10月4日炮打白宫，哈斯布拉托夫和鲁茨科伊等人最后成了阶下囚。“十月事件”以叶利钦的彻底胜利而告终。再经过12月的新议会选举，俄罗斯政局逐渐走向了稳定。
1996年，叶利钦再次当选为俄联邦总统。1999年12月31日，叶利钦发表电视讲话宣布提前卸任，并任命普京为代总统。
叶利钦说：“我一生中最重要的事情已经完成，俄罗斯再也不会回到过去，俄罗斯今后只会向前进。我不应妨碍这一历史进程。”无可否认，叶利钦是20世纪末俄罗斯最有影响的政治家，是改写俄罗斯历史的第一号人物。他所说的“最重要事情”，自然是新旧体制的更替。政治制度的改变被俄罗斯民众认为是叶利钦对这个国家最了不起的历史贡献。在他的领导下，打破了苏维埃的极权主义体制，确立了以多党制为核心的民主政治体制框架，形成了多党议会选举制度，政党自由竞争和全民选举总统制度，地方行政长官竞选制度，等等。
叶利钦对他的“政治业绩”深感骄傲，世界舆论也大加赞赏。叶利钦是民主意识形态、价值观念的鼓吹者。俄罗斯独立之初，叶利钦带头搞民主化俄罗斯，愈演愈烈的民主之风淹没了社会主义意识形态。然而，随着俄罗斯全盘西化改革遭遇挫折，民众对国家政治前途开始变得有些冷淡。叶利钦一度改变策略，试图确立“俄罗斯国家思想”，但无功而止。前所未有的经济危机，引发了持续不断的政治危机，反对派进而动员民众要求叶利钦下台。对此，叶利钦在辞职讲话中，请求俄罗斯人民原谅他在任内的“令人失望之处”。不过，他对俄罗斯经济体制的变革无怨无悔，并把市场经济体制框架的形成记入“历史功绩”。他多次告诉国人，俄罗斯已经不会回到计划经济时代。普京总统也撰文，客观地评价了俄罗斯的现实。他指出，“俄罗斯正处于其数百年来最困难的一个历史时期”，“俄罗斯在政治和社会经济动荡、剧变和激进改革中已经精疲力竭。民族的忍耐力、生存能力和建设能力都已处于枯竭的边缘”。普京并没有全盘否定过去，他认为，尽管有种种困难和失误，但“我们开始走上了全人类都在走的主干道”。这个“主干道”无疑是指叶利钦等人所导入的民主化之道。
叶利钦政治生涯中最动人的身影，是在1991年苏联发生“8·19”政变之际，他一次又一次地站在戒严坦克上发表演讲，号召人们反对政变者复辟专制铁幕的企图。他的勇敢、坚定和激昂的声音，成为历史关键时刻的一面旗帜，让那些在政变中迷惘无助的人们，让这个天空刚刚现出一缕曙光旋即又被乌云遮蔽的民族，清晰地听见了自由的召唤。他虽然是戈尔巴乔夫的政敌，这种姿态却使他成为戈氏新思维精神的传承者，也使他获得了一生中最大最宝贵的政治资本。在那一刻，坦克上的叶利钦，成为俄罗斯民族新的雕像，其光芒远远盖过了政变的对象戈尔巴乔夫，成为叶利钦时代的真正的起点。
叶利钦一生中最大的政绩，是在集权专制留下的荆棘丛中，带领俄罗斯走上自由发展的道路。尽管他大权牢牢在握，并不时重蹈旧时代的积习，但是他义无反顾地，为国家带来了自由的言论、自由的市场、自由的选举和自由的市民社会。他使俄罗斯有了公认的议会与总统选举，也使别的十多个民族获得了独立发展的自由。尽管他的市场经济功败垂成，但是他实践了一次公正的机会，建构了一个基本的框架。他没有带领国家走向公正，也没有引导人民达到自由，但是他强化了公正观念，打开了自由之门。
打破70多年的极权主义旧体制，并不是一朝一夕可以完成的事。在他执政5年之后，俄罗斯人终于放心地说，我们不会再回到旧时代了，因为权力监督的基本架构已经形成，他本人也时常在权力的宝座中摇晃。这是对他的政治成就最大的肯定，也是破坏本身就是一种建设的行动、摇晃是一种真正的稳定的现代观念的证明。
不过，叶利钦作为一个旧体制培养出来的政客，一旦登上权力的巅峰，身上带有的种种旧习随时都会故态复萌。有人认为他的一些行为是被迫的，那么也从另一个方面说明，在建设新时代的广场时，他没有能够彻底地清扫旧时代的瓦砾，甚至还会随手捡起瓦砾来打人。最后使政治强人叶利钦陷入四面楚歌的不是自由民主，而是他在某些方面对自由民主的背叛，比如企图建立新权威主义。但是他所主张的自由精神已经深入人心，他所建立的民主政治已经让反对派足够强大，他的旧时代政客风格总是面临质疑，他的独断倾向总是遇到抵挡，他所放任的寡头经济最终使自己尝到了苦果，在政治生涯的最后关头，他不得不做出一个交权的选择。他的交权，是民主政治中的一个权谋。一个掌权者必须通过提前退位来确保自己中意的接班人，这本身就是对民选政治的一种尊重和依从，也正是在这个意义上，叶利钦为自己的政治生涯如释重负地画上了一个句号，为他所留下的政治遗产作了一个最后的注释。
叶利钦是中俄友好关系的积极推动者。他在任总统期间，高度重视对华关系，曾四度访华，同中国领导人一道推动两国关系不断迈上新的台阶。1992年12月，叶利钦首次访华，中俄正式宣布“互相视为友好国家”，开启了两国友好关系的新篇章。1994年９月，中俄两国元首在莫斯科宣布“两国已具有新型的建设性伙伴关系”，标志着中俄面向21世纪“建设性伙伴关系”的确立。1996年４月，叶利钦再次访华，两国元首签署《中俄联合声明》，宣布将发展“平等信任的、面向21世纪的战略协作伙伴关系”，“平等互信，睦邻友好，互利合作，共同发展”成为两国关系的发展方向。
2007年4月23日15时45分，叶利钦因心脏病加重，在中央临床医院突然去世。为悼念叶利钦，俄总统普京宣布25日为全国哀悼日。俄方成立了由总统办公厅主任索比亚宁为主任的叶利钦治丧委员会。
俄罗斯联邦首任总统叶利钦遗体告别仪式次日下午开始在莫斯科救世主大教堂举行。成百上千的俄罗斯民众手持鲜花、排着长队，依次进入大教堂与叶利钦作最后告别。教堂内哀乐低回，肃穆庄重，人们缓步从叶利钦灵柩旁经过。一位妇女神情凝重地说：“叶利钦为俄罗斯做了许多事情，他的去世令人悲痛。”
