再说元军营中，听说纳哈出诈降不成受了伤，个个吃惊，不知所措，一时大乱，包括纳哈出的妻子、孩子，纷纷逃窜。冯胜派人去招降，得降众二十多万人，还有无数的牛马、辎重等战利品，被他们押回关内。押解降兵和战利品的队伍逶迤而行，绵延一百多里路。不过，冯胜只顾高兴，忽视了全军的防卫，特别是殿后的队伍安排的人太少，中途受到敌军的伏击，都督濮（ｐú）英被杀，损失三千多人。
太祖朱元璋见冯胜、蓝玉大胜而归，高兴劲就不用说了，因为这一仗一举解决了东北方面的问题。可是冯胜却不大高兴。他觉得这一仗蓝玉出尽了风头，心里有点不是滋味，甚至对自己的女婿帮了蓝玉的大忙也不满意。他想，如果他指摘常茂，不但可以表现得大义灭亲，还可以顺藤摸瓜，把矛头引向蓝玉。他就对太祖说：“这次我军虽获大胜，但也有些将士破坏纪律，险些误事。”
“唔，还有这事？”朱元璋问。
冯胜跪下禀道：“下官不敢相瞒，就是小婿常茂。他竟在受降的时候，拔剑砍伤纳哈出，险些激起重大事变，破坏这次受降。下官已将常茂拘捕，请陛下查问。”
太祖朱元璋说：“既然人家已经投降，怎么还要砍伤人家？不像话。我一定好好调查此事。冯将军，你能大义灭亲，实堪嘉奖。”朱元璋见在场的蓝玉没有讲话，觉得这里也许还有什么蹊跷，便没有再讲下去。
太祖朱元璋在了解这件事时，有人对他说，明军缴获的纳哈出的良马，冯胜没有交给陛下，而是自己留下了。还有人说：“冯将军派人看押纳哈出的夫人，授意那人给纳哈出的妻子送酒。在陪她喝酒的时候，乘机索要贵重物品。纳哈出的妻子无奈，只好给他一颗硕大的珍珠。”
常茂对自己的岳父也是一肚子气。自己本来有功，冯胜为了自己讨好皇帝，就连自己的女婿都出卖了。所以在审问常茂的时候，他就没有给自己的岳父留情面：“说小人险些激起兵变，实不敢当。真正激出事变的是冯将军。纳哈出部中有一位蒙古亲王。王子刚被我军击毙。第二天，元军来投降时，他就强娶亲王的儿媳。亲王一怒之下，拒绝随部投降，并派兵伏击我军后卫，击毙濮英。”
这些话传到朱元璋耳中，他能不生气吗？立即下令收回了冯胜的印绶。从那以后，再没有派冯胜带兵出战。并且，也没有奖赏这次获胜的将士。太祖朱元璋任命蓝玉为总兵管事，不久又提升他为大将军，屯驻在蓟州（在今天津市蓟县）。
元顺帝的孙子脱古思帖木儿这时在大漠以北自称元朝（史称北元）皇帝，经常骚扰明朝北边。洪武二十一年（公元1388年）三月，朱元璋命蓝玉率十五万大军剿灭脱古思帖木儿。蓝玉率军追到大宁（今内蒙古自治区宁城县），不见元军踪影。又追到庆州（在今内蒙古自治区巴林右旗），还是不见元军。这时，他派出去的侦察部队报告说，脱古思帖木儿现正在捕鱼儿海（即今内蒙古自治区********盟的贝尔湖）。蓝玉让先头部队尽快请一名向导，抄近路，日夜兼程，向北挺进。已经进至距离捕鱼儿海只有四十里路的百眼井了，还是不见元军。
蓝玉对部下说：“这里千里无人烟，他们不会在这里吧？别误了我们追击呀！”有意要撤兵，再向别的方向寻找。
定远侯王弼说：“我们率十余万大军劳师远行，深入大沙漠以北。如果什么也没有得到就班师而还，怎样向陛下交待？”
“你说得对，”蓝玉琢磨着，“大漠上荒无人迹，这就使敌军很容易发现我们。是不是我们暴露了呢？”他下令全军偃旗息鼓。烧饭的时候，在地下挖烟道，避免烟火显露。白天隐蔽，夜间行军。第二天早晨，当他们来到距捕鱼儿海东北八十里的地方时，果然见到了敌营。蓝玉以王弼为前锋，迅速逼近敌营。脱古思帖木儿原以为这大沙漠之上缺乏水草，明军不会到这里来，并没有设防。当他突然听到震天动地的喊杀声时，惊惶失措，连妻子家小都顾不上，只带着太子天保奴和身边的几十名骑兵逃脱。他的名为蛮子的太尉被杀，其余的兵众一见军中无主，纷纷投降。脱古思帖木儿的二儿子地保奴、妃子、公主等都被活捉。还抓获了他封的吴王朵儿只、代王答里麻及平章以下的官员三千多人和他们的家属一万七千多人，以及皇帝玉玺、金牌、符敕、金银印等物和各种牲畜十五万头。无法带回的兵器被焚毁的不计其数。
太祖朱元璋接见蓝玉的时候，对他大加褒奖。他说：“蓝将军此战使伪元政权基本被消灭，免除了我大明北方的一个大患。真是功大无比。”他转身对武英殿殿阁大学士说：“要按卫青和李靖的规格对蓝玉将军的功劳进行奖励。”武英殿是朱元璋新设立的为他批阅奏章、充当顾问的机构之一。洪武十三年（公元1380年）丞相胡惟庸以“谋不轨”的罪名被处死以后，就不再设丞相，一切政务由皇帝亲自处理，并设立华盖殿、武英殿、文渊阁等殿阁大学士，协助他处理政事。卫青是汉武帝时代的大将军，曾七次出击匈奴，都取得重大胜利。李靖是唐太宗时代的兵部尚书，曾经大破突厥，捍卫了唐朝的北方疆域。这两个人都曾受到汉武帝和唐太宗的重奖。
蓝玉自然非常兴奋，在家里摆宴席请他的同事、老部下等吃饭。来得最早的是副将张温。蓝玉高兴地迎上去说：“张贤弟，你来得可真早，这才叫老朋友！”其实，他们才认识几年的时间。
“蓝将军，我接到将军的邀请的时候已经迟了。不然，我会来劝您停止这次宴请的。”张温的表情有点悲戚。
蓝玉不解张温何意，惊奇地问：“那是为什么？”
“将军不见胡惟庸的下场？我们还是谨慎一些为好。”
“你想到哪里去了？胡惟庸他是图谋不轨，自然当诛。你我为陛下屡立战功，陛下无论如何也不会说我们图谋不轨吧？”蓝玉很自信地说。
张温摇摇头说：“原来我也那样想。可是现在，因为胡惟庸案受诛的已经超过万人。难道这一万多人都图谋不轨？如果这样多的人都图谋不轨，这大明朝的天下是靠谁打下来的？在被杀的人中，有很多都是有着赫赫战功的人。”
蓝玉解释不了张温的问题，但他还是说：“我蓝玉从北打到南，从东打到西，受过陛下多次褒奖和赐予。我不相信陛下会说我图谋不轨。”这时，又有客人来，两个人的谈话就此结束。
为了表示自己对皇帝的忠诚，蓝玉作战更加勇敢，智谋也越来越多。洪武二十四年（公元1391年），他被派往兰州、庄浪（均在今甘肃省），向西追击逃寇，一直追到相当于现在的甘肃西部和青海一带。这时，原已归顺明朝的建昌指挥使月鲁帖木儿反叛，朱元璋下诏让蓝玉去征讨。当他赶到的时候，当地原来的驻军已经打败了他们。月鲁帖木儿逃往柏兴州（在今四川省盐源县）。蓝玉派当地少数民族的首领去诱降，把月鲁帖木儿和他的儿子都捉住了，送往京师。而原来由月鲁帖木儿统治的少数民族都归顺了明朝。蓝玉征得皇帝的同意后，在那里建立了屯田机构。
蓝玉觉得朱元璋对他是很信任的，多次让他统领大军，把最重要的军事任务交给他。他自己也认为自己确有大将之才，皇帝待他不会错的，因此对自己的行为也就不那么检点了。他的庄园中养了很多庄奴，有些受他青睐的，还认他做了干爹。这些人仗势欺人，胡作非为，侵夺百姓。他的一个干儿子在东昌（今山东省聊城市）强占民田，被人告发。御史找他询问，他竟发了火，把御史给赶走了。
有一次，蓝玉出征，回来得晚了。当他率兵来到喜峰关（在今河北省迁西县）的时候，关门已经关闭。他在城下叫关，守关战士不敢给他开，他竟下令让他的兵士把关门打破，冲进关门。这件事被人禀告给皇帝，朱元璋很不高兴。
这时，又有人向皇帝告状说，蓝玉曾经想奸污一位元朝皇帝的妃子，那妃子不乐意，上吊自杀了。朱元璋就把蓝玉叫来，狠狠地批评了他一顿，还把他的这一恶行记到他的世券上，有点类似今天的记过处分。可是蓝玉还是不醒悟，说话很傲慢，在军内，想罢免谁的官就罢谁的官，真是为所欲为。因此，他的下级也有很多人对他不满。朱元璋已多次当面责备他。
当他又一次西征回来时，满以为又会受到赏赐。谁知他来到殿上见到太祖朱元璋，朱元璋却对他说：“朕觉得你劳苦功高，所以决定任你为太子太傅。”蓝玉跪下说道：“谢陛下隆恩。”但他的心里却很不高兴，因为这个官位置虽然不低，但没有什么实权。他的不快在脸上也表现了出来。他想了想又说道：“禀陛下，蓝玉恐怕胜任不了这项任务。”但朱元璋并没有考虑他的意见。从那以后，他再向皇帝提什么建议，很少有被采纳。
洪武二十六年（公元1393年）二月的一天，蓝玉起得很早，因为他最近总是郁郁不乐，睡不好觉。这时，有人来报：锦衣卫指挥蒋（ｈｕáｎ）求见。蓝玉一听这个名字，脸上的汗立刻就流下来了。
这锦衣卫可是小看不得的，那是在洪武十五年，由朱元璋亲自建立的。它表面上负责皇帝的仪仗，是天子的卫士，实际上是皇帝直接指挥的特务机构。它不受中央各部的节制，只对皇帝个人负责。它有自己的法庭、监狱，可以私自杖杀大臣。胡惟庸案就是锦衣卫处理的，受株连的人现在已经快到三万人了。所以，锦衣卫上门，凶多吉少。
蓝玉战战兢兢地把蒋请进屋。蒋先是寒暄几句，然后说道：“蓝大人，现在有人控告你想要谋反。为了调查清楚，我今天特意来请大人到我们锦衣卫去一趟。”
蓝玉惊恐地看了看自己的妻子，好像在说：我们怕是再也见不到了。
到了锦衣卫，蒋可就不那么客气了。他坐到自己的桌子后面，冷冷地说：“蓝将军，你是招啊，还是不招？”蒋并没有看蓝玉，而是环视着这屋里的各种刑具。
“蒋大人，我此生为了陛下南征北战，怎能有不臣之心呢？”蓝玉以为蒋会听他说明真情的。可是蒋只是对旁边的人说：“大刑伺候！”便要离开座位出去。蓝玉急忙给蒋跪下，说道：“请蒋大人不要走。你说让我招什么吧？”
蒋回来重新坐下，说道：“我知道蓝大人是明白人。”就这样，蓝玉按照蒋的“提示”，招认了自己企图谋反的“罪行”：准备在皇帝去耕藉田（皇帝祭祀祖先用的土地，有时他们自己也象征性地去耕种一番）时杀害皇帝。
几天后，蓝玉这个为明朝打了半辈子天下的将军就被处决了。不久，凡是与蓝玉有点联系的官员，也都因为是蓝玉的同党而被处死，总计有一万五千人因蓝玉案而做了刀下之鬼。像我们之前提到的张温，因为长期同蓝玉在一起，就更是必死无疑了。
到这时，胡惟庸案株连三万人，蓝玉案株连一万五千人，明朝建国时的功臣已经几乎被杀尽了。到了这年9月，朱元璋也觉得自己做得太过分了，反正除掉功臣的目的已经达到，便将凡是受胡党、蓝党案牵连受刑而没有死的人一律赦免。
